High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by am9
Valid After Annotation
yes
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 270592
Chr: 8
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-531M2 : RP24-90O20 : RP24-495J19 : RP24-348F6 : RP24-371M14 : RP24-157I20 : RP24-187K14 : RP24-187J10 : RP24-283E5 : RP24-260G10 :
Instance: Plate 217: Well F01: BACs RP24-90O20 RP24-495J19 RP24-348F6 RP24-531M2
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 75740586 75740635 50 TTGTGAGACACTATACAGTATGCTTGGTTTTATGAGGATATGATATCATT
U5 75745575 75745624 50 GTGCAGTTTGAAAGATTCCCTTCCTTTACATGTTTAATGTTATGCATGAT
U3 75745659 75745708 50 CTTTTTGAGAACTTTATCAACATTGTTGAGTGAGGTTATATATTAAATTC
D5 75747229 75747278 50 AATAGTTTTCCTGGAAATAAGTATGTAATTTGTCTAAAAGTGTCCTATCT
D3 75747302 75747351 50 TTGAGAAAATCAAATGAGTAATTTGTTCTGGAAACAGTTTTGCCCTTTGA
G3 75750724 75750773 50 AAAACACATGGGTCAAAGTTCTTTAATATTTTGAAGCTTATAAAATCCTT
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 78271178 78271200 23 CTACAAACATCTATAGTTTTTGA
15_E_15 78254474 78286250 31777 GTTAGGTTGTTTGCAAAATATGCAAAGAAAGTAGTTTTTGTTAATTTTTGTTTTGAGAAGTATTGTCTTTGAAATATATACACATAAAAGAAGTATTAAACATGCAATTAGAGATTATACAGGTTTGGGAAAAAACCAATAGTAAGTTCTCTCTAGGTTCTGGAGCCTAACCATACACGAGGAGTTCAGTAGGTTTGCAGTGCCAGACATGAATTCCTGTTAGACCTAGTGGGGAAACCGCCACTCAATTCCTGATCTAGCATGCACCCAAGAATCATGAACAGAGCAGAACGCCTTGAATGCCTTGATGTAATTACATGAGGTCTTTAATTACGGAGCTCCGGACTGACATGTATCCCACACAGGAGATAACAGATGCCGGCCATGAGGCTCGAAAGCTAGGGGGTTTTATGGGGTAAGGGGCTTAGGGGTGTGGAATTCAGCACAGCGACACACTCTTGGCTTATTCAAACATTAACAGAAAGATTACGTGTACGTGCAGGGTGTCAGAGTTCTGTGAGTTGTTGACTCAGTTCAGATAGCCCTGTTATGTCTTCACATTCCCCTTTATCTTATGGTCAAGATGTTCCCAGGAATGTTTTAACTACGGGGCATACCCAGGTTTGTTTTTCTCTTTCCTCAGCCCCAGGCAGCCTCTAGGCTCACAAACAACCAGCAATTTCTGAGTACTTTATATGACTTACAGGTCTTGAAATTTCATCTTTCTTTCATTCCCTCCTGTTGAGCTGGCCTTAAGTCCATTAGATAGCTATTGTTTACTGCCTAGACATAGATTGGTGCTTTTCCATTTTTTGAGATATCATTATGGCCATTGTCATAGTTTATAGGTGTCATAGCTGGCAAGGCTATTGCTTCCTTTCTCCATTGGTAGCTTGAGTATATAGCTTTCTAGCATCATGAAAGGTAATCCTCAGGGAGGCGATTTCTGCGTATAGCCTGTATGATTCTTTCAAGTCTTGTGTCTGAAGTGTATGATCTCATCAGCAGTAGGGTCTTACCTTCAGATTCTAGTAGGAAAACCATCATGCAAAGAATGTAGAAACTGCTTTCTGAATAACTCCATAGGCATATTCTATAATTATGTCTCAAACTTAAAGCAGTTATATTCCATTTCCCAGCCTTCTCTTCTATATACCTTCTTGCAGTTTGTATTCATATTGTCCCTCTAATTACCTCAAAACTAAGCAGTCTATATTTCCCCAATTGTTATGTTTTTGGTTGTCAAATAGATTAGATTAAGAAATAGGCAAGGATCAAGTGACCATAGGTGTGTGGGTTCATTTCTGGGTCTTCAATTCTATTCCATCGGTCTACTTGTCTGTCACTATACCAGTACCATGCAGTCTTTATCCCAATTGCTCTGTAGTAAAGCTTTAGGTCAGGCATGGGGATTCCACCAGAGGTTCTTTTATTGTTGAGAAGCGTTTTTGCTATCCTAGGTTTTTTGTTATTCCAGATGAATCTGCCGATTGTCCTTTCTAATTCGTTGAAGATTTGAGTTGGAATTTTGATGGGGATTGCATTGAATCTGTAGATTGCTTTTGGCAAGATAGCCATTTTTACTATATTGATCCTGCCAATCCATGAGCATGGGAGATCTTTCCATCTTCTGAGATCTTCTTTAATTTCTTTCTTCAGAGACTTGAAGTTCTTATCATACAGTTCTTTCACTTCCTTAGATAGAGTCACGCCAAGGTATTTTATATTATTTGTGACTATTGAGAAGGGTGTTGTTTCCCTAATTTCTTTCTCAGCCTGTTTATTCTTTGTGTAGAGAAAGGCCATTGACTTGTTTGAGTTAATTTTATATCCAGCTACTTCACCGAAGCTGTTTATCAGGTTTAAGCGTACTCTGGTGGAATTTTTAGGTTCACTTATATATACTATCATATCATCTGCAAAAAGTGATATTTTGACTTCTTCCTTTCCAATTTGTATCCCCTTGATCTCCTTTTGTTGTCGAATTGCTCTGGCTAGGACTTCAAGTACACTGTTGAATAGGTAGGGAGAGAGTGGGCAACCTTGTCTAGTTCCTGATTTTAGTGGGATTGCTTCCAGCTTCTCACCATTTACTTTGATGTTGGCTACTGGTTTGCTGTAGATTGCTTTTATCATGTTTAGGTATGGGCCTTGAATTCTTGATCTTTCCAAGACTTTTATCCTGAATGGGTGTTGGATTTTACACAATGGAGTACTACTCAGCTATTAAAAAGAATGAATTTATGAAATTCCTAGGCAAATGGATGGACCTGGAGGGCATCATCCTGAGTGAGGTAACCCAATCACAAAGGAACTTGCACAATGTGTACTCACTGATAAGTGGATATTAGCCCAGAAACTTAGGATACACAAGATATAAGATACAATTTGCTAAACGCATGAAACTCAAGAAGAACAAAGACCAAAGTGTGGACACTTTGCCCCTTCTTAGAAATGGGAACAAAACACCCATGGAAGGAGTTACAGAGACAAAATTTGGAGCTGTGACGAAAGGATGGACCATCTAGTGCTTGCCATGTCCAGGGATCCATCCCATAATCAGGTTCCAAATGCTGACACCATTGCATACACTAGCAAGATTTTGCTGAAAGGGCCCAGATATAGCTGTCTCTTGTGAGACTATGCCGGCGCCTAGCAAACACAGAAGTGGATGCTCACAGTCAGCTATTGGATGGGTCACACGGCCCCCAATGGAGGAGCTAGAGAAAGTACCCAAGGAGCTAAAGGGAACTGCAACCCTATAGGTGGAACAACAATATGAACTAACCAGTACCCCGGAGCTCTTGACTCTAGCTGCATATGTATCAAAAGATGGCCTAGTCAGCCATCACTGGAAAGAGAGGCCCTTTGGACTTGCAAACTTTATATGCCCCAGTACAGGGGAACGCCAGGGCCAAAAAGGGGGAGTGGGGGGGTAGGGGGTTGGGGGGGTGGGTATGGGGGACTTTTGGGATAGCATTGGAAATGTAAACGAGGAAAATACCTAATAATAAAAAAAAAGAAAAACAAACAAACAAACAAAAGAAATAGGCAAGGATTAGTGAGATATATCTTTGAATGTAACTGTGAATGGTTTTCCAAGGAGGACTAAATGAAGGGAGAATACTTGCCTTGAATGTGGTAGAGCCATATCATGTTCCAGAGTCATAGAGTGACTAGAAAGCTGAACATCTAATATTGCCCTTTCACTGCTTCTTATTAATTTAAGCTATGAAGAGATGAAGAATTACAGCCACAACTGCTTCTGTTGCCATGACTGCTCCATCATAGTGGACTGTGAGCTTGGTCTAGTTTCATTCCTATTGCTGTGATAGAATATCAACCAAAAAGCAGCATAGGGAGAAAGGGTGAAGTGGATATTTTTGGGGTTTTTTTGGAGACTCAGTTGTGTTATGTGATGTTTTTCTGTAAACTGTTCTACGAGAGAATTTTTTGCTGAAGCAGACACATGGGAGGAAATTTTGCTGAGAATAGACATGTGGTGTTTTTCTGAAAGTAGCCAAGAAAAGGGGCATGTAATGTTTTGTTAGAACAGATGCTTGAGAAAACACATGATGTTTGGGAAGGATATAAATATAATCCAACAGACAGTGGACAATGCTCTTTGGTATTGGTACACCTTGCCACTCTTTGCTGATCTTCATTTGTGCTGCTTCCTTGGACTCCAGCCAATTTTGTAGAACCTTACAATTTCTTCTGGATTGAACTGCCATTTCTGATTTGTGAATGGTGTTTGTGAGTGGATCATGGATTGAGCTATCTTAGCTGTGAACTGAACGATTGATATCCTGACAATGCAGAGTGGAGTCACTACAGAAAACAACTATTTTAAAACATGTCTACACCCCCTTTGTCCTATGAAAATTTCCTTTCCACTACCTCTATTAGGTGATGGGCTCAAAGAGAGGTTAAAACATTTAAGTACACGTACTAAAGTAAGTTTTTTTTTAATTTAATTTTTGTTTTTTTTTTGTTTTTATTTTTTTAAAAATAACCCTGCAAAAGGGCTTAGTTTAGTTAACATTTTTTGGTTTCAGTCCACAATACAAAATATGTCTTAGGCAAGAACCTGAAATAGTTGGTCATTTAGTATCAAGAATGGAAGAAATGAAATATAGACTTGCTTTTTTGTCTGCTTCTCTCAGATATGTTTCTCTTCCTATATCCTCTTCAGGGCCTCCTGCTTAGAGAATGGTGCCAACTATAATGGGGTGTCTTTCTATATCAATGAACAATATTCCCACAGGCATGCTCATAGGTCCTGCTCATCTTGATAATTTCTCAGTTGAAGCTCTCTTCCCAGTTGTTTCTAGTTTGTATCAAGTTGAGAGTTAAAACCAATCACCACAGGGCCAAAATAATTCCTTCCTCTCTTTAGTTGCCTACATCTGGTATTTTTTTTTATAGTGATGAGAAAGTTTTTAAAGATTGTATGTGAACCTTGAAAATAGTCTTCCTAGAATTTACACATATTAAAAGTAATTTCTTGGTCCACATGTTTAGTAACAATAAAGGGAAATAGTTAAACTTTAATAAAGCAAATGGATTCAGGAAGACATTTCTTACTCCTTTATTGTTTGGCCTAATAATTGGTACTCTTTCTTTGTTATGTAAATCCTCACCCCATCATCAATCCAATAACACACTTGGACACTAAACTTAGAGGACCATGTTTTGCAAATTTTACTTTTCCATTTCTTTCTAAAGTGAAGACATTTGGTATTCCTTGGAATTCTCATAGTTAACAAATCAATAGATAAATGTGGAAAATTTCTCTGGTTAGCCCAGAATATTTAACCACTGAAGGGAAGGTTCAATTTTCTTTATGAGATCTTTTCTTGGCTTCAGCCTCATTCACTCCCTTCCAGTATGATAGTCCCACCTCTTCAGAATAGCAGAAACTATTTTATTTCCAGTACATTCCTAGACACTCTGTAGCAAGCTAGAAGATAGATGAACTATATTCAGCCTTTATTCCC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GR4 -1 -1 1 CATTCTCTGTGCAGCTCAGGACTTTTTCAG
Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 8, start 78270162: end 78270357
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
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D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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