High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by mt4
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 376835
Chr: 10
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-576A6 : RP24-145K14 : RP24-165E13 : RP24-549B21 : RP24-158P6 : RP24-276N3 : RP24-219D17 : RP24-321C19 : RP24-541M8 :
Instance: Plate 248: Well B02: BACs RP24-165E13 RP24-549B21 RP24-576A6 RP24-145K14
Instance: Plate 265: Well E07: BACs RP24-165E13 RP24-549B21 RP24-576A6 RP24-145K14
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 23800267 23800316 50 TTCTAGGTCCACAGCCCACTGACAACTTCTCAAAGCTCTTAAACTGCCTG
U5 23805510 23805559 50 TAGAATAACCATCTTGGAAACCAGTTATGCCAACAAAAAAGGGATAGCTA
U3 23805573 23805622 50 TGAAATATAACAAAAATTCAAAACGGTAATTTCCTATCAAAAAGTGTGAC
D5 23807139 23807188 50 GTGCACATAGCTTTCCTCTACTTTAGAAGTTATCTCTCATGGCTCAAGAG
D3 23807219 23807268 50 TAGGAGGCCTCAGGTTGTCTTGAAATTCTCAGAGCACTTCTGTCTTGTCT
G3 23809471 23809520 50 CTAGTTATAAAACCCATCCATTCTCTCTTTACTGGCTGTGTACACTTACA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 23526995 23527024 30 AGACCTTGTGCTACTTTCCCCAGATTCATG
15_E_15 23510316 23542074 31759 GATGATAATAGAAATGTTGTTAGTATTTCCTAAATACCACCTAATATACTAACTTCGTAGTATTTCCTAAATACTACCTAACATACTAACTTCTTGTCTTATCCCTTCTCTGGAGACCCTGTGCTGTTTAGTTTTAAATGTTAATGTACTACAGCTTAGAATCACCCAAGAAGAAAGGCTTGATTGAAAAATTGCCTGGATTAGGTTGGCTTCTGGGAGATTTTCTTGGTTGTTAATTGACGTGGGAAGCCCAGCCCACTGTGGGTAGCAAAATTCCCTGCACAGGTTTCCTGAACTGTATAAGATGGGAGAGAGCTGGGTGAGGTAAGACCCAGCATGAGTGCAAACAGTCTCTGTTCCTGACTATGAGCAGTGCTATTGGGTATGAATGCCTGCCTTGGTTCCCTTCAGTGATGGACTGAAACCTGGAATTGTAAACAACATAAAGCCCTCTCTCCTGAAGTTGCTTTTAGTCAACAAAAATGAAACTTGAGCAGGACCCTACACGATAATGCTAGTATTAGCTCTTGTTAAGTAATGTGAATGTGTCATGATAGAGTGTATGATTCCAGTACACCATATATTGAGGCAGGAGAACCATGAGTTGAAGTCCAGTTTTAGCCACTGCAATTAGGCAGAGAAAGAGAGCAGAAATCAAGATTTCTGAATCATCTAAATATAGGTGTGGTTTGCTAGGGCAGGTGTAACACACACACACACACACACACTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAACCAAAACATACCTGTAATGTCTGAAGACCCAGAAATGCATTACCTTATACTCTGGCTAGCTTCATGCCCGGTTCGTAGCTCCTGGACTTTGTGAGTCTGGTTTCTGGATTAACTTAGCATAGACCCAATCCTCCTCACCTGACACTCTTCCTTGTATCTTTGTGTCCAAGTTTTTCTTCTTGTAAAGATATCAGTCAGATTAGGAGGTTCACCTTGCTTCAGGTGACCTCATCTTAACTAAGTATAAAGCATTATTCCAAATAATGGGGTGTCTGAAGTGCCTAGGATCAGGGCTTTAATTGTGAATTTTGAGAGAACACACAGTACTGGTTTTGGGTCAGCTTGACACAAGCTAACGTCATCTGAGAGGAAGGAGCCTCAGTTGAGGAAATGCCCCCATGAGATCCAGTTGTAAGGCATTTTCTCATTTAGTGATCAAGGGGGGAGGGACCAGCATATTGTGGGTGGTGCCAGCCCTGGCCTGGTGGTTCTGTGTTCTATGAGAAAGCAAGCTGAGCAAGTCATGGGCAGCACCAATCCAAGGTCTCTGCATCATGCCTCTAGCATTTTGCCCTACTTGAGTTCCTTAGCTGAAACCCTCCAAGGATGGACTTTGATCTGGAAGTGTAAGTGGAATTAACCCTTTCCTCCCCGACTTGCCTCTGGCCTTGGTGTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGTGTGTGTGTTTTTGAAACAGGGTTTCTCTGTGTCGTCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAGAGGCGTGCGCCACCACGCCCAGCTGGCCTTGGTGTTTTTGTCAAAGCAATAGATACTCTAAGTAAGATACACAGTTCAACTTCTATCAGTGTCAAAAAAGGAAGGGCTATAAAATAGATTAAGCAGAAGGATCTTTGATTTGGACTACAGACACACACACACACTTCCGTGACTAGAAGTATTTTCTGTGTAAGTGTGAGAGACTGAGTTTGAATCCTCAGAATTCTTGTAAAAGCCTGACACATACCGTAGATGCATGCAAGCCTGTCTTTTTGTGGGCAGGTAGGAAATGAGTGAGAGAGTTGGGAATCCCCAGCAGCTGAAGGGCCAGATGGTTGGTCCAGCAAAAAGCAGTGGGAACAAGAAAATGAGGATGTCTCTAATACAAGATGGTAGATGAGCACCACCTCCAGAGGCAATTATACTGCAGAGCAGGGCAACCTGAAATCACACATATGCGCGCACGCACGCACGCACGCACACACGCACGCACACACGCACGCACACACGCACGCATGGGGGTGGGGGAGGGGAGAGAGAGAGAGAACTAGTTTTTGAAGTTAAAAATAAGTAAAAAAAAAAATACATAAATAAACAGTTAGTAATGGTGCACACCTTTAATACCAGCACAGTCAGGAAGGAAGGAAGCATCTCTATGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAGGGCTACAGAGAGAAACCCTGTCTCAAAAACACCAGCAAATAAAAGGTTAAAAACTATTTTCAAAACATTGAAAAAGAAAATAGAGCTGGGTAGTGAAGCTAGGATAAGGTGCAAAAACAATGTTGTTATCTTTGGCCCATCTCAGAGGAGCTAGGATCCCGGCCCACTTTGTAGGCAGTCTTCCGCAGGTTATTCATAGTTCAGTGAAGATGCTACTAACACTGTCATATTGTGAAGATTAAATGAGTGGTGGCTTAAAATGCTTATTTACCTTGTGCAAAGATGTGTGGAAAGGGCTGGGAAACTGCTCTGAGGCAGAATGCTTGCACAGGGGGCTTGCATGAGGTCCTGCTTTGTATTGCTTAGCACCAAATAAAACTGGGAGTTATCTCAGCACTCAAAAGACAGAGGCAGTGTTGTCAGAAGTTGAAGGGCGTCCTCAGCTACATAGCAAGTTTCAGGCCAGCTTGAGTAGCACGAGACCTTGTATCCATGACAACAGAAGAATTTTAACGATCTAAAATGTGATGATAATTTGAATTATCAAATCAATGGGAAGTAGGTCTTCCCATCACTAACTGTACTTAAGACTGGAACTGAACTCAGTCCTGAGCCACGCGTGTTGACGCACACCTGGAATTCAGAACGTGGGAAGTCAAGGCAAGAGGATCAACTAGATCTAGGGGACAAAGCAAGTTTGCAAACAGCTTAGACCCTTTCTCAAGCAGACAACAAACAACAAAATCCCGGCCCTCAGTTATTTCAACAGTGAAATGGTAAGGAATTAAATGATCCGTCCTTACGGGCTTTCTTGGATCAGTTAGTTTTGCCTTATCTATTTCTTGGATCAGTTAGTTTTGCCTTATCTATTTCTTGGATCAGTTAGTTTTGCCTTGTCTATCGAGCGCTGCGGGTCTGTACTGTGCTATTTGCTATCACTGTTCTGGTTTCTAGTAGCTGTCACTGGTGCTAGCCTTCTTCTGTGTCCAGGTAGCAGAAGGTCTCTGCATTTGCAAATGGCAGGCTTTCTACTTTCAACGCTAGGAAAAGAAAGTGTGATCCTTGTAGGAAATGTGAAAAATGCTCTCCTAGGCACATAATTAAGCTAGTAAAAACAACAGATAAAGAGAATAAAAAAAGAACAGACCAAGTAGGAGGAGACATTACATACAAGAGATTACTAAAGCAAACACAAAATTCCATTAATTTCTTTGAAGAAATGAAAGGAGAATGACACTAAGCCCACATTTTGCAAGGGCCAAGAGATAACTTCCGACACATATTTCTATACTTAATAAAAACCCTTAAAAATAACCCAGAGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCACCCGACTGCTCTTCCGAAGGTCATGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTCGTAACGAGATCTAACTCCCTCTTCTGGAGTGTCTGAAAACAGCTACAGTGTACTTACATATAATAAATAAATCTCTAAAAAAAAAAAAAAAGATAAAAAAAAATAACCCAGAAAGAAAGAAAACAAAAAGCGTTCACCACCAGATGGCTGATGCTTTATAGTGACTCATATGTAACATCAGAGGGAAAACCTCATGTGGATGAGAAATGGCACGGGAAGGGAAACTCAGATGTTGCAGAATGAAGAACCTCAGAAATGGCAAATATGAGAAGACATGTACAAAGCTGGTTTTCCTCTTAGTTAAGGAAATGCATGGGACTGGAGAGGGCTCATTGGTTAAAAACAGTGGCTTCTCTTTGAGAGGATCCAGGTTCAATTCCCAGCACCCACGTGGCAGCTCACAAGTGTCTGTAAGTCCAACTCTCGGGGATCAGACACCCTCACACAGACACACATGCAGCAAGACAAACTTACAACTGAGGGGCGATTCTTTGATTTGATTGATAGGTTTAGCCATGAGATATATGTCTCTTCCCATAATTTATCTAATTTTATTTATTTATTTTATATATATTTTATATGTATTTGCCACTATGTGTGTCTGTGTACCAAGTGCATGCAGAGACTAGAAGGGTCAGATCCCCCTGAAACTGTAGTTACAGCTGGTTGTAAGTCCTCTAGAAGAACAGCCAGTGCTCTTAACCACTAAACCATCTCTCCAGTCCAATGTATATATTTCAGTCAGGTACACCCTATTATGCAGAGGCATAAAGTGGTAAATAGGAAATTCCCCCCCTAAAGTTCTTTTGAGAACACAAGTTTGCCTAATTGTGCATGTATTCCAAACTATTCCTGGCTCAGGCCTTTACATAAACTGAGTATAGAAGAATAGAATCTGTCTAAGTTTGATGGCAAGGAAGGCAAGAAGAAACTTGCGCCATTGTTGGAAGAGGAGCATGTGTGCAGCTTAGTGAACATGGAGGTCCCAAGTTCACAAAATAATGTCAGGTATATCATTCAAAGAGCTGTGTGTGTAAAGTCCAAGCCAAGTTAAGCCTTGGGCTGCCGAGCTAGGAATGCTTTATTAAATTCTTAGTTAAATGAGCAAAATCTTGGAGTCATTTGGTCCAGTCCCCAAGAATCAGTAATACACAGACACAACACAGGAATACAAGTTTTAATAGTTTTAATTGCATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTTGGGGGGAAGGGCACAAGTGTCCCAGTGCTCGCTCGTGTGCAAGTTGAAGGACAGTGTGCAG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Comments:
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: chromosome:NCBIM37:10:1:129993255:1, start 23525698: end 23525846
Found 9 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
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DESIGN COMPLETE
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Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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