High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by mt4
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 376763
Chr: 2
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-234B20 : RP24-556I7 : RP24-353J19 : RP24-470E13 : RP24-488A1 : RP24-531O17 : RP24-171H9 : RP24-94A11 : RP24-93B12 : RP24-425B11 :
Instance: Plate 248: Well H01: BACs RP24-353J19 RP24-470E13 RP24-234B20 RP24-556I7
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 105372541 105372590 50 TCACTCTGTCATAACAAGACTCATACACGCTTGATAGAAAACTAATTACT
U5 105376935 105376984 50 CGGGAAATTAGAAAGTGTACAGCGTCTCCCTGGGTGACGCTGGTGGGCAA
U3 105377044 105377093 50 TTTTGTTGCTCCATCTCCAATGAACAATTTTAGAGTGAATCCTATACCCA
D5 105379833 105379882 50 ATGGCCCCACCTATTGCTGGGGAACACCTAAAGAGCTGACACTATTATCA
D3 105379888 105379937 50 TTCCAGATGAGAGTGGTGAGCCTCTAAAGATGGCAGTGGGAAACACTAGA
G3 105383811 105383860 50 TAACAGTTATGTCCCCTGGCGAAGGTTTTCTTTCTTTAAATAGTGTTAAA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 105220040 105220044 5 CTGGT
15_E_15 105202092 105235094 33003 TGATTGATTAACTATTAACTTGAATTCCTTAATTATCCTAAACAGTTTGCAATAGCAGCTTTCAAAGATGAATTGCATAGGTTCAATACCTTAAAAAAGTATTGAGGGCCGGTGAGATGGCTCAGCAGGTAAGAGCACTGACTGCTCCTCCAAAGGTCCTGAGTTCAATCCCAGCAGCCACACAGTGGCTCACAACCACTCGTCCATTGGTGGCCCTGTGTTCCATCCTATAGATGACTGTGAGCATCCACTTCTGTGTTTTCCAGGCACTGGCATAGCCTCACAAGAGACAGCTATATCAGGGTCCTTTCAGCAAAATCTTGTTGGCATATTCAATAGGGTCTGCATTTGGTGGCTGATTATGGGATGGACCCCTATCACAACCACTCATAATGAGATCTGACTTCATCTTCTGGTGTGTCTGAAGTCAGCTACAGTGTACTTATATATAATAATAAATAAATCTTTGGGCCAGAGCAAGCAGGGACTGAGCAAGTAGGGCCTACCGGAGTGAGCAGAGGTCCTAAAAATTCAATTCCCAAAACCACATGAAGGCTCACAAACATCTGTACAGCTACACTGTACTCACATACATAAAATAAATAAATAAATCTTTTTTTAAAAAAAATACTGAAACATAATGTATGTACGGAATGTTCAGTGTGCACAATTCAATTAAAGATGTTTTCCTATTCTCTGTTCCAGCAGGCAACACATCTGTTTTTCTTTATAAATTAATTGGGATTGTGCAACTAAACTGTAATATAAATTTCTATCTATGCCATTTGAAAGAATGGCATGATAAGTCTTGAGGATTCTGTGGCCAACAAGATTGATTTGCTATGTATAGCTAAAGCTCTGGCTGGAGACAAAGCTGTGCCCATATAGGGTGGATCCACATATATTTTACCTGAGGTGGTGGTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCTTCCTCTTCCTCTTCCTCTTCCTCTTCCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTTTCTTCTCTACTTTCTTCTTGTCTGCAGTCAAGATCTTCAGGGGGTATCCCTCAGTCAAAACTGATTTTTATTAATTTTGTAGAATCCATAGTTTTTCTTGTCCTATTGAAATAGGAGCATATTCTCTTCCCCAGAGCAACGCATTTCCTGGCTTCCATTCACATTTATATTTATCACAACAAAATTCGGCAGTCATTTCTAAAATCCAGTGCATTTCAGCACCTGTGTTGTCTCATTGGCATTTCTAAAAATTAAAGTCAATTAAGCATTATTTAAAAAAAATCATTGGAAAAAAATCATTGGGAGATTCCATACCCCACTTTTGAGCATTTCCTTTAAAGTCATGCTAGGTCTCTCTACAATTGCTTGACCTTTAGGATTGTAAGATATATCTGCAACATGTTATGCGTCATACCAACTAAAAAGCTGTCGTATTCTAAAGGAAGCATATGCTGAAACATTATCAGTTTCAACTGTAAAGGCATCTCCAGTAATGCCACCACCTCTAATAAATGTGCGTTTTCAGAATCATCCTTTTTAGAACTTAAGGCAGAAGCCCTTTGGAATTCTGAGCATGTATCCATTGTATGATGTATCAATACGTGTACATAGTTAAACATTTAAAACTCTATAAAAACAAACCTATAAGCTACTGTATACCATTTCTCTAAGGTAGTATCATTAGGCAGAATCTGGATTTTTAATTCAGCATATTGCATCTCTGTGGCTTGCCACTCAAATTCCTCAGGCCTCTGTGGATTTTTCTCAACTGGAACTACCATTTGCTGTTGTTACTGTGGGTTCCAGATCGGATTCTTCTGAAGGTTCTTTATTCTGATTTTAAAAATCCTCCACCTCTGCTCTATGGCCTCCAATCTAGCACTTACTTTTTTAGTCTTTTCCTTCTCTAAGCCTGCTTTGTTCTGACCTCTCTTTAAAAGGCTATAAAACTGCAGTCATTACTGGAAAAACGATTATCTGTATGCTGATAACAAAACAAAATCATAGGGGGTCCAGATGCATTGCGTTTTCCAGTTTAACACTGAAAATATGTTTCTTTTTAATCTCTAAAGGACTCCACTTTATTTTTAAAGTAAATATTTCTTCCTATAACTTTTTATACCTAGTTTCTTTTCCCTTTTATTGTTTTCAAACTTAATACCTTACCAGTTCAGAAGTTTGGACTTTTCAGTCACACTGAGGCTCCAGGAGAATGTGCAGGGGCCACATGCCTATGGTGGCTAACTCTGCTCCCTTAGCTCGGTCTAACAGGCTGCTTGCTCTCGGTTCCACCCCATTCCTCTGGGTCCCTTTATCTAGGAAGTTGTAGGCTTTTCCTGTGTGGACCAAATTGGCCACTCTCTTTAACGCACTTTTCGACCCTTTGTCTGGAACTAAGCTATGCTTGGGAAAGCCACAGTTACTATGGCCTCCTGTTCAGGTCTGAGAGAGACCATGGGGCAGCTCAGCACCAGCCACCTGGGTTAGTTCATGGGCCTCCTCTCACGCTCTTAAAAAGAATTAGTGGGGCTGGTGAGATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACAGACTGCTCTTCCAAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCATAACGAAATCTGATGCCCTCTTCTGGAGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATACAATAAAATAAATAAATAAATATTTAAAAAAAGAAGAAGAAGTTTCCTTCTGCCCACCTAGGAACATGTTTATTTGTACTTTTTTCTAAGCTTGGATTCTGCGCTCAATGGTAGATGCCATTTGTAACTGCAGGACTTTTCACCAGCACCCAGGTTCCTGAAATAACGACTCTGAGACTCAATTATTGAGTGGCACATGGCTGGTTACTTTTTCTCAGTTTCAGGCGACCATCTCTATCAGCATTCAGAGTTAATCTCTTCCTCACCTGACTGTATCTCAGAAACCTCTCTCCCTTCAGGAACTCCCACATTCTATTTCCTACCTCAGCTCATTGGCCAATCAGCCTTTTATTGACAGATGATGCTTCCACTCAGTACCCAAGAGATTCTCTTTTGCACCTTACAGCAGTTTACAGCTATTTGTAACACTGGTTTCAGGGGATCTAACGCCCTGTACTGAACTCAGTGGGCACCAGGCATGCATGTACATACATGCAGGCAAAATATCTAAACACATAAAATAAAGATAAATAAATCTTTTTTTAAGTTGTAGAAAACCAAGAATGCTGAGTTTTGAGTATTTAAGACTACCATTTATTTCATTTTATGTGTACTTAGTTTTTAGTAGTCACATTTAATAACAAGTTGGTAAAAAGTTCTGAAAGTATAATAGGTCTTATGAGTTCCGATTTTCTGAAGGGAAATAGGAACATTTCTCTAGTGCAGGCTGGATAGACAAAGGCATAGTTGTCGATTCAGTTCGAGATGGAATGGCATCAGAGTGTGGGAGGCCAAAGAGAGGCAAAGAGCCAAGGAGCTGAATAGAAGATCTCTTGAAAGAGAAGTCTCCTAGAGGAGCCTCCACCCAGACTCTGAGCAGAGACACAGAGGGAGACTCCAGGTTGCCCTTGCTTCAGTCTAGCAACTTTAGGCCACTGTCCTAGTGTAAATAAGCCATCCCAGCCCTTGAAAGGGAGAGGTTGGAGGGTTGTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGACTATGTGAAGAACTCTAGGCTGACCTTAGTATATAGTGATACCCTGTCCAGAAAACAACAACAACAACAAGAAGCAACCGAGCTGAAAGACCTCTACATACATCTGCTTTGCTAAAGGACCTTCTGAATGATGGGACTCAGACAAATATGAACACTTCCTTACCCACAGTGTAGCCAACAAAGAAAGGGACTCTGCTGAGGTGGGTGGTGAGGCTGGCCATCCATCCGTTGTTTTAATATGTCATTGCGTGCTGTCAAAACTATACTGGGTACAAAAATAACATTGCTTCATCATGGGGTGATTTTGAATCTGACTGGCTTCCAGTTCTTAGTCTCACTGATTCAGCGGAGTGTGAAGCCTGCATCTCATTCAGCTTTTCTTACCTAACTGTTCACCCTTGAATGTGATTAAAAGAAGTGTTTGGTTTTTGCATCTGGTTCTTTCATTTTTTTCTTTTCACGCCTTCTGCCTCACTCCTGCATCTGTGAACAGTTTGTGACTTTATTGATCCTGGATGCTCTCACCTGTAGACGTGGTTAGGACACTGGGGTGATGTGACCCTGTTGTACATGGTCTCATTCTTCAGCAGGCTAGTCTGAACTTGTTCTCACGGTAAAGGGAGGATCTATGAGACAAGCAGGTTCATAGGGCCTCTCAGGACCCAGCTTTGGGATTTTTACAGGATTCCTTCCACTGTCCCTCTGCTCAAAGTATGTTATAAGACCTGTGATGGCTATTCTTGGTCATCAATTTGACTATACCTGGAACTAACTAAAACTCAAGCTGGGTACACCTGTGAGTAATTTTTTCTTAATTAAAGTACTTAAGGTGAGAAGACCAAATATTAATCAGGATCTTTTGAGGTGGGAAGATCTGTCCTTAATCTGGGCCACACCTCCTGCTGGCATATAAAGGATTTGGAAGAAGAAAGTTTCCTCCTTGCTTGCTTGCTCTCATTCTTGTTGGCAAGTCCATTCCTCCACTGGCATAGAGCCTACTTCTTCAGGATTCTAGCATACACTAAAGACCAGCTGAGATATCCAGCTGCATATCTAGTCCGTTGAATACTGACCAACTACTGGATTCTTGGACCTTCCATCAATAGATAGCCATTGTTGGATGAGGCTAGAGCACAGCCTATAAGACATTCTAAAAAGTCATATATATATATACACACACACATATATATATGCTATTAATTC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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: chromosome:NCBIM37:2:1:181748087:1, start 105218786: end 105219953
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
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D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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