High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by erb
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 286728
Chr: 2
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-543F12 : RP24-250P2 : RP24-226F1 : RP24-288D23 : RP24-121H8 : RP24-245O3 : RP24-448M12 : RP24-433N10 : RP24-328H15 : RP24-312K12 :
Instance: Plate 225: Well D03: BACs RP24-312K12 RP24-250P2 RP24-328H15 RP24-543F12
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 91641624 91641673 50 ATTCACTGTTGAGTTGGTTTTGAAACGATTCCTTGATTATTGTACCAGCT
U5 91635602 91635651 50 TTTTGGGTGCCCATCTTGCAGCTCAAGGAGACAAGAGTCCGAATAGAAGT
U3 91635462 91635511 50 AACACAAAAATGGCGGAAAGGCTTAAGCAAAACACCAGATAACCCCGAGC
D5 91634695 91634744 50 TGAGATTAACTATCCATTCATTCCTCCAACAGTCTAAGTGCCAGCCACAA
D3 91634624 91634673 50 ATTTTGGAGAATGAATTAATAAGACAGAGAGCTCTGAACAGAAGTGCCAT
G3 91631346 91631395 50 TCTCAAGTTTTAATTGGACACAGTAGAAAGGCTGTCGGGTCTGCTAGGAA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 91474831 91474851 21 TGGGCCCTGAGAGCCAGACCC
15_E_15 91459781 91490808 31028 TATTGCATTCTGGAAGTTGGGATATGTGGATCTCTGCATGGGCTTCCTTCATTTTCCTCTGTAGGCATTTCCCCTCAGATGGAGGTCACATGTGTGCCCACCCCCACAAGCACAGTGTCCTCCCTAGGTAACACAAATGGAGAAGAAGTGGGGCCATCTGTCTACTTGGAAAGGCTAAAAATTCTGCGGCAGCGGTGTGGTCTTGACAACACAAAGGTATTGTTCCTTTCTGTGTGGGGTGGAGAGGAGCGACAGAGTCACCTCAGTAGAGTGGCCTGCCCTTGGTATACACTGCTGAAGAGTTACATCTTGACTGCTCCCTGAACTTAGCCCATGTCTCCCTGTCCTCTCTCAACAGCAAGATGACCGGCCTCCACTGACCTCTTTGCTCTCCAAACCAGCAATTCCTCCAGTTGCCTCCTCCACAGACATGCTCCATAGCAAGCTCTCACAGCTCCGGGAGTCCCGGGAACAGCACCAGCACTCAGACCTGGATTCCAACCAGACCCACTCTGCAGGAACCATGACCTCCTCCTCCTCCACAACTAACATTGATGACTTGAAAAAGAGACTGGAGAGAATAAAGAGCAGTCGCAAATGAAGCTGCCCACCCTCGGCACTCTGCAGCTTTAGTTACTGATCTAGAAGCCCTGTAGTGTGAAGCGGCCGCTGCAGGCCATTGTACACAAACTGGTTGTATGTATCAGACTGCAGATGGGAGGAGCAGTGGTGCCTCAAGTCTGCACATGCTCTGCTTCTAGAAGACTGACTGTGGATTAGCTTAGTGTACAGACTTTAAACAGCTGCTCCCTCAGCTCAGAGTAGGTTCCATATCCTTTTTTTTTGTTTTGTTTTAATGGCTCATTTGTAAAATTGTCCTAATTTTTCCTAGCTTTCAGCCATTAGAAACTCTTTTAATAGTTCCTTTTGAGTTGTGAGCTCTTCTTCTGTAGCCCTGAAGGGACACTGTATTCTGTATGAATGCATGGCATGAGACAACTAATTTAAGAGACTTTTATAAATAAAGTTTGCATTAACTATACCCATTTCCCAAAATGCTCTGGGAGTTCTGGGCAACTATTTTCTGTCACCTATTTAAGGAAAGCTAGGTCAATTTATTGAGTTCAGGTAGAGGGTTAATGGCCTGCTTAGGTCGTCTCCTTTCTCTAAATTCACAAGTTGGGGTTGTAGCTCCACTGAAACAGGAGAGACTTTCTGGCCTGCTGTCCATATGCAGACCCAAGGAGCAGAGGAAGCCCATCCTCCCTGTTTGGAGGCCTTGGTTTATGACCTTCCTCTGCTCAGCTCCTGTTGTTTGGAGGGACATTTATGTGTCCTACTGCTTTGCTGTACCAATGACAAGAGATTGTTTGGGCCAACAGTTCCCACACCACAAGTGAATTGGGTTCACTGGTGCATCTGGGAGAGCTTGCTCTTTTCCTGCCTCAATATCTGGTCCAGACTAATTGCTTCATGCTTTGGTTTGAGTGAGTACAAAAAATGTGAAATGAAGATTCACTTCCAGAAAAATGGAGGCTCTTCCTCCATAGTTAGAAAACTGTTTCATGAGTAAAAGTTTCTGGGTTCTAGGGGAGACTCCAGGCAAACTCCAGGACCTCTCTAAGAAACTTTTCTCTTCAAGTCCACCTCTACTCAGCTGGCATTCCAAGCAATGAAAGGTAGAAGGAAAATGAACCTTGATTTTCTGTCAAGTGAACACTATTGGTTCTAGTCACCATTTTCCAGTGAGCCCCAGGTTGCCTGAACTTAACCCTGCTTGTTGTAGGGGAACGTGAAGCGGTAAGTCTAAGTATTCATAGCAGGAAAGGTGGAGTTCACTGCTATGGGAGGACATATTTGGAAAATGGGGTCTAGAAGTGAGCATCATTCATCTGAAAACCTAAGTGTTCAGTTTACAGCCCTGACAGTTATGTTGAGAGTGGCCTGAGTGTTGCCATGCATTCTGATTTGGTTTTGTTGTTTAAGGTCTCTGTGTAGCTTTGGATGAAACTCACTCTATAGACCAGGCTGGCCTTAAACTCAGAGACCGCCTGCCTCTGCCTCCCTAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACTGCCTGCCTTTTGTTTTTGAGACCCTGGCCTAGAACTCACTATGTAGACCAGGCTGCCCTGGAACTGTAAAAATCCACCGGCCTCTGCCTCTGCAGTGCTGGGATTAAAGGAACACACCAACAACAACCCAAGCTACTATATATATATTTTTTTAAGATTTATTTATTTTATGTATATGAGTATACTGTAGCTGTCTTCAGACACACCAGAAGAGGGCATCTGATCTCATTACAGATGGTTGTAAGCCATCATGTGGTTGCTGGGAATTGAACTCAGGACCTCTAGAAGAGTAGTCAGTGCTCTTAAACGCTGAGCCACCTCTCCAGCCCCTACAGTATATTCTTAATCCCTTCCCCCTAAAGTCCTTAAATAAAATGTACATTAACTATACCCATTTTCCAAGATGCTCCATGTCTCGTAGTGCTAGTGAACTGTTTTCTGTCACCTATTTAAGGAAAGCGGCGTATTGAGCCCAGGTAGAGGAAGGTTTGTTATAGCCTGCTGAGGTCTACCTTCCCCCTAAAGTGTAATGTCACTGAGAGTGTGCCAACCAGAACCACAGAATAAGCAAGAAACCTTGCCTAATTCTCTGTTCCTTTATGGAACTGAGCATGAAAACCAGTACAGTGGTGACAAACACCTATAATCCTGATCCTAGCACATGGCAGGCTAATCCAGGAGGATCTCAAATCAGAGACTAGCCTCAGGTTTACAAGACGACTCGGCGGACAGAGAAGGGAGAAGGGCTGGGAGTTGAGGTTGTTGTTTGTCTGTCAGGACAGGATCTCACCATGTAGCCCTGGCTGGCTGAAACTACTGTGTACACCAAGCTGGCCTCACAGAGATCCATCTGCCTGTCAGTATCCCTCCCACTTTTAACCATGTATATTGGCTGGAGCTCTAAAGTTGAAGTTGCAAGAGCATGACCTGGTGCCCTACTCCTTCCTATCCTACACCTAAAGCAGGCAGACCTGCAGTCTTCACTCCTGCCTTGGAGCTCAGGGATACATCCCCTCAACACCGCGTAATGCAGTGTCGGCAAATCCACTTCACATGTTAGGGGCTGTGGTGCCCTCTTAACCATAAATGTCCCAGATAGGAATAGTGCTTTAATACTGTACAGATAGGAACTTGTTCTGTCTCATACCAGTGACCTGCTAACAGTGACCTTAAAGAATGTACTGTGACAGGACATCTTCACAGTCTGTAAAACTGTCCAACATTTACAAATTTATTCAAATATCCTCTACCCCCATTTCCTACAAATTGTGCTAATCTAGTAAGTGCTGTATAAGGAGAAATTTGGGGAAACTCCCTCTCCCCAACACAATGCACACATTATATGGTTTCTGAGGGGACCAAAGCGGGGAGACAGTGACCAGAAAAGGAACTTTAAACATGCCAGCCTGGATGCCAGTCCTGTTGTTAGATAAGTATTGTGCTCAGTACACAACAAAAAAGACTTAGTCCTTACAAGTGTTTTTTAAAATTAGTTCTTATAAGTCCTTATAAACCTTGTGTCATATGTGTCTTTTAAAATATAAACAGGCTTAAGACAGGTCAAGTGATTTGAACATAATTAGCCCTTTTAAGATTGGAGACAGACAGAGGCAGATGCTGGAAGCTACCATTGGACTGAGCACAGGTTCCCAATGGAGAAGTTAGAGAAAGGACTGAAGGAGCTGAAGGGGTTTGCAACCCCATAGGAAGAACAATATCAACCAACCAGAGCTCCCAGGGACTAGACTACCAACCAAAGAGTACACATGGAGGAACCCATGGCTCCAGTCACTTATGTAGCTATGTCGGGCATCAATAGGAGGAGAGGCCTTTGGTCCTGTGAAGGCTCGATGCCCCAGTTTAGGGGAATGCCAGGGCGGGGACGCGGGAGTGGGGCGGGGAACACCGTCATAGAAGCAGGGGAAGGAGCTAGGGAGTTTCTGGAGGTGAGATCAGGAAAGGGGATAACATTTGAAATGTAAATAAAGAAAATATCCAATAAAGAAAATATTAATGCCCCCCCCTAAAAAAAAAAACAGTAAATAAAGGTTGGAGATGTGGGCACGGTGGCATAGTGCATGCCTTTAATCCCAGCCCAGAAAAATAAATGTAGGCAGATCTCTCAAGTTCAAGACCAGCCTGATCTATATAGTAAGTTTCAGAGCAGCTACCTACATAGTGAGACCACACACAAAAGAGTAGAGACAGAACATCAACTCAGAGGTCACGTGAGAAGCCTGTTCCCAAATACCATCATATTGTAATCTCGAAAGTGCTTTAAACATTGAGCCTCTTGGGGACATAAGTGTATCATTTTGATGATGTAATGGAAGATGTAGGATGTGATGGCTAAAATCTTGGTTGTCATCTGGAATCAACACAAGCAGATGGACATGCCTGAAAGAACATTTCTCAGTTGGGTCATTTTGAGATGGGTAAGTTCACCCTAAATTTGAGCCACACCTTCTGGTCCAGCTTGTATAAAAGGACCTGAAGGAAGCTTTTTGCCTGCTTATCCTCACTTCCTCTGGCAAGTTCATTGGTCCTGCTCCTGAGGCATTCCTCCTTCACTGGCATCAGAACCAGCTTCTTCAAATTCCAATGTAGAATGAAGACCAGCTGAGATGTAGCCCCGTGGAATAAACAATTAACCAGATTCTTGGCCTTGCTGTTCAGAGATACCTATTACTGGACTAGCTAGACCACGGCCTGTACACCACTCTAATAAATTCCATATATGTAGTATATATTATACACAAATGCTGGGATTACAGACCAGTATACTATCATATTCAGATATTCAGCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAGTGACAGTTTACCTGTGTAACCCTAGCCATCCTGGAACTCACTCTGAAGACCAGGCTGGCCTTGAACTCTGGCCT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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 2, start 91475056: end 91475352
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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