High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by erb
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 281968
Chr: 9
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-76P9 : RP24-116B23 : RP24-290D19 : RP24-399F19 : RP24-390D24 : RP24-460E6 : RP24-290L13 : RP24-534P4 : RP24-283E24 : RP24-477A8 :
Instance: Plate 222: Well A11: BACs RP24-290D19 RP24-76P9 RP24-399F19 RP24-116B23
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 50493136 50493185 50 GGTACTATGGAGGGAAGTTTCAGGAACAATGTGGACCTAAATGTTTCTTT
U5 50498616 50498665 50 TTGGTTTTACTTAGCAATATTACTCCCTTGTATCCCTAGAACACTTCCTA
U3 50498680 50498729 50 TCTTTCAGGGGTACCAAGCTTTGAGGAGAAATTTAGCTTTTCACATTTAG
D5 50499469 50499518 50 CACTCCGATACTCTACGTAATCAGGAAGACTGAGCACTTTCTTTCAAGTT
D3 50499533 50499582 50 TGGAGAATCCGTTTTTAAAATAACCTCTTTTGTTAGCATACAGAATGCTA
G3 50503510 50503559 50 TTGATTAAGCAAGTAAATTATAAAAAGTGTACAACCTTGGGTCATATTTG
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 50307624 50307637 14 GTCTGTATTCAAAC
15_E_15 50291721 50322687 30967 GTACAAAGAGAGAATTAAGTCCCCCAACTTGTCCTCTGATCACACTCATGCCATGGTCTATATGCCCACCCCGATCCATATACACATACAATAAATGCAAGAAAAAAGGATTTTAAAGGTCAAAAACCTTTGACTTCAGTTGTTGAAGTAGAGTTCCTTCAGACTTCCGGTGTTGCTGCGCTACAGAGCCTGTGAAGTTACCAAGACTCCTGAGGAAACACAGACCCAAGACCAACTAATGAGGACGAAGAGGTTGAGACTTTAGCCTTTCGGGCAGAAATTGTCCCGCCAACACTATTGATCATCAATACCTTCTACTCAAAGAGATCTTTCCATGGGAACTCATTTCAAAGTCACCAGACATTCTAGACAAAAGCAGATGAGAAAGCATGCCAGATCCAGGTACCTACAGTCTGGGGAAAGCCACATATCAATCTCACTCCCAATGAACAAGTTCAGACCCTCACTACAGGGGATTCTAGACTCGAGTGTCAAGGCCAATTTGGCTGATAACCTTGGCAGCACCAGCGCTCCCGGAAACAACGCCTTTGAGGAGACAGGGCAGGCTGATGCCAGCATCTCTATGACTGGCCTGTTAGGTGATGGTTTTTATCCTCTGTATTCGTTTGCTGGATAAATGATTGTGATCACCAAACAGGATGATGAGCAGCATGCCTGGGAGTCCTTAGCAGGGGGCCATCTGCAGTGAGGACCTGCACTTAAGACATGGGTCATGGAACTAAAGGTTCCCCTATCTGAAAGAAGTCCGGACTGAATACTGGCAGGAAAGGAGAATAAAGGAGGTTGTGAGGAAACGTCCTCAGGTTGTTAGCTGTCCCACTCGTTCCTCTTCTCAAGGAGAACAAACAGGATTTAAAAAATCAGTGGTGAAGAGGTTAAAGAAAAGGAGAGGATGGAGGGGGAGAAGGGAAACCCCTCTGATTTAAACTTGAAATTGTGCTGGTCCTGAAGGAGGAGGAGGAGGAAGAGGGGAGGGTGATGAGAAAGGTCTGTTTAAGGAAAAGCACACTGACTGCACAGAACTCTAGGAAACAAAGCCTGTTCTGACCAGAAATGCCCTGACACTAAGTGTGGTGTACGCTGCAGGAGCCTGACCTACACTGGGACGAGCCTCTGGAGGCAGGACATTTTTCTGTTGAAGGACAGTTGAAATACTAAATTCTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTTTCAAGATGTGATCCTTTTCATCCATTTGTAAACAGAAGGAGGAAGAAGAGGAAAAGGAAGAAGAGGAAGAGGAGGAAGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGGAGAAACAGCATTAAGCTCTGTGTCCACAGAGTTCAAATTGTAGGTAATCTTGAGGAGCCAATTCCTTTGAACCTGAATTTTGTTAGTGAGGTGGTAGGTTCCAAGGAGTTCCCTCTAAAGAATTCCCGTGAAATGATGAGGGAAAAAAAAGTAACATTTTGAAAGTTGTCAGAAATAATTTAATGGGAAAATAAATGCTTAGAACTGTCCACAGAAATTGGAGAAAATAAACAGGACTACAAGTTTTGTGGGCATTTCTCTAAAAACCCTGGAATTCATGGAGACTCCTAAAGTCAGAAGAAGGTTTCAGAACTATAATCCTGTCTCTGGCTACATACCTAATTCTGATAGCGAGAAGATCCAGATGGAAGGAAAACCAGGAATATGTATATTTTATCACAAGGCTAAGTTGGCGGCTGCAGAATGACCCCAAACCGTAGCTTAGAAGTGATCTGTACAGCTGAGCACACTGATGCATAGTGTATTCAATGGCTGAAGAAATTTAAAGGAAAGACCCTAGAGTCAGTCACCAAAGAGGGCTTGGAACTTCCAGAAGACGGAGAAGGAAAAGGAAGATTTAAAAAAGCAAGTGTAAAAACCTCTGCTCAATCGCCAAAGACCTCTTGGGTGGGGGAGGGGGAGATCACAGCAAACCGATTGGTGACATTCCCCTGCTGTATTGTAAACAAGCATGGTTAGGTGAAGAGCAACGAAGGGTAACCAGGCAACAGAGACGCTTGGTAGAGCTGAGAAGCTGACAAGGCTGTGGAGGGCCTCCGCCATCATGCTGTCTGGAACTGACTTCGTGTCCGCGGGCTTCCGTGTGGAAGATCCCCTGACTTCTGCTGACAGGCCCCACAGGCTGGTCAGACCAGCTCTCAGACTGAGAAGGACAACCTCACTGAAGAGTGGCAGCTCTTGAAAGACACAACACCTCATGCATGAAAGAGGAGACTAAGGTTCTCCGAGAGAAACTTTATACCTGTTCGGAGCTTACCTTCTTGCCCTCTGACACATTTCCCGGGATGCTTTGTTCTGGTTTGTGCTAGCTTTCTAAGTCCTCTAAGGCAGATAGGATTTCTTTCTTCTTTTAAGCAACACTCCAAGCCTATGGCAATAAAGCAAAGCTGGTAATGGGCTTGTTTTGTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTGTTTTTCCAGTTTTGCCTTGGCTTATTTACCTTTAAAATATCTGTAGCTTATTTTTCTTAGAATTTTATACAATGTATTTAGATCATATTCAACTCCTCCTTTGTTGTAAATTCTTTTTTATAGATTTATTTTATTTTATGAGCATTTATGCCTGTATGCATGTCTGTGTTTAACATGTATGCGTGGTGCCTGTGAAAGTTAGAAGGTGTTTAGACCTCCCCTAAAACTGGATTTCCAGATAATTTTGAGCAACCATGTGGTTTCCAGCCCCTTTATTGTAAAGTTTAGTATCAGATCTTATTTATCCTGTGATCCAAAGTGTTTTGATAGTGATGAATTTCTTGGTAGATCAAATCTTTTGTCACCAACATGTTCTGAGATATATCTTAATTTTTGGAAATAAAAATAACTGTTAAGCTGGCTTGAGTTTCATCCTGTTAAATCTTCTGTCTCCTGTGGTTACTTTAGCCTGGATTAGTACTCTAGGAACACGTTAAACTGAAACGAGTGAGTGGGAGCAATTCCCCCGCAGCTTCTTTTCCACAGTAAAGTATTGAGGAACAAAACCCTAACTTCCCCCATGACCTGTAAAACCGGATGGGAAGTAACTGAGCCAGGATGATGAATGGAAGTGTCCTGTCCAAGTCACAGTCTGTTTTAAAAGGTAAATACAGATGAATTAGAGAGTTGGAGAGAGGGGGGAGTGAAGAGAGGGGAAGAGAGAGGAAATAAACCAGAACAAAAGGCAGTGAAACGCTGGCCATTTGGAGTCAACAGGACTGGTCTGCATTCTTTCTGAAATCTCCCAGCTTTGCTCCAGTGTCCTTCACTCTACAGAGATGAATGAGGGGCTTCCCGGGTTCTCTGGGTCACCGCCAGCCTTGAGTTTGATAGCTGACCATAATGTCCCCTTAGACATCATGAACCTGAGCGGCTCACATAATGCCCAACACCAAACCAGGGACCACTGACGCAAACCCAAGCATCCAAATATATCATCATGTGTCCCACTGTGACTGAAAGCACAGTCAGGTAAAATGAACACACAGGTGTGGTCAGAGAAATCCTTGAGCAAAGATGTCACAACTGACAGTTGTAACTGTAAACTTTAAGGCCCACAGAAAACAAGTAGGCTAAGCAAGAGTCTTAGATGTACTAGAAACACACACGTGGCTAATTAAAATATGCTGTATTTTGGCTACATCTGAATAGAAACTGCTAAGCAGATAAAACACATGCTGACTAATGAACCAGGAGAGCTATACAGTACAGGATCTTTATAGTATGGAGCTATATCATAAGGATACTATACCATAAGGGAGCTATACAGCATTGGAGCTATATCACAGGGAAGGTATACAGTATGGGAGCCATACAGTGGCAGAGCTATATAGTGTGGGAACTGCACAGCAGAGGAACTCTGGCCAGCAAGAAGAGACCAGGATCCATGTGCTTTTATGCTTGACATAAATTCATCTTTCTGTGCTGTTTCCTCCCTCAATCATACATGACAGTTATTTTTTTAGGAGAAGATGAGGTGAAATTTTGTGATGTGACATCTAATAGTGAACTTTACTGGGGAATGAGAAGTCTAGTCTGTGTCTCCTAAAACACTGGCCACTGTCACCTCTGAAGCACAGAGGATGTTCTCAGAACCACGAAACGTACCACTGGACGCCAACAGTCAAAGGCACAGTTAAAACCAGCATCGATGGACTTGAAGGCAGAGGTTCTCTGACTCCATCTCCTTTGGCCTCTCTCCCTAGGCTGAGCAGTGAACTGCCATAGAGGATAAAAAAACAAAAAACCCGCAAGCCTATGGCATTATTGCCTTCAAACCTGGATGCCATCCCCCTACAAATGTGGCACTCTAACAGGAATCAGACAAAAGGCTCAGGAACTAACTCATGCCTCAGGTTCTCTCTCAGGCCTGTGCTCTTAGCCACATCTTAAGCACACTGTAGACATACTTAGGAGACAAGATCCCCCAGGGCTCCTCAGACCAGCAATTCCTGCCTCCACCATTGGCCACTTCTGCTGGATTTAAGGGACTCTACTTTTAAACTTTGACCTTGGGAGGACAGGCTATCTGTTTCCTGATAGTGGTCTTTCCCAGAGGCACTAGTGGGGTAGGTAGGTACTGCAGTAATTGGTGAGCTTTCTACAGAAAAGAGAGGAAAGGAGGAAGAGGGAAGGTGGAGAGAGAAAAAGCAAACTAACTCTTTAAAACTTTTTTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGTTGTCCAGGAACTCACTTTTTAGACCAGGCTGGCCTTGAAATCAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCCTATCGACTCCTCAAAATAATTTGCATATAGTTTTCATTTAATATTCATAAAAATGTCCAGAATTGGTATTATCACCTAACTCCCAGAAAAGGAGACGAGCTGGAGGGGTGGTGGCTTAGG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Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 9, start 50307200: end 50307404
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
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finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
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Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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