High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
 
       
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by mp7
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 238213
Chr: 11
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP23-427I5 : RP23-309O24 : RP23-104H11 : RP23-231P4 : RP23-458H19 : RP23-65B3 : RP23-328N5 : RP23-4A10 : RP23-75M4 : RP23-79E13 : RP24-366A17 : RP24-454J14 : RP24-135J7 : RP24-113N2 : RP24-133B24 : RP24-542E13 : RP24-112L12 : RP24-230P4 : RP24-439B3 : RP24-483K4 :
Instance: Plate 185: Well E09: BACs RP23-231P4 RP23-104H11 RP23-427I5 RP23-309O24
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 51689397 51689446 50 AAAGATAAAGTTTGGCATTTCTGTTTTCGTTTTGTGTTTGCTAGAAACAT
U5 51686550 51686599 50 AAAAAGGACATCACCATCAACAAATCCAAAATACTTTTTACAGTTACTGT
U3 51686427 51686476 50 GGCAAAAACCTACCATCTTTCCATTGATTGAAAAAAAATAATACAAAAAG
D5 51685210 51685259 50 AGAGGGGGCTTTACTGGTTTGACAGTTGTTCTTGCAGGTTTGATTGGCAA
D3 51685052 51685101 50 TGTGTGTCTGCATCGCAACGCACCTAGTGCAGAGCAGATGGTTGTAACCT
G3 51677815 51677864 50 CGTAAAGCTGTCTCTCTTCCACTTCTTCCAGCTTGGCCCTACTTCCTCAA
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 51483554 51515101 31548 ACTCCTTGATTGGCTGCAGCCCATCGGCCGAGTTGACGTCACGGGGAAGGCAGAGCACAAGTAGTCATAAGATACCCTTGGCACATGCGCAGATTATTTGTTTACCACTTAGAACACAGGATGTCAGCGCCATCTTGTAACGGCGAATGTGGGGGCGGCTCCCAACATTGGGGCACCAGTGCATCTCACAGGCTCGCTTTTAGTTTCCTACATAGTTTCCACAATGCTGGATTTCTGTGTTAATTCTGCTGATAATAGAGTTGAGTTCTCAAATCTGGAGGCTTGTATCCTTCCTGGGAAATTATCAACTATTATTATTACTATTGTTTTTTTCACTTCTGTTTATTTGTTATTTATTTTATTTATTTATTTTTTTACAGTCTCACTATTTAGCCCAGGCTGTCCTAGAACTCACTCAGGTTGATCTCAAACTCAGAGATTTCCCTACCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGAATGAGGGTATCATCCCAGCTATTTTAGATTTGTGAGATGAGGCCTCACTCTCAGACCAGACTGGCCTAGAAATCAGTAGACAGGACAGGCAGCCTTGAATTCTTGTTGATAGTTCTGTCTAAGCCCCCAATCTACAGCATGGGCTACCGTGTGTGGTGTTTGCATTTGTCTCCAGACTTGTTTCAACAGAGTTCCTGTGTTGTGTCCACATAGTTGACTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCAGAAATCCTCCTGCCTCTGCCTCCCGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGTGCCACCACGCCTGACCACATAGTTGATTTTTAAAAAGGATTTAATTATGTACCTATGCCCATGTCTGTGTGAGAGTACATGCATTTGTGTCTGCTGGTGTCCAAGAGTCCAGAAGAGTACGTCGGATCCCCTGGTGCTGGAGTTAATGGTTGTAAGTTATCCAGTCTGGGTGCTGGGAAATGAACTCTGGACCTTGGCAAGATCAGCACGTGCTGCTAAATGCTGAACAGCATCCCTCCAGCCCCACAACTGGCTTTTTTATATAAGTGCTAGGTAACCAAACTCAGATTCTCACACTTCATTGTGGGTACTTTATCAGTTGTCACCTTAGCCTGTGAACTGGTTGTGACCGATACATGCCTGTATCCCCATCACTCAAGGAAAAGGAAGCAGAAAGATTCAGACATCTTGGACAGCATCATGTGTTGTCTTAATTAGAGTTTTATTGCTGTAAAGAGACACCATGACCATGGAGACTCTTATAAAGGACAACATTTAATGGGGGCTGGCTTATGGTTTCAGAGGTTTAGTCCATTATCATCATAGCTGGAAGCATGGTAGCATCCAGGCAGACATGGTGCTGGAGGAGCTGAGAGTTCTACATTTTGATCAGCAGGCAGGCAAGAGGAGACTGTCTGCCTCACTGAGTGTAAGTTGAGCATATGTAGCCTCAAAGCCCGCCTCCACATTGGCAAGCTTCCTCCAACAAGGCCACACCCACTCCAACCAGGCCAAGCATCCTAGTAATGCCACTCCCTATGGGCCATGAGTTTATAAGGACTAGTCCTATTTAAACCACCGTAAGTGTTGTGCAAAATTATCTGTAGATATAATTTGAAATGGGGTATAATTATTCCCCCCCCCTTTTATACTGGTATCTGAACCCAGGACCTTCTGCATGCTAGGCAGGCTGTGCCTCTAAGTTGTGTCCTCAGCTCTCTCTTCTAAAAAAATTAGATTTATTTTATGTGTATGGTTTATCTGCATGTTTCGGTACCAGGGCATACCTGGTGCCTCAGAGGCCAGAAGAGGGTGTCAGCTCTCCTGGAACTGGAGTTACAGACCACTGTGAACCAGAGTATGGGTGCTGGGGACCAAACCTGGGCCCTCTGTAAGAGGAAAAGTGCTCTAAACCATTGAGCCATCTCTCTGCTATGTCTTTTGTAAAAATTAAGTGTATGTGTGTATGTGTATGTATGTGTGTGTGCATGTGTATGTGTATATGTGTGTATATGTGTACATGTGTATGTGTGAGTATGTGTGCATGTGTATGTGTACATGTGTGTGAGTATGTGCGTACACGTGTATATGTGTGTTTGTATGTGTGAGTATGTGAATGTGTATGTGTATATGTGTCTGAGTATGTGCGTGTACACGTATATGTGTGTATGTATGTGTGTGAGTATGTGTGTATATATGTGTATGTGTGAATATGTGTGTGTGTGACAGGTGCATATGCCAATGAAGCAGCCAGAGGTGAACATTGGTGGCTTCCTCAGTTGGCCTTCACCTTGTTTTTTTGAGACAGAGTCTCTCAGTAACTCTGGAGCTCACCAATTGTTTTTATCAGCTTAGCCCCTCCCTGCCATGCCTGGATTCTTTTTCCTTTCCCCTTTTAGCAGAGCAAATGCACATTTTTTAAAAAAAAGATTTATTTATATATGTAAGTACACTGTAGCTATCTTCAGATGCACCAGAAGAGGGAGTCAGATCTCATTATGGGTGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGTACTCAGGACCTTTGGAAGAACAGTCGAGTGCTCTTACCTGCTGAGCCATCTCACCAGCCCCCGCAAATGCACATTTATGAAACAAACTTGAGAAGGAACTTTCCAGAGTGGGAGGCCCTCCCAGGGAAGAGTGGCTATGCCCGGCTGCCACTTCTGTTTTTATTTGTTTTACACACAAATTAGTTATTTATTAGTTAAATTAATTAAAAAGCATTGTTCCAGCTAAGCTGTCCTCTCAGCTCCCAGTTTTTGTTTTGTAGGTTCTTTTGTTCGTTTTTGTTTGTTTGTTTTGTTTTATATGTGTGTTCTGTCTTCACCCACACCAAGAGAGAATCAGATCCCATTATGTATGGTTGTAAACCACCATATGGGTGCTGGGATTTGAGCTCAGGACCTCTAGAAGAGCAGTCAGTGCTTTTAACCACTGAGCCATCTTTGTTTTTAAGCTAAGGTACTGCTATGTAGCCCTGTTTGCCCTGGAACTTGCTATGGAGGCAGGCTAGTTTCAGACCTGCAGCCGTTTTTCTGCTCCTGACTCCTGGATACTGGAATTACAGTTCTGAGCCACCACACATGTCTAGTTCTCTTTTAGAACTTTTCCTTTTGAGACAGGCTCTTACCCAGGCTGGCCTTGAACTTATGCGGTAGCCCATAACTCAGGCAAGCCTTGAGTTTTCCACTCCGCTGCCTCCGCACATGGTAAGTCTTCTCCACTAGGCCTGACTCTAAAGAAAATGTTGTGTTGCTTCCTCCGGGCTCCTGAGGGCTTAACTGATCATTTTAATTTATACTCAGGGCCTGCTGCGCGCCAGGGCACCTGGATGACTCAAGGCCTCCACTGGCACCAGGGAAGGAGACGGCTGTTATTCAGTTCCCTTACACTCCTGCACTGTAGGCTTTGGGTCTGCTCCAGGCCAGGCGGTGGGGGTGTGGGCTGTGGGGTAGTTTATCCCAGTTTTGTCTCCAGCCAAGCAAAACCACCAGAAGTGAGCTTGGCTTCTTCATCACGTTATTTCTTTCCAGTTGGCAAAAGCCTCCAGGGCACCTGTAGCTTCAGGAACCTGCATCATATCTTTGGAATCTCTCCTTCCCCACCCATCTCTCTCACTACCTCCTCCCCCTTCCTCACCCCCTCCCCGTTCCTCCTCCCGCCTCATTCCTCCTGTACCCCCCACCCCTGCCACTCTGGCTGGCCTCAAATTTGCTCAAATTTGATATGTTGCTGAGAATAACTTGAAACATCTGATTCTCCTTCTGGCTCCCAGGCCTTTCCTGAAATTGTAAAGTTGTGTCTCCATGTCCAGATTCCTGTAGTGCTGGGAATTGAACCAGAGCTTCCTGCACACCGAGCAAATCCTCTGCCTCCATACCACTCGTGCTATAGCCTCCTCAACCTTCCCTCGTCCCTTCCCTCATTGCCTTCCCTCAAGTCTTCTCTTTGGTAGAGTTTTTTGGTTTGTAGCCCAGGCTAGCAATCGACCTGCCGTAGCCTTCCAAGCACTGGGGTTAGGGTCCTGTGCCACCATCATGTGTGGCTTGGAATTAAAAAAGAAAAGGAACTCTAACACTGTTACTCTCACAAAGCACAGTTGTCCGGAAGCAGCTGGCAAGCGTAGCTGTCTGTACACTCCAGGGGCTGCTGCTTCCCTTCCCAGGAGTTACAGTCAGCCCGTGTGGGTGTAAACCTGGAAGTTACTATTACATTAGTGATGGCGTGAGACGGAGATTGTAAACACATTTCTAATCTATGAGAACAAGACAACAACAATCCTTGCCATCAAGTAATACAAATGAATACCATAGGATTTATTTTTGAATTTTATTTTTTATTTTATGTGTATGGGTGTTCTGCCTACATGAATGTCCAGATACCACACATGTGCAGTGTTCAAAGAGGCCGGAAGAGGACATGGGATCCCCTGGGACAGGGGTTGGAGAGACACCTCATTGGATGACAGCACTGACTGCTCTTTCAGAGGCTTCAGTTCCCAGCACTCAAATGGCAGCTGACAGCCACCTGTAACTCCAGTCCTGGTGGACACTATTTGGTTTCAGACCCCGGACAGACAAGGGGCTAAGGTGCATATTTCACATATTAAAGCAGACCTGGCCTCCAGGTTCTCCCAGCATCCCTCAGTCCCTGTTACAGGTATGGCTGGCATACCCCACACTCTGCCCTGAATTCTCCAGCCCAGGAACTGGACTGCCTTGCCCCTAGAGGCTCTTCCTGAATAATCCAGCCATTTTGGTTACCTGCCCCCATCTCTTTTTTTTTTTTTTTAACCTTTCACCCTCTTGGATGCTGGACTTGGTCCCCCCCCCCTTCCCCTCCCTTCTCTCTTCACATGACTCAGGGTCACATCCACTCTGGCCTCCCCCAGAT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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 11, start 51498887: end 51499594
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
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DESIGN COMPLETE
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Created display features
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