High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
 
       
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by wy1
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 301330
Chr: 11
Strand: -1
Status: Ordered
BACs:
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 55012251 55012300 50 GGCCTTACAGCCCCTGCAGGTATTAGCAGAAGTTTTCTGAGCTCAATGAG
U5 55009301 55009350 50 TTTGGCTCAGCTTGGAGGCATCATTTGGGAGACGCCATGCTAAGACTCAA
D3 55008960 55009009 50 TGTGATAGATGGATGGAAGGATGGGTAGATAGATAGATGAGTGGGTGGAT
G3 55002610 55002656 47 GGCAATTTTCGGGAATCTGTTTTCACCTCCCACCATGAGGGTCTGAA
Oligos:
Type Start End Length Seq
U5_D3 54822462 54822852 391 TGTGATAGATGGATGGAAGGATGGGTAGATAGATAGATGAGTGGGTGGATAACAGATGGTTAAAGGGGTGGATAGGTCAGAAGGAAGATGGATGGTTCGTTAATCTTGGTGTCCCCATCCTTCCAGTCTGACTCCTTCCCACCGTCTCACCGTCTTTGTATGCGGCCACCAGCTGGTGCATCTGCTCATTGGTCCGGGAAGCCAAAATTTCAATAAGGCACTTCTCATCTGTGCCAACGCCCTGCAGGAGAGAAGAGACATATAGGGCAGAATGAGAACCCCTTAGCCACAGGAGACCCTAGGATAGCCTGGGCTGTGACACCTCCTGTACTCATGGTGTCTTTGGCTCAGCTTGGAGGCATCATTTGGGAGACGCCATGCTAAGACTCAA
15_E_15 54807462 54837852 30391 CACCCCAAACCAAAAACTAAAACTAAAAATAAGACATGTGTGGTGCTGTACATTTGTAATCCTAGAGCTGATGAGGGGAGAAGAGATCACTGGGCAATCCCTAGGCCAGCAAAAGACCCCGTCTCCAAAAGCAAAATGGGGCCAACGAGGTAGCTCAACAGGTAAGGGTGCTTGCTGCCAAACATGATGACATTGGTTCGATTCCTGGAACCTACATGGTAGAAGGAACTGACTCCCACAAGCTGTCCTTTGACCTACATGCACATGGGCACACACACAAATTATAAAAAATAAAATAAGGACCGGCCACTCTCCCACACTCACCCTCCTTGTAGGCCTCGTTGATGGCCCGGATTTCAGCATTGGTCCGGGTGGCCAGGATTTCTATGAGAGTCTTTTCATCTGTGCCGGCTCCCTAGAAAGTCCACACAAAGGACATGTCAGCTGCAGTTCTGACCCTGAGTACCAGTATTCCCCTCATCGCATCCTCTAGTATGTACGCAGTACCTCCATAGCTTTCTTCAGCTGCTTAGCATCGTAATGGGCAGGTGGCATCATGAGCCCCAGAATCAGCCTTGCCAGGTCTCCCGAGATCTCTGACTTCAGGTCAGCCATTAAATCCTGCAAGGACAGAGCCACGGTCATACCAGTCTCACATCTACTCAGAACTTGCCGCCATCTGACTGTGGCCCCATCAAGCCATCTCTCACATATCTATCTCACTTACCGACCACAACTAACTGGGAGGGTTGGGGAGAGTAAGCCAAGGCTAGAACATTCTAAGATGCTATGACAAGGTGTGTGTGGAAGTCTCATTACCATGAAGACTCTGGTGCCCAAATGTACCGAGCCAGCAGTGACCAGCTGAGCTTCACTTGGGAGGTGTGACAACCTGAGACCCAGTCTAGGGAGGAAAGACCCTTACCCGGCCAAAGTGAGATTTGAAGGTCTGCCGGATCTGCTGCCGCTGGGCGTTGCTCCGGTGGGTGACGATGTCGATGATGGTGGCTTCATCAGTTCCTGGGTCACCAAAGCCACATGCCTTAGAGGAGGTTCTGTGGCTCATCTTCCTCCCCTCCCACATAGTTCCCAACAATCCTTATCAGGATAAAGGCCTGGGTTGGAGGCCATGGGCTCCTGACCCTGGTGGGCGCCTTGCCCCAAGCTACTTGCTTTCTTTTGTCATGCCATTGGTGGGGATAAAAGTGCAACCAGAAAGGTGGCAGGCACTGGGTGGTGAGCTCCAGGTTGGCAGCTGGGGTGGCAATCAATGGGTTGGGTGTCAGAGGCCCTGAGTTCTAGTCTTGGTTCTGGCAATGGTTGCCTATCTTGGGAAGGTTTCTTTTGCTTTTTGGGGCTCAGTTTCAGTCTCTAACATGAGTAGGATTGAGGAACTACTGAGAGATCCTCCCAACTCTGCTATCTCAGCACAATTAGTGACTATTTCCTTTGTCTTCCATTCCCTCTAAGCATAGCAGGTTGGCTGAAGGCACTGGAGCCCCACCCCCTGCCTTTCAGGTGAGTGCTACCAACCTCAGGTCTGACACAGGAACTAACTTTCCTTTCTTTCTTTTTCCTTTTTGCTTTCTCTCTCTTCTGAGATTGGGTTTCTTGTGCATCCCTGGCTGCCTTGGAACTCACTCTGTAGACCTGGCTGGCTTTTAACTCAGAGATCTGCCTGCCTCTGCTCCTCAGTGCTGGGATGAATGGTATGTGCCACCAATGCCTGGCGGGATCTAATTTTCAAAGCATTTGTCCCTGTAGTTTCACAGCTAGAGACCCAGAAGGAGCAAGACCCCTTGGGAGTTGTTGCTGGGCAAATGGGAGGAAGAAAGACAACAGAATCCAAACCCCATTCTCTTTCCCAACAAGGGCTTTCCAAGCATGGGCCCAGTTGGGTGCAGGCAGCTGACCACCATCATATAGTGGCTCTTTCCATTGTCAGCCTGGAGGAGCCAACCATCAGGGTACTGTCACCCCAGCAGGGAGCTCTTGGGTCCTCAGGTCAATGGACCTCATTTTACACACTGGAGTGAGACCCAGAGCTGATTAGAACTTGTCTAGAGTCATACTGAGTCAACACCCAAGACTTGATGACCAGTATTTTCTTCTGCACCAGGGTCCTGCTCAGAGGCTGGGAGACAGCTACCTTGGTGTTCAGGAAAGACTGCTGTCAAATTCATTGCAGACCCTCTTCTATCCTTCCCTCCCACCTGAGATGGAGGATGTTTCCACAGAGTCCTCCTTATCCTGCAGAGCCTCGTTGGAGGCTTCAACTCCCGCCTGGACCCCTTTACTGCCAAACCTTCCTGGCTGCAGCCCAGAGGCCTTTTCTGGTTCTTGTCACTCTTACCAATTCCCTTCATGGCTTTCCGCAGGGCCTTGGCATCAGCGTCAGGGTTGAAATCATTGGCTGCACACACAGTACCCTTCAGCTGTGAGGAGGAGAGAGAGGCTCAGCAGGTGAGCGGAGGCCCGTGGGGAGCCAGGTCCAGAGAGGAGCATGCAGAGTAAGTGGCAAGGGCTTTCCAGACTGAGGCCCAAGCTGGGCAGCCTGGGGAAGGAGGCACAGCAGACAAAGCCACCCAGGGCTGAGAGAGCAGAGAGTCGTGGGCCTGGGGACAGGTGAGTGCTGGGCAGGGAAGGGGCAGCTCCTGCAATCGGACTTGGCTCTGTCCCAGCTCCAGAGGCTGAACATTCCGTTGGGGCCTCTCAGCATCCTATTCACCCTGCCCCAGGGCCCCGATGCCTGATGTAGCCATGGCTCCCCATAACGAGGCCCAAAGACTCAGAAGCAGAAATGGTTTCCAGATTTTAGTCCTGACCCAATGACGTTCCTGCTGCTTTCCATATCTGCTATTTCTTTTTAATTTTGCTTAAGTGATTTTTGGGCTTTGCAGTTGTTTTATTCTGTTTGGAGACAGGGTCTCATTACGTCCCTCTGCCTGGCCTGGAACTCACTATGTAGGCCTCAAACTCAGAGATCTGCCTGCCTCTAGCTCCTTGAATGCTGGAACTAAAGTTCATCACCATGTCTGACCTTTGCTTAAACAGTTTTATTTAGAATAATTGGGGCGGGGGTGAGGGGGGAGTGTCTGACATGCTAAACAACACCTTCTGGATAGATCTATTTTGAAGTACGTTTAAATACTCATAAAAGGCAATTAAAAAAAAAAAAAAAGACAGGATCTCATGTAGCCTAGGCAACTTCAAACTAAACTACATATAAGTAAAGGCTGTCCTTGAACTCCTGACCCTTCTGCCACTCCCTGCTAAGTGCTGAGATTATAGGCATGTGCCATCATACTGTGTGATCTTTGTCTTTTTGTTTGTTTTTTCCTTAACACAGAGTTTTACTCTGTAGCCATGGTTAGCCTGAAACTCATTACATAGAACAGACTGGGCTCAAACTTATAGAGATCCACCTGACTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGTTTAAAGGCATGCACCACCACACCTAGTCTTTTGTATATATGTATATCTCCTCTTATGCTAACAAGTCCCTGACATATAATAGACATTTAAGAAGTATTATCAAATTAATAAATAGGTGAAAATAATTTTTCAGTGGTCGCAATTAAACCAAAAATCTTGTGTTTGCTAGGCAAATGCTCTACTACTGAGCTATATCCCTAGTTTTATGATAAAAATAATTTTATACTTTATATACTATCACAAATTAGAAAAAAAATTATCCTATGTTATTAACAGATGCCAATTCATAAAAATGAATGTAATACTAGCCCCCACTTAAGTTAAAGGTCACCAAATTTAAGGTGCTACTGCTTGCCAAAGCCACGGCTCTCGGTGTAAAAGGGCAGGCGCCTCGTATAGCACAGATGTGGCACCAAGCCGCTTTCTCTTTACTTATCAGAAAGGCTGGTGGAACTGAAAAGCAGTAGGTTCTCTGTGAGCTTGGGTGTCACTTAACACTTGCGGAGGCACTTTCATCGGCCAAGCCAAGCTCATTCCTCAGATAACCCGAGGTCTCCCTCAGTGGCAGCATTTGCCTTCAAATTTAGGGAAGAGTAGAATAGAAGTTCAGCGTTCAAGAGCCTTTAGGCCACCAGGACTGCCATGTCTAACCCCCTCATTTGAAAGGTTCAGGCATAGAGGCCAGGAGGGAAGGTGAGGACCCAGCAGTATCTGGAGTAGTTTGCCAGGAGCCTGTGTGAAACCTTTTGTCCCGTCCAGTGTGGACCCCTGGGTGTGACAGTGCTCAGGAGTATACCCCCCGAAATCCTGCAGTAACAACAGTAGCAGGAGTGCCCTCTCTGCTCTCAGGATGCAAAGCCCAACTGCCAGGCCCAGGATGCAGAGGCCCTCGTGGAACCTCGGGGCTCACTGGAGGAAGCCTTGTTAGTGGAGAGCAGGCAGGATGCTCCCTGGGCTGTTAGGACGAACCAGCGCAGAGATCTGGAAACTTCAGATATAAGATGCCGCAGCTCGGGTTGGCCACCAGAGGGCAGCTAGGGGCCAACCAGCGTACAGTGGCAAGGTGCAAGCAGAAGGGGAAGCCAGTGATTAGGAGATCAAGCAGGAAGTGGGGAGGGTCTGACCTCGACTCGGGACACTGCACTAAGTTCCCACATCTGATAGGCCACCTGTGCTGCCTCCGGGAAGAACTGGCCAGCGGCACTGGAACAATGGAGGGGTTCGGGGAGAGGATGGGAGGGAATGTCATCATGGGCTACACCCCATACTTCTAGAACACTCTTATGCCAAATACACCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACTAACACAGACCTGTTTGGCTTTGTTTCTTCTGTAGCATGAGTTCATCCGAGGACTTTCTAGTGCCACGATTCTTCTGGCTTCCCCTAAGCTCCCTCTAACCTATGCATGCAGTGGGGCTTTCCCTAGCAGCCTTGTTGGTCCAGGACCAAGTAGGGCAGTCCTTCAACCTCTTCTTTGTTCATCACAG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