High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 33834
Chr: 4
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: bMQ_212b15 : RP24-458K14 : RP24-349L5 : RP24-349M16 : RP24-530D19 : RP24-560K5 : RP24-172P2 : RP24-358L7 : RP24-312F6 : RP24-220J13 : RP24-91O10 :
Instance: Plate 10: Well G04: BACs bMQ_212b15
Instance: Plate 42: Well G04: BACs RP24-458K14 RP24-530D19 RP24-349M16 RP24-349L5
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 34729472 34729521 50 ACATCCACTAACGGATCTTTCAGAACTGTAATACAATTTCATAACTCTAA
U5 34725395 34725444 50 GGGTGGGGACACTGCGGCAGACAACTTAGCCCTGACTCCGTGATTGAAAG
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D3 34724480 34724529 50 ACCTCGTCTCCTCATTTGCATTCCAGTCATGACATGTGCCCTGCCAAGAT
G3 34719873 34719922 50 TCTATCAGATTAAGAATAATAAAGGAATGTCTTTTGTAGCCCCACCCCAT
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 35202717 35233681 30965 AGTGCACTGTGCACCGTGCTCACCCTTGGAACACTCAGTCCTAAACTGTACGTCTCCATCAAACCCCCCTCCCCAGGGCTCAGGAACACGATGGAAGAGAAGTCAGGGGGCTGGAGAGATGACTCAGCGGTTAAGAGCACTGATTGCTCTTCCAGAGGTCATGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGAAATCTGATGCCCTCGACTGGTGTGCCTGAAGACAGCTACAGTGTATTTATATATAATAAAATAAAATCTTTAAAAAAAAAAAAAGAAGAAGAAGAGAAGTCAGAAAGGCTTTAAGAGCCAGAGGGGATGGAAAACACCAATGAAACAAGGCCTCTGAACACAACAGGTCCCTTAGGAAGGTGGATCACCTTAAGATCATGCATCTTCCCAGAATTCCTGCCCCCAGTATAGTCCAAGAGCCAGCAGGAGGTTCAGGGGGCCTGTCTGCCTTTCCTCAAAAAAGGGTAATCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTCCCTTCCTTCCTTCGTTTGTTTGTTTTGTTTTTTTCCTTTCTGGTACTGGCCTAAACCTAAGTGTAGTTTTAAACACCCTACCTAACATTTTGGGATTCCTTGCCCCATTTTTTAAAAGACATACATATACATATGCATGCGCTCATGCGCACGCGCGCACACACAGTTTGGTCATACAAGGCAGACTTCCAGGTCTATCTTTTCTATTCCTTTAGGCAGCTGTGAGTTTACAGTTTGCCTGCCCTGATTTTTTTCCTTTAAAACACAAATAAATGGCCCTGAGTTTCCATTTGACTTTTCTTTCCCTTTAGAAGTGTATACACCCATTTACTGTGCGTGTGCTCCCGTGTAGATCCCATGGTACACACAAGGAGGTCTAAGGACAACTTGCAGGAGTCAGTTCTCTTCTTCCTCAGGTTTTCAGGCTTGGGGGCAGAAGCCTTTACCTGGTGAGCCATCTCACCAGCCAAAAGAATGTGTTTGTTTGGGCTGCATGTGTGTATGTGCATGTACACCTGGTGCCAACAGAAGCCAGAAGAGGGCACTAGATTCCCTGGAACTGGAGTTTTAGATGGTTGTGAGCTGTCATGTGGGTGCTGGGAACCAAACCCAAGTCCTCTGAAAGAGCAGAGAGTGCACTTACCCACTGAGCCATCGTCTCAGCTCCTTGCATCCATTTTTAATTCATATATGTATATTCTATGTGTTTGTTTGTTTGCTTGCTTGCTTGCTTGTTGAAGTTGGTGCCATAGCTTGATTACTCTAAAACTCAATAGGTAGATCAGGCTGGCTTTGAACTCACAGAGATCTTCCTGGTTCTGCCTCCTGAGTACCAGGATTAAAGAAAGGGGTCTGCCAACATGTTCAGCTTTAATTCTTTTATTAGTTAAACCAAAAGCCCCACAAAGGAACTTCGATTTCCTGGGCATCATATGATGTCTCTGCTGGGGCTCCCCAAGATTTCTGCTAACACTTTTTTCTTACCTTTCAGTCCTTGGCAGAGAAAATGATCTCTTTCTTGCACCCTTCGACGTACCAAGTGGGTGAAAGCATGTAGACCTGACTTCAAATTCCCAGCACCTACACAAGAGCTAGGCACGGCCACACATGCCACAACGCCAGCGTGTGCTGGGGACAGAGACCGGCAGATGCTCAGAGCTTAGTGGCCAGTAAGCCTCAAACTAACAGTGACCTTTTGACTCAAAGAGCCAACTGTCTCAAAAGTAAGGTCAAAAGTGAGAGAGGAAGACCGGACACCCTGCTCCTGCTCCTGCAAATGCTAACTTCCCTGTCAGGAAAAAAATACACAGTAAACAATACCGAGACGCCACTTTAATCAAGTCAGGAGTTACAAACCCAGGTGTTTTCAAGAGAATGCCATGTTTACCTGAGAATAGGGTATGAGAGTTTCAAACTGCTGATGAAGTTCTAGTAGCTGAATTAACTCTGCATTCTTCTTGGCTTTCTCCTTAATCAAATGGATGTAATGGTCTGGATTTTCTGCGAATGTGTATGCAGCATCTCTGGTACTGAAAGTATAATATTTTTCTTTGTATTTCAAAATTCCAATGGCTGGATTTCCTGTGAAAATTAAGAACAACAATTTAATTAGGCACGAACCAAGCAATTTTGTTTTTGTGGTAAGCCATAGGACCAATGTCGCTATGGATACACACACACACACATACATATACACGCACATTATAACATATTAGTTTTACTTTTGTTTTGCTAAAAACATTATTAAATGATAAAAATGTGAAATTTATATTAAACTATGTAAGTGTAACTTTAAAATATATTTTATGTGGCTAAAGAAATGGCTTAGCAATAAAAATTAAATAGGGCTCTTGCACAGGACCCAAAGTCAGTTCCCAGCACCTGTCTCTAGTGGCCCACTAAATCTTGAGTTTCGCTGACAGCCTACAAGCCCTACCTATCTGTTTCTGTGCTCCAGCCCTATGCAAAGGCTATAGGACTGTGCACAGCCAAACAGCTTTTTAATGGAGGGATCTGAACTTAGGTCCTTCACGCTTGCTCAGCTTACCACTGAGCCAGGACCACAGCCCCTAATGCTTCTTACCCATTAAGCCACATCCACAGTTCCTAATGGATTATTTTTAAAATGACTCTATTAAGAACTAGAAAAATATGACATTGTTTGTTTCCTCAATACAGAATTGCATGTCTTCCACTATGAAAAGATTCTACAACGACTCTGGGTTATTTGCTATCCATATGTCTTGTGGAAATTATGTAGGAAATGTTAATACTGTTCTATTTATTCCTCTAACAAATAATTGTTGGCTTTATTCTTGGTAGAGAGGGATACAGGAGGAATACAAGTGCCCACTCCCAACAAATCACAAATATAAAAGGTCAGAATGACCAGTGTTATGGGAATAACAAACTAACTAAAAAAAAAAAAAATCACATAAGCAAGCAAGTTAAATGCATGATAAAACAAAGGAGAATGAGATTGGTATTTTAATATTTTAATAGAAATTGAATAGGAAAGGTGCAGTAAAACTAAAAGCATGAGTTGGGGTCAAGTGATCAAGACTTTTGGTAGATATGACATCATCTGGAAAGGACAGATGTGACCGTGTGGCAAGCCAGCATCCTTGGGAGTAGGGGGTGTGAGCCACATATTCTGCACTCCCAATCAATGATGCGCTGAGTAGAGGTAATAAGGTAAACAGAGGCAAACCGACCTGCCCTGTGCTAATTTATTCAGGAACACACAGGCTGGCAACCCTGCTACATTCCTGTGTTCTTACTAATACAGCTGGTGGGAACTCGGGGCCGTGTTGGTCACTGCCCTATTGTCATGTCTCTAGTGTGCTTGTTCCTCATGCCAACATACAGGATTAAGCCAAGTTGTTTTCTCTACCATGCACACATAGGATTCTAGCAATTTTGTGACAAAAACAACAAACAACACAACAACAAAAAGAAAACCCACCAACCAACCAACTATAAAACATTGAAAAACAACAAAGAGATCAAGAAAAAGCCTGAAGGGTAGGTTAATGTTACAAAGTAAATAGTAAGTAGGTTTTTTTTGTTTTTCAATTGGCTTTTGCTGTAGTCTGTCCTAGTTTGCTTTCTGTTGCTCTAATAAAACGCAGCCAAGGACCAACTTGGGGGAGGAAAGGGTTTCTTTCCTTTTCCAAGCTGACAGTCCATCACTGAAGGAAGCCAAGGCAGGGAGGGACTCAAGGCAGGCACCTGGAGGCAGGAAGTGATGTGAGAGACCATGGAGGGGTGCTGCTTTGCTGGTGTGCTCTCTATGGCTTCCCTGCTACCTTTCTCACACAGCCCACGCCTGGTGATGGCACGGTCCAGAGTTGCCTTGACCTCTTAACGTTAGTTATTATTCAATAGAAGGCCTCCAAGACATGCTCAGAGGCCAACCTGACGGAAGCAATTCTTTAATTAAGGTTTCCTCTGCCCATGTATGTCCTGTTGACGAGGGCTAGCCCCCTTCAGCTGCTTGCCAGTTCCACTGCACACAGAACTTTTTGAATTATAATGTATTTATAATGTATTGTCTCCCGATATCTAATTTACTCTTTATTTTGTAAAATTATAACGTTACATATGATATAGATATAATTCACAATAGAAATGTGACTGAATAAAATATTTCCTTAGAAGAACTTAACAGAGAAATCCTAACCTATATTAATAACAGGTAGCTGCAGAGCGACCATGGATATTTTTAAGTGAACACATCGGTTGAATCCGTACGTCTTTTCCAGTAACTCTTTAAAGACGCTATCTTTTCACTGCTAAACCGTGCTTCCGGGCTCCCTCAGTATAGGAGAATCAACCCCTTCTCAAGGCACCACAGAGTCCGTGTCATATAATGATGGCTGAGCATCCCTAATACAAAATGTGAAATGCTCCAAAATCGGAAACAATCTGAGTTCCTTCACGACCCCACGAGCAGAAATTTCATGTGATAAGTCACAGTAAAGTATGCGGTGCACTACAAGCAGTGTACTCTTAGTACTCTGTACATAAAACATCTATGGAACATCAACAGATTTGTGTTTAAACTTAGGTGCCGTCCCCTAATAGTCTCAGACTCTCCCACACCCACAATTAGAAACATTTCCGGCCTGAAGCATCTTAGATCAGGGAGAGTCAACCTGTTACGTCTCTCAGCCCTCATTCCTTACAGTCTCTTGTTCAATCTATCATGCTGTCCTGGAAGCACCTGCAGGTGAGGACGGTGTCAGGTCCTCTTGGCATCTCCTCCCTAGTTCACCATCTGCGTCCATACAATGTTAAAGGACGCACAGTACAGACAATAAGTGAGCAATCGTATGGAACAGGCATGGGGAGGGCAGACTCTTATCTCTAACTGTATACCTGGGAGGAGAAGGCCATCAGTCACAGCAAATGTGTAGCCACAAAATCCACGATACTGAATTAACAGTTTGTTAAAGTTTGCTGT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