High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
 
       
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by wy1
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 301345
Chr: 2
Strand: -1
Status: Ordered
BACs:
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 5008770 5008819 50 TCTTCCAGTAGAGATGTCAGGAGACACAAGTCGTCTTCCTCCACTAGAAG
U5 5006679 5006728 50 ACCTACATTCTAGGCCAGCCTGAGCTACAGAGTGAGACCCAGTCTCAAAA
D3 5006194 5006243 50 ACCTCAGTGCTAGGATTCCTCAGTCAAGAGCTGCTGCGGTACAGACCTGG
G3 4999744 4999790 47 GTCGTTACAGGGCGGCGGCCATTGCTCCTAAGAAGAAGGTTCAAACC
Oligos:
Type Start End Length Seq
U5_D3 4927240 4927774 535 ACCTCAGTGCTAGGATTCCTCAGTCAAGAGCTGCTGCGGTACAGACCTGGCACGTGCACACACTGCCTCTAGAAGACCCATCCTCTGACAGGACTAAGGGCCATCTAGTGGGACGAACAAAGGGACACAAGGGATGTTACAGCTACTGACCTGAGGCGTAGGCCTGAGAAGGCTTCCACAGAGACCTGGGAAACCTGCTGGGGCCGGTCCCCAGAATTCCCTGGGGACACTGTGTTTTGATTTCTAATTGTCCTGCTACATTTGTTTCCAGGAACAGCTTGAGGTGAGGGTGTGCTTGATCTCGAAGAAGAGGAGTGGTTAGGCTCTAGAAAACTGGAAGAAACCTGTAGTGGCTGTGCGGGTGTACGCATCCTTGAAGATGACTCTAGGAAATTAGCATAAGAGGTGGAGAATGACTGAGAGCCATAAAACCTACTTACCACATTCTTTTCATAATCAACATATAGGATACTTTTTTGTTGTTATTTTGAGACTGGGTCTCACTCTGTAGCTCAGGCTGGCCTAGAATGTAGGT
15_E_15 4912240 4942774 30535 CCGCAGTGCCCCGGTTTCCCATATGCACATGAGTGTCAAATATGGTGTCAGGCCAGCACATGGAGGAAAGCGGGTAGGCACCATGGTTATCAAGCACTTCTTTCTCACAGAGTCAACCAGGAAAAAGGACAGCACAGAGCCAATCTCTTGCTTTTCAGAGCCACAGGAGTAAGGCCGGTTGGGCGGTGTCTGAAGAGAGTCACTTGAGGCTGTTCAGAAACTTGGCGTGCTCTTCCCCTCTCGGCAGCAGGGTCTCTCCTCCTATCTTTGGACCTGTCTTCTCCTAGGAGGAGAGTGCACGAGGAAGAGACACTTTATCTCTATTTTCCTGGGTCACCAACTTAATCACGAATTAGAATACAGTACTACCCAGCTAGATAATGTCTAGAATGTTCCCAGGGCCATCTGTTACAGCTTGGCACCAAGCTGGTGCTCCTGGGAGGTGGTGGGACTTGTGGGAGTTCTTAAACCACTGGGGATGAGACCCTGAAGGAACAGGAGGACCCAGGGATCTTTTGTTTTCTGTATGAGATAAACAAGTCTTTGTCATCTTCTCCCACCAAAGGTCCAAAAACAGACCAACCAGGTGGAAACGGGAGAACTGTGAACCAAAGGAAACCTTCCGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGGTAAGAGCACCCGACTGCTCTTCCGAAGGTCCAGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCGTAACAAGATCTGACTCCCTCTTCTGGAGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATATAATAAATAAATCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAGGAAACCTTCCCCCCTTTAAAACTGATTATCTCAGGTAATTTTTGTTACAGTAACGGAAAACGGGTTACCGGATTACCACACATACCTTCAGCATTCCATCCCGTTCCCACTTGTAGAGGCCACAGTTACTGAAACAGAAAAAATGGCTTTGCTCAATAGTAACATATTAACGGCATGAAGACAATGGGGGTGGGGGTGGGGTCACAGGGAAAAAGTTGCCCCTTCATCCAAGGAAGAGCTGCTCAGGGAGGTACCCATATTATCCACCTCATCTCTTCATCCAAGGAAGAGCTGCTCAGGGAGGTACCCATATTATCCACCTCATCTCTTCATCCAAGGAAGAGCTGCTCAGGGAGGTACCCATATTATCCACCTCATCTCTTCATCCAAGGAAGAGCTGCTCAGGGAGGTACCCATATTATCCACCTCATCTCTTCATCCAAGGAAGAGCTGCTCAAGGAGGTACCATATTATCCACCTCATCTCTGGTCATGCTCAAAGTTACAGAGAATAAGCACTTCAATGGCTTGAGAAGCAGCCTTCCACTCCTCTGTAACCTGGAGACTGCAGATATGAAACTTCAGGTGATCGCACTACACAGTGGTGCGTGTCCCAGTGAGGGGCGCCATGTAGGCACTAACTTCTGTCTACTGGAGGAGAATGTTCTAGGTCAAGAATTGAGAGACGAGGCTTCAGCCGGCCACCATGCACACTCTTCAGCTGAGGGAGGCTCTACCTCTCAAGGGTCTCAGCTAACAGTTCCAACTTGGGGGTATCAGGAGCTCCAGGAAAGCTTGGGGTGATGACCCCATGGGGGGACCATGCAGGCAGTACCATGGAGACAGAGAAGCCCATGAGATGTTCATACCGGCAGTGCTTGTTTGGGAGCTTGTCCAGGGAGATGGTCCTGTTTCCACAGGGACATTTGAAAAACCTCTTCACGCCGTCGTGCCAGTGGAGGTTATGCTGCTCGCTGACACAGGTCTCCAGAGGCTTGAAGTGGGTATAGGTGCACTGCACAGAGGACACAGACCACACAGGGGTGAGCGGCTTGGAAGGTAGGAAGAGGAGCTGCTGTCAGGGCCCTCCATGCTCTGCCATGGCTGGAACCTGACCCACTAATCTTTGGTGATACACTTCTCTTCTGAGATGGGGTTCTGTCTTCTGTAGCCCAGGCTGGGCTTCCAAACTTGTGCTCATATACAGTCTTTTACTACCTCCCAAAAGCTGGGGTCAGAGGCATAAGCCACCACGCCAGGCTCGAGTGGAGCTCTTGACTCTCTCTTATACTAATCCCTATTTTCTAATGTCTGCCCTATTGGGTTGACACAGAAGGGTTGCAAGCTCAAGGACAGCCTTGGCTACATAGTACGTTTCAGATCAGCCAGAGCTAATAGTGAGATTCAAAATACATACTTTTACCTTTTTGTTTGTTTAAATTTTGGTCAAGGTCCCAGAGATAGCAAACTTGAACTATCAATAAATACATCAGAATTTCTCAGAACTTGACAAACAGCAATAGAACAACTTGATCCTAGTGCCATACAGCAGATTCTCCATACAAACACTTCACTGCACAGTTCCAGGTCAAGCAGAGAACCTGAATTTTGTCTATCTTGTGCTATTTATTTTCAACTCTAAATGACATATTACAAGCCACGGCCCCACATCTCACAATTCTTCAGTTCCTGCCGAGTCGGCCCCGACCCAAATGGAGCCCTGCCCCCACGCACCGTCCTGCACGTCACCACGCGGCATTTCACTTCCCGGGTGGCTCTCATCTTTTCTTCCATCTGTTCTTTTTTCACCAGTGGCTCAAAATAGGATTTCTGTAGCTCAGCCTCAGCCTGAATGACAAAACCCACAGGAGTAACTCCACCAAACCCAGTATCTGCTCAGAATAATGACAGCCGTGACTTAGCTCAATCATCATAAAAGCAGAACTGAAGAGACCCCTACACAGAGTAGACCAACTGCAAGCCAAAGATCATAATAGGTAAAAAACAAAAAAACAACAACCAAAAAACCCAACAACAAAAAACCTTAAAATAGGGAATAAAAGAAGATTAAAAAGACTTAAAGACTTGGTTTTTAAAAGAAGTTCAAATAAAAGCCAGCGTGATTATCAGCAGTGGCAGTAAGTTGAGTGTACGAGCAGACAACCAATTCAACACAGCGTCCCACAGACTCCAGAGGGAAGGCACATACAGACGGCCCCACGAACGACAGCCCCATCGGCTAGGTGATGGCCACTCCAAATGCTCAGGGCACAAGAATGCCCCAAGCAATTAGAGCTGTAGAGATGGGGGCAGGAGCAGCCTCTGAAGAGGGATGATACAGCTCTGGAGTGGGTAGTCAAACCAAGTGAGTTCACACACCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACCCTCACCCTCATTTAAAATGCCCCTGCTTAGTAAAGCAAACCATGCACTCTCCAGGCACGTCTTCACTGCTGTGAGAGGACTCCTCAGTCCTCCTAGAGCCTGGTTTTGAATGACACTGGCCTGACTCCTTGGGCACTCACCTCTTTCAGGATGTCTGTGTGCTTGGACTTTGCTTTTAGAATCTTCTGAAATTCCTCGGACTCTAAGTAGGCAAGCTGCTCTCTCCTTTTTTTCCTGGCAGGCTCCAGCTCCTCTGTAGAACAAGGTTCTAGGTTTTACTGAGAAGACCGAGAGAGAGAACCAGTGTGCTTTGCCCTTCACTCTCCCGGTCACCAGCCCCTTCAACCTTGACATCAGGACCCCAGTTGTAACTGGCAAGGGTGACCTCAGTGAACAGAAAGCTGGGTATGATGGCCTACGATCCCATTATTGGCAAAGGTAAGGCAGAAGGATTGCCAAGTTTGAAGACAACTTTGGCTACAGAATGAGCCTTTGTTTGTTTATTTTTTTTTTATTTTATGTATATGAGTACACTGGAGCTGTTGGGAACCTTTATGTGGTTGTTGGAGTTGAAATTTTTTAGGACCTCTGCTCACTCCGGTCAACTCCGCTCGCTCAGTCCCTGCTGACTCTGGCCCCAAGATGGATTTATTATTATACAGAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACGTACTAGAAGAGGGCTTCAGATCTCTTTACCAGTGGCTGTGAGCCACCATGAAGTTGCTGGGACTTGAACTCAGGGCCTTTGGAAGAGCAGTCAGTGCTCTTACCTGCCTAGCCATCTCACCAGCCCGAGACTTTGTTTAAACAAACAAACAGTAACCAAAAATCGAGCAGAGATTAAGGAGCATAGACCAAGGTGGAGTTCTTGACAAGAAGAGACACTCTTTACTTCTGATTATGGTGACAGAAGAACAAAAAGTTGACTTATAAGCCTATTTTAAATGACATTTAGAGTTCCCGTGCTTTAAAAAGTAAAAACAGCAATTGCTTTCAAAAATCTTATGTTACTATAAAATGCATAAAGATCCAGGGAACAACCCTTTGCCACCTGCTCAGACTGTGCACAATTCCATTCCAAGTTCATGTGATACAGCAGTGACTGGAAACCCAGTCCTCAGGACTCTGGAGCAGGAAGACAGAGCTGGAGCGAGGCAACCTGGACTATTGAGACCCACACTAACACTTGATGTTGGAGGGTAAGCTGTGCTTAGACCCTGTCTTCTCTAAACAGGCTCTGTCCCCCACCATGACGGCGACGCCACAATACCTTCAGGAGAAACTGTGTTGCTATTCTCCACACGCTCCTTCACTCCCAGCATGGCTCGGCCATCCATTTGCTTCCTTACAGTATTGTTTGGATCTACTTTTGTGAGAATCTGGCCTTTTGCCCTTAATTTTGCAATAGCAGCTAACTAGAAACAAACAGATAGACAGTCAGTTGAGATACTGCAGACCACAGCCCTTGGTTCTCTAACAGAAATTGGGCTGTGAGACGGCCCTGTGTGCAAAGCCCGCTGCCTGAACTCTAACCTGAGAACGCACACGGTAGCTGCGGAGAACCTATTCCTGCAAGCTGTCTGCCGACCACATGGGTGGCATGTGCATGCACACACACAAAAGATGGCACTAAAAGTTGATGGGACAAAAATAAGTCTACACATAGATAAAAATGATGTTTCAGAGAAATACGCAATATGAAATGGCAGAAGTATGTTTAGGGCACTTTTGGAAATTTTTGGA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