High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by mt4
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 375100
Chr: 2
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-406B8 : RP24-403D8 : RP24-188I6 : RP24-238D10 : RP24-482A24 : RP24-371D8 : RP24-371B6 : RP24-288O18 : RP24-153K14 : RP24-536H1 :
Instance: Plate 248: Well D01: BACs RP24-238D10 RP24-188I6 RP24-406B8 RP24-403D8
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
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U5 156864240 156864289 50 AAAAGTCGCTGTACAGGAAGGGTGGGAACTGAAGTTAATAGTTTTTCTTC
U3 156864345 156864394 50 ACAGTGCCCATTGTCACTTCAAAACAAACTTCTATTTACGCAGCTTCTTT
D5 156865702 156865751 50 TGTTCTTAGTTCCTCGGCCTGGGAGCATCTCATGTTGGCGTACTGTCCTA
D3 156865764 156865813 50 TCTGTTTATTCATGGCTCTAACATGCCTTCTTTTGAGCGGTTATGTTATT
G3 156869468 156869517 50 CTTCCATTTTTTGTAATTTGCCTGAGAACTGGCGGACAGCTCTTCTGTCT
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 156691488 156691499 12 AGACTGGGCCAG
15_E_15 156674976 156706549 31574 CCTGCTGTCTGCTCAGGTGTAGCCTTCAAACCTGAACTCCTAGTGATGGCCACTACCTCAACAGTGGAGAGCGTCAACAAAACCGTGTCACGATAAAGATTAAATGAGTAGGGTGGTCGGGAGCTAAAGTTTTGTGTTTTAAGTGATGCTTTTAAGATTATGAGAATTACTTAAACTGTCCTTGTGGCAGGAAAGGGAAGATGGAGGGAGACTCTAGCCAAGAGATCAGCTTGTGAAACCAGCTGTGTACCCCAAGGTAGTGTGACTTTAGGCATGTCTCTTCATCTCTGTGTTCCCCCTTTGTAAGGTTTTGGGGACACTGCCTATGTCTCCCAGATTTGTGTACAGATTTAACAGAATTGTCGACAAAGGGGTTGCAAGACACCAATGTCACTTCTGCTTCCAACCCAGGCAGCAGTTCAGCTCCCCTCCCCACTTTGTAAAGGACCCAGCTAGAACTCCAGCCAGTGGCTGCTTGTGTGTGAAAGTACTGAGGAGAAGAGAGAGAAAAGAATCCCAGGGGCAGCCCTCTTAGAGCTGGATCGGAGACGGGAAGAGGAGCCACAGCTGCCTCTGTCAGGTTAGCTTGACAGGGCTCTTCTGTAGGATTTGTTATAATTGCAGCTGGCTGCTGCTTATCAGTCTCTATCATGACAGGTATCTTGTCTCTTTGGTTAGACATGGCGGAGATCTCATGAGAAGACTATACCCAAGAGCTTGCTCAAGAAATGTACCAAGAAAGAAGCCTAGTACTAGTCAGGGCTGGAAGATGGGTACAAGAGCCTGGGTCTCTGATCTGAGCAGGCTGTAGAGAAGTCTGAGGCATTGATTGCTGCATCCTTCTAAGGAAGAAGGCTTCTGAGTGTTCTTTTTCCTACAGCAGCTGGTACTTAGTCCAGGCTTGGAACACGTCTGCTGATGAACTAACAGGACAGAAGGACGGACCTAGGGTGTGAAACTTGTCAAACCACATGGTCCCAGCTGAGGACTTGTCCCCCGCCATGACCTCTTCCGTGTTGAAGTTTTTGTTCTTGGACCTGGGGTTTTTACTGGGTTGCTTTCTCAGCCTAGGCTCCTGAGTAACAAGGACCACACAGACAGACAACACACGTTCACAACCTGTCCGTTCAGGAGTCCTTGCGTTTACCTGTTTGAAGCAGGGTTTTACTAAGTAGCCCAAGTTGGCCTCACTCACACTTGAACTGATCTTCCTACCTCAGCAGCCTCCCAGTGCTGGAATTACAGGTGTGTGCCATCATAGCTGACTTCATTAACTCAGCGACCCGTTAGCATTTGTTTTTTATCGCTCATAGTTGCAGAGGCTTGGTCTGGGATTGCTTGCTCATTGTTTCTGGCCTGGTTATGAAGCAATGGCATAGCAGTGTGCTGGACAGTGGGGAAGCTGTTTGTGGCCAACAGGAAGCAGATAGAGATGGATCTCATAGGTTTATATACTGTTCCTTCCTGTTTCTGGGCATGTCCTGGTGGTCATTCACCTGTTTGTTTACTGCCATTGCATAACCAGATGATGTCAGCACCTCAGGGCAGGGCATATGTTAAAAGGCGGCCCCAGCAAGCACCAGTGACTGGCCTGAAGCATAAAACAACGATGAATAAGAAGCCCTGAAAGAAGAGTAGGAAAATGTGGGAGGCTCTAACTCAACTGTTTCAGAGACTTCATAAGCTGGCCTCAGGGTCCTGAGACAGATAGGGTGAGAAGTGACCATCTGGGTCCTGCCAGGTGAGATTCTGCCTTTTGCAAGGCTGAGCTCTAAGTGTGTTCACCAGGAATGCTGGAGATGGCCCAATCATTTTACAGAATAAAAGTAGGATGCACTGTGCTCAGTAAGTAGTAGCTGTTAGAGAGCTCGGCACTGGAGGTGCAAAGCCTGTGTCTTGGTCCATCAGTAGGCAAGAAGTGTTCCAGGAAGAAGGGAGTGTGCTATGTAGAAGGTGTATGTATTAGGTGTAGCGTTCTTTGGAGGTTAAGTTTGGTTTGGAGTTATTTTGGAGGTGGGGGGGGTTGGGATGGGTTTCTCTGTGTAAACGGCCCTGGCTGTTCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTAGCCTCAAATTCATAAGAGATTCATCTGATTCTGCCTCCCAAGTGGTGGGATTAAAGGCATGTGCCACCTTCCCCCCTCAGGGTTTACATACCCAAAGCCTTTGCCTCTAGAGTGCTGGGATTAAAGACTGTCCTGTGTTTTGTTACTTTGTTTTGAATGAGCAGGGCCTAAAAGCAGTTGCACAGCTGACAGCAAAAGAGCGGGAAGGAACTGGGTCGGGCTGGAAAGGTAAACTGGGCAGGAAGGAGGGGCTTAGTGCCCTGGCTCCTTATCTGGACTCAAGACTAGTGGTAGTAGGAAACAATCAGCCACGGCCTAGCCGTACCACACTGAGAACAGAAGCTGGAAAGAGGACCGAAAGAGAGCTGTGAAGCCAGGAGTGAACTCGGTGGTAATCGCTTGCCTAACATGAGCAGGGCTGTGGGTAAACCCTCAACACTGCAAAGACGGTGGACACGTGGGCACAGGGGGTTAGGCCTGTTCCCATCCTACACGCACCGTGAGCTTTGAAGCATACACAGCATACAGAGAGGGCTGACAGACCCCATGGCCCTAGTGTAGCTTGGAAGCAATCTCTCCTCTCCCTGGTAGCCCCTTCGGTATCTCTGTGTCTCTGGTCTGTAGCTGCTCTACAGGCCTAAGAGTGAGTGACTAGTTTTCCTAAACAGTCAAACATTTTCCTCCCTGCACCTCCTTAAATATAATCTGAACTACCATCGCCATCCCATCCCCCAATTCTCCGCATAATTGGTCACTCCTTTGCTTAGAACTCTCCTATGGGACTGGTGAGATGAACTGAGGATCAATGACGTGATCCAGAGGGTGAAGGTGCTACCTGCCACAGAGGCTAAGGACCCACAAGATGAGGAGAGGACCAACTCCCACAAGCCGTTCTCTAACCTCTTTGAGCACATGATGAACACCTGCGTACACTTGTGTGTTCATGCCCACATGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATGAATTCCAGGTCAGCCTGATCCACAGAGTGAGTTCCAAAACACCTCAGCGATACACAGAATCCCTATCTCGAAAAACCAAAATATAAAGCCAAGCACGGTGGCTTTTTTATTTTTTAAGTTTTATTTTATTTATATGAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACCAGAAGAGGGCATCAGATCCTTTTTATAGATGGTTGTGAGCCACCACGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAATCAGTGCTCTTACATCAGTGAGCCATCTCTCCAGCCCAAGCATGGTGGCTTTAATCCTGGGAATCAGGGAGAAGAAGCATTTGAGGCCACCTTGGTCTACATAGTGAGTTCCAGAACAGCCAGAGCTTTACAGTGACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAATAACATAAAAATCAGTAACTTGTATGGCTCCCTGTGTTCATAGTAAAACTAAATCCTCATCCTAAGAGGTGACCTCTGATAACCACACTGCGCCAAGCCACACATGTCTGCCTTCAGCCTTCTCATAGGGACTCTCCAGCCACTTTGCAAGTGTGACCTCACTGTCTAGCCTTGGCTTTCACAGAACTCCTATTTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCATAGAAATAGGTACATCTGCCTCTGTCTCTTAAGATTTCAATTGAAAACTATTCCCTCCACCCTTCCACTGGCCGGCATCTTGTCTGAGATGTTTGCTTCTGTCTTGGTGTCTGGAACACTATGAGCATTTTGTAGGTCTTTTGAATGTCGTTAACTGATAAATATCTTTAACACTCTTTCTAGATATGTAACTGGTTCATCAATGCCCGTCGTCGCCTTCTCCCTGACATGCTTCGGAAGGATGGCAAAGACCCTAATCAGTTCACCATCTCCCGTCGTGGGGGTAAGGCCTCTGATGTGGCTCTCCCCAGGGGCAGCAGCCCCTCTCTGCTGGCTGTGTCTGTTCCAGCCCCCACTAACATGCTCTCCTTGTCTGTGTGCTCCATGCCACTCCACTCAGGCCAAGGTGAAAAGCCAGCAGCACCCTTCCCACAAGTGGAGCTGGAATCCCCCAAGGCCCTGGTGACCCCTGCTAGCACACTCACCCTGCTGACTAGGGCAGAGGCTGGAAGCCCCACGGGTGGACTCTTCAATACGCCACCACCCACACCCCCAGAGCAGGACAAGGATGACTTCAGCAGCTTCCAGTTGCTGGTGGAGGTGGCGCTGCAGAGGGCTGCCGAGATGGAGCTTCAGAAGCAGCAAGAGCCAGCGCCACCTTTGCTACACACTCCGCTGCCTTTCGTCTCAGAAAACGCCAAGTAGGCACCTGCTCCCGGGTGGCTTGAGGTTCCTGGCTCACTGCCCTTTCATGCAGAGGGTTATCCAAGTACGGATCACTGCCAAGCATCAGGACCATTCTGTCCAGTCCTCAGCGGATGTCGCTGCGCTGCACTGTTACGGGGCCTGTACTCTGCTGAGTGCCATTCCTTCAAGCGTCCTCTCCGAGGAGACCAAGGCACCAGAGCCAGGCATGGTGTTGCTGCTGCTCCTCCAGAGAGCCCTGGGACACCTGCACTCCAGCCTGCTTTCCTAGGCAGGCTCAGGAAAGCTGCCAAGTCCAGACTTGAGCTGGGTCCAAGCCGCCCCTAAGCTGTGCCTCTTTTGGTCGAGCCAGGTGTGCACATTCCAACCTATTCAAAGGACAAAGGAAATGCCCAGCAGATGTCACAGAACCGACTCCAGTTGAATGTTTAGATTTTTGCTAAATTGTTTTATTTTCCTTTTGCTGTGGTTTGTGTTAATGCAGTAGGTAGCCCAGAAGCACAGGTGTGGGGAGAGAGCACCTTACACGGTGGGTGGAGCTCGGTAAGTGGGTAATCTACTTCCCACAGGATGGTTGTATAGGGACCAG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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
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Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
U-type: U1
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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