High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by erb
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 378551
Chr: 9
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-406E3 : RP24-164K10 : RP24-296M8 : RP24-251L16 : RP24-166P22 : RP24-91P15 : RP24-89J10 : RP24-511C20 :
Instance: Plate 248: Well B07: BACs RP24-251L16 RP24-164K10 RP24-296M8 RP24-406E3
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 60840016 60840065 50 TAGGAAGATCCTGTCTCTTAAACAGCATTAGCAATAAACAAACAAAAGGG
U5 60845573 60845622 50 TCCTGGCTAGTTTATGAATCAGATTTTTTAAGAATTTCAGATCTGGTAAC
U3 60845637 60845686 50 TTATAAAGGTGTTCTAACAAAGCAAAGCTTTTGTAACACTGTGTGTGTGT
D5 60846519 60846568 50 TGAGCTGAGAAAACATTGACTCCCGAGTATCGCCATGAGAGAGGTCAAGT
D3 60846592 60846641 50 GCCGGCTTTAGAGACTTTAAGGGACTGTTTCATTTACATTCACATCCTGT
G3 60850192 60850241 50 AAAGATATAGTAAGTCGGGTTGTTTCCTCTCCTTTCAACTGACATGTCGT
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 60694376 60694398 23 GCAGGGGATGTAGGTGCCGCAGT
15_E_15 60678380 60709448 31069 AATATGTATTCATGAATGGGAAAATCACATCCTGAGGCCAGAGTCCTTGTGATCCAGTCACCTCTGGAAGGTCCCATTCCAAGGACTATGCTGGGACCCAAGCCTTCAACACATGAGCTGTTAGGAAAATTTCAGAACCAGCCCTTAGCAGGGAGGTTATGGATTACCCTTTTCATTTGAAAGCGTGAATGTACTCAGGGCTTTCTGGACGGAGCCTGTGTTTCCTTTGCTGCTGTTTTGTTTGTGAGACAGGGTCTCCCTGTGTAGCTCTGATTGTCTTGGATTACAGTACATAGGTAGACCAGGCTGGCTTTGAACTCACAGATATCTGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGTGTACACTGCCACATCTGGCCAAACACACATTACTTTAAATTTTATGTCATTTCTGAAAAAGTTACTAATGTGCAGTTGGTATGAATGAGGTGCCCGTGTTAAGACCTGGGAGGTGTTTGCTTTGTGTTGCTTAGCTCTTGTATTAGTTACCTCACTGCTGCTGTGATAAAACACCAGGTCCCATTGTGGCTTATCCAAGGGAAAGTTTACTGCTTTTACAGCTCCCAAGGGAGAATCCATAATGGCAGGGGAAACATGGCGGGCAGCTGGAGCAGGAAGCTGAGAGATCACGTTCCCATCCATCCAGAAAACGGCAAGTGTGAACTAGACGTGGGGCTGGATGTGGGGAAGCCCGTGCAGTCCAAAAGCAGTGTGAACTGGAAGTGGGACAAGGCACTGTCCCACCAAACGCCTTCCCTGAGGGACTTGCTTCCTCCAGTAAGGATCCATAACCTCCCATAGCAACTAAACCTCTGCATAGCAACTATGCCAGAGCCTCTTGGGGACATTTCTCACTCAAGCCACCACAAAGTGTAAAGTTACCCTCAGTTCTACCCACCTAGTGGAATTGCTGCTTTGCGTTAGAATGCCATATTTATTCTTGAGAGACAGCTGTAATTTGACTTTACCATAGGTATTTTGGATAGCTGCATTTGGAGTTGATTATCTCCTTTTCAAACCAGTACAGTGAGTAGCCATGGAACTGTCTGTGCTGGGGGATGGCTCACTTGGGAAAACTCCTGCCTTACAAGCACAAAGACCCATGAGAAAATGTTGGGAGGAATAGTGTGGGCCTGCGATCCCAACACTGGAGAATCAGAGAGAGGAGGGTCCCTGGTTCGCTGGCCAGCCAGGCTACGAGGTGGATACTCTTCCTGAGGACAACACCGAAGGCTTCTGGAACCACACACACACATGTACACGTGTATGCACACAGACACACGCAAACACATGTACATATACACATACACCTAAAATTAAAGAAAGAAATGCATTCGCTATATGCTCAACATTGGTGCTTCTTAGTAAAAATGGGCTTCTTGCGTTCAGGGTTTCTCAGGGTTACTGTTTCTGGGATGAAACACCATGACCAAAAGCAGCTCGGGGAGGAAAGGGTTTATGTCAGCCATCACTGAAGGAAGTCAGGGAAGGAACTCAAGGTGGAAACCTGGAGGCAGGAGCTGAGGCAGAGACCATGGAGGGATGCTGCTTACTGGCTTGCTTCCGTTTGCTTGCTTGGCCTGCTTTCTTATAGAACCCCATACCACCAGTCTAGGATAGTCCTGCCCCACTCAGCTGGGACCTTCCCAGCAATCAGCATCCGAGAAAATGCACCACAGGCCAATCTGGTGGAGCAGCTCCTCAGCTGAGGCTCCTTCCTCCTAATGCCTCTAGCTTGGGTCAGGTTGACATAAAACTACTGAGTACACAAGAGCTTGCCCCTGCCCCTGCGGGGCTGTGTAAAGTGCCTGGCTGCCACATGCCAAGATACTCTGAGGTGCGCAGAGCAGAGAGGTGGCTTCCTGAAGGACTGATGGGCTGGGCTTCCACTGCTAGTGACACGTAGGGCCTCCCTGGTTACCAGGTGACACAGCTTAAGGTGCCCTCCAGCAGGTGTACCGAAGCACATCCGAGCAGTTGATGGAACATCAGGCGAGAGGCTGGCTCTTAGTACACACTGCGGGCCTGTGCTGAGCTTTGATGGCTACTGGCAGCTGGCAGCCACTCTCACCCACCTTGGCATTGTAAAAAGTTATACATTTGTATCAATCATATTAATGGTATCTAAGATATCATATTTATCTTCAAGTTATTGCTGGGTCAAAAATCATAACATAATGTAAAATCACTCCACTGTGAACTGTAGCAGAGGCTCATCATTGTTAAGTGTGTGGTTCAGGGTTGTGTGTCCAGTGTCCTGCAGTGATCTGCAGAACTGTCTCAGCTGACAGGACCGAAACCGAAACTCTCCCTTTTCCTCAGTCACTCCCCTCCCCTGACAATCACCAATCAGTTTTTTTATTTCTAGGAATTGAACTACTTTTGATTCCTATGAAGGTGGCCTTATGCTTATACATCGTGTGAGGGTGGGGGGCGGAGGGAGGAAGGAGAAAGAGAGAGAGAGGGAGGGAAGGAGTGGGGTGGGGGGGGGAGAGAGGGGGGTAGAAAGGGAGGGAGGGAGGAGTAGAGGAGGAGGAGGAGGACCAGGGGAAGGAAGAGGAGGGGGGGAGGACTAACTTATTTAGTGCCATGTTTCCATGGGACCTGACTGCCTTCATAAGAACTGCATACTATTCCACTGTATCACTCATCAGGGACAGTCTGGGCTGTGTCTACTCCTGGCTGTTGGGAGGAATGCTGCAGTGGGCATGGGTATTCTTTTGAATGGATGCCCAGAAGTGGAGAGGGCCCATGCTCCCTGGTATCTTTTTCTTCTCTTCTTTTGATAGTAGTTATCCTAATGAGTATAAGATCATGTCTCAACAAACATTGTTGGGAAAGTCGATTATCTATCTACCCACAAAACATGAAGCTAGACTCTTACATTGCACCAGGTTGAAAAAAAAAAAAGCCGCCTTCACATGCTTAGAGACATAGGCACGTGCCTTATTACTGTAAAGTCCGAGGAAGCAAAGGAGAAGCCTTCAGGACAGTGGAGATCTTACATATGATGCCAAAGCAAAACCAGCCGAAAGAGTCACTGCAAATGTAAATGTTTCTGTCCAGCACAGGAAACAAGTGGCTCTTTGTGTGTGTGCTCGTGTGCATGCGTGTATGTGCATGTGCGTGTGCGTGTGTATGCATGTGCATGTGCACATGTGGAGGTCAGAGCACAACTCGCAGGACTCTGTTCTCTATTCTCCTATGTGGGTCCTGGAATTGAATAGATGCTTCTACTTGCTCAGCCATCGTGCCAGCTGATGGATTCCGTTAATCATGGAAAGCTGTCAAAGTTCACCAGATAGTTTTCCTGCATTAGTTGAGATGCCATCCTCTGTCCAGTCACTTGGTGGCATGTGACACTGATTGATCTTTACGTCATCAGCTCTCCTTGCATTGCAGTGATGGGGTTTGTCAGTTCTTCATTGTAGCAAACATGATGTTGAATTTGGTTCACCCTGATCATTTTTGATTGGGTTCAAGGCATGTAATTGATATCTTATTGTATCTGAACATGATATAACGTGTAATTTTTAAAAATAGAGCTGAAATATATACACCAACATTTTCACACCAACACCCTCCATTTTAATAATTGTTTCATGTCCTTATCTAGCTAGACTGTAGTCACACTCCTAAAAAATTTGTTTGCTCAGGGACCAACGTTCGCTGCTTGTGTGTGCTCAGCTGTTAAGAGTCCAGTGTCCCTTTTAACCTATCCATTGCCATCTTCCTTTCTTGCTGTGTCTTTTTTTACCTTTATTTTATGTGCATGAGTTTTTGCCTGTATACATGTATGTGCACCACATGTATACAGTGCCCATGAAGCCCAGAAGAGGGCGGCAGACCACCTAGGACTGGAGCTACACTTCTAGATGGTCTGCCAGAGCAACAAGTGCTCTTAACCACTGAGCCTCTCTTCAGCCCTTTCTTGGGCTGCAAGTGTTTTTTAAGAAACCATGATTTGCCCTAGCTAGATCTTTCATTTTCTTCTTTTTTAAAAAAAATTCTCTTTTATTTCTGTGTGGACCAAGGGAGCAGTTTATACCTGAGCTTCAGGTCCTTCAACTACAAAGCAAAAGCAAAAGCAAAGAAGGCAGAAAAGAAGCCATCTGTAAAAAATCAAGACTGCAACATCCCAGGATGCATTTGTGGCTTATTATATTTCTCTTCCCCCCCCCCCCGTATTGTTTGTAAATTACTATTTCTAAAGGTTTGAAGAGATTTCTATTTTTAATTTTTTGCTTAGACTAAGTCAAAGGTGGTGGTAAGCTCAGCCATCAGAAGATGTAAGTGTGGGTGACTACTTTTCTGTGATGTCAGCAGTCGTAAGGAGCCTGGTCCAGAGACATTGACTGAGTAAAGATCAAAAAGTAAAGTGCCTTTCTGTCCCAGGTACCCATATAGAGACACTTAAGGGCTCAGTTGGCAGTGTTTGTCTAGGATTCAGGGAGCCCTGAGTTAGACTCTCAGAACCCTACAGATTGAGCATGGCAGCACACACCTATGCTCCCAGTATTAGGGAGGTGGAGGCAGGAGTCAGAAGTATAGTAACACCATCCTGGACTATATAAAGTTCCAGGCTAGCCTGGGTGATATCAGACCCTGTCTTAAAAGAAAAGAACAAACCAAAACAGAAAAATTCTGTCAATGAGTTGGCTACCCCTGAGATGAAGTTGACATAGGAAAGCAGGAAGAAACACTTAAAAAAATATTTTTTAATACTTCTTTCTTGAATTTTCTTGTATTAGTGTCCCTGGCCAGGAGCACTTGTAACTGGCTGATCCTTCCACGTTGGAGGTTATCATCTGCCAGCCCCAGCCACCAGCTTTTCAAATGCATCCAATCTTTAACTTTTTGCAGGTGGCTTTTCTGTCCCTGTCTGCTCCCCTGGTGTACACAGCAGGTGTGAGCTCTTGTTTGTCTCTCCCTAAAGCTCCTTCTTAAGCCACAGCTAATAGGTTTCTGAGAGG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Comments:
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: chromosome:NCBIM37:9:1:124076172:1, start 60693799: end 60693888
Found 8 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
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DESIGN COMPLETE
U-type: U1
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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