High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by mt4
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 378519
Chr: 9
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-390P13 : RP24-65D5 : RP24-550M12 : RP24-184B10 : RP24-127I8 : RP24-497I10 :
Instance: Plate 248: Well G05: BACs RP24-65D5 RP24-184B10 RP24-550M12 RP24-390P13
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 95498838 95498887 50 AAAAATTTACTGAATGTTTATTCAAATGAAGAATATAATCTTTTGTGTAA
U5 95492833 95492882 50 AGAAAACAATTTTACTGTACATTTACAACTCAACTTTTGACTGCAATATA
U3 95492719 95492768 50 TATGATGAGAACTTATCAAAATAGACACACCAATTCCTAATTCTTAAAAG
D5 95491742 95491791 50 CCAGACAGAAAATAAGCATCTGAACTAAATCTATACATTACAAACAGATA
D3 95491652 95491701 50 AAAGGAAAGTCAACATAAACCACTACTTACGCTTCTGCTCTTAATAGATT
G3 95488709 95488758 50 TATATTTAGATCAGTAATAATAAAGAAAAACATGTACCTTTCTGTTGGGA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 95392121 95392160 40 TGATGACACCTAACTTGAACCCCACTGAATAAACAGGATT
15_E_15 95377071 95408301 31231 AGAAAATCCAGAAAGAGAAGAGCAGGTACAAAGAGCAGTGGAAGAGAAACACTGCACTGAAGAAACTGAAACAAAGAGTCTGAGAAGAGGGTAGAAGAGTAGCTGTCCCTTCACCAACTGCTGAGGGAGAGGAGAGCCAGAACATCCTGGAAGGAAGTGAAATGACACTGGAGAAGAGCAGAATCAGATGTGTGATGCACAGAGCACAGCTCCCTGCCTTCCAAAAGCAATTTACCTCAACCTCACCAAATGATATGGGAGTCAAGAGCCCACAAAAGCAAGACTCGGTAAGACTCCTCTACTACAGAAGCCCCAAAGGATAGACAGGCTGCAACATAGTAACATGAGAAAGATGAAAAAAAGCCCTCTACTAGGAAACTGAAAGATACTGATACAGGTTAGAAGTCAGAAGAAAGTAAGCCAGGCTGAGCTCTCAGGTTCAGTCATGTTGGTACAAGCAGTCACTGTACCTTTAACTTGATGAGACTTACTTGCAGTAAGTTTATCAAGGCCCCCTTGTTAGTTGAGGGGTTTCTGTGTATTATTTGTTTTCTAATATATCATAAATCTTTTCAAGTTACTAAAAACAAAACAAAAACAGCCACTATCCCATAAGAACACATTGAAAATCCCTGTCTTATGTAACACTGACTCTTGTATTATTTAATGGTAAACAGGTATTTTTCATAAAGAAATATATGTAATATTCCCCCTCCCCCAGAAAAATATTTAAGTACAGAATACCTACCTCTGTTTCCTTTTCTTCAATGATATTTACAAGTCCTAAGAAAATATTCTGAAGTTTGATCAAAAATGGTTCTGGATAAATTGCCCAATCTTCCCATGCTCTGAAGCAGGTCATTACCCGTTGCTAAGTTAATAGAAAACAGACAGTAAATGTCAAGTCCAAACTTGAGTTCATGGGAATACCATTGTTATTGCGAATTTCCCTTTAAGTTGCTAGATCATTTTTTCAAATTAAAAAAATTAACTACATATACCATTCCTGATTTTTTAAATCAATTCAATGCTATCTTCCAAGTAAACATAAATGCTGGGGGGAAAAAAAACTTGGATTATTTTTAATTAAGGTCAACTCTCATGTATATATGAGTCATATCTTGAAAAACAATCTCACAGTACCTTCTGACCACTAGAAACCAAAGCAATCAAGCTTTACTCTCAATCCATTATGATCCAATGAAGCACTTCCCGGTCCTGAATCTTCCCCACAGTAGTATATTCATTTATTCAATTGCTACCTTGGGCTTTAACTGGCTCTGTCCTAACACTGGTTTATAACCTAAGGTTCTCTGTCTTTCCTTTCTTTTTTTTGTTTTTGTTTTTTTTTTTTCTTTTCTTTTTTTTGGTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAACAGCTCTGGGTTTCCTGGACTCTTTCGCTTTGTAGACCAGGGGGGCCTGAACTCAGAGAGATCCATCTGCCTCTGCCTCCCCAGTGTTGAGATTAAAGGTGTGCACTACCACGCCCAGTCGCATAGTCTTTCATTTAAGAGGTTACTAAAATGAAAAATAAAAACTGAACAGGCTTTTTTTCCCCTGAAAACAGCACATTAAAATTATTAATAACCTGTCTTGAATGTGTATTTACAATCTAAACAAGAGCAGTGACCAGCACTCCTCACCCTCCTAAAATTTTGAATCTTCCACCACACAACCCCAGAAAACTCTGAAGATCAAATTTTCGAGTCCTTATCAAGGCCATTCTTCAGGCACCTCTGTGCTCCAGCACTGTTGAGCAGGTCATGGGTTCCCATCTGCAAACACCCACTGCACCTCAACACAGCTGGACAGGACTGTGTCGTCAGTGGCACTGTCTTCATAATGACACACTCACACTGGGGTCCATAGGGCCTTCCTCCTCTGGTGGCATCTTGTGGTAGACAGCCACTCCGTTACTCAGTCTTCCCAAAGCACCAGGCCCTCCTGGGAGACGTGGCTGACTGCTGTCCTCCACGCTCAGTTTCAGATCCGCACACAAGCTCAAGCATGGTAGGTCCCTCAGCAGGCCCAGGGTTAAATGGCACCCCCAGGCCTTATGCCACAGCATGTGAGGCCACACATCACAACCACCTGCCATACTAGAGCCACCAATGCCCTGAAGATACTTTCTAAACAACCATAAATAACTAAAATATATGTTCCTAATCCAGACAAATTTAATATACTATTATAAAACAAATAAATAGTCTTCAGGATGTGAAGAGGGGGAAAAAAAAACCCAGTATTAAAATATTTAAGTAAGGCATGAGGACCTGAGTTCAGCTCTCAGCACCTGTATCAGTTGGCTCATAAAATTTCCTGTAACTCCAACTCCAGGGGAATCCTATGCCTCTGGCCTAGGGAAGCACCTGCACTCCACATGCATACACCCACAAAGAGATACATATATATATAACTAAAATTAATTATTCATTAAAGAAATTTTAAATAAAAATATTTAAATAACATAAAACTAAAAGCTACCTGACAATACAGAATTTAAAAACCTAAAGAATCACTACTCTTTTACAGCCCTCTAATGCCCTCCTCCACTTCAGAGGTCAGGGCAGAAACAACAAAAGATACCTACCTTAAAGTTTTCAGATTGTAAATGGCCTTGAATTGTACGATAAGTAGCATTGAGGTCTGAAAATATCTGGCATAGCTTTGTTTCAAAACTGAAATTCAAACAATACATTAAGACACAATTTATTTTAAAAAAAAAATCACAGTCTCTTCAACCCACTGGCCAATGAAAACCTTTCCTGTTCTTATAACGCAAATTAAGAAATTCAAAATATCAGTGTCCTTCTTTAGCAGGCAACTTTATATTTAGGATGAATTTAGCAATCTGGCCCTTTGTGTCATATTAAAAAAAAATTTTAAAGGTAAATGATGTACATAAGGCAAAAAAAGTATTAACAATAAAAGTAGGGCTCTCCTAAAACCATTCACATACACACACAGACAGACACATATATGCAGCCTGAGCTATCCCAGGACTTTGCTATGTAGCCAAGGATAACCTTGAACTCACCTTCCCACCACACCTGATTTTGTGCAGTGCAGAGGATCAAACCCAAGAGCTTTTACACACTAGACAGTACTCTACCAACTGAACTCCACCTATACCTACATCATGACTTATTTTTTCAAAGATCACCTGGATGCTGTATAGAGAACAAACCAGGGTGTAGAAGAGGGAAAACCAGTTAGATTACTACTGTAACTCAAGCCAGACAATGGCAGTATGGGCCAGCAAGCCAGGAAAGTGGTGCTAGTTTGCTTCTCTAGATATAAAATATATTTATATCAATAAGAAGTGTTATAGATAAAGAGAGAGGAACCAGACAGACTGAAATGCCAATCAGTCCTCAGTAGCTTTCTCACTATGTAGCTTAGCTAGAATGGCCTTGAGCTACTGATCTCCCGGCCAGGATCACAGAGTGAACCCCACACCTGTTTTTGAGTGCTGCTGGATCAAACCCAGGGCTTCTCCATGCCAGGAAAATACTCAAACAACTGGGTTACAATTCCCAGCTCAGGTCACAAATCTGATTTCCTTTTGGAGTCAATTCCTTTCCCAGAGCCCGATTATTTAACAAGCACAGAAGGGGAGCTGCGTGGAACTGAGGATTTGTACAGGAATTATGATGTCCACTACAACTCCCTCCTGCTGTAGCCAACAAGAACAAGAAAAATCAATGACCAGGGCTGGAGAGACAGCTGTTTAGAGCACCGGGGTCATTCAGCTCCCAGTACTACCATGACAGATCATAGATACAATTCCAGGGGATCTGACACCTTCTAACCTACATGGGTACCAGGTATATATGTGCATACATAATATATGCAGGCATAGCACTCATATGGAAAAATAAAAATAAATCTTTTTTTTAATTAATACAATAATTATCAAAAGAAAACAATGTTAAACCTTTGGTTTTTTTTCTTTTTCCATGCCATTATTTTTAATACTATTTATGCTTATTATAAAGTAGCTAAATGGGCAAAATAATGTAGTTTTCAATTTTTTAAACTCTACCTATTAGTTCTACTGTAAATATTTAAGAAATAAAATATAAAGCATGGTGGTTCATACTAAAATCCTGCACCTGCAAGGTTAGGGTAAAAAGACTGCCACAAAACCAAAAAAAGAAAAATAAAGAAAAAGAAAAAGTCGGGCAGTGGTGGCACACGCCTTTAATCCCAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTTCAGGACAGTCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACAAAACAAAACAAACAAACAAACAAACAAACAAAAAGACTGCCACAAGTTCAAAGTCAGTCTGGGCTGCACACTAAGTTCTAAGCAATCTGGGCTAAAGTAAGACTTTTAGCTCAATAAAACAAACAAACAAACAATGGTCAGCTACACAGCTCACTTGCTGTCAAGGTGAACAACTTGAGTTCAATCCCTGGGCCCCATGTGGTGAAAGGAAAGACTCAACCCCTACCCTACAAGTTGTCCTCTGTAGGTCATGTTCCACATTCACACATACATACACACAAGTGTCATTAAAAAGAAAAACTGAAAAAAGGCTTACATTGGTTTAGTTCAATAAACCTTGAGCTTATGTGTTTAAGAGTTCTACTAAATGAGTAGATTAAAATAATCTTTAAACCGTTTTCTTTATTATTACTATTGTGGGGCTGGGGTTTGAAGTCAGGTTAGAAGACAACTTTATGGAGTCATTTATTCCCTTCCCCCTTTATAGATCAAAATCACAGGCTAGCACAGCAAGCACCTGAACCCAGAGCCATCTCAACGACCCCTAAAATTATTTCCTATTAATGAAGAATGCTAACAGAGCAACCCTCTTTTTTGGTCTCCTCATCCTTAAATACATTACTTCAAGAGTATCAGCTCATATCTTATACTTA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Created
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Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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