High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by mt4
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 367380
Chr: 8
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-541C8 : RP24-202M4 : RP24-148H22 : RP24-113K4 : RP24-116D4 : RP24-423A19 : RP24-558N17 : RP24-265O8 : RP24-277H16 : RP24-231I2 :
Instance: Plate 240: Well H09: BACs RP24-148H22 RP24-113K4 RP24-541C8 RP24-202M4
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 45258162 45258211 50 CTATTTCAGTCACCATTACATATGAGATTTCTTGAAAACTTTTGGTTTGA
U5 45252716 45252765 50 AGTCTGCATTTCTCCTCTTGATTTGAATTAGCTTTTATAACGAGGGCTTT
U3 45252650 45252699 50 ACCAACTGGTTCACCCCTTAACTTACTGAAAAGTGCCCGTTCCACTATTA
D5 45251208 45251257 50 TTGTGTATGCTTTACAACATACACAGAATCTGTGAGGCCACGCTGTATGT
D3 45251140 45251189 50 AAGCAAACCGAGCTCTCAGAACCACAAGCGTGAAAATGTAATGCCTTTTG
G3 45247605 45247654 50 TTCCTTCTTATTAGGTAAGTTTATCATGAGCAAAACACAGTGTGTATGAA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 46336544 46336561 18 AAGTTAGATAGGGTAAGC
15_E_15 46321494 46353119 31626 TTGCCCCTGCAGCCCACCTCACATCAGTGAAAAGCTACTGTCTTGGAAAAATCACTCTCAATCTACTCACCAGCTTAAGATCGGTATGACAACACTATCCCAACAACAACAGCCATCATAAGTCCAAGAATGACAAGGCAAAAAAGGAGTTTCAGACTAGGGAGTAAAGCCAGCTGGATTCCACTGACACCTGCTGGTCTCACATCTGGACAGATGAACCGTTCTCTCCAGCCAACAAGGGAAGAGCTGCATCTGTTCGAAGGGATAGGTTAGAAAGGCCTTATATCTGTGGGGATCACCGCCTTCCCTCTCTGCTTGTTCGCTCGGCAGGGCATTTGAACCTGCTTGCCCCTCCCAGGCAGGGCACCACAGCATGCCACTCTAAACAGGCCTGGGAGCCAGACACACAGATGTTCGCTGGATCTGGTCAGGGGCCTCCGCACAGCTTGATCTCCCACACTGTGGGCAGGATCTGAGGAAGGGCTGATTTATGGCTTTGTTATAGGTGCTCCAGCTGAGACTGGTACCTTAGGGCTCCCTGCAGACGAGACTGTTAAATGAGACCGAGCAGGGAGTGGGTTTCCAGCTGTTTCTCTGCTTCTTTTGGAGGCTGAGAGCTTCTGTACGCAGAGTTACTGCGCCCTCTGCTGGGTTTCTCATGGAAGCTCCGAGGATTTCACACTTCTCTAGTGTCTCTTGACCCCTAAACAGTCTGGTTATCAGTATCCCCGTTTGCTTTATCCAACACCTAGCTAGATGGCTCATTTAGAAACACGGTCCATGAGTCAGAGAGTTCTTTCCCTACCTCAGGCAGTCTCACTTTCATGTGAGATGAACAACTTCATTCTGATGGCGGGTCAGCAGTTCTAAGTGGCTTTCTGTGTCATAGTCACAAAATACCCAAATCTTCAACCTCAAAAAAACTGGTTTCTGCGAGCTCCCTGGTTGGTGTGTGACTATGTCAGATTGGGCAAGGAAGAGCCAGGGAAACACAGCTGGTAGGAAACCTCTAATGAGGGGTCTGACCTCTTACAGAGGCGTGTTGGGGTGACTGAACCTGTAACTGCCTATGAATATGCATGTACCGTATGTGTATGTATGTGTGTGTATGTTTGTATTGCTATGTGTGTATGTATGCAAATGCTGTGTGTATGTGGTCTGTGTATCTATGTGTATGTGTGTGTATTGTGTATGTGTGTATACATGTTTGTATTGCAGTATGTGGGTGTGTATATGAATACAAATGCTGTGTGTGTACGTGCTCTGTGTGTATTGTGTATGTATGCATGTGTGCATGTGCTATGTGTGTGTATGCATGTGTGTATACATATACATGTGCGTGAATGTGCTGTATGTATGTATGTATGTATGTATGTATATGTTTTGGGGTGTGCCAGTCAGATTTGTGTTACTCTACAAAGTTATAGCTCTCTTCTTAATAAGTAGAGAGAGCTTTAATTATCTCTCTGTTTACCACATTCTAAAGCTGAGTGCCTGCACATGCTAACTAGATAGAGATAATGGGTAGCCAGGGTATCATGGCTGGAGTGTGTGGGCTAGAAGCAAATCCTCGAGCTAGGAAGTGGAGAACCATAGAGACTGGAGTTCAACTATTGCCTCGAGGGGCACACCTCCACCTCCATAGACCTCCCACTAGATCTGACTTCTCCAAAGACTCCAGAGCCACTTCATTCAGCCACACTGGAGGTCAAACCTGTAACCGGCGGTCGCCCTTGGCAGGGTATTCAGCCAACCAACAACCAAGTATACTTCCTTCAACTGAAGTCCTTAGTCAGCCTGTTTCCAAAACGCTATGGCATGATTTGAGCGTTACTTATAAGTAATCACAGTGTAGATTCGGCAGCTTAGAAGATGCTGTCCTGAAGAGAGATTTGAGGAGTACAGCAGGCAAGATGGTGCAGAGCCTCGGTAGGAGGAAGATGGCAGATGGCAGTATTTTTGATGGCACTCCTACTGTGTTCTAGAGGTGTCTGGGGAGGGCAGCTCGGTGCTACTTAGTAAAGAAAAGTGGAAGCCAGGGCTGGGGATTCAGGAAAGTACGATATAAAAAGGCTGCTCGCTAGGGAGTAGATATGTACAATTATATTGCTAAGGGGTAGATATTTACAACAATTATATTGTATTTGAAAAGTCAAGTACCTTGGAATTGAAGCAGTTTGATTTAATAGCTCCTGATATTACATTCACAGAGAATTTGTTTCAACCTGCAGATTATGTTCTGTCCACCTGCTTGGATTTTTGATGGCAATGGAGAAGTATAAAGGCACCATCTAGTGGCCAAATAACGAAGTATTTACAAACTGAACGATAGGCCTCTGCTTGGTGGCCTCTCATGGTGGCAGGATGCTCTGGAAACTTCAGGAGGTGGGAAACACCTGGAGGAAGTAGTTCATGTCTTCCTGTCCTGCCATCTGGTTCCAGGCCACCAGGCCCCAGTGTTGGGGGTCAAGTTACAGGAGACTGGACTTAGAAGCCTCTCTGAAGTTCTTCCGTTGGGTGAGTCTTAGGGACCAGAGAAACAGCTAATGCATAGTTTGAAACAATAACATTCTACAGGCCAAGGCAGAAAAATACTTCGGTGGAATCCATTGTTGTGTAACAGACAGAGGAAGCTTGTCTGTGGGACTCAGAGCTAGCTCCAGGAGAGAGAAGATTAAGTGAGAAAAGTGCCAGAAAGTATACAGATTCGCAGCTTGTTGGTGTGGAGATGTGAATCTGCTCAGCGTAATTTCTTATTCCTTATAGCTCATAGCATTTTCTAGGTACTAGATATTCAGAATTAAGATGTTGCACTTGTTCTGAAAAAAAATTAAGACGAAAACATTCCTTAAATACTTCTCAGAGAAGACAGCAATGCCTCCTCAATTTCCTATGTGAAATGTAATAAATAGGTTATAAAAGATTTCCTATGTGAAATGTAATAAATAGGTTATAAAAGGCGCTGCTTGTTCATGGGTTGTGAAGTTGTGACCCCATTTGATGTCAATTCTGTCTTACTCTAGAAGCATTTTGAATCCAGCCTGCTCGTGCCATTTCAGTGACATCGATCTCTGGCTTTTGCTTGTTTGCTGTCTTTGCTTTGTCTTGCTTGGGGCCACTTCCTTTCCATGCCACTCTCTTAGCTTCTGCTAACTCTTCTTCGTTGTCATTTCTTAGAACCCTTTGTGTCATGGTCATCTTTGTTTGAAAGTATAGATTTTGTGCAGCTCCTCTCTTCGGTTCGTACTAAATCAACAGAAAACCTTATGAAACCTTCATAATTTATTGGCTGGCGCTTCAGTTCCCCAAGCTCAACAAGACACTCTGACATAATTGGGCACAATAAATACTTTTCATTTGGACAACTTGTATAGTTATCAACGCTGACTGAAAAGTACGGGGACAAAGTCCAAATACTACATTATTGCCCCATGTGAGGACAAAAGTCAGGTACTCAGAATACAGAGAACTGTTTGAGGAGGCTGCAGCCTCTATTGAAACCACATTTGCTCCCAAATTATCCACCCCCCCCCCCCCCCCCGTAGTATGTACGATTTCAACACACATTTCCGTCCAGCACATTCATTACTCAGCTTTGTAAACTCCCACTCACTGGCAGATCTTGGTAGGTTTTGGCTTGTCTTCCTTATCTCCATCCACCTGTACTTTCCCCTAACACTGCAAAAAGAGTGCAGGCTACGCTGAGATACTTTCCGAGGCAAGCAAATCAGTACGGTGTGTCTTCAAGGGACCACTTCCTGGAAAATTGCTCCTCCTATACTCGGCCCATGTGGAAATTAGGAAGTGTGCACTTAACACCTGCAATGGTGCTTGTCCAAGCCAGTTTGGGAAAATGCAGAGAGAAGACTGACAAGGCCACTGGAGAGCTCAGTCAGTAATGATGCTTGCCAGGCAACCCCGAGGACTCAGATTTGATTCCCAGCATCTGTAGGAAATCGGAACAGCTGGCTTGTGACGTGGCTAAGAAGGTACAGACATTTGTCACCAAATCTGAACACCTAATGTCCATCCCTGGACCTTACATGATGGAAGGAGAGCATTGACTCCTGAAGATGGTCCACTGCCCTGCACACACACTATGACTTGCACATGCGCACGTGCACACCCAAAGAGAGAGTGGGAGGGAGAGAAGGAGGAAGGAGAGAGAGCGAGACAGAGACAGAGACAGAGACAGAGACAGAGACAGAGACAAAGACAGAGAGAGGTTTAAATTAAGCACCATGGCATGTCTTCTTAATTTCAGTTTGGGGAGGTAGAGACAGAATGGTCCCTGGACTTGCTAGATAGCTAGCTTAGCCCAAGTCTCCAATCCCAGTAAGACACTCTGTCTTTGAAAAGCTAGGGTAGATGGCACATGAGAAATAATGCAAGGTTGATCGCCCCCACCAGGTACCTGCACATACCTAAACATGAATGTGCACAGACAGACAGACACACACACACGCGCGCGCGCACACACACACACACACACACAAACAGACTTCTCAAAACCCATCACTGAATTGAGTCAGTCCTTTATACAGGAGGGGGATTCATATAGGCAGAGAAAAAAAAAGATTCTTATAAATGGACATTTTGAGCTCCTGTCTGCATTCCTTCTGGTTTTGATTTTGCACTTAACAACTCTTTATATGGTTTCCTCTGCCTTTCTACCTGATCTCTTGGGGCCAGCTAGGACAGAGGTGTTATCTGGGAAGGAAAGGGAGGTTAGGGAGCAGGATGTCTCTGGAAGAAGTAAATGATTGACAGTATATTCTTGAAGGACCATTCGTGTCCCCAATACATTCCTGTTTCCATTTGCTTCCTGCCTACCATGAACTGAGCAGACTCCTTCTCCACAGCCTCCTATGGATATATGGTTCTGCCTCACCTCAGGCTAAAGCAATGGGGCCAGCCAACCAGATCGTAGGCTGAAACCTGAGGAAAGGTGTGCAAAAGAAATTTTTCCTTTTGTGAACTACTTTAGGTATTTGTCACAG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GF4 -1 -1 1 GATGGCTCAGTAGTTAAGAGCACTTAGTG
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GR3 -1 -1 1 CTGCCATGGCCACTCACCGTGAACAGACGC
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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 7 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 13 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: chromosome:NCBIM37:8:1:131738871:1, start 46337371: end 46337531
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
U-type: U1
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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