High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by am9
Valid After Annotation
yes
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 270963
Chr: 6
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-81B7 : RP24-201O1 : RP24-475H18 : RP24-548E15 : RP24-148E18 : RP24-277H1 :
Instance: Plate 217: Well C03: BACs RP24-277H1 RP24-201O1 RP24-148E18 RP24-81B7
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 82977849 82977898 50 TGGACAGGAGAGTCAGATATGGCTAAACAACACAGGTTGCACCTCATTTT
U5 82981389 82981438 50 ATGAGCGGAACTTAAGCTCCTCTAGTCTCCTGGGAAAGCAAAATATTCCG
U3 82981477 82981526 50 AAAATGTAAAGAATGAATAAGAAAAAGACTAGAACACATGTATGGCTTCC
D5 82982464 82982513 50 TTTCCGAATTTTGTAACAGAAAGCACTTAGAAGAGTGCCTGCTACAGATA
D3 82982537 82982586 50 GTAGAATAATACAAGTATTTGTAATGCTTTTAATATACCTGTTACTGAGA
G3 82986034 82986083 50 GTTATGTGTAACCTAAGCTGCCCTAAAAAAATCACATTCTCCTATGTCAA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 82932508 82932530 23 AATGCCATGTCCTGATATTAAGA
15_E_15 82916383 82947580 31198 GGGAGGAGAGGCCCTTGGACCTGAGGGTGTTCAGTCCCCCAGTGTAGAGGAATGCCAGGGCCAAGAAGCAGGAGTGGTGGGTTGGTGAGCAGAGGGAGGGGGAGGGGATAGGGGGTTTTTGGAGGGGAAACCAGAAAAGGGGATAACATTTGAAATGTAAATAAAGAAAATATCTAATAGAAAAAAAAGAAAGAAAGAAAATACCCAAGGGGGGAAAAAGAACACTTGCAAAAAGAAAAAAAAGAGGAGGAGGAAGAGGAGGAGGAGGAGGAAGAGAAGGAAGAGGAGGAAGAGGAGGAGGAGAAGGAAGAGGAGAACTGGTCTTTATAAAGGATGGTGAGGAGAACCATGAGGTCACTTCACTTGTCCGGGGTTTACTTGTTGGCTCCTTAAATTAAGTGAGATTCTCTTCTTCACTGAAATGCCCCTGAGGAATGGATTCAATAGATCCTTATCAATTATAAAATGAGAGACCACATCACAATTCTTGTTTCAGGAGAAACATTTTTTGTTGTTGTTTGAAAGATTGTCAATATATAGCTCCAAATACCTTGAACTCTAATAATAGCCTGAACTCTCAGTCCTCCAGCCTCAGCTTCTTGAATGCTGTAATACCAAGCTAGGGAAACATCATTCTTAAACAGAGAATCTCTTAGTGACAGACTAAGAAACCCAGATAGTATCTAAAGTTAGCCCTCTTAGACTTCCAGTTTGAAGATCACCTAAAGTAAAACTATAGTCATGGCCTGGACACATGGCTCAGCAGTTAAGAGCACTTGTTGCTCTTTCAGAGGACCCAGACTTGGCTCTCAGCTCCCACACAGTGACTCACAACTTCAGATCCAGGAAATCTGGTGCTCTCTTACAGCCTCTGAAGGCACCAGGCACACACATGGTGCACATTTTAGGTGCAGAGCACTCATACACCTAAAGTAGTTGCAAAGACCTTTCACTGAACGTGTAACTGAATTATCACGTTTCCTTCCCTGTTTCTGATAAATCCACAGCATCTAGGATTTTTAGCTGCATTCTTCCTTCTGATTTAGAGAAATTTTAGTGCAATACTTAGAACATGATTGACATTCTGTATGTGTCAGTCAGACATACATGGTTTTAGGAAGGAGAGGAACTCCTAAGGAGTTACTGATGAAATAAAACTGCCAATTAGTCAAAGCCTGAGTGTTTCGTAGTTTTGTATCTATTGATATGATAAACATCATGACCAAAAACATTTTGGGAAGAGAAGGGTTTATTTGGCTTACACATCCTAATCAGTCTATGACTGAGGGAAATCAGGTCAGAATTCAAGCAGGAGGAGGGACCACTGAGGAAAGATCCTCACTGGCTTGCTCCCCATTGCTTGCTCAGCCTGATTTCTTATACAACTCAGAACTCCCGACTCAGGGTTAATCAAGAAAATGTCCCCACAGACAAGCTAACCGGCCAATCTAATGGAGGCAATTCCATGACTGATGTTTCTTCTTCCCAGGTGACTCTAGTCTATGTCAATTTGACAGAAGCTAACCAGCATACTGGGTTCCTAAAGCTTTGTGTCTTTGCTTCACTTTCTCTCTGCAGCAAGTGAGAGGGAACTTCATTAGGCTGCAGGCCTGCATCTCGGAGCTTCGAATGTTACAGGTAGAAGGTTGTCACAGACCACCTCACGCCTTACTACCCCTGGCAATAGAAGATGGGCTCCAGCAGTTCAAACAGTACAGCAGTCACATGGCCTCAAGTGCTGCTCAGCCCTGGACTTCCCTGGAGGTAAGAGATGCTGCTTTTTAGGACGTGAAGTCATCTCCCCACCCCCATCTCTGTAGTGTTACAGTATTTATTAACCTTATGTTGTTCTGTTTTATATACATTGAATATCATTTTTAAGATGAGATGTTCAGCTAACATTATTTTTCTATCCCATTACCATTTTCTTTTCTCCTAAATTCTTTTTCTTTTCTTGGTGAGTACGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGACCCCAGACCTAGAGTTACATGCAGTTGTAAGTTTCCCAATCAAGTACTGGGAAAGAACACCAGTAAATGTATTTTATTTTTAAATTCTTACTTTATTTTCAATTATGTGTATGTGGGTATATGCATGTGTGTGCAGGTGCCTGCAGAGACTAGAAGCACTGGGGCCCCTGAAGCTGGGGTTATAGGCAATAATGAGCTGTCTGCTGTGGGTGCTGGGAACCAAACCCGGGCCCTCAAGAAGAACAGTACAGGTTCAGAACCACGGAACCATCTCTCCTGCTCCAACAAGTGCTCTTAACTGCTGCCACCATGTCCTCAGTGTCACCTACTCAGCTCTTAATATGCAGAAGGGCATCAAGAGAAACTGGAAAACAGGGACCAAAGTGAACTCTAAGGAAAAACTGAAATAAAAATGAAATGTAAATACACCTGCCCAGGACATTTGGAGTTTGCAGGGTAAATGTTAAGTTCCCTAAATTGGCTCTGTTTTCTATCTATCTGGGTACCCTTAAAGCCAGACAGGGAGGTTCACACCTGTAATCTCGGCACATAGGAGATTGAGGCAAGGCTAAACCAGCACGGGCTATGTGGTTCCAGGCCAGGCTAGGTTACTGAGTCAAATCTTATCTCAAAAAAGAGCCCAAAATAAAGAAAAAAATTGTAATTGTCTTTAATCAAAATTTTACCCAAATTTACTAAATTTTCTCTGGGATTAGCGAATGTCAAAGTTGATGCTATTCTGATGCCATGCTGAGACAATCATAAAAATATAGATAAGTTATGGGTGGATACTCCACGGGTACATTCGTGTGTGTGGGTTAAAATATTTGAGGGACCTCTGGCTGCAGACAGAAGAGTTGGAAAATAATTGTGTTAATTTCCCATTGCCATTTTCACACGCTAGGAAGGTGGAAGTTGCCACTTTGTCCCAACAATTATGAAAACACTTGCAAAGTCAACAATTCCCTTTAGATGCCTAGGAGAGGCAAGGTTACAACACAGGGCAAACAGCTGCCTCCAGAATCAGACAGACTCACAGCACACTAAAGCAAAACCTCCATGGCAACCACTGCTTGGGTAGGAAAACCCAAACATTAGTAAACGGCTAAAAGCTAAGTCTCAACATTTAAAACTCCAAGGGACGTCCTAAGGCCTCACACACTTCTGTGAGCTCCAAGTCTAAGAGTTCAACCAGACCCTTAAGAGGAAATTCCCTTATGACTCAAACCTGGATGGCAAGGGGGTGGGGCAGGAGAGAACAGGCATTCTGAAATACACTCAACGGTTCTTTTTCATAAGTTCTGTGGCCAGGAGAAACTAGTTAAACAGAACCTAGGGTTTGAACTGACCTAACTCACCTGAAGGACAAGAGAGAGCAAACTCAAGCTAATTACAGCCTTCCACATAGAGAGGAATGATCAACTCCAGCCCAATCGAGTCCCCATGCTCTAACCCACTCCAGCCCAGTCAAGTGCCCATGCTCCAACCCAAGGGGAAGAACACACTGAGAAACACTGTGGAGTTTGTATTTGAGTAGCAGCTTCTCTTGAAGACTAGGAACAAATAATCACATATCAATATTATTTTACGAACTTGTTTTGGGGGCTGATGAGTTGATTGAGTGGGTAAGAGCACTTGCTGTTCTAGCAAAGGACCCAAGTTCAATTCCCAGCACCCATATAGAAGCTCATCACCTTCTCAGACACCAGTCACACATGTGGTGCCCAGATGCTCTCGCAGGTGAAACACCCACACACATAAAATCATAAAAATAAATCTTAAAAAATGTTTAAAAACTTGATTACGCGAGATTTTAAAAACTTATTACTCTTATTATTTGAATAGAAAATAATAATAGTAGAGAATGTGTCCTTTCACACAAATACCACATTTGTAAAGGCCAATTACAATAACATCTTTGACCCAGTGGAACCCGTCTATCACAGAAGATGACAAGCGGAATAAAAGGCAAGACACACCATTTGAAGTTAGAATAGGTATTAGACCCAGTCATGGCAGGTATGCTAGAATTATCTGACTGTAGAATCTATTTGTTTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATTTGTATGTTATTTATTTTTGAGACAAAGTCACACTATGTAGCCCTGGATGACCTGGAACCTACAATGTAGACAAGGCTGTGCTCATATTTTTGGAAATCTTCTTACCTCTGCCTTCCAAGTGTTGGCATTATAATCATGTACCAACATACCTGGCACTTGACTGTAGAATTTAGAGAACAAGGATTGATAGCTAGCAGAGAACAGGGCACGGTGACACATCCCTATAATTCACGGCAGTCGTGGCAGATCCACAGAGCCACCACAAACCAACCTGATCTAAGCAGAGGCAGCTTGAGGCCTGGGAGGACAACCATTTCGAGCTAAAATGGCAAACAGTAGCCCAGGCATAACCACATCAGAGCCTTAGAGTTTAATCCAAGCTGAGGCTCCCAGCACTGGGGACAAAGTATCTCCATGAGTTCAGGCCAACTTCATCTACATAATGAGTTACAGGCCATCCAGATCTAAATTGTCAGACTATCTCCAAAACAAACAAACAAACAAACAAATCAGAAATCCAACTGTTCGTAACAAGAATGTGTAACAAACCAAGCTTGGGAAATTTAATCAGCCAGTACACATGAAACAGGCATGGATGGGAACTACCCAAATTCTAGTCCATGTGGAGGGCTGGGGCTGGAAAATGAGGATGTGCTGACATCTACTGGACACCAAGAAAAACTCAACCCAAACGGTTATACGTGTGTACTCCACTATTCACAAGGCATGCCCACCCCGGGAATCTGGTTTTACGGGTTTGAACTGGACCTCTAGCCCTCAAATCCTGTCAGTTTGCTACAGAAGCTATCACAGGGAAAGGAGGAACTCAGTAGTATCCTGTTAAGGAAGAAATGCTGAC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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 6, start 82931810: end 82931978
Found 6 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
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finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
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Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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