High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by rm7
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 298693
Chr: 2
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-424O19 : RP24-446I22 : RP24-171O10 : RP24-107H2 : RP24-104C1 : RP24-391P6 : RP24-507N1 : RP24-432N19 : RP24-211F5 : RP24-376F18 :
Instance: Plate 235: Well E02: BACs RP24-171O10 RP24-107H2 RP24-424O19 RP24-446I22
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 152675419 152675468 50 AAACTGAAAGGAATTTGTGGAAATGAGCCGTAGCATTGGTTTGTAGGGAA
U5 152680513 152680562 50 TGTTTCACGTACCACTGATAAGATGAGGAAGTGGCTGTCAGGGCCTGGTG
U3 152680698 152680747 50 TTTTTGAGCAGGGAGAAGGAAGCATTGAAGAGCGGGTTCTATAGTTCTGA
D5 152681297 152681346 50 ATGGAACCCCAAACTTCTCAGGGCCACCAACTCCTAATAAGGACGTACAA
D3 152681394 152681443 50 TGAGCTACCATATAAGACCCAGTCTTCGAAAAAAACCTAGGCAGAAGTGT
G3 152685110 152685159 50 CAGAGGTGACTCTTAAATTCCTATTCTCCAAGCCACCAGAAATTAAAAAC
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 152507083 152507129 47 GGCTATGTATGGTGGCTCTTAGTACTCAAGAGGCTGAGGCAAGTTCC
15_E_15 152491249 152522179 30931 ACAGAGCATCTGCAAGCCAGGAACCCAACTGTCCACACAGAAGCCTTGACAGTGGCTGCCTGAACCTGGGTTGGCTCCTGGACTTTCTAGTTTGGTTCACAACTTCCTGTCCAGGAAGGTGAAGGGAGAGACCAGGTAAGTCATAGGCCTAACCGAATCCAAGGCTCCTCCCAAGAGGAATCAAAACAGTATTAGGCAGTACAGGCGGACAGATCAATATGAGTTCCAGGCAGGCCAAGGCTACATAGTAAAACTCTGTCTCAACAAGTAAAAATAAAACTGTCTCCAATTTCCAGTCCTGAGCTTGCCATGGACCACACCAGTCAAGTATGGGGATCTCTGGAATGAGGGTCCTCGAAGTTAGGTGGGTAAGGATTCGGCAGTGACAAACAGAACCAAACACAGAGGCAGTTTGAATCTGAGTGTATTCTGCAGCTCTCAAGCAGGGAATTTTATACATTAAAAAAAACAAACATGGGCTGGTGAGATGGCTCAGTGGGTAAGAGCACCCGACTGCTCTTCCGAAGGTCTGAAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCCGTAATGAGATCTGACTCCCTCTTCTGGAGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATATAATAAAAATAAATAAATCTTTAAAAAAAAAAAAACAAAAAACAAAAAAAAACAAACATTACATCTCTTAGAGACTATATCCAGTGAAACAGTCACAAATACCAACAAAAATCATTTGGCACTGTAAAGCACAAAAATTATCCAAGCATTACAACTCTGGAACTATGTTTTCAGTGAATCCCAAACAGAACAGGTAACATCATTGTAAATCATCAAAATATAACAACTCTAAAAGGATGTCGTCCAAGGCTAGTGGCATATTTCCAGGAGCAGGTTAATAAATCTTTAACGGTCAGTGCTCTTAACCACTGAACTAACTCTCCAGCCCCGTGGTCAATTATTATTTAACATCTAGTGCCTGATTTCTTATAATCTTCAGTGTATAAATTTAAACTATTTTAATTCTTTCTAATTAAGGCTTTCTTTACCATATACCAAAATCCACCTCCAATGACACACTATGTGTAGCCATATGAAATTTTATTGTTAGGAAAAAAATTTTTATCATAATAGTTTTGTAGATGATTTAGAAAATAATCATTTACAAATGATTTCCCCGGGGATAAGGTCAGGTTAGTGGCCCCATCTCTAGGGATGGTTTCTTACCTATTATTCTCGCTTAAGATCTTGGCCTAGGCTACCAGGAACATGTAAATAAGAAAAGGAATAAGAGAAAACATAACAGATAGATTGCCATGAGAACTATGGCTCAATATTTTTCCCTCCGGCAGAGAGTTCCACAACCTGTTCCAGGAGACCTCCCCCTTTTGAGGTCAATCACCTCAGTGTGTGGAACTTGTCACACAGATCCTACTGGAGGTGGTGTGGCATGAGCTACCAGATGAAGAGTCTTCCCAAACACCATGCCTGGCTCCTGGTTAACATTCTGCAATGGAATTATCAATAGCTGGGCTCATATAACGCTCCCTAGCCTTCTGTGTAGCTGGGCTGTCACAGAAACTCCATAGAGACCTAAAGTCAAGGCCCCACTCTTCCATGTCTGGCTTTGTGACCTACATGGGTGACTTTGTCTCTCTAAGACTCAGTGTTATCGACTGTCAAATAGGGCAAATCACTCCTTGTAAATGTTATTGGGATCATAAGTAAATAAGAGTAAAATCCATTGTCTAGTGTGAATTGCCTTCTTAACCTGAAGTAGGCCAGGTGATTAGTATTTTTTTTTAACCATCTGAACTTTTTGTCAAGATACTAAGTCTCAGTTTCAAATTCGCGGTGTCTGCTCTGCCACAATGGAGTTGAGCTTTGTAGATGGCTCTCTTCTGCCAGCTACTGTGTACTCAGCCTCGTTGATAGCATTTGCTAGATTCAGACTGGAGGGCCATAGATCTTCAGGCCCAGAGTGAGATCCTCTGTTTGGCCCATAGTCTATCCCAGTGCCAGGAACCTTCAAGATACAACTTTCTTTTTTGCTTTCACAATGGACCTTGGCTAGGGCCACGCCGCATCACCAGAAGAACCAAGGGATTTTCTATTTGTGTAAAAGAAGCATTTTAAAGCTCAAGTGAGATATTCTCTTATTTGTTCATTGACTAGAGTCAGGCAAAGTGGTACACACCTGTAATCCCAGCACTTAGAAACCTGAGGCAAAGGAATCACATTTTTGAGGTCAGCCTGGGGTATCCTGTTGCCTAGCTCCATACACGCTATGTTACAAGCACAATTTCAAGTGCTTGAAATTCAGCACTGGATACTAGTAACCTTATTTCTGCCTTTATGCACTGTACCATTCAGCAGAGAAAATAGAAATTAAAAGAATACATATATTATACATAACAACCTAAGCTATCCCCTGCCTGGAATTCTTAGCTTTTTTCTGTTTCCCCATTGTCTTTCACATCAGGCTTCCCCTGAACTACCTACCCCCTTAGCATGGATCCCTCCAGTCACTCAATGCCTAGGTCTGTATGTGTTTCCTTTTTCTAGCAACTAGAATTCCACACCTGAGCATAACACCACTTATATACTAAGTGTGCAATTGTGATTTGTTTAATGAATGTATGTATTTATAAACTCAAGTAAAGTTCAGTGGCAGGGTGCATGCCTAGCATGCATGAGAGCTTACGGTCAATCCTTAACATTCAAAAAATAGTGGTGTGCACGTGTAATCCCAGATTTGGGCATTTAAGAGCATTGGGAGTTTAAGGCCATCCTCAATTACTTACAAGATTTGGGGCCAGCCTTAACTATATGAAATCATATTTCAAAAAAATGATACACAAGAAACTATTAAGATTCGCTGCTTTGGGGTTGGAGAGATGGCTTGGCAGTTAAAAGCACTGGCTGCATTTCCAGAGGACTAAGATTCAATATCCAGGACTCACAGGATGGCTCACAACTGTCTGTAACTCCAGTTCCAGGGGATCTGACTCTCTCTTCTGGCAAGCAAGTGCTGCACACATAAAATGTAGGCAAGAAAAAAAATCCACATACATGAAATAAAATGGAAACTAAAAATAGCTTCCTTTAAGAAAAATAGGGGAATCTTCAAAAAGAATCTTGCTTTTATATTACCGTGTATACTATTGGATTATCGTCTTGTGAGTTGAAGCTTCCTTTTTTTTTTAATACTAAAACTACCCTAAATAGTTGCTTCCAGTTATGATAATAGCCACGGAGTTTAAAAACTGTATGGTGTCACAGAGGTGAGGACTATTATTGCCTGGCATATAATAACCACATAACACACTTGCGAACCTTTTACATACCCATACTATTTTGCTTTGTTTTTCTCTAATTTATCTAGCATTAGGATGGTTTCTAACTCATACCGATATGCTGTCATCTTTACACTTTAAAGCTATTCTAAAAGATAATATTTTAGACTCCATAATTTATTTTGTTCATTTTACCTTCTCTGCCTTCCCCCTTCCAACTCCCTCACACTAAAATCTGAGCTTCATGAATGAAAGGACAAACCTTCGCTTGTTCACTTTAGTGTCCTCTGACCCTAGGACACTAATAAGAGAGTGATAAGGGTAAGTGGGACACCCCAATAAATATTTAAGGCTCAAATGAACAGTTGAGTTTCCCGTGAATGCATGCATAACTCTTTGGATGAAGGATCCGGATTTGCGGAGAGGTGGATAGCCTGGCACTGAAGAAATCGCCTAGGACTAAGGGATGGGTCCTCAAATCTCAGGATGGATTACAGCCATAGTGGTCCAGAGCTCCTTTTCAGGGCGGCCTCGAGTTGCTTAGCAACATGACACCCCTCCCTCACCGCCACCAGAGGGCGATCGGGCGCGCGGTAGCGTGAACGCGCGCGCGTTCCCTGCATGGCACGGAAAGGCAAGGGGAGGCACGTCACTTCCTGTTTCTTTAGGGGAACGTGGCTTTCCCCGCAGTGCCTCTTCTCCGTCTACGTTCGTGCTGCGGCGGCCGGAGCTGGAGTCGGAGCCCGAGCGCAGCCTCGCCATGGATTCGGCTGTCAGCGATCCGCACAACGGCAGCGCCGAGGCTGGCACCCCAGCCAACGGCACGACGCGGCCGCCCTCCACGCCCGAGGGCATCGCGCTGGCCTACGGCAGCCTCCTGCTCATGGCGCTGCTGCCCATCTTCTTCGGCGCCCTGCGCTCGGTGCGCTGCGCCCGCGGCAAGGTAGGGTCTGGGCGAGAGCGAGCGCCTTCCACTCCCATCCTGCCCACGGACCCGTCCCTGGGGACCCGATAGCTGTCCCCTCTCCCTCGTCCCTCACCCACCCGGGTATGGATCACCCTTTCCTTCACTTGGGTTCACATCTGTGGCTGGCCTTTGGTGTCCCGGGCGGGATCTGGCCACTCCCAGAAGCGGGGATTAGCATCGTCCTCAGATAGCAGCCCTCAGACAGACCCTGCCATATCCCCGCCCCCCAGACCCCTGCTTCACGCTACAACTGGAAACCCTGTCGGCCCGAACCCAGACACAAAGGCAGGCGCTCACTCTGAGCTTGCTGGGCCCAGCCCCACCTGATGCTATTAGCTAATAAGGAGCCAGGTGTTTGCACCTCACCCGGGGCAATCACCCCATCCCATGGCCTTGGTCAGCCTCAGTGTTCCCTACAGGTAGGTATGGCTCTGAAAGGCACCATCTTTTGTCATCCTCTGTTAAGGAGCCATGCCTGGCCACACCCACAATTAATTGTAGCATCCAGCTCCATCCCTGGGCCCTGCTTTCTGTCGCCCTGGAATCACAGCTGCGGGTATACCCGCCTGGAACTCCTCGATCAGACCTTCTTCTCCCTGCCTTAAAAACAAAACCCAGGGGAGGGGAGGTGGCGCAGCTGTTGAAGGCGATTGTCGCCAAGCCAGACGATTTCAGTTAAATCCCAGGGACGCAAATGGTGAAAGGAGATATCCTGACTGCTGCA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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 2, start 152506787: end 152506869
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
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finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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