High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
yes
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 35132
Chr: 2
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: bMQ127p20 : RP24-497C22 : RP24-407A20 : RP24-353E8 : RP24-467P5 : RP24-149B8 : RP24-79M14 : RP24-363H11 : RP24-330B7 : RP24-402B17 : RP24-150K18 :
Instance: Plate 15: Well B07: BACs bMQ127p20
Instance: Plate 23: Well B07: BACs
Instance: Plate 24: Well B07: BACs
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 127009344 127009393 50 TTTAATTTTTCTATTTGGAAGCATCACGTACTCGGACAGACAACCCTCAT
U5 127013637 127013686 50 AAAAAGCCTCTGTTTAGTTTGCGATGTGTTCTTTACACTAGTCTCCAATC
U3 127013782 127013831 50 GACTTATGGCAATTTTTCCATCTGTTTTCATTTGATGAAACAATATTCAA
D5 127014403 127014452 50 TTATCTTTTGTAGTCTTGGGGACTAAATGTGGACCCTGTATGCTAAGTCA
D3 127014526 127014575 50 TAAAGTCAGCTTTTCTGCATGTGCGTCCTGTGCATCCTTTTGGAGTCAAG
G3 127019367 127019416 50 ATTTTATACTGCTTATTATGAAGTCTTATTTCTGCTGTCTCAGGACCTTT
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 127277299 127277371 73 GCTTCTCTTCCACTGAGCTACATTCCAGCCCAGATTTCCCAAGCTGGTGCTTTGGCAACACAAAGCCTGTAGG
15_E_15 127261483 127292421 30939 TGGTTTTTGGTTTTTGTGGGAGGTTGGTGGGCGTGTTGTTGGAATTCTTGTATTCTTCTGACAGTAAATCAAGGGGAGTTTCCCATACCTGGTACTGAGCCTTTTGCGGGGAGCATCATCACCTCGGGTACAGTAACTCCATTTAAATAAATAAATGTGTTTGCTCACTCACATAACATGCCTTCAGAAAGCTGAATCAGACTTTAGTGAGCATTTATTTTTTTTTTTTTTAGATTTATTTATTTATTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCGTCAGATCTCGTTACGGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCCGGACCTTTGGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTACCCACTGAGCCACCTCACCAGCCCCTAGTGAGCATTTATATATGCCCTGAATGTTAAATTGTGTATTTAACAAGAAAGACTTACAGAACATCTCAACTTTTAAAAATGTTACCTTAGGGCTCAAGAGATGACTCAGTGATTCAGAGTACAGTTTGTTCTTCCAGAGGATCCAGGTTCAATTCACAGCACCCACGTACAGCACCGCTGCATGGCAAGGTGTTTAATAGTATGTATGATTTATATTCAATGATAAAGGGTTTTTATAAGATTGATTGATTGATTGATTGATTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACGCACCACAAGAGGGCATCAGATCTCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGAGATTTGAACTCAGGACCTTTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTACCCGCTGAGCCATACAATTAAAATGTAATTTAAAGTTTTAAATTAAAATGCAAATCTATTTTAAATGGCAGAAGGTATTGAAAGACCCCCGTTTCGGGGAGATCCTCGCTCAAGTCCCAGGATGAGCCGATGCCCCAATAACTTGAGAGAAATTGTTCTTGATGCAATATCGCATGAGGTTTATTTGGAAATCAGCATTCTGAGGCCGAGCTCGTAACCCGCACAGGGGCAGAGGGGATCGACCCCCCCAGCAGTTGCAGTTGAGGGTTTTTAAAGAATAAACTGCAAAGTGAGGGGAGGATAAGACCACAAAGAATGGGGAAGCTGAGTAAACATCGTAAAAATGGGGATGGTGAATTACAGCTCATCTCTCATGCTGAAGGCAAAAGAACAAAGAACTCCATGCTGGGCTTCGTTTCTAGGGGTCTAAGAAACACATTGAGTTGGGGTCTTACAGTATTAGGGAGCAATGACTTTAATTTTAACTTTGTATTAGTCAGGGCTCTTTAGAGTCACAGAACTTATGGAATGTCTCTCTTTTTGAGGGAATTTATTCTTTGTGAGTTTCATATTATGCACCCCAGGGCTGCTCATCTCCCTGTCCCCTCATATATGCTCTTTGCCCTTACAACCTCCCCCCAAAATAAAACACACACACACAAACGAACAAAAACAAAACATAGAAAATGTCTTACCATGGGAGCTGTAGTGTGTCACAGTGGGTCCCATAGTGTATCTCTCTATCCACACATTTTCACTTGCAAATGTTCATTGTAATGAGTTATCACCGGCTGGTTTGAGATCTTTGGCTTCTACAACATCATCACTATTGGATCCTCATAGGAACTCCTCTGGGTTGTCCTGTTGTTGCCCTGTGTCATGGAGATCCCGAAGCTTTGGAACAGCAGGACCGGCCCTTTCACACATCTCAACCATTCACAGATGATATAGATTTTGGGGTGGGCCAACTCAGAGGCCAAATCTGGGCCCGGGTGGTAGCTGAGCTATTCAGCCCACAGGCTCTCCTTTATGTGCATCACTAGGGTGAGCTCTCCAGCACTGCTCTGAGTTGCATCCAGTGCTGCTGTGCTGCCGCTGGGAGGAGGCAAGGTCAGCTCTCCTGCTCTCATGCCCTTGGATGACTCACTCGCACCCCTGCCTCCAGGATAGGCTCCACTTTGCTTCCCAGTCAAGGTTCCAGTACCACTACTCTCCCAAGGGCTGCAGCCTGTGAGGGGCTGGGCCAGCTCTGCTGCTCTCACACGCTCGGGGCTGGCTCACCCAGCCTTTGCCATCAGGGCCAGCTCTCCTCAATGCTACAGGCAGGGGCTGTAGTGGGGCAGGGCTAGTTCTCCCAGCTACTGCAGGTGCTGCAGAGGGTGAGAGGGAGAACACCATCCCTGCTCTCCCCTCAGGGGCTGGCCCTTCCACCAGGGTCACCTCTATTGTGTTTCCCTGATGAGGTGCAGGGCCCACTCTCCCTAGTGCTGCAGCTGATGAGGGACAAAGCCAGCTCACCCAGGGACAGTTCTTCTGACTGTCATAGGTGTGCATGTTGGGGCAGGGGGCGGGGGGAACATCACCCCCATCCCCATTGCCACCTCATAGCAGACCACTGGCAGAGCCAGCTCTCCTGTGCTCTCATCCCGGGAGGGGGGACTGGCTCACCCATGGCCACTTGACCAGGGCCAGCCCTACTATGCTGCTTAGATGAGGTGCAAGCCCCCTCACCCTCACCCCCACCCCCTGCCACCTGAGTGTTACAGCTCTGGAGAGACGGGGCCAGCTCACCTGCTCCCTCTCCCTCTCTCCCCTCCCTCTCCCCTCCCCCTCCCCCTTCTCCCTCTCCCTCTCCCCCTTCTCTTTCTCCCTCCCCTCCCCCTTCCCCTCCCCTCCCCCTCCCCCCTCCCTCTCCCTCTCTGGTTTTTCGAGATAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAACTCTCCTCCTGTTTTCCCCCTGGGGGCCAGCTCACCTGTGCTCCCCACAGCAGGGCCAGCTCTACTGTGCTTGACCAGAGGAGATGCAGGACCCAGAGTGCTGGTGACAGGGCCAGCTCATCCGCTGCAGGCTGGCCACATGGCATGGGTGGCTGGGTGACATCCTCCCTCTGTGCTGTGAGGAGCGGGAGCAATCACGTGTCCATGGCCCACCTACGCTGTGGGCTGGAGGCAGATGTGTGGGTGGCATGTCCATCTTCCTCCTTCCTGGCTGCAGCTGCCTGAATTTGATTTGATTTGAGTCCTAAGCATGAGACAGCTTTGGACACCAAGCCAGGATGAACAAAGGACTGTCATCCACTCGGCCCCCGACTAACATAAGAACAACTACCAACAAGGTCTCTTTGCCCATTGCCGGGGGTGGAGCAGTCATTCCCAGTTTTAATGAGATTATTTTGAGTTTTTTTCCATTTATGGTGGTGTTGGCTGTGGGTTTGACATGGATAGCCTTTATTGGTGTTTGTCCCCTCCAGGACTTTTATCTTGAAGACATGTTGGATTTTGCCAAGAGACTTTTCTGTATCTATTAAGATAATTGTATATAATTTTTTGCCTTTAAGCCCTTTTATATAATTTATTATATTTATTGACTTATATATGTTGAACATCCCTGCATGTGTGATAAAAAACCCACTTGATTGTGGTTGGTGATCTTTTTAATTTTTTTTTTAATTTTTTTTTTTTTTTTTAAGATTTATTTATTGATTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGAGTCAGATCTCTTTACGGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCTGGACCTTCGGAAGAGCAGTCGGGTGCTCTTACCCACTGAGCCATCTCACCAGCCCCGGTGATCTTTTTGATATATGTCTATATTTGGTTTGTAAGTATTTTATAGAAAAAAATTTGTGTCTGTTCATCAGATACTGGCCTGTGGTTTTCTTTTTGCTGTGTGTCTTTGTGTGGTTTGGGTATTAAAGTAATAGTGGCTTCACAGAAGGCGCTTGAATGCGCTCCTTCCATTTCTTTCCTTTTAAAAATAATTTTACTGAGCGATGGTGGTTCAGGCCTTTAGTCCCAGCCCTTGGGAGGCAGAAAAAGATGGATCTCTGAGTTTGAGGTCAGCCTGGTCTTCAGAGTGAGTTCCAGGACAGCCAAGGATACACAGAGAAACCCTGTCTCAAACAAACAAATAAATCAAAAACCAAAACCAAAACCAAAACCAAACAAAAAAACAACCAACCAACAAATAAAGATACTTTAAGAAGTACTTGTTTTAGTTTGTCGTTGAAGATCTGGTAGGATTCTCCTGTGAGGCCATCTGGGAAACCAGAAGGATTTCTATCAATGCTTCAAGCTCTTTGTTCATTGTGGGTCCGTCTGGGTTGTGGACAGCCTTCGTGGCTTAGATGAAGCTGGATATTAATCCATTTCTCTTAGGTTTTCTAATTTAATGGAGTACAGGTTTTAAAGTATTCCCTTCCAGTGTTGTGCATTTCTTCCATGTCTGTTGTTTCCCCGTTGATCTCCAATTCTGCTCCGTTGTGTCCTCACCCCCTTTTAACTGTGCTAAGGCTCTGTCAATATTGTTTATCTTTGCAAAGAATCTGTTCTCAGATTCGTTGATTATTTGTATAATTTTCTTTGTTACAGTTCATTATCTGCTCTGATTGTTATTTCTATTTTTGCTATTTCTATTATTGTTGTTTCTGGATTTGGTTGTGGTTTATTCCTGTTTTTTTTTTTCCCCAATTTTTTTCAGTCATATTCTTTGTGCTGTAATTTTTTTGTTTGTCAGCTTGACACATGCCAGTGTCATTTAGCAGAAGGAATCTCAATTGAGGAAATGCCCTCATCAGATAGGCCCGTTGACAAGCCTATGGGACAGTTTCCTGATTAGTGATTGATGTGGGAGGGCCCAGCTCACTGCGGGCAGTGCCAACTGTGGAAGATGGTCCTGGGTTGTATAAGAAAGCAGGCTGAGGACGCCACAAGAGGCAAGCCAACAAGCAGCACTCCTTCATTGTCTCTGCTTCAGGTCCTGCCTCTAGGTTCCTGCCTTAAATTCCTGCCCTGACTTCCCTCCGGGAGGGACTATTACCTCAAAGTATAAACTGAAATAAACTCTTT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