High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by avanbrun@wustl.edu
Valid After Annotation
yes
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 248790
Chr: 19
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-567A12 : RP24-261A5 : RP24-254D8 : RP24-316N11 : RP24-384M12 : RP24-458G14 : RP24-186C24 : RP24-228A12 : RP24-127C24 : RP24-240K5 :
Instance: Plate 221: Well G02: BACs RP24-316N11 RP24-567A12 RP24-261A5 RP24-254D8
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 42556443 42556492 50 GCTGACACTGTCGCTTCACATAAACACACAGTACTAAATAACAAGTATGT
U5 42562061 42562110 50 ACAAACAGAATAGTAGAAAATTTGTGTATTAGGCTAGATATTAAGAGTTC
U3 42562182 42562231 50 GCTTCAGTCCCAGGAGTCATGTGATACAGGAGAGAACTAATTCCTGTCCA
D5 42564480 42564529 50 GCCTGATAGGATTACACATTGAGAAAAGACTGATAGATATGGAAAAGTTA
D3 42564589 42564638 50 TAGATTAAATATGAATTTAATGGATTCTGGCTGCTCGTTGAGGAAATACA
G3 42568695 42568744 50 GTCCTAGCTCATCTTAACAGATTTTGTAATTTGTATTTTTATAAAACTTT
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 42639020 42639078 59 AAATATATATAATCCTGCTGTATCTGTAATTGCTAAGTCCTAAGAGGTGTTACATTGAA
15_E_15 42621551 42654128 32578 TCCACATTGTTGGTGAGATTTGTAAAATGGTACAATTGCAATGGAAAATAGCATGAAAGTCCTCCAGAATACTAAAACCTAGAATTACCATATTCTAGCATTGCAGCATAATTCACAGTAACAAAGATGTGATCGCAACCTTCTTCAGTAGCTGAATGAACAAAGAAAATGTGTGTAATAGTGGAACTCTTAAACTCCTCTTAAAGAGGAGGCAGGTCCTCCCAATGGCACACACATGATTTTACTTACATGAGGCACCTAAATCAGATACAGAGAAGCAAATGGAGAATACTTGCCAGGGCTGCAGACAGGGTAAACGGGACTAATTGTTCAGTGAGTGTAAACAGTTCTGCTAGTGATCTGTCATTCAAGACATGTAAAAGATTGGGGCTGGTAAGATGGCTTAGCTGATAAGGACACCTGTCATTAAGTTAGACCTGGTCAGCACCGGCGATCCCCATATTTGAAGGATAGAATTAACTACTGCAAGTGGTCCTCTGACCTCTTCACTTGTACCATAGCATCTGCGCACTGCACCCACCCACAAAATAATTAAAAAGTAAAATGTACAAGGGGTCTAGATAGAGCCGTGGGAGATAAAACTAATATTTTACCAAAATAGTGTAGATCTTATTTTTTTGTTAGCTTTATACTGTTATATTTTTCTCTTTTTTTGAATTCTTTGAATTTTCTTTTAAATTAATTTTGTAAGTTAGCATACAAAGTAATGAGTACATATGTTGTTACCTGTTTTTCCAATTCGTCTCCCTGTCATATGGGAGCTGGTTCCCTTCCACCTCTAGGATAGTCCTCATATAGCTCTCATGTCACATGTTTCCGCTACCCACGCCTCCTCTACTCCTCCAGCATCTCTCCTTGCTCTTCTGTGATACCTGGTCCAGTTTCATGGCCTGCCCCCTACACACATACACAACTGTTCCGCATATGAGGAGAGCCATGTAGTGTTTTGTCTTTCTATATCTGGTTTATTCACTTAATACAATGATTTCTAGTTCCTTTTATTTTTCTACTGCTGAAAATACAATTCTTATTCTGTAGGTTCAACACTTTCTTATTTCTTCATCTTTTGCTAGACAGCTGGACTGGTTCCATTTCCTAACTACTGTGAGTAGTGCAACAGTAAACGTAGATGTGCAGGTCTCTGTGGTCTGGTGACTTAGTTTCCATTGCGTATATAGTGATACCCCAGGTCACATGGTAGTTCTCCCATTAGTTTTATCCAAAGCCTCTATCATGATTTCCTTAGTGGCTGCACACTTACCTCTCCCAGCCATGTATAACGATTCCCAGTCTCACCAGTTTTGTGGTTGGGTGGGATTTGATTCGGTTTGGTTTTGGTTACTATAACTGAGGTGAGAGGGAATCTCAGGGCAGATTTAATTTGCATTTCCCTGATGGCTAAGGATGTGGAACACATTTTCATGTATTTATTGGCCATTGTATTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTCTCTTTTCTTCCTTTCCTTTCTTCCTTTCTTCCTTTCTTCCTTTCTTCCTTTCTTCCTTTCTTCCTTTCTTCCTTTCTTCCTTTCTTCCTTTCTTCCTTTCTTCCTTTCTTCCTTTCTTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTCTTCTTTTCTTTTTGAGATCTGTATTCAGTCTGTTGTCTCATTCAGTGATTGGATGGTCTATTTTTGGTGTTTAATTTTTGCAGCTGTTTATATTCCAGATAGCTGCTGTAGAATTGACAAAGATTCTTCCCTCCATTCTACAGATTGTTTCTTCACTTTAGTGGTTTCCTTTGCTGTACAGAAACTTGCATTTCTTCGAGTCTTTTTCAAAAAGCCTTTGCTTTTTCTGTATCTTGAAGTATTTTCTCATATTTTGGGTCTTAACACTGAAAGGTCCCTGATCATTTTTTATTGGTGGTTTTAAATATTTATTTATTTATTTATTTATTTATTTATGAAACTGGAGATAAGAGAATCTGGTTTTATCCAGAGAACAATGAAACAAATGCTGGTGAGGATTTGGGAGAGAGGAACATTTATACAATGCTGTTGGGCCCATAAACTTGTGCAACTACTATGGAATGAGAATAAACGCTCTCAAAAAAACCCTAAAACTAAAATCACCTGTGATCCATCTGTACTTCTCTTGGGTGTATACCCAAAGGACACTAGAAATTCAGTTTTCCAGCACAATTTGTTGAATAGGCTTTCTTCCAGTCTGTACTTCTGTATGGCAGTAGCCATGTGGGTTTATAAATAGGTCCTCTCTTGGGTTGGTCTACATGTCTGTTTTGTGTTTGTACCTGCCTGATGATGCTTGTTCCTGTGGCTCTGTAATGTAATTTGAGGTCAAATACTGTCCTGTCTCTAGCCCTGCTGGGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTAGAATTGCTTTGGCTGTTTGAATCCTTTTGTTCTTCCATATGGGTTTTATGATTTTAAGAATATTATTGGGATTCTGATTGAAATTACATTTGAATCTTGTAGATTGATTTGGACAGAATACAGTCCATGAACATAGGAGGTCTTTCCATCTTCCAGTGCCAACAAATTTTTCCAGTCTCTGAAAGTTTTCATTGTGAAGATTTTTTTTAATCCCTTGGGTTAGATTTTTTTCCAGTTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTTTGCTATCAGATTTATCCTCAGATTTCTTTTTCAGCAAGCTCATTATTAGAAATACAGATTTTTGCATGTTGATTTTTTTTATTATTATTCTATTGCTTTGCTAAAGGTGTTTGTCAATTTCGAAGAGTTTAATGGTGGAGTCTTTAGGGTCCCCTCTTGTTTGTCTAAGGTTAACACCATGTGGTCCCTGAGACTGCTCAGCAGATTGAGGTGCTTGTTGCTAATAGGATGACTTGAGGTCAGTTTTTAGATCCCACATTGTGGAAGGAAAGAACTGACTCCTTGTATTGTCCTTTGTGCCATAAAATGAGTATACGCGTGCACATACATATGTATGATAAATAATTAAGTAAATATAGAATCTTGTCATCTGCAAATAGGGTTAATGCGATTTATTTCTTATTTATATCCCTTTTATTTCCTATTACTCAAGACTGAGCAGTGTATTAAAGAGACTGGATACACTTGTCTTGTACACTTTAGAAGGAACCCTGTTTTCCCAGGGTTCATGTATGGCTCTTATTTTTGTTGCTTCTAAATTTTTCTTAAACTTGATTTACCTTCTTTTACAGAACTTAGAGCTATCTGGGGTTTTTGTTTGTTTTGTTATGTTTTTGTTTTGTTGTTGTTGTTGCTGTTGTGGTTTTATTGTTGTTAAAACCTCATTCCCTCTACATGAAGCCTTATTCTTCAGGTAACAGCCTTTAGTAACCAAGTATAAGATGTTTGAAGTCCGAGGTGATCATCAGATTCTGAGCACTGAATGAAAGCTTTATGTTGACTGTTAATGATCACCCAGTACTCCAAAGAGTCAGACTGACCAAAGAATAGGGAATTTATAAATCTGCTTTTGAAAATTGATTAGACTCAAATGACAGAACTGAGTTTTTATAGACTTTAATCTTGAAATTTTGTTAAGGCAAGAAAACTTTTTTTACAAGATTTTTTTTCTTTTTTTTTTTCTTTTTGGTTGGTTTTTCTAGACAGGGTTTCTCTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCTTTGAACTCAGAAATTCGACTGCCTCTGCCTCCCTAGTACTGGGATTAAAGGCCTGCGCCACCACTGCCTGGCTTTTTTTTTTTTTTTTTAAACAAGATTTTGAATATGTAAATGTTACGTGCAAATAGTGAAATTTTAATTGTCACTTGTTGGCTAATTGAACAGTATAGAGTATTGTATTCTTTATAGCATTTCTCTTTTATTTCTAACTCAGATAAGATGAAGCAGATAGTGTTAGAATTTTTAATCTCAACATTGCTAACTTTATGTTTAAGGATCCAAAGCCCATTCATACCCTTTTTGGGGTTAACCATCTCACCCTTGTTTGCATTCTATTTGTCCCTATCCACTGCACAGTCTTACCTCAGGGCACATTCCAACCCTTTCCAGTAAGGTATTTACCCTCCCACACCAATAAACAACCTTTATCTGCCAAATCTAGTAGAAAAAAAATTGTGGCGATCTTTTATCCCTTGGGTTGGGTTTTGTTGTTTTGTTTTGTTTTCCTAGTTTTTTGTTTGTTTGTTTGGTTAGTTTTGTTTTGTTTTTTTCTTTTGACATTTCAAAACATTTCAAAATCTGTCATTAATCTGTTTTGGTTTTTTTTTATGTTTTATGTTTTTTTATGAGTTCCTCTGTGTCTAGGCATGCTGTAATAATTAGTAACAGGTTACTTTCCTGCGATTACCCTCTTGTACTCATGTATGTTAGAAAAATGTTTAGCAAAGCCCAGTCAGATGGTGTCCAGTAATTTCTGAACACATTGAAAGTAAGACCCAAAGCTCACGCCTAGCCTGTACCCCCTATTTCTTTGGGCAGAGGTTGTGCCTTAGGTCTTTTGCATTTGTTATTCTTTCTTGGACCTTTCCCCCCACAATTTAATTTGTATGCCATATTGACTCAGTTTTAGTATGAGTTAAGGTGTTGACTGTTTGGAGTGGTCTTCCTATTTATCATAGTTTTTTCTTCTGAAATAGCCATATACACCATCCTTAATTAATTTTATTATGTGATATTTCTCGCTCATACATCAGTGATATATGTTTACATATTTACCATTTTCACCATTGAATGTTTGTTTCATGAGGTTGGGGGCTTGTATTCATTATTGTTTCTAGTGCTTAAGATGATAGTTAGTATATAGTAAGTATTCCCTAGATGCTTGTGGAATGAGTAAATGAATGGGTCCCAAATCTCAGTTGTGGTGTAGAG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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
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Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
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Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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