High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 350
Chr: 11
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: bMQ_242o18 : RP24-145B21 : RP24-310P16 : RP24-128D19 : RP24-294M9 : RP24-380P11 : RP24-380P12 : RP24-84B14 : RP24-434I14 : RP24-122M4 :
Instance: Plate 7: Well D02: BACs bMQ_242o18
Instance: Plate 17: Well D02: BACs bMQ_242o18
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 55018102 55018151 50 TCTTTCTTTTGCTCCAGAAATAGATGTGTGAGTTACTGAGAATATGTGCT
U5 55014483 55014532 50 TAACTTCTTGTTAAGAATGGTTAAACGTTTATTATTACTGTGTTTAGAGG
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D5 55013649 55013698 50 TAAAGTCACTGGTTCATCAAACTAGATGGTTAGAATGGTTTTCTTGGTTT
D3 55013448 55013497 50 TCAGACAAGATACATAAGGGCCCTCCCCAAGACGATACAACAGTAACAAT
G3 55009886 55009935 50 CATAAAATGAACATTTATAAAACTTTCAGCAACAATGACTTCATCTCTCT
Oligos:
Type Start End Length Seq
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