High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
3' retrieval block size
 
     
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by rm7
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
mqt 20-JAN-12 10.22.32.552670
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 377986
Chr: 10
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-89A15 : RP24-97F24 : RP24-219H3 : RP24-494K18 : RP24-296J2 : RP24-196P11 : RP24-276E13 : RP24-219C11 : RP24-158P6 : RP24-395G12 :
Instance: Plate 254: Well D03: BACs RP24-89A15 RP24-494K18 RP24-97F24 RP24-219H3
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 23943749 23943798 50 ATGCAGTGTCAATACTCCTGAAAACTTAAGCATCTATTCTTTAAAATGAG
U5 23949790 23949839 50 TCCTGCTGGGTTTTGTCATCATGCCTTACAGTATGGTGAGATCAGTGGAG
U3 23949840 23949889 50 AGCTGCTGGTATTTCGGAGACAGCTTTTGCAAATTCCACGCGAGCTTCGA
D5 23950672 23950721 50 CAAACCAAAACGATAATAAATAAGAACTGAATACAGAAAGTGAAAGACAT
D3 23950722 23950771 50 TATTTTGACCCTTAGCAAAGCAGGGGTGGTGGTTTAAATGAGAATGGTCC
G3 23955056 23955105 50 GGTAATGTTTGTTTTACTTTAGTTTTGCCATTTATGTCCTCTAATAGACA
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 23654596 23685577 30982 TCACTTTAGGAAGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAAGAGGTCTTGCTCTCTTATGTATGAGGACAGTGTGAGGCTCTGATAGCTAAGGCAACATGGCATTTATCCATTATTGAATAAGATGGTAAATGAAATTAGAGAGCTCAGAAATATATATGAGCTTTGATGTTCTGCAGATCTGCATGCCAGGACTATGGAGAAAAGTCAGGTCATTCAGTAGAGAGAAGTGGATAAAGAAGATTTATAAGAAAAAATTGAATTGCAACCTTATTTTGTCATAAACATCCTATATAAACCAGTATAGCCATTTGGAATACAGTCCTAATTAGCTTCGGCTGTCAACTTGACACAGTCCAGAGTCATCTGAAGTAGTCTCAGTTAGGGTGGGGTTGCCTAGATCAGGTGGCCTGCGAGCATTTTTGTAGTGACTGTTCATTGATTGGTATTAGGTGGTCCAGCCCACTGTGGGTGGTGCCTTCAGTAATAAGGTTGACTGTTGATTGGGGTTAGATGGCCCAGCCCACTGTGGGCGGTGCCTTCCCTAGGCATGTGGGCCTGGGCTCCATAAGAAGGGTAACTGAGCACAGGCCTGGAATGAGCCAGTAAGCAGCATTCTTCCAGGGCCACTGCTTCAGTTTCTGCCTGCACGTTCCTGCCCTGAGTTCTTGACCTGACTTATCTCACAGACAGACTCTAATCTGGAAGTGAAAGCTTAAATAAACCCCTTTCTCCTCAAAGTTGATTTTGGCTATAGTATTTGCCATGGGCATAGAAAGCAAACTAGAACAAATACTATTTGTTTTTATATTGTGCAAGATGAGTATCCACATTCTTTCTGTCTTTGCCATTGCTTTTCCATGTGTATTTATGAAAAAACAAACAAAAAACAACAATAGGAACAGGTGCTACAGCAGACTTCCCTAGAGTGTACTAGAAAGCATGGTTCATATTAGCAAAAGAATTGGAAATAATTCAAATGACAATTAATAAGAGAACAGATTTATTATATAGTAATAAAGTGAATGAATTACAGATAAAAATAAGAGATAAAGAAATAAGGGGAAATTTTTCAACAGACAGCAAAACTCATTTATAAGGAGTTCTAAAAACAAGACGAATTATATGCTTAGTATTTTTTTCACTTACTTAATAAGAATGATTATTATAAAATTGATGGAGTATTTGCCTGAGGTTATAAGCATACAGATATATGGAAGCAGTGTTACTTCATGTATTAAACACAACCAAGGGTGTTTATTATGCAGCTAACAAATAAGTAAGATGTGTGTCACAATTAATTGCAATTAATTTGAATTCTATATTCTTGTAAACATTTATGTTAGTAATTTACCTCTAGCTTAAGTTACAAAATGTGCCCACATCTTCTTGCAGAATTCATGTTTGCATTTTCCTTTACTCCCTCTCTTTTGGTTATAATCCCTGGGAACTAAATCCAAGCATTCAGATTTCCTAGGCTGCCTGAGGTGTTAAGAACAGACAGTCACTCACCCTGAGAGGGCAGATTCACCTTCCGCTGTGTATAGATGCTCAAACTTGGGCTATGAGGCTTGGGGTGGGGGAGGCTCTGCTTCCTAGCGGTATAGCGAGTTGGGGTCCATTGCGTTTATGGTCAGCTCAGTGATGTTCTTTGTAAGTCTTGATCTGAGTGTCTCGTGTATTAGATGTGGAGGTTCAGAAGAGTCTCCTTGGGACGTGCATGTATTGGGGTTCAGCCACATTACTGTCAAGTTTTTTTTTTTTAAAGATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACAGCACCAGAAGAGGGCATCAGATCTCATTACGGGTGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTTCGGACCTTTGGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTACCCACTGAGCCATCTCACCAGCCCCTACTGTCAAGTTTTGATGCTGACTCTGCTTCATTCTTCCTTTTAGCCCCTGTCAAGATCTATCTACTCAAGAAAGCTCTAGCGTCCGAGATAGAATGACACATAACTGCAATCTGTTTGTGGAAGATACAAGGTCCGTCAGTAAGTGCTTGAAGTTGCAGATAGTACCAAATCCTATATACACTTGGATTTTCTCTGCATTTGCACCTCTGTGATAAACTTTAACACAATTAGGCACGACAAAATTTTAATGATAGAACAATTATAAAAAAAAAAAACTATGTGGCTTCTCTTTTTAAAATTTACTACATTCTACACACTACATCACAAGCACGCTTTATAATGGTGTGAGGTCATGCACGGTGAGATCAAAGAAGACAGATTGTGTGGCACTGTAGTTCAGCACTGGGTACTGTATCTTGGTTATGAGAGGTAATTGAACAAAAGCACCAGGATACTTCAACAGCAGCCTTGATAGCTGAAGTAGTTACCAAGGGACTACCAGACGCTACTACACTCCTGTGTAACTAACAGAGATGATGGTGGTGGTGGTGACAATGACAATGATGATGGTTATGATGATGACGACGATGGAGATAATAAAAATCATTTTTATTGCTGGAGATCTATCACTGAGCTATATCCTGTCCTCTAAGAATACTTGCATAATTCCTTACAGAGCCAAGAAAGATATTGGAAACTCTTGAGTAGAAATGCTGTCGGCTACATATTAAAAATTAATTCCTAACTTCATAATCATTTGGGTTGATATGTGTATTTAGAATGTTTCTTTAAAAATATAAATTTTCTGATTATGTTGTAATAAGCTTGCATTGCTCAGAATTTCTAAATGGGTGATGTTTTTTTTTTAATCTTTCTCCCTTATGGAAAGCTATCAAGAAAGGTCAAATCAAGTCACTTATATATTTTGTAGGGACCAGAGAAGTGAAAATGCAGAGTACCTTGCTAAAATCTCACTAAGATCTTCCAGAGGGAGACAGAAAATCAGTGAGTCCTCTAAAGCCCTTCAAAGCTCAGTTTACCCACGTGGCTATCCGAGTTTAATGATCCAAAGTCGTTACCACAATAGCCAAGGTCACTGACAACAGGCATAGCTAAACCCCAAGCAGGAACCTGGTGTCATATAACGACCAGTGTATCCTAGCAGAGGAAAATAAACTTTCTCATATCAAAAGAAGAAGAATAAAACTACAGGCATCTGTGATTAGATGTAAACAGATTTAAAGACATGATATCTGAGAGGATGTGAGCGCCTTCGTGGAGTTACTTAAGGCAGTGATAACCGTGTAACTCCTGCAGGGTTAGGAGCACTGAGCTGCACCCTAGCCAAATACAGGAAAACGGTGGATGAGAAAATCCCGTGAGTATAAAATGTGATATAAAGTATGGACTGTGCTTCTTCATTCTGGTCATCCTAAAGTGGCAGGGGACACCTATCTAGTCTACATCTCTCCATGAATTCTAACTTTATGTAATCAGAATTGAGAGCCTCCGATAACTGAAGGAGTTCCATTAACTATTACAGCCTTTACAGGCTAGCTGTTTTAGAGCATTCAGTGTGCCGGGGGTAATGAAAACAAAAGCAAGCAGAGATTCCTAAAAGGACAGAGGGGTAGTCAGGGTCACTTAAGCTGTTAAACTTCAGAATGACCAGGGCCCTCCCCTTCTCCCCAGCACACATCCAATGCCCTTGAGACCAATTGTTAAATTATAAAGCAGCACAGTTAACATAGCTCATGTCTTACAGTTCAGCGTTAGCATTCACAGGGAGCGGAGAAGAGACAGCTTCTTCCACAAAGCAGTCACGATGGCATCTTTTGAAGCCCAGCAGGTACATGGAGACGGGATGTGAAGGGAAAGATCTGTGTTTTCTCTTCTTCGAGTGTTAAGTAAAATGCCTCCACTACTGTAAAGCAGTGAGATTGTTTGTCCTTGTTTGCTTTTTGTCACATGCAGAGAGAATAAGCAAGATTACAGATGGTTAGAGAGTCAGTCAGGGCTTACTGTAAATTTGCAGTTAAAGGCAGCTCAGTTAAAATGTGGAAACAAAAGAATTTACTACCTTTTGACAACATGTCTCGTTTTCTGAGATGAATATTTACAACCCCAGAAAAGAGTGGGGGTTTTTCATGAGGACCCACTGATGTGTTTGGTACAGGTGTCCCCCTAGGTGAGGCAGAGGGACCTCAGGAGCAGAATTTGTGATCATTGTGAATCCCCACTTCACAAAAGAAAGACAAGGGGAACAGCATAGTAAACCTGAAGGGAATGTGATTGCTTCATTTTAAAGTCACTTCACTTAGAAAATAGAGTTGTCGGGAGGAGGGGTGGGGGATCTGTCTGCTTGTCTGTCTGTCTGCCTGGCTATCTATTATCATCTTGTATCTATACTATCTGCATCTCGGTCCCTTCCTGTGGCTTTTATTTTTTTTTTAATTACTGTACTAATAGAAACTCGTACTTTTAGGTACTAAAAATAAGTATAGTTTGAGAACTGATTATATATACTTTAAATATGTATGGGGAAAAGATTTTAGTGAAAGTATCCCAAGGTAGGGATGATCATGGGAGAGGAGGCAGGAAGAGGAGGTGGGAAGATTTTAAGAGTAAGAGGTCCAGACATGGCAGAGACACTCCATGCATGGATTCAAACTTCTTGCATGTACAAGATGAAGTTGGACAAAACTTCAACATGGATGGAGGGACTTCCTGGGCCCTAGTTGATGGCCCTGAATCTATGTACAGACTGGCAGTGCCATGTGGGTTCAGAAGGTTAAAGCCAGAGAGAGTACACAAGGTTGGGAGGAGTTGGTAGGGAGGGGAAGGGAGAGGGTGGAGGTGAAGGGCAGGGGGATGGGCTTGATCAAAACACATTACATGCAGGTAAGAAAGTTTCCAACAAGTGAACAAAAATTGCCCGTCTAGGCTGGGCATTGTGGTGCACACGTATAATCCCAACACTCCAGAAATGGAGGCAGAAGGATCAAGAGTTCAAGGCCAACCTGGGTCATATGAGTCCTTATCT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Comments:
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attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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finished running aos
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inserted results of aos runs
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Entered all non-repetitive oligos
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DESIGN COMPLETE - All Us And Ds ACCEPTED
D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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