High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by mt4
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 379975
Chr: 4
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-330E24 : RP24-140O16 : RP24-566P14 : RP24-326M13 : RP24-252J24 : RP24-303K9 : RP24-402P7 : RP24-181M5 :
Instance: Plate 251: Well G03: BACs RP24-330E24 RP24-326M13 RP24-140O16 RP24-566P14
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 98730824 98730873 50 AATGTTAGTCTTAGGCATTTTATGACAGCGAAGGAAACTTGAGAAACCAA
U5 98736093 98736142 50 TTACGCGCAACACATTAGATACTGAGGGCACAGAAAGTCAGAGCAGGCAT
U3 98736170 98736219 50 TTCGGAAAAAGCAACTGTTAGGCTCATTATAGAAGACGGAATCTATTTGG
D5 98738485 98738534 50 TTTACTTAATGTCCCTGCTTATTTTCCAGAGAACCTGTAGATTGTCTAAT
D3 98738562 98738611 50 ATCCATTAGTGGAGTCTTTACCTTAGCACGTGACTGTGTGTGCATAGATA
G3 98741851 98741900 50 ATCGGGGCATGTGTTTTCATTATGTATTTGGTTCATAATCTTGTTTGTGA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 98405226 98405252 27 CGCTTCTACCTTGTATTGCTTCAACCC
15_E_15 98387784 98420302 32519 GAGCTGGAGTTACAGACAGTTATAAGCCACCTGATGTGAGTGCTGGGAATTGAACTTGGGTCCTATGGAAGAGTAGTGAGTGCTCTTAACCACTGAGTCCTGTCTCCAGCCCCTTCAGGGTCTCTCTATATAGTGCTGGCTGCCTAGAACTCACTATGTAGACCAGGCTGGCTTCTAGCTCATAGATATCTACCTGCCTCTACCACTTCAGTGCTGGGATTGAAGGCATGTGCCACCACACTGGCCCAATTTTTTTTCTTTTTTCTTCCCTTCCCCTTCCCCTTCCCTTTCCCCTTCCCCTTCCCCTTCCCCTTCCGCTTCCCCTTCCCCTTCCGCTTCCCCTTCCGCTTCCCCTTCCCCTTCCCCTTCCCTTCCCTTCCCCTCTCCCCCCTCCCCTCTCCCCTCTCTTTCTCTCTTTCTCTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTTTCTCTTCTCTTCTCTTCTTTCTCTTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCCTCTCTTTTCTTTTCTTTTCTTTCTTTGCCAAAATTTTGGATTTTCAAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCCAGAACTCTCCCTGTAGATCAAGCTGGCCTCAAACGCACAGAGATCTGCCTGTTTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATTGAAGGCATGTGGCACCACTGCCCAGTCTTAAAAAAAAATTTATGTGAAAATAATGTTTTTTTAAAGAGATGGCTGCCGCCGCGGTGGTGGCACACACCTTTAATTCCAGCACTCAGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGATCTACACAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTACAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACAAAAACAAAACAAAACAAACAAACAAAAAAAAAAAAAAAAACCAAGAGAGAGAGAGAGAGCTGCCTTTGCTTACAAGAGTGCTCCTCCCCTATCTTCCTGAATGAACAACTTTACTCTGCCAATTGAAATTCTGCCCTGTGTACCTCTGTAATCTCCTGTCCTAAGTCCTAGCAACCCGTCCAAGACAGCAGCTTCAAACCCCACCAACAAGGAGAAAGCGGCCATTTTAAAGACAATAAAGTGGGTCTCTTGGAGAAGCCCACACCCCAAGCCTTATATTTCCTTCTCCAGTGCCTTCTTTCTCCCTCTGCTGAAAATCTACATTTAAAATGCTTCTTAATAAATTTCAATTCTGCTTCATAATGGCTCCTCTTTCTGAATTCTGCATGAAACCAAGGGTAAGCTTTTACCTGAGTCAGGGTACCTAAGAAAATAAGGGAACTCGGCTGCTGAAACTGAGAGTTCCAGGCAGCGAAGACCATCCTATATAAGCGTCTTCCAGTCAAGAATGGAATCCAGGCAAGGGTGCCCATCCTTGCTGTCTTCTGATTACGCCTGCTGCGGGACTTGGGAATACATAAGCCTGAGATACCTCAGATGGCCGCGTGGTGGCGCAAGAGGCACCTAGAGGCTGAGGCTTTTGATCAGCTCTCCTGGCAGGTGGTTATGCAGTGTGACAGGAAAGGCCTGTGGTAAGTGGTCTCATGACTTCTCTGAACCCCAGTTCTCCCAACCAAGCTCTCAACAGCACAGAATGGAATATATTCCTTGGAATTCCAATTCTCCCCTTCCCATTAACCAGCTAGGTCAGTTGCTCTTAACACTGCACAATGATAGGTGACTGTGAGTGTTTGGAGGCTTGGGGCCCCACCCCATCATTTCTCTCTACATGTTGGGGAGCCTTGTTGCTAGAACTTACCATGTTATTGTATGTGTGTAGCACATTGTAAATGGAACTGAGCATGAAGTTAATACTAGCAAATTGAACAGTTAATAAAACAGACTTTTGCAGTTGGTCTCCTCACATGCACAGAGCCCTGGGTTCCATCGCTGGCATAAACTAGGGATATTCGCATATGCCTGACCTAAGGGGTTTTATTTAAAAGAGAATGACCCCCGTAGGTTCAACTGTTTTAATGGCTGGTCCCCAGCTGGTAGAACAGTTTGGAGAGGACTCAGAGATATGTCACTGGAGATGGACTTTGAGGTTTCAAAGGACTCCTAAAGTTCTGGTGTCCTTCTCTTTCTGCCTCATGGCTGTCTTAAGATGGAATTTCTCAGCTATAATTCCAGAGCTATCCCTACCTGCTCCCATGCTGGCCATGAGCTCTATCTAACCTTCTGTAAGCCCCACCTTAAGTTGCCTTGCTCGTGGTGTCGCGTCACAGCAATAGAAAAGCAATTAAGATAATAATGTCCGGGGCTGGGGGGGGGGGGGGGGCCTGGAGAGATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACTGACTGCTCTTCCGAAGGTCCTGAGTTCAATTCCCGGCAACCACATGATGGCTCACAACCATCCGTAAAGAGATCTGGCGCCCTCTTCTGGAGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTTATTTATTATACAGTGTACTGTATAATAAATAAATAAACAAATCTTTAAAAAAAATGTCCAGGGGGGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTATTGGATGGATCACAGGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTATCCAAGGAGCTAAAGAGATCTGCAACCCTGTAGGTGGAACAACATTATGAACTAACCAGTACCCTGGAGCTCTTGACTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCAGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCATTGGACTTGCAAATTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAAAGCCAGGGCCAAAAATTGGGAGTGGGTGGGTAGGGGAGTGGGAGAGAGGGTATGGGGGACTTTTGGGATAGCATTGGAAATGTAAATGAGGAAAATATCTAATAAAAAATATTAAAAAAAGATAATAATGTCAAAGAGGAAGTAAAATATTTAAAAGGGAAACTTCACTTACACGAACTTAGGAGGTTTTGCTATCCATGAAATAGCTATGAGGCCCAGACAGACAGAACCCCAAAGTTTCTAACTCAAGACAAATGCCTGGCAGATCCTTCATTTTTAAGACAGGCTCAGATGGTTCAGATGGTCCTGGAACTCAACAGTGCATAGCAGAAGGGCCTGGAGCCCATAGAGATCCACCTGCCTATTCTTCTCAGGTGATGTGACTAAAGATGTGTGCCACCGTGCCCAGCAACCCACTCTTCTATTAATTAATTAACTAACTAGTTAATTAATTAAATATGTATTTACCTGCACATATGTGTGTGCACCACAGGTATGGTTGGTGCTCTCAGAGGTTATACGAGGACATCAGATCTTCTGAAACTGGAGTTTCGAATGATTGTAAACCACCATGTAGGTGCTAGGAATTGAACCCAAGTCCTTAGCAAGAGCAACAAGTGCTGTGAACCCCTGAGCCATCTCTTCAGCACCAACCTTTTTTTTAAAAAAGACTTATTTATTTATTTATTTAAAGATTTATTTATTTATTTCATGTATGTGTGAGTATACTGTTGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAAGGTATCAGATCCCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATTGTAGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAACAGTCAGTGTTCTTACCCTCGGACCCATCTCTCCAGCCCCAAATTTATTTATTATTATACATAAGTACACATAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGATGCACCAGAAGAGGGCATCAGATCTCATTACAGGGAGTAGTGAGCCACCATGTAGTTGCTGGGATTTAAACTCAGGACCTTTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTGCCTGTTGAGCCATCCCACCAGGCCTCAGCACCAACCTTCTTTTTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTTGTTTTGAAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGGGTTTCTCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCACCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCAACACCACTGTCTGGCTAGCACCAACCTTCTTAATCCTGCAGAAAACATGGCACACATTTAGCAGGACCATCTGGTCTGCCGTAGCAGGAGGGGTAGACTCCCTTATTTCTTCATTTGACAAGAGGCTGTAGCACATGCCAGTCATAATCCTGGGTACCCGTGAAGTGAAGGAAGCTGTGAGTGAGAAAGAAAGTCCTGCCCGTTTGGAATTACGTTCCAGGAGGAAGTGGGGAATGGGAAGACATGAAAAGGGAATGCAGCAATTGAACACATTTGGCTCCTGATCATTGGGAATTAGGAACCGGGTGAATGAAACAAAGCCTAGGGTGCAGCCTCAATCCCAGCTCGTGGTTGGCTAAAACGGCCTGGAGTCTGAGGTCAATCTCAGCTACACAGGAAGTGTAAGGAGAGCTTGGGCTGAGTAGCAAGGCATTATCTCCACTAGGTGGGGGTAAGGAGGACAGAGGACTATCAAAGAGCTTTGTGGTTGGAGACAGTGTGTCTTCTTTAGGACAGTTAAAAGTTCACTTATGGGCTGGAGAGATGACTCAGCGGTTAAGAGCACTGCCTGCTCTTCCAGAGTTTCTAAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAAAAATCTGTAATGAGATCAGATGCCCTCTTCTGGTGTGTGTCTGAACACAGCTATGGTGTACTTGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGAAAGATAGTTCACTTACACGAACTTTAAATGAGGCCACTTAAAGATCTTTGGTTTTGTTTTTAAAGAGAAGTCTCACTACAATGCCCAAAGGAACCCCAGTTGCTATGCACAAAGGGGTACTCCTGCCTTCAGGGTAGCTGGAGGTCTATAGGTGCTGCCAC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Comments:
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attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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