High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by rm7
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 278297
Chr: 9
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-465J11 : RP24-158C21 : RP24-227I15 : RP23-21C12 : RP23-452A10 : RP23-362P7 : RP23-38H20 : RP23-324J3 : RP23-337H16 : RP23-376I22 : RP23-91K15 :
Instance: Plate 224: Well D04: BACs RP23-21C12 RP24-158C21 RP24-465J11 RP24-227I15
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 40202359 40202408 50 GTGAATGTTAGCATAAAGGGATATATATCTGGGTAAATAGTGAGTATTGA
U5 40207879 40207928 50 CTTTGAATCACCTGCCTGTGCCACCTAAAGATTGGGTTTTAAATTTCTTT
U3 40207977 40208026 50 TAGTTTCACCTAGACCCTTAATCCCAAGACCCCTTTCCTAGGATGGTAAT
D5 40210006 40210055 50 ATGCCTACCCCACAGTGAGATTAAAGATCAGTTAGCTGACAAAGATGACA
D3 40210080 40210129 50 AACGGTGCTTGAAAAAACAGTGAATAGAAAATGAGAAAATACAGTTATTG
G3 40213789 40213838 50 GTATTTTCAACCATGTATCTAAAGTGTAAGCAGAATTTGTCCTATAAGAA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 40017641 40017664 24 CCCTTCCAACAGAAAGGAAGAAAG
15_E_15 40000464 40032714 32251 CGAACCCCGCCCCCTTCACATGCGATCTTATCACCTGTGATCCTTGCCAGTCCTTGGCCGTCTAGCGTGTGGCTCTCACCTGGCTTAGTGACAGGCTCAGAACTTCCCTGTAGAGCTAGAGGCTACTGTCTGCACTGTCTGAACTTCTTTCTTCCTACCCCTGACAACCAGCTCGGGGACCTCTTCTCCAGCTCATCTCACCATCTGCGGGACTTTCCATAGTGGACTGAAAGTTTGCTAGTTTTTTATTCCATGGCCGACCTGGTCCTCTCACACACTTTCCCCTGGGCTGTGGCTGTCTCGTATTCTACACATGGATAGCGCTGTCTTTTCTCTGTGCAGAACTCCCCAAAGGGAGATCTCTAGGTCCAGCTTATCGTCTTGGTCGTGGTTAGGAGTGCCACATCTAGGGTTTTGCTGTCAGGTTATTCTGTCCATAGTCTACAGGTGAAAGGCAGTAGGGAAAGCTTGGGGCAACGAAGTCACAAGGCATCTCTCTGTGCAGCTTTTTCTTTGAAGCAGCCCCATGGACCTTAATCCAGAAAACAGTTTCAATGAAGTGTCAGGATGGCTGTGAGAAGCTTGCTAGGAGAAGCAAGTGACAGTGGGATATTTGGAGGCCATCAAATATCTTGAGTCACTTTCTGCTATTGCTGCCTAACATAAAAGGGTTAGGAGGAAGGCAGTACATTTTTCTTCTAAGACAGCTGCTGACCTTTCCTCCTGTCTCCTATGTACACACCCTTTGCATTCTACCTGTATAATTGCAGGAGACAGTCATTCCAAGGCCACTGCAAGACCTACATCACTATTGAGGGACTCCTGTCGTTTCAGAATATACAGGTGTGGTGACTATACCACTCAACACAGGCATAAAACAACCCTAGGCTTTCTGTTTTATTTTCCTCTCCTGCCTGAATGTCAGCGTTGCTGGATAAGTTTGTGCTTTTCTGCATGAAACCTCAAATTTACTTCCTTTGCCCAGATAGTGGGTATGGAGTTTATCATACATGAATCCGCATGTAAGACTGAAGTGGTGCTCTGTGTTCTGTATTGACCATTTTGAGAAACACTATTTTTGGCCAGACCTCCCTCTTGGTACCTGCCTTACAGAGGTTTGAGGACAAAGACTTGCAAATACTAGTAGTGTTGACTAATCTTTGATGGGTGATCTTACCATTCGAGTGTGAGTTATTTATGATATTACATGCTTTTAAGACAGAAAGCCAAATGCTCTATTATCTTTTGTGGCATGTTAAGATGAAATACTGATGAGGGTTTGTTTCTGGTTTGGTTTGGTTGCTTGCTTGCTTGTTTGTCTTAGGACAGTGTCTCTCTATATATAGCTTTGGCTGTCCTGGAACTCACTGTAAAGACTAGGCTGGCCTAGAACTCACAGGGTCCCGCCTGCGTCTGCCTCATGAGTACTGAGAGTAAAGGCTTGCAACCAGCTCCCTTGATTTTCTTGATTCCCTTGATAAAGAGTTTCCCATTGCTGATCACAGGTCAGATCTTATTCTAGGTTTCGATGTGAATTCCTGATAGTGCTAAAGTTCCTGCTGTTCCCTGATCAACTTTGTCACGGCTTCTTCCCCGCTCTGCTCAGCACTTGGAATAGTAGGAGATATAATATTCAGTGTATGCTTATGAACTGAATCAAATCTGTGCACTTCTCCCCTCAAAGTTTCTCACCATTGATACTAAAGCAGTCTGTCTCTATTGAACAGTAAAGCAAGGTAGACTTGATTGATAAATTCCCCAAAGAACTTAGAATGTTTAATACCCAATTCCTACAGCTGTCTGAATGAAGGACTTATCACCTAGGAGCGCTGGCACCCACTAATTACGGTACTTCTGTTGAGGCGTGTATTTATTGAGCTTCTTTCCCCGCAAACTACCTGGAAGAATGATTCAGGTCTAGGAACATATCCTTGCTTAGGGGTCCCAGCTTACCAAGGAAAAGACACTAAACTACCCACGAGGAATGACTGCTGGGATTTCCTCTGTGCTCTCAGATTCTGCTAGGTCAAACCACAGAGATCCCAACCTTTGTCATATATATATGCAAGAGAGCCTCAGTCCAAGCCAGAAGGAAATCACCTAGCATAGAGCACTAGGTAGCCAGGATGTATTGGTTGTATACACATAGACAGTAACTTTCCTGAGTTACCTACATCCACTCCTGGGGTCCAGCTATTGTCTTATTATTTATCCTTTTCCTATTAAGTGATCCTTTCTCTGTTGTAAGATTATTGTTGCCTGTATTTGTTGTGGGAATTTTAATATATCTGCATAACTTTGGCTGCCAAATAATAAATGCTGTTTTCTTCCTGGTGGGTGTCAAGTGTTATGTCCCTTACATTTTCAGCTTCAGATTAATTTGTGGCATTTTGCCTTAAATTTGTATTTAAAGATTGACGCACATTATTTAAGTCAGTAACTAATCCTGGGTACTACCCATTAAATGTAGGATGATTCACTTCATGTGGAGGTTAATGAACATGGTCATAATGGCCAGATATGCAGGTTTTTTTCTCTTAAAATATGTATTATCTCGGTTCTTAAATAAGCCTCCTTCATTATCCCTCACTGATCCATTGTGAATCCAACAGTAAACAAAGAGTTTGTCTTTGTTAATCTTGAAGCCCCTCCTTAGCATCCTAAGATCTGGAAAGCTTCTCAAAGGTTGATCCACTTCTTTGCCTTTAGATAGAAAAATCATCTCCTTCAAAATGAGCCTATTGATACAACTGGTCCAGGATGCCACACCTTACAAAGTAGAGCAGGGTATAGGATGTGAGCCTCTGTCTCTTTATCATTGCTACGCACATCTGTGTGTATAAGGAAACATATTATTAATTTTCAATTTACCATATTGTCAATGACATTTTTTATTCACCTTAAACCTTGATGTTGACTATAAAGGCAGTCAAATTTCAGAGTAGAAGATAATTAAGCCTCTGACCACCTGACCATCTTGTACCAGCCACTGCCTATTTGACCTCTCCTCTTCTTCCTATCTTCTCATTTTCCATTCCTCTTTCTGTTTCTTAAAAGCTATTGTAATAAGCTTTGAGCCAATATTCTCTTGCTTCTCAAATATGACTTTTATGAGAGAAGAAGTGGCAAAACAAAACATTTCTCCAGGTGGGGCTGTAGCCCAGTGGTAGAGCACTTGCCTAAAATGCAGAGTTCTGGACTCCATCCCAGGTCTTCGGAATTAAACCAGTTTCAGCATGGTTTAAGGCACACTGATCATGACATGCTAGAAGGACAAAAGCCAGGGCATGCGTCACTTTCACTTTCTTTGCCTTCCGGGTTGAGCTTTCACAAGACTTGGCATATTCATGGCTATGAGTCACATGCATCCTGACAACTGCAGAAAGGGAAGGGTCTTTGCTTTGGGTAAGTAGAAGCCTTACTGATTCCATCTTCAGATAAAGACTCTATCACCAAGGTTCTGTCCCATCTGTGTTCAACAACTTACTTAATTCAATTTATACTGCCTCCAGAGCAAGTCCTGTTTGCTTTTTGGTTTGAGTTTAACACTTCATTTGTGATATGACAATAAACAGACCAACCCTTTCCCCTCATTTTTCATTTGTAATTATGAAGAAATAAAATAGACTGTATGCTTATTTTCTAAGTCTTGATTTCTCAAAAGAACTTAAAGGAGCTTGAAGCAGAAAATGAGCCATATTGAACATCTACCCTGTGCCATCTTCTACGCCAAGAGATTTATATAAATTATATCATTTACTCCATAAAATAAGCATGTGAGATAGGCATGTTAACCACCTTTCAAGAGTAAGGCTGAGAGTTAGAGAAATTGTGCCATGTGGCTTATGAGAGTAGAGATACATATTCAAAATTCCAAAGCCATGTTACCATTACATGGAAAGCAGTGGTGTGCATCTGTATACATAGCAGTTGAAATAAGGTCAAGAATTTGGCGAGTGGAATGGCCATATTGTTACATCCTTTTGTGGCACAGCAGCATTGGAAGACAACAGTCAAGAATTTAGTTTAGTTTTTTGTTTGTTTTTTAATTTGAATTCTAGAACAGCTTGAAGGCCCTAGTAAGCTCCAGTAAGCAGTTGTTTTCACAGTCCCAGACTATGAGGCTACATTTGTCACTTAAATTTTGTGACTTTTCCTGGAGAGATGTGACGAACTATCCCTACAATACAAGATATAAATGACAGATCAAAGAAATTCTTCTACCCATATAGGTTGGTAAGTCATTGAGTTCATTAGTAACAGCTTGAGTAAAGGGCTACTCAGAGGCACAAAGGTAACTACGGCACCAAAAAGTTCACTCCAACTCTTGTAGCTATGTGCCCATAGTTCCCTGTTCAGTCTCAAGGTGGCTCCACCAGAGTCTTCACTACCAGTTGCTTCCTGTTTGTATCAGAAGAGGGGGCTCATGAATCTTGTGTATGAGCTTGCTAAGTCAGTGACCTTTCTGAGTCATTAATTTATGAGGCTTATGGGCCATACCCTCTGCCTTTCCGAAGGGGAATGTCTTATTTGGAAGGAAATAGCTACATGGCATTCACTCCTGTGGCTCTTATGTTCTTTCCACTCTATCTTCCAAGATGTTCCCTGACCCTTGGACGGGGTAAAAAAGATGGGTGGATATTTTCTTCCATTCCTACCTTAGCATAGGGGCCAGTCACTTATTCTCAGCAGCTTGACAGATTATATCAGTCTCTTCAGTTTTGCAATACCCATTTGGAGGGACAGCCTTTTCTTCCATATTAGACACTGATGACAGCAGAAATCTGTGAATATAAACAACTGTTTCAAGGACAGGTAGGTGCATCACATTGATATATTAAAACTGAAACAGTAGTTTGTTTCTTTTTTTTTTCTTTTATTAGATATTTTCTTCATTTACATTTCAAATACTATCCCGAAAGTCCCCTATACCCTCCCCCTGCCCTGCTCCCCAACCCACCCACTCCCACTTCCTGGCCCTGGCATTCCCCTGTACTGGG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GF3 -1 -1 1 GTGTGTGAGTCTGGAGCTGGATCGTGGTTC
GF4 -1 -1 1 GTGTGAGTCTGGAGCTGGATCGTGGTTC
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EX32 -1 -1 1 CCATCAGGACGTGATGCTTCAGGTATC
GR3 -1 -1 1 CTCTTACGAGGTACTACTGTTGGC
GR4 -1 -1 1 GTTCTATAGTCCTTACGAGATTAGTATGAG
Comments:
Created
Target: 1501Ensembl ENSMUSG00000025602 -- 40015890 -- 40017481 ENSMUSE00000152027 -- ENSMUSE00000152026
creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 9, start 40015890: end 40017481
Found 3 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found less than four RP24 bacs: looking for extra from RP23
Found 8 RP23 black6 bacs on NCBIM36
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
U-type: U1
D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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