High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by erb
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 294929
Chr: 11
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-366A17 : RP24-454J14 : RP24-135J7 : RP24-113N2 : RP24-133B24 : RP24-542E13 : RP24-112L12 : RP24-230P4 : RP24-439B3 : RP24-483K4 :
Instance: Plate 226: Well F07: BACs RP24-366A17 RP24-135J7 RP24-113N2 RP24-454J14
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 51692378 51692427 50 AAAATTACAATCTGTAAAAAGGAAGACCAATCTTGTCTCAACATTTCAGG
U5 51686498 51686547 50 CACACACACACAGGGTTTGAGAGGGAATTTCTTAAACTGAAAAAAAAAAA
U3 51686427 51686476 50 GGCAAAAACCTACCATCTTTCCATTGATTGAAAAAAAATAATACAAAAAG
D5 51685146 51685195 50 CAGAGCCACCCCAGCATTAGTTTCTGAACCTTTACATTATAACTTCATCT
D3 51685057 51685106 50 GTCTGCATCGCAACGCACCTAGTGCAGAGCAGATGGTTGTAACCTGCCTG
G3 51681382 51681431 50 ATTCGAATCCATTACTTCTTTTGCTTTCGTTTTGGTGCTGGGAAATCTAA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 51498609 51498647 39 ATGTGGGTGCTCTGGAAGAACAGAACATGCTCTTAACCA
15_E_15 51483559 51515049 31491 TTGATTGGCTGCAGCCCATCGGCCGAGTTGACGTCACGGGGAAGGCAGAGCACAAGTAGTCATAAGATACCCTTGGCACATGCGCAGATTATTTGTTTACCACTTAGAACACAGGATGTCAGCGCCATCTTGTAACGGCGAATGTGGGGGCGGCTCCCAACATTGGGGCACCAGTGCATCTCACAGGCTCGCTTTTAGTTTCCTACATAGTTTCCACAATGCTGGATTTCTGTGTTAATTCTGCTGATAATAGAGTTGAGTTCTCAAATCTGGAGGCTTGTATCCTTCCTGGGAAATTATCAACTATTATTATTACTATTGTTTTTTTCACTTCTGTTTATTTGTTATTTATTTTATTTATTTATTTTTTTACAGTCTCACTATTTAGCCCAGGCTGTCCTAGAACTCACTCAGGTTGATCTCAAACTCAGAGATTTCCCTACCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGAATGAGGGTATCATCCCAGCTATTTTAGATTTGTGAGATGAGGCCTCACTCTCAGACCAGACTGGCCTAGAAATCAGTAGACAGGACAGGCAGCCTTGAATTCTTGTTGATAGTTCTGTCTAAGCCCCCAATCTACAGCATGGGCTACCGTGTGTGGTGTTTGCATTTGTCTCCAGACTTGTTTCAACAGAGTTCCTGTGTTGTGTCCACATAGTTGACTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCTCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGTGCCACCACGCCTGACCACATAGTTGATTTTTAAAAAGGATTTAATTATGTACCTATGCCCATGTCTGTGTGAGAGTACATGCATTTGTGTCTGCTGGTGTCCAAGAGTCCAGAAGAGTACGTCGGATCCCCTGGTGCTGGAGTTAATGGTTGTAAGTTATCCAGTCTGGGTGCTGGGAAATGAACTCTGGACCTTGGCAAGATCAGCACGTGCTGCTAAATGCTGAACAGCATCCCTCCAGCCCCACAACTGGCTTTTTTATATAAGTGCTAGGTAACCAAACTCAGATTCTCACACTTCATTGTGGGTACTTTATCAGTTGTCACCTTAGCCTGTGAACTGGTTGTGACCGATACATGCCTGTATCCCCATCACTCAAGGAAAAGGAAGCAGAAAGATTCAGACATCTTGGACAGCATCATGTGTTGTCTTAATTAGAGTTTTATTGCTGTAAAGAGACACCATGACCATGGAGACTCTTATAAAGGACAACATTTAATGGGGGCTGGCTTATGGTTTCAGAGGTTTAGTCCATTATCATCATAGCTGGAAGCATGGTAGCATCCAGGCAGACATGGTGCTGGAGGAGCTGAGAGTTCTACATTTTGATCAGCAGGCAGGCAAGAGGAGACTGTCTGCCTCACTGAGTGTAAGTTGAGCATATGTAGCCTCAAAGCCCGCCTCCACATTGGCAAGCTTCCTCCAACAAGGCCACACCCACTCCAACCAGGCCAAGCATCCTAGTAATGCCACTCCCTATGGGCCATGAGTTTATAAGGACTAGTCCTATTTAAACCACCGTAAGTGTTGTGCAAAATTATCTGTAGATATAATTTGAAATGGGGTATAATTATTCCCCCCCCCTTTTATACTGGTATCTGAACCCAGGACCTTCTGCATGCTAGGCAGGCTGTGCCTCTAAGTTGTGTCCTCAGCTCTCTCTTCTAAAAAAATTAGATTTATTTTATGTGTATGGTTTATCTGCATGTTTCGGTACCAGGGCATACCTGGTGCCTCAGAGGCCAGAAGAGGGTGTCAGCTCTCCTGGAACTGGAGTTACAGACCACTGTGAACCAGAGTATGGGTGCTGGGGACCAAACCTGGGCCCTCTGTAAGAGGAAAAGTGCTCTAAACCATTGAGCCATCTCTCTGCTATGTCTTTTGTAAAAATTAAGTGTATGTGTGTATGTGTATGTATGTGTGTGTGCATGTGTATGTGTATATGTGTGTATATGTGTACATGTGTATGTGTGAGTATGTGTGCATGTGTATGTGTACATGTGTGTGAGTATGTGCGTACACGTGTATATGTGTGTTTGTATGTGTGAGTATGTGAATGTGTATGTGTATATGTGTCTGAGTATGTGCGTGTACACGTATATGTGTGTATGTATGTGTGTGAGTATGTGTGTATATATGTGTATGTGTGAATATGTGTGTGTGTGACAGGTGCATATGCCAATGAAGCAGCCAGAGGTGAACATTGGTGGCTTCCTCAGTTGGCCTTCACCTTGTTTTTTTGAGACAGAGTCTCTCAGTAACTCTGGAGCTCACCAATTGTTTTTATCAGCTTAGCCCCTCCCTGCCATGCCTGGATTCTTTTTCCTTTCCCCTTTTAGCAGAGCAAATGCACATTTTTTAAAAAAAAGATTTATTTATATATGTAAGTACACTGTAGCTATCTTCAGATGCACCAGAAGAGGGAGTCAGATCTCATTATGGGTGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGTACTCAGGACCTTTGGAAGAACAGTCGAGTGCTCTTACCTGCTGAGCCATCTCACCAGCCCCCGCAAATGCACATTTATGAAACAAACTTGAGAAGGAACTTTCCAGAGTGGGAGGCCCTCCCAGGGAAGAGTGGCTATGCCCGGCTGCCACTTCTGTTTTTATTTGTTTTACACACAAATTAGTTATTTATTAGTTAAATTAATTAAAAAGCATTGTTCCAGCTAAGCTGTCCTCTCAGCTCCCAGTTTTTGTTTTGTAGGTTCTTTTGTTCGTTTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTTATATGTGTGTTCTGTCTTCACCCACACCAAGAGAGAATCAGATCCCATTATGTATGGTTGTAAACCACCATATGGGTGCTGGGATTTGAGCTCAGGACCTCTAGAAGAGCAGTCAGTGCTTTTAACCACTGAGCCATCTTTGTTTTTAAGCTAAGGTACTGCTATGTAGCCCTGTTTGCCCTGGAACTTGCTATGGAGGCAGGCTAGTTTCAGACCTGCAGCCGTTTTTCTGCTCCTGACTCCTGGATACTGGAATTACAGTTCTGAGCCACCACACATGTCTAGTTCTCTTTTAGAACTTTTCCTTTTGAGACAGGCTCTTACCCAGGCTGGCCTTGAACTTATGCGGTAGCCCATAACTCAGGCAAGCCTTGAGTTTTCCACTCCGCTGCCTCCGCACATGGTAAGTCTTCTCCACTAGGCCTGACTCTAAAGAAAATGTTGTGTTGCTTCCTCCGGGCTCCTGAGGGCTTAACTGATCATTTTAATTTATACTCAGGGCCTGCTGCGCGCCAGGGCACCTGGATGACTCAAGGCCTCCACTGGCACCAGGGAAGGAGACGGCTGTTATTCAGTTCCCTTACACTCCTGCACTGTAGGCTTTGGGTCTGCTCCAGGCCAGGCGGTGGGGGTGTGGGCTGTGGGGTAGTTTATCCCAGTTTTGTCTCCAGCCAAGCAAAACCACCAGAAGTGAGCTTGGCTTCTTCATCACGTTATTTCTTTCCAGTTGGCAAAAGCCTCCAGGGCACCTGTAGCTTCAGGAACCTGCATCATATCTTTGGAATCTCTCCTTCCCCACCCATCTCTCTCACTACCTCCTCCCCCTTCCTCACCCCCTCCCCGTTCCTCCTCCCGCCTCATTCCTCCTGTACCCCCCACCCCTGCCACTCTGGCTGGCCTCAAATTTGCTCAAATTTGATATGTTGCTGAGAATAACTTGAAACATCTGATTCTCCTTCTGGCTCCCAGGCCTTTCCTGAAATTGTAAAGTTGTGTCTCCATGTCCAGATTCCTGTAGTGCTGGGAATTGAACCAGAGCTTCCTGCACACCGAGCAAATCCTCTGCCTCCATACCACTCGTGCTATAGCCTCCTCAACCTTCCCTCGTCCCTTCCCTCATTGCCTTCCCTCAAGTCTTCTCTTTGGTAGAGTTTTTTGGTTTGTAGCCCAGGCTAGCAATCGACCTGCCGTAGCCTTCCAAGCACTGGGGTTAGGGTCCTGTGCCACCATCATGTGTGGCTTGGAATTAAAAAAGAAAAGGAACTCTAACACTGTTACTCTCACAAAGCACAGTTGTCCGGAAGCAGCTGGCAAGCGTAGCTGTCTGTACACTCCAGGGGCTGCTGCTTCCCTTCCCAGGAGTTACAGTCAGCCCGTGTGGGTGTAAACCTGGAAGTTACTATTACATTAGTGATGGCGTGAGACGGAGATTGTAAACACATTTCTAATCTATGAGAACAAGACAACAACAATCCTTGCCATCAAGTAATACAAATGAATACCATAGGATTTATTTTTGAATTTTATTTTTTATTTTATGTGTATGGGTGTTCTGCCTACATGAATGTCCAGATACCACACATGTGCAGTGTTCAAAGAGGCCGGAAGAGGACATGGGATCCCCTGGGACAGGGGTTGGAGAGACACCTCATTGGATGACAGCACTGACTGCTCTTTCAGAGGCTTCAGTTCCCAGCACTCAAATGGCAGCTGACAGCCACCTGTAACTCCAGTCCTGGTGGACACTATTTGGTTTCAGACCCCGGACAGACAAGGGGCTAAGGTGCATATTTCACATATTAAAGCAGACCTGGCCTCCAGGTTCTCCCAGCATCCCTCAGTCCCTGTTACAGGTATGGCTGGCATACCCCACACTCTGCCCTGAATTCTCCAGCCCAGGAACTGGACTGCCTTGCCCCTAGAGGCTCTTCCTGAATAATCCAGCCATTTTGGTTACCTGCCCCCATCTCTTTTTTTTTTTTTTTAACCTTTCACCCTCTTGGATGCTGGACTTGGTCCCCCCCCCCTTCCCCTCCCTTCTCTCTTCACATGACTCAGGGTCACATCCACTCTGGCCTCCCCCAGATGTCTC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Comments:
Created
Target: mus_musculus_core_59_37l ENSMUSG00000007777 -- 51498888 -- 51499594 ENSMUSE00000679023 -- ENSMUSE00000679023
creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
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AOS Produced 13 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 11, start 51498888: end 51499594
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
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finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
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Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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