High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
3' retrieval block size
 
     
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by rm7
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
rm7 10-AUG-11 16.33.34.574877
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 389415
Chr: 10
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-89A15 : RP24-97F24 : RP24-219H3 : RP24-472J19 : RP24-494K18 : RP24-296J2 : RP24-196P11 : RP24-276E13 : RP24-219C11 : RP24-158P6 :
Instance: Plate 258: Well B04: BACs RP24-89A15 RP24-97F24 RP24-219H3 RP24-472J19
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 23964352 23964401 50 AGACTTGAATCTTCTGTTATCTAACTTGCCTTTTATGACCATAGTCATTA
U5 23970713 23970762 50 CTGTCCTCCTCCCGGGCTCTGGAGAGCAGCCTACAGCGTTCTGCTACCAG
U3 23970763 23970812 50 GTGAATGGGTCTTGCCCCAGGACAGTCCACCCGCTGGCCATCCAGGTCGT
D5 23971832 23971881 50 GCACGGAGGCTCCCATTCAGTATTCTCATGGAAGGAAGTAGGGAGAGGGC
D3 23971882 23971931 50 TGACTGAAGTCTTCTAAGCTCTTTAGAATACCCAGCGGGTAAGCAAGCAC
G3 23975567 23975616 50 AAGAATACTGATTTTTCTTTGTAACGCATACCAAACTAAGTGCTAAGATC
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 23675519 23706737 31219 GAGCAATTGGATTTTGTTTTTGTTGAAATATGTAGGCTGAGCTTTAAGATTTTTTTTTTTTTGGCTCTAGTATATGATAGGAATGAACTGATATGGTATATCAAACTCTAGTGGAGGTACAATATCTAGTGCCCTTAAAGCTATTTGCATTATGATGGTGTCTTAGTCAGGATTGCTATTCCTGCACAAACATCATGACCAAGAAGCAAGTTGGGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTACACTTCCATACTGTTGTTCATCACCAAGGAAGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTGAGGAAGCTGAAGCTGATGCAGAGGCCACGGAGGGATGTTCTTTACTGACTTGCCTCCCCTGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTACAGAACCCAAGACTACCAGCCCAGAGATGGTCCCACCCACAAGGGGACCTCCATACTTGATTACTAATTGAGAGAATGCCTTACAGCTGGATCTCGTGGAGGCATTTCCCCAACTGAAGGTCCTTTCTCTGTGATAACTCCAGCCTGTGTCAAGTTGACACAAAACTAGCCGGTACAGATGGGCTTGTCCCATTTCGTATGTGTCCTTGTAAGAGCATGTGGGAACCAAACTCAGGGCTTTCTTCTTCTTCCTCTGTTTTTATTTTTTATTTTTATTGTTTGTTTTGTTTTCTTTCAAAAAATATCAGTTTTGTTATACCATCCAGGTGGAAAATTGTTGCAATCCTCTTGTGCCTGCTTCCTGAAGGCTAAAATTATATATGCATTTAAAACATCCAGCTACAGAATGTTTATAGAGTAAATTCCTTAGTGAAGAATTAACTCTGATGTATTTTCTATTGCTCCAAGCTAAATGCCTGTCCACTCTACCTAGCAACTCTCAGGCCAGCCAGGACTACACAGCCACACCCTGTTTCAAAAAGTCAAATAGAGGCTGGAGAGATGGCATGGCCCAGGGGTTAGGAGAGTACTGCTCCAACAGAGGACCCCAGTGCATTTGTCAGCACCTACATCACTATGTTCACTACTGCCTATAAGTCCAGCTCTGGGGGTTCTCCATGTCTCTGGCCTCTGAGAGCACCTGCACTCATATGTGCATACCCTTTTTCCCCTACGCCCACCCAGACACATAAGTAAGAATAAAATAAAATTAAATAACAAAATTGCTAAAAATAATTTACTTAAAATAAAAACAAAGTAATAAATTATTAAAAATAAATCTTTAAAAGGACCAATAATCTAGCATCCAGTAAGAGATAAGTTAATATTTGATGAATTCCATTTTATTCTCTGTCTCATTCCATCTTTCTCTGCTCCTTTTTTCCCCTACTTCACACTTTCCTACCTTTCACCTAGTGCAAGACAAATCTGAGTTGTCTCTGAGGTCACAGCCATAGGACCACAAAGTTAGTTTGCTCTCTGGAGTCCAGTCTCTGGTGGATTCCCATCTTCTCAACTGGCAGCATAGCGGAGGTGATGACAGAGTCTCCTGCAAACTGCAGGACACAGCAAATGCAGCCTCAAGAGGTGTCGTTTGTGCTTAAGTACAGAAGACAGAGCAGCCTGCCAGGAGCCTCCCTCAGCAGTATGGACCCATGTCCTACATGCCTATCACAAGGGGAGCAATGAGCGGGAGTAGAGGACAGGAGGACACAAGTGTCCCTTGCCTGGTAAGAAACTGACACAGTAGTTACCCTTGGTTCAGTAACTGTTGCTCTAAATTACCTACTAGGAAACCAAATCCTAGTAAAATAAGGGAGATCGCATTATGAGAGGGAAATAAATTCAGAATGGCTTCAGGTGGAGTTGTTTTGCTATTGGTCTATCAAGGGGAACCACACTTAGAATACTGGTGTGTATAAATAAACCTGGAACACTTCAAAAGATCACTGTAATCCTAAAGAGACAGGGAAAGGAAGATCCCAGCAGATTCCACCTGTGTTTCCTTACCTAAGAAACTCCAGGATGGGTCAGATGTGGGGAGAGAAGAGGGAATCAATGTTTTTGCAGATAGTCTCCAAAGTGGGGTGTTTATGACTTAACCATTAAAATAAAATATATGTCTTGTAAAGCTGATATGATGTGTCTTCTGGTTCCTTTTCCACATGTTCATATCATTGAGTTGTTGACTACCATCTTCCTATTTAAGAGAAATACGTATACATTGATATAATTTAGGCATTTAATATTTGAGAACCATTAGCACATTGACTTCTTTCCCATTTATTTCTGGTTTGGAGCAATATGTTGTTTCTTTCTAGCTTTTAGAGACAGGGTCTTGCTATATCACCTAGGCTGGCCTCCAGCTTCTTATCATAAAATACAGACATCATGAAGAATTTCACATTTTATTGCTTAAAAACTTACTGTAGAGACTTTATAGTATTCGAAGGCAAATCTCCAAAAAAAGGGGGGTATAGGGGTAGGTGGGATGGGGTGGGATTTCTTAGCATGCCAAGCTTTAAAATTGCACACAAAAATTCATCTCTTCCCCCTTCCCTGACAGTTTCCTTAGAACAGAGAAGTATCCAGTTGTCAAATTTGTGTGTGCAGCTGTTTGTGTGGAGCTCAGAAAGGGATGTAAGCATCTTTGTCTTGACCTTAACTATTCTTCTGGGCAATCATCTTCATACAATGCATGTTTTATGTATCTCCTGTCTTCAGCTAATGTATACTGTTTATCTCCCAAGTATGTGTAACTATATTTTACTCTATTTTCTGTCTTACTCTAACCTTTAACTATTTTCCTATACATGTAACTATGAGACAAGAATGAGAGCAGATACTGATAATTGCTAGAAGTGTTTCCTTCCAAGTTATAAGCAAGACAGGGGTGTAGCTCACTGTTAGAGTCCTTGTAGGTCATGTTCACGGCTTGGGTTTCCAGTTCCTCTCCCAAAATATATTTTACAAACTCAAGGTCAGTGCAATTTTCTGAATCATTAGCTTAACAAAACTGAAACTTAAAACTTTACTACCCAGAGAGCAGCATATCTCAGACTGAACAGTTTTGTTTGGGGAATGAGATTTTTGTGTATAATCAGTAGCAGAAAATGCCTGAGTAATTTTATGGTGATTCTTGCTTATCTTTAAAGTTAGCTAGAAATTTAGTTTATTAAATGAGGTCATTAGGTGCTTAGGATTTCAGTATCTTTAGTCTCATAGCTAAGGACTCAAAAATGATACATAATCACCCCGAATGTCAGTAATGCAATGGAGCCTTGGAAATGTCATCTTTCTTGTATCTGTTTCTGTACAGTTTAGGTTTTTGTTCACTTTAATTGCAATTCGAGTTAATATAAAAAAGAAAAATACTAACCATAAGTATTAAATTTCTATATCCAAAGCCAATAAAATTTGCTATAGTGTTGATTCCAAATAATCCACAGCCACTGGTAACAATTATTGAGGTACTGAAGCTAATGAAACACTGTTTCCAAAGGTGCTACATTCCCAGAGTAAATCTGCGTCAGGATACACTATGCATGCATTCACTTTCTCAAGGGGTTCAGTGAGTTTGAGACTGTTCTCTGGCCAAAGTCCACAGCTCCAATCTGGCACACAATCTCACAAATGTTTGCCATTGGCTATGAGAAAGGCATGTCCAGACTCAGCACTGGAAAAACAAACCTGTGTCAAAGCGGGGGTGAGCCAGCTCCATTGTTCTCAGCTTATTAATGTTACAAATGACAGGTTAAATAATACACAGCTGTATATCAAATTCAATAGCAGTATAAAACGTGAATCTCTGTTCCTGTAGATCCTCCACCACAACTCTGCTTCCTAAATGCAGATGCTAAATGAAGTGAGAACCCATGAGACTTACAGAGTCTGCCATTTCAACCGTTTTCCTTCACTTTGAACATTACTTATGTACAATCTTGTAATCTTGGGCATGATTTTACTCTAAATTCTGCAGACTGTGTTTTTCACACTGCGAGGAGAAATGCTTCTAAGTGGAGGTGGCAGAGACAGAAGCATTTGTGGCTGTTTACAGAAAAAAATCATTCTGTAAAGGAAGAAGTATGACTTCAAAATTTAATCATCATTTAATTTAATTAGCAATTTCATTGTCCATGATCATTCTTGAGTGGATTTTAATCCAGGAAATTGGATTAAACTTAATTGAACTGGACAAAAGAAATGCTTGATCAGTTTATGGACTCAGAGCTACAAATTAATATGGTGGTATATTCTTCTACTCAGGATACTTGAATGCTGGGTAACAATATCAATCCATGAATGCTGGATAACAGTATTAATTCATAGATACTGGGTAACAATATCAGTCTGTGGATACTGGGTAACAATATCAGTCTGTGGATACTGGGTAACAATATCAGTCTGTGGATACTGGGTAACAATATCAGTCTGTGGATACTGGGTAACAATATCAGTCTGAGTTTGCTGGGTAACAGTATCAATCTGTGGATGCTGGGTAACAATATCAATCCAGGTTTTTTCAGTTGCCTTCCTACTCAAGGAATGGTCTCAGACTAACATTATTGTCCTCTCTCAAGAGATTGTAGGAATGCCGACTTAGGAATGCAATGTCAGAATTAGAATCCAAACTTTAGAAAGTTCTTCAGGTGATTCATATGCACACGAAGTGTGGGGGAAACGAATTCTGGTCAGTAAGGACTTCCAACTTGGTTCAGTCTCAGATCTACGCAAGGTTCAATGGACAATTGCCCTGCCAATGATTTTATGGCTCTTTTTCCTTCTTTCACAGACAGGATCACAGCTTTTTTGAGAAGCACTCATAGTACCCACAGGACAAAGACGATGAATACACCCGACCCCTGGAGCTCCCCAGAAGTACAGTTTTGCTTTGCTGCTGCAAACAGTTCTTGCCCAAGGAAGGCGAGGCCTGCGCTCGTTGTCTGTGCCATGTACCTCATCATGATTGGAGCGATAGTGATGACCATGCTGGGAAACATGGCTGTGATCATCTCTATTGCCCACTTCAAGCAGCTCCACTCCCCAACCAACTTCCTTATTCTC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Comments:
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 10 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: chromosome:NCBIM37:10:1:129993255:1, start 23690568: end 23691687
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
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DESIGN COMPLETE - All Us And Ds ACCEPTED
D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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