High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by rm7
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 278442
Chr: 5
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-138M23 : RP24-274M3 : RP24-470H10 : RP24-237P18 : RP24-211H21 : RP24-245K1 : RP24-443I16 :
Instance: Plate 224: Well A06: BACs RP24-274M3 RP24-138M23 RP24-237P18 RP24-470H10
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 118249620 118249669 50 GTGACTACATAGTAATAGATCCCAGTCTGCAGGGAGAGTTCCTTAAAGAT
U5 118255199 118255248 50 CTTCGTCTGGTCCTGAAGTCATCCCCAGTCCCATTTAGAAGTTTTGTATG
U3 118255314 118255363 50 TAGAATTACATAGTTTCCTCCTGGTTGTAAAAGTATTTGGGCTTTGTGTT
D5 118255987 118256036 50 TGAACACCCAGACTCCTAGCATTTCCCTCTGCCTACAGCACCAGCCTTAG
D3 118256051 118256100 50 CACCGCCTACCAGGCACAGGCATGGGGTTCCTCATCTTGTCTCTCTAATT
G3 118259346 118259395 50 TACTAATACCAAATGCCTTGTTTCCATAGCAACTTCTCCTGGAGCGCTTC
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 118706046 118706059 14 CCTCAGAGCCAGGC
15_E_15 118690208 118721109 30902 GCATCTGAAAGAGCCCATGAGATGCATTCATGAGTATTGAGTATCGGTGTCTGCAGACAACTGGCAAACTGAGTTTGATACCTGGCGAAAAAAGAGAACTCCCACAAGCTGGCCTACATACGTGCCATGACACAGGCACCCCATTCACTGTAAGAACACACCCAAGGCAGCTGGCTTTATAGAGAAAAGGTTTAAATAGATCACAGTTGTTAGCATTTTGTCTACACTCCGCCCCACAGTTACCTGGCAACAGCCATGTGTGCCTGACTCTCAATAAAAGGGGCTGCTTGCCCCCTCCTCTCTCTCTTGCCTTCTTGCTCTCGCTCTGTCCTCTTGCTCCTTACTCCTTCTCTCCCCATTTCCCTCCCCCTCTCTCTTTGCACCACGTGCTCATGGCTGGCCTCTCTCTCTCTCTGCCTTTCTGTCTCTTCTTCCTTAACTCCCCTCCCCATGCCCTGAATAAACTCTATTCTATACTGTCATGTAGTTGTGTGGCTGGTCCTTCAGGGGGAAGGGATGCCTCAGCTTGGGCCCGCAGAGGCACCCCTTCCCCCCACACCTGACCACACATGCACCAAACATATCCCTTCTCTCTTTATCTTTTTATAAGAGACAACAACAGTCTTTGAGGCTGAGAGAGCCAATGGCAAGGCCGGCTCAGTGGTCATATTTGATTATCACCTAGTGCTGTGGCTGGCAGTGGCGGCTGTCATGTAAAAACTGGATAGTTTTAGCAGTCGTCTGTGATACCAATAGCTGGAGGCAAATACATGTATAATGTAAATGAATAAATGTAATTAAAATTACAAATAATTAAACATTACAAATAATGTAATTTTACATTATAAATAATGTAATTAAAAACTATAAATAAATAATGTAATTTAAAGATTAAAGTACAAAGTTTGATAAGGAACAAATGGACCAGAGATCAAATTTCAGCCCTGCCACTTCCTGGCTGTGTGACTTTGCTAACGGACCTGCCCTCTCGAACATCTTATCTTCAGGGGGCTCTTAGGGAGGTGTGGCGTAGCCCCTCAGTGCACGGTGGGCAGTGTTCTATCTGCCATTGTCTCTGTCCCCAGAGATATCCGTCTGGGTTCAGTTGAGAGCAAAGCTGCCCTCAGCTCAGAAGATGCCACCGGGCTTGCCAACCGAAGGACAGGTGCTGCGTGCGTGTCCTTGGGCTCTCGAATACACTGTTCCACCAGGGACTCTAACTTCACCAGTATCACCTCTCTACGGCTGGAGAGTCTGAGACCTGGAGGTTGCTGCTTCCCATGAAAGGCACCACAGCTGGCGCATCTGTTCCCTATCCGTGTTCACGATAGATGCCTGAGATTGGATACTGGTGTACAACACAACACTGTCCTCTGGGACTGATGTGGCTTCCGGAAATCAGAACAGCTGCACACACTCCTCACAAGACTGGGACACAGAGAAAGAGCGAGCAGGTGGGAGGTCATCAGACCCCGTCCCCTCCCCTGCCTCATGCACCTCCACAGCTGCGTGTACGTTGCCCCAGGAAGACCTAGACAGTTTTCTCCAGGGAGGATGCCAGGGTGAGTCTCAGCCCTGCTGGGCTGGGCTTTTTGGGGATGCCGCTGCCTTTGAAACACTCATTTTCCTGAAAGTGACCCCAGTGATCACATTGGTTCACACAGCAGGCAGACAGCCATCCAGGAACCAGCTCTCACCAGGCACCAATCTGCCAGCTCCCTGACTTTGAACTTCACAGCCTCCTTACTGGTCAGGGATGCTCCAGTAGGCAGGCCAGACCCTGTGGGGATTGCTGCAGCAGCTCATGGAGGGAGGCCAGGTGTCTCTATATGTGAAAAACTGGCAGGAAGAGTCTGAGTCATATAGATCTGTCTCACAAGGTTTGACAACTGTCCTAAGACAACAGCACTTTATCCACTGAGGCTACCTGGACCTCTCCATCGTGTTTGAGAAGTAAATCACACTCACCCATGCATGCAGCCGCCACTGCCAACCACGCCACTAGGTGATGAGGTCAAATATGGCCACTGAGCTGGCCTTGCCTTTGGCTCTCTCAGCCTCCAAGACTGTGATCTACACAGACCTTTTCTCTTTATAAAGCCGGCGGCCTTGGGTGCGTTCTTATAGGAAGGGGGAAGCTGCCAAATACACTGCAAAGCAATTCTCCATTGGGTCTGTTTTATACCCCCAATAACTAATATTGAAAAAGCTAGGGTCCCCAGATGGGAGGAAATTGGGGAGGGGGGCAGAGACTCTTACCTTTCAGGTGGAATGTTGTCCGTGTTGCTACTGTGGCGTCTCTGCATTTTCCTTAGCACCTGAAAGCGACACACACGTGTGAGCTACATCTCTGGACACGCTCCTTCCTTGCCTGTTGCCATGGTGACTGTAAATAAGTACCCCATCTCACAGTGAGAATAGAGAGAGTCACAGGTGGAGGTGGCTCCTACCCAAAAGGGAGAAAACAACAAATGGGAGCAGACAGGTGTTTGTTGGGTGTGGTGAGCAGCAGACACTGCCCCCTTTAACTTGCTATGTGGCCTCAGACAAGCCAGGAACCTCTCTGTTTCCTGGGGAGAGAATGGAGCAGTGGGACCCAGGGTTCCATCACTTCATAGGTGAAGGTACAAATCCCTAAGGAGACACGTCACCTGGTGCGCAGCAAGGAGCCACATGGACCTCAGAACTCCATGCTGACGAAATGTGCCGTGGACACTCAGGGTTCCTGATGGGATGTGGCCACTGGGTCCCAGAGAGAGCAGGCCTCCTCCTCCTCCTCTTCCTCCTCTTCAGAGGGAAGCACAGGACAGGAGACTCATTGGAGACAGCAGACCTTGGGTGGTACAAAGCACTTGTGTGAACAGGCCTTGGGATGACTTGTTACAGAATTAGCTGTCGGATGTGACTGGGTACTGTAATAGCCCAGTAGTTCTGGTAGCCTTGGAGCTATCCTCCCTGAGGTGCTGATGGTGGGTTATGGCCTTACTAGGTTTGTCCTATCAGCAAACTATGCATCCTGAGGGTTGGAGAGAGAGCTCTGTGGATAAAGTACTTGCCACACATGCACGAGGACCTGACTTTGATCCCCAGCACCTCTGTAAGTAGCCAGGCATGGTATTGCACTGTGTAATCCCAGCACTGGGAAGGCAGAACCAGGATTCCCAGTACTCCCTGGCCAAGTCCTTCCAGCTGAGGAGCCCTAGGTCCCAGTGAGAGATTCTATCTCAAAAATAAGGTGCCGAGTTCTGGCAGAATGACACCTGGGGGTGACCTCTGACCTCCACGGACATTTGCAATGGCCCCCCCACCCTGAGCATCCATACATACCTACATATGTACATATGCATGTGCACACTTATACACATACACGCACACGCACGCACAGATGTGCACAAGCACACACTGGGGGGGGGGCCATAAAAATGATTTTAGAATTTCTACTGGCTTCTAAGTGAAACCAGAATAAAAATCAGAGTCGTTGGAGGCCTCCAGGCTGTGCTGGACGTTATCATTACCCGTTTACAACCTTGATTCTGTGACTTATCTCTGGCCATAAGAACTCCAGGTACCTCTGGACACTTTAAAGTTAAGAGTTCCTGCCTCCGGGCCTTTGTACCTGCTGTTCCTTCCCTGGCATGGTTTTCCAGCTGAGGGTTACAGGCTACCTCCCCACAGCACTTACCAGTCATTGACATGTGGGTTTGTTTACTATGACCCTTGAGAGGTCCTGTGTCTGGGCTGCCCGTCCACCTTGGAGTTGCAGAGATGGAAGGCCAACGTCTCTGTAGAGATTAGATCACCTTGATTTTCCCCAGCGACAGATCCGCACACACCTCGTCCTACCTCCCGCACCAATAGAAAGCCAAGAAAGAAGGGCAAGGCTTGGAGAGAGACTCCATATGGCTACTGCTCCTGCAGAAGATCTAAGTCCAGTTCCCAGCACCCACAAGGGTGGCTCACAACTACCTGTACCTCCAGCTGTAAGTGATCTGACTCCCTCTACTGACCTCGGAGGGCACCTGCACTCCCATGGGCAAACCCACTCTAACATATAATTAAAAAATAAATACATACATAAATAAAATCTTTAAAGAAATAAAGAATATGCTTCCATGAACAGGCTCAGTTTCCCGGCATATTTTCCCTACAGAGAAAGATCCATCTCTTAGCCCAGGCCAACACAAATGGGTGCGGAATTAATTAATTCTGCACAGCCTTCTCGGCTGCAGCTAGCTAGGAAGCCACAGGCTAAGGTGCCTGCCTTTTCTGCAAGATTAAATTAGCTAGGAAAAGACTCCTTGGTATCATCGTCATATTCAGGCAAGCCCTCTATCACCTAGCTACACTCTCAACCAGGCCGTTTTATAAAGAAAGAAACTGTCATCCATCAGGTAACATGTCTCAAGAATTTGCAATCTGGCTTGATACTCCGGGTGGCCCCACTACTCCTTATCCTCGGGGAAACTAAAACACGGTATCCCCAAGTTTCCACCTACAAGCTTTGAGAAAACGTCATAAATTAAATGCCCACGATTCTGTGGCAAACGGGCGGTACAAGTAGGCTCGTATTGACTCCTGGAGCCCACAGGATGCTACAGAATGAATGAATGGACCATCTCCGTCCCACACACCCTGGTCCTCCCTAGGAGGCTGCACGGTCCCCTACAGGACGCTTGGGCGCGAGCGGCGTCCCCAGACCGGACGGCGAAGCGCCTTTGCCGCCAGGCTCGCGGGGTCACAGGGTAGCAGCGGCCGAGCATAGCCTTCATTTACCTGCCAGACACTGCAGCAATCACGGCCTCTGCTAATCCAGCCTAGCCAATCCCTGGCGTGGCCAGGGCGCCACGTGACTTCCGGCCGGCAGTGCCACCGAGAACGCGATCGGCGCTAGGACCCTCGCACAGGGAGGCCTGCCTCTAGTCCGAGAAGGTCCGCCCCTGCCGTCACATTCAGCCAATGGAGAGCCGAGGCTCCGGCAGAACCAATGGCGAGGAGGCATG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Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
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AOS Produced 13 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 5, start 118705679: end 118705835
Found 7 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
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DESIGN COMPLETE
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Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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