High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 35859
Chr: 4
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-562N4 : RP24-471J7 : RP24-463I2 : RP24-114I17 : RP24-111A7 : RP24-173B13 : RP24-121E9 : RP24-510C8 : RP24-471D2 : RP24-343M16 : RP24-417H19 : bMQ447p09 :
Instance: Plate 14: Well G02: BACs bMQ447p09
Instance: Plate 21: Well G02: BACs
Instance: Plate 22: Well G02: BACs
Instance: Plate GR4: Well E05: BACs
Instance: Plate GR4: Well F05: BACs
Instance: Plate GR4: Well G05: BACs
Instance: Plate GR4: Well H05: BACs
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 11489863 11489912 50 CTGCACCTACTCCCCTCAACACACACAGATATATGTAGTTACAAATAATC
U5 11494270 11494319 50 ATCCCCCAGCTTTTAAAAAAGTGATTTACACAGCATCGTAGTTAGTGTAA
U3 11494355 11494404 50 TAGTGATGAGGGTTCAACCCAGGGTCTTGAACATGTGAGGCATGTGCTTT
D5 11495025 11495074 50 AAAAGACCTTTTAGCTTATATCATAGGCACTGGTTTTGCATATTGATACA
D3 11495115 11495164 50 TATAAAATAGTTCAACCTGCTGCTTCCTGGTAAATATTATGGGACAGATT
G3 11499933 11499982 50 ATAGTATACAGTTGGTAGAGTATAATGCTGTCTGTGGTTCTCTCTCTGAC
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 11422222 11422261 40 TTTCATTTTATTGATACTATTTGTAACTCCATTTCTATTA
15_E_15 11406417 11437311 30895 ACCTGTATTTCTTCTGCTTTTTTCATGGGAATTGAGTGGGAAACAATCCTGGGATTTACTCTATAGCTCAGATCAGACTCACAGTGAACCTTTGCTTTCAGATGAAGATGCAGAACTCTCAGCTCCTCCTGCACCATGCCTGGCTGGATGCCGTCCTGCTCCCACCTTTCTCATACTGGACTCTGAACCTGTAAGCCAGCCCCACTATGTATTGTCCTTTATAAGACTTGCCTTGGTCATGGTGTCTGTTCACAGCAGTGAGACCCTGACTAAGACACCCAGTTTACAAATAAGAAGCTTTCAAAGGCATTGACATATTACACATAAGAGTGGTGAATGTCTGTGCAAGCTCTGCACAAAGACTCAGTGGGATGTCCTTCATGAAGGGGTGGAAAGGATGAATACTACTGTGATTTCAGAGCGTAATGGGTGCCAAGACTGTGTTCCTCAGCCAGCCTTTCACAGAGGAAACTATTTAAAGTTATAAACAAGACACATACATATTTGTACGGCAATCTTTGTCAGACAAACACTCAAGAAACTATAAAATGATTATCCTCTATTGCTAAAATAGTTATAAAAGGATGTCAACTGTCTTGGCTGTCCTAGAATTTTCCATAGACCAGGCTGGCCACAAACTCAGAGATCCTCCTGCCTCTGCTTCCCAAATGTTGTGATTGAAGAAGACTTGTGCCACCACTACCTGACTGAGGACATCAAATCTTGTTGTTGTTGTTGTTTTGTTTTTTTTTTGTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGTCTCCTTGTCTGGAATTGCCTTTCACTTCCTGGGTGACGCCTTATGGTTTCCAGTCATTTGATTCTCCCCTGAGCAAGATCATCTAACTCCTCCCCTTGGACTGCTTCTGTTTTTTAGGCTCATGTTGTCAACTTTCACACCCTTCCCAAGTCTGCATTCTCTCTCTCTTACTCTTGCAAAGGAGAAGAACAGTTATCAACAGCCGATGTTAGCTACAGTGATGCAACACCAGCTCCAGCCACCTCTGTGCTCAGAAGAGGACACTACCGAGGTCCTAGCTCTGCTGGCTACCAGTTCCTTTATCTTCTCCTGGGTAACTTAGATTAATCAGAGCATTACTTTTCTACCAAACATGATTTTCTTATGATGCTGATTGAATGTGTAATCCTATACTTTCAAACTCTGACTTTTGGCTAGGGATATAGTTTGGTTAGTTGAACGTTTGCCCTGAGTTGGTTCTCTAGTGCCTTGTAATTTGGATGTGTGGCTACACCTCTAACCCCACCACTCCGATGTGCTTGTAGGAGGGTCAGTAGTTCACAGTCATCATTGGCTACAGGACAAATTTGGGGCCCACTAAGAAACTCTGTTTCAAAAACAAAAGAAAAAAGAAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGAAGAAGAAGAAGAAGAAAAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAACAAATCCTGCCTTTCAATGCAGAGCTCTAAGAAGCCTGGGAGCCCACTTTATTACCTTTCTAGACAAGCAATACTGCCAGGATGGCCCAATTCCTCTCCTCCCATCAGCTAAGAGACTTGTCCTTGAGTGTCACTTGAATAACAGCTCAAGAAGTTTGAAGCAACACATTTTTGTTGTTGTTGTTGTTTTTGAGACAGGATTTCTTTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTAACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCAGAAATCCACTTGCCTCTGCCTCCCAAATTCTGGGATTAAAGGCGTGTGCCACCACTGCCCAGTGAAGCAACACATTTTTTATCTAGAGAATACAAGGCTAAGAGCTGCCAGATCAGTTGACCATGTCTCTGGCCCGTTGCTGGGGTTCTAAACCATGACACGGTTTTAGGTTATATATGCTGCTGTGACTCTCTCCTACTTGCTAGGAAAGAGCTGCTCAGATATGTTGTAATGAGCCAACATGAGGCCCATTTGGGGAAGAGTGATTTTTTTTAAAGATTTATTTATTTATTTTATGTATGTGAGTGCACTGTAGCTGTACAGATGGTTGTGAGCCTTCATATGGTTGTTGGGAATTGAATTTAGGACCTCTGCTGTCTCTGGTCAACCCTGCTTGCTCTGGTCAGCCCCACTCGCTCCAGTCAACTCTGTTCTCCCAGTCCCTGCTTGTTCTGGCCCAAAGATTTATTTATTATTATACATACACTGTAGCTATCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCGTCAGATCCCATTACAGGTGGTCCTGAGTTACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAACTTTTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTACTTGCTGAGTCATCTTGCCAGTCCAGGGAAGAGTGATTTTTTTTTTTTAAGTGTTATAACTTGGAAGGTCCCAATAGTAAGATCTGAATCTTCATTTTAATTTCTGGAAAAGGTTCATTCAGACCTCCTTGAATTGCTGTTTTAGTAGAAATTGGGAGGGAAGTTTGACACAAGCCTGCATTGAGGAGACTGACAGGAGTGTGTCTATTTCACAGGAGGAACCAAGAAGTGTATCCTCTGGTATTCAATGCACTTCCTCTATTTCTGTCAAGACAACTTTCTAGAAAGTGAAATATGCTTGGCTTTTGAAAGGTGAAATGCAAAAAAAATTTCATATCTTACTGACAAAAACCAAGAAACATTCCAAAGCACAAGAGAATCATTTTAGTAACTTTTCTTGTTGATGTGATATTTATTTACTTATGTATCTATTTATGTCTTTATGCATGTATGTATATATTTAGTGTGTGTGCATGTGTGTGTTTGCGCGCATGTGCATGTGCATGTGCGTGCCTGTGTGCGTGTGTGTGCGTGTGTATGTGCGTGTGTGCGTGTGTGTACATGAATACCACAGCTTATGTGGCATGTGTTTGGAGGCAGGAGAACTTTAGAGTTGATTTTCTCCTTCTTCCAGGCACCCCAGGGACTGAATTGTGTCAGCAGGATTGGCAGCAAGTTCCCTTCCTTACTGATCTAACTCAAGTGAAGACTTAGTTTGGCTCATAGTTTAAGGGAGTATAGGCCACAAGAAAGAAAAGGTGTGGCAGCAACCACATTATGTCTGTAACCAGAAGGCAGAGAGATGAATTCCTGTGCTCAGCTTGACTTCTCTTTATTTAGTCTGGGACTCCCACATTCAGGATGGGTCTCCTCTCCCTGTTAAACCTAGAAATACCACAATTGACACACCAGAGGTATATTTCCATAGTGATTCTAAATCTAGTCAAGTTGATCAAGAAGATTAATTGTGGCCAGTAGTAATGCTCAACAGTCTGAACATTTTAAAGTTAAGTCATAAGTTGCTTCCTTTAATTGAAAAGGAAAATGCTGTTAGGAAAGAAAAACTTTGCTGAGGTTGCTAAAATCTGTGCGATAGTGGTTTGAATGAGAATGTCTTCCCCCTGCCCCATAGGTTCCTATAGTTGAATACTTGGGCCTCAGTTAGTGGAACTGTTTGGGAAGGATTCAGGGATGTGGCCTTGTTGGATGAGGTGTGTCACTGAGGTTGAGCTCTGAGGTTTCAAAAGCCCCTCCCAGGCTAGGGTTTCACTTTCTACCTGCTGCCTGTGGATCAGGATATAAAGCTCTCAGCTACTGCTCTAACACCATGCTCTGCCTCCTGCCACAATGATTATGGACTAACCTTCTGAAACTGTAAGCAAGCCACCCCCAAATGACTTCTTCTTATAAGAGACCTTGCTTGTGGTTCTTCACAGCAATAGAACAGTAGCTAAGACATGGTTAAGATCACATCTTCTAGCCATCAAAAGAAAAAATTTTGTGGTAGTTTTGCATGGCTATTTCAATGGCAAGAGTTGCAGTGTATTAAAAGAACATTGTTGGGCTGATGAGATGGCTCAGCGGTTAAGAGCACTGGCTGCTCTTCTAGAGGTCATGAGTTCAAATACCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGAGAAACAAATTTAAAAAAGACCTATGGGCTGGAGTGAACAGGGCCAAAGCGAGTGAACAGGACTGGAGCAAGAGGGAAAAAGGGAAGTGGTGGGAGGGCATAGTTATGACGGAAAAGACATTACATTTCCATATATATGGAAAAAATATCACATATGTAGGATTGTATCCACTTGGAATCTTGGAACATTTTCTGTGAATAAGAGTACCTGTTCTTCTATGTCAATCAAATAAGTGTAATACAAATTTTAAAAAAGTAAGTCCTTGCCAAATATGTATGGGTGGCAAAGACATAAATACCCTTCCAAAGTAATAAATATGTCATTAGACAATTGCAAGATTAGACAGTGGGCTAATACTATGTACATATTAGAATAGACAAATCTAAAACACTGACTCTTAATGCTGGGTAAGTGCAAAATGAGATAAATATTTAGAAGACAGTTTGGTAGTTTCTTATATAGATGGTCCTTTTATCATATGGTCCCATGATTACTCTAAATATTGAGCTTAATGAGATGAAAACTTATATTCACACAAAAATTTCCACACACAAGTGCACGCACACACACACACTCCTATCTCTTAGGAAGAAGAGAGAATTGAAAAGCTTACAAATTATTTCATGAGAGATTGTATCCTTGGATCGATAATGATGTATTTGTCAAAACTGTACAATACTCAGTAATTATAATATATCAATATTGGCTGATCAATTGTAATATATGTACAATCTTACTTCAAGTTATTAATAGAAGGGGACTTGGGGTGGGGAAAGAAAAATATGGGATCTCTCTATACTGTCTGTGAAATTTATTGTAAAACTGCTCTTAAAAAGGGCACATCCCTGGAATCCCAACGTTGGGAGGTGGAAATAGGAGATGTACAATTTTCACATCAGCTTGGGCTACTTAACTGGCTTAAAAAAATTGTGGGTTA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U3 11421502 11421551 50 TAGTGATGAGGGTTCAACCCAGGGTCTTGAACATGTGAGGCATGTGCTTT
D5 11422172 11422221 50 AAAAGACCTTTTAGCTTATATCATAGGCACTGGTTTTGCATATTGATACA
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