High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by rm7
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 300629
Chr: 1
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-482G9 : RP24-348I17 : RP24-347F3 : RP24-344O13 : RP24-284C18 : RP24-535B9 : RP24-358K14 :
Instance: Plate 227: Well G07: BACs RP24-344O13 RP24-482G9 RP24-348I17 RP24-347F3
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 52931397 52931446 50 CTGGTACCAGCACAAAACCATACATATAGACAAATATAGACAAAACAAAA
U5 52926089 52926138 50 TTATCAGGTTTTCTGTTGCTATTTTTCTTGTTCCCCTCCCCTCTCTGCTG
U3 52926009 52926058 50 ACATACTTTGTTTATATTCTTCTATTCCTCTTACTCCTTTATCCCATCAA
D5 52925086 52925135 50 AAAACTTGAGTCAAGCAGATATACATTGGTGATAAAATAGTAGAATTGCT
D3 52924984 52925033 50 ATATTTTCTTTGGCGATGTCATTCCTGCCCCAGGAAGAGCATGGTATGAC
G3 52921454 52921503 50 AACATTTTTTAAGGTATGCAAGAAACATCAGAGAATTCCAGACCGAAGAC
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 52981878 52981929 52 AGACAGCTAATGGCTGGGTGGCACAAGACCTCTTTCCAGACCTTCTGTGACC
15_E_15 52966828 52997982 31155 CTCGAAGGAAGTGGGATTAAGCATGTTAAAGCACTTCCCTAATCTGCAGAAACTGTGCTTAGTACATTACCCATTGACAGGCTGCGGATATGGCTCAGCAATTAAGAGCATTCTTTGCTCTTTTAAGGGATCCAGGTTCAATACCCCACACTCATTCTCCCCTAAGTGTGGTGGTCTGTTGTATGTGAGTACCAGTCAAGAGTTTTAACAGGGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCACCCGACTGCCCTTCCGAAGGTCCGGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCGTAACAAGATCTGACTCCCTCTTCTGGAGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATATAATAAATAAATAAATCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGAGTTTTAACAGGTCATCAAACATCAGGTTAGCAAGCTTCTTAAATGACACTTTTTTCCATTATTTACAGGAATGTTACAAGTATGAATAATTGGGACTTTAAATGGCCTTTTTTTTTTTATTACCTGGTAGCCAACAGAGGACATACAAAAAGAGAAAGGTTCTTTTTGTTTTGTATTTTTGTGGTTTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTCTGTTTTATGAAACTGAAAATGGACCATGTGAGCAGCAAACTATAATGGGGTGCTGAGGAATGTGTGCTGGGTTGCATACCTCAGGCTGCTGGAAAGGTGACTTTAGCATAATGTTTACCTGAGATAACGTGGGTGTGTTCCTATTAAAGAAAAGACAGGGTATGTCAGCACAATGATCCTTTTGTATGCCCACTAAAGTGGCACATGGTACAGATTGCTGTGATGGTATCATCAGCCTCACTGCCTGCAACCATCAATGAAGAACCTGGAACAGACTGCAGTCAGGACCAGAACATGAGCTACTATCCTGAAGGCTTAGGTCAGAAGAATGCATCCCTCAAAGATGCAGCTTCACAATGGCCTTCATCGTTGTCCTTTCTCCACCAGCACTGTGGCTGTAGGTAGACCACTGTTACCTTCCAAACTTTCTCCTACACATTACTCAAGCTTACATGGATAGACGGGAGGGTGTTACAGAGAACACAGAACTTTACCTGAAAAAAACTTACACGAGATTGAGCCCATCACCATTGGGTTTCGGAGGAGTTCCTGAGGCCCCACAACTCCTTGGAGAGCTATTGGTAGTTAATAGTTGCTGGAGAAAGGGGAGCCATATTCCACAGTGCTGTAGCCACTGGGAAAATGCCTTCCCCAAGTAATAGCTGCCCTAATCCCTACAATGTTCTGCATGCAGGCAGTCCTAAATGAATGCAGTGGACCACACACATAAAAGACTAATAGAAAATAATGAACTTAACAAGGAGGCTTGTTGCTTGTTGGAAAGAGGGATATTCAGTGGGGGAGGGGGTTAAGAAAATAGCTGGTAGATTATAATGAAGTAATACGCATGCAAAACTGAAAAAAAAACAAATAATATTCTAAAAAGAAAAACATGGAATTGGAAATTCTTTGAACTCAGCTTAAACCTTTTAGCCATTCAGTCAACAATCAAGCTGAAAACTGTATGTGCAGTTATAAAGGAGATTGCAGTTGTGTGATAGCCTCGTGTATGAGCCGGGTGATTACAGTCATAGTGTGATAGGACCTTTAAATTCAAAACAAGTCTCTTGGCACTGTAGTTGAAGGGTCAATATGGCAGCCTTATTTATGTGTATTTTGCTTAAGTGTAACCTCTACTTAGTTTATGCTAGGCAAACAAGAATGTATGTTTATTTGATTATTATAAGTTTATTCCATTTGTGGGATGACCTGAATTACTTTTGTAGTTGTCTTAATCAGGGATTCTATTCATGCACAAACATCATGATCATGAAAGAAGTTGGGGAGGAAAGGGTTTATTCAGCTTACATTTCCACATTGCTGTTCATCACTGAAAGAAGTCAGGACTGGAACTCAAGCAGGTCAGGGAGCAGGAGCTGATGCAGAAGCCATGGAGGGATGTTCTTTACTGGCTTGCTTCCCCGGGCTTGCTCAGCCTGCTCTCTTATAGAACCAAGAATACCACGCCAGAGATGGCTCCACCCACAAGGGGCCTTTCCCCCTTGATCACTAAGTGAGAAACGCTGGATCTCATGGAAGCACTTCCCCAACTGAAACTGCCAGTACAGAAGTGCGCTAGAACACTTAGTTCCTGCCTTGGCAGGGCTAAACTGAGGCATTATTTTCTATTAGTCTTTGGTCCATAAACGAAGTTCTACTCAGGATGTTAGACTCCAGAGAATCAAATAACCCTATTAAAAAATGGTGAATAGAGCTGAACAGAGAATTCTCAACTTAGGAAGTTCAAATGGCCGAGAAGCACCTAAAGAAATGTTCAACATCCTTAGTCATCAGGGAAATGCAAATCAAAACAACCCTGACATTCCACCTCACATCAGTCAGAATGGCTAAGATGAAAAACTCATGTGACAGCAGATGCTGGCAAGAATGTGGAGAAAGAGGAACACTCCTCCATTGCTGGTGGGATTGCAAGCTGGTACAACCACTCTGGAAATCAGTCTGGCCCTTCCTCAGAAAACTGGACATAGTACTACCTGAGGACTCAGCTATACCAGTCCTTGGCATACACTCAGAAGATGCTCCAACATGTAATAAGGATACATGCACCACTATGTTCATAGCGGCCATATTTATAGTAGCCAGAAGCTGGAAAGAACCCTGATGTCCCTCTACAGGAATGTATATTTTCACAATGGAATACTACTCCTCAGCTATTAAAAACAATGACTTCATGAAATTCTTAGGCAAATGGATGGAACTTGAAAATATCTTCCTGAGTGAAGTCACAAAAGAGCACACATGGTATGCACTCATGATAAGTGGATATTAGCCCAAAAGTTCAGAAAACCCAAGATACAATTCACAGACTATATGAAGCCCAAGAAGAAGGAAAACCAAAGTATGGATGCTTGCTTCAGTGTTTCTTAGAAGGGGGAACAAAATACCCACACGAGGAAATATGGAGACAAAGTGTGGAGTAGAGACTGAAGGAAAGGCCATCCAGAGACCGTCCCACCTGAGGATCCATCCCATATATATTTGCCAAACCCAGATGCTGGGAAGTGCTTGCTGATGGAAGCCTGTATGGCTGTCTTCTTAGAGGCTCTGACAGAGTCTGACAAATACAGAAGTAGACGCTCACAGCCAACCATTGGACTAAGTGCAGGGTCCCTGATGGAGGAGTAAGAGAAGGGACTTAAGGAGCTGAGGGAGTTTGCAACCCCATGGGGGTGGGGTGGGGGGGAGCAACAGTGTCAACAGGCCTCCCAGGGAATGGACCACCAACCAAAGAACGCACATGGAGGAACTCATGAATCTGGCTACATATGTAGCATAGGATGGACTTGTTGGGAAGAGCAGCCGTTGGGCCTAAGGGTGTTCAATGCCCCAGTGTAGGAGAATGCCAGGACGGGAAGGTGGGAGTGGGTAGGTGAGTGGGGGGCTACCCTCATAGAGGCAGGGGAGGTGGGATGGGATAGGAGAGTTCTGAAGGGGAGACCTGGAAAGGGGAAAACATTTGAAATGTAAATAAAGAAACTATCCAATAAAAAGAAAAGAATAAGTTCTATCGTGTGGGTTTTTCTATGCCCTACATAAAAACTTAAGATAGCTTGATATGTACAGCAAAGAAGCAGTAGGGTAACAAGGAATTTTTTTTCTTCAAAGGTAATTAATAAAATGTCTCCGACATCACTAAAGATCACACTAAGGCAACTCATGGAGGGCTCTTCAAAGACTTTGCAAGAGGTACTGATCATGGAATATCGGATAACTCAAGCATGTATGGTAAGAATTTTATATACATTATTGTTATTTTCTAGTTAGGAAATTCATTGTAGAACATGTAAAATTCAGAATAGAATAATAAGTAAATGGAAGACAGATTATCAAGGTTTGAAGAAAAGGTAGAATTGGGTCACTTACATGTAAAAAATGATCAGTCTTTAAAAAAAAAATCATGAAGAACATGCAGGACCTATGGGCCAAATTTATAAATTATAGGCATCAAAAAAGAAGAAAGCAGATCAAAAGTATAGAAAGTATGATCAATAAAATCACAAAATAAACATTTCCAAGCCTAGGAAGATGCCATCTAGGTGAGAGAGGCATCCAGACCACAAATATGACCAAAAAAGAAGTTTTCCACATCACATTCCAGTCAAAACACTAAAGGAATGAAACAGTAGAAATGCTAGTGAGAGCTGCAAGAGAGGACAAAGTCTCATGAAAGGTGGGTTCTCAGAATAACAGCTCAATTTGCAGTGTAGACTTTAAAAATCAGACAGGCTTGGACTAATGATAGACCACAGGCGTCAATCCAGATTGTTTTACCCAGCAAAACAATCTTGCATAATTGAGGACAAAAAAAAAAGCTATACAATAAAAGCAGGTGAAAGTAATTTATGACCACCAAGTCAGCCCTTCATAGGAAGGACTACTTCAGACTGAAGAGAAAGATAAGCATAGCCAGGAGGCAACAGGAAAATCGTTAATGTTAAATCAGTGGTTATTCAAAGAGGGTTGAAGAAAACAAACACCACAAAATCAGCAGTACACAGGAATCAGTACCCACATGTCAGCAATAGGTGAATGTCAGTGATTTCAGCTCCCCAGTCACAGACACAGCAGACGCTTCTTAAAACAGGACCCAGCATTTTTGCTGCTTCCAAGAAACAAGCATTGCCAGTAGAGGTGGAGATGTGAGAGTGAAAGAACGCCTGCAGCCAGTCATTCCACACAAACGGGAAAGAACAGACTTTTCATTTGAGACTTCAAATTAAAACTAATCAGAAGCTACAAAGAAGGTCGCATCATACTCCTGAGGGAACAATCCATTGAAAAGACATTATAGCTCTAAACATGCATTCAACAAGCTTGCTGCACCTAACTTCACAAAACAAATGCTACTAGACTTAAAG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GF4 -1 -1 1 GACACATATGCTATATATGTGCCTCG
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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 1, start 52982090: end 52982578
Found 7 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
U-type: U1
D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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