High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
 
       
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by mp7
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 237369
Chr: 5
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-225B14 : RP24-324K10 : RP24-462G17 : RP24-251A6 : RP24-74K6 : RP24-344E24 : RP24-380F3 : RP24-74C4 : RP24-74A12 : RP23-104P23 : RP23-297J18 : RP23-422C17 : RP23-320C10 : RP23-456B10 : RP23-49O12 : RP23-111H5 : RP23-241P8 : RP23-294K2 : RP23-321C24 :
Instance: Plate 185: Well F06: BACs RP23-297J18 RP23-422C17 RP23-104P23 RP23-320C10
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
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U5 92213338 92213387 50 CCATCAGGCACCAGGCATTTGTGTGGTCCAAAGAATACATGCAGGCAAAA
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G3 92202836 92202885 50 AAGTATTCTGTTCACTGTAAGAAGTAAGGCAAATGGAAATGCTAAGGAGG
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 92623677 92657413 33737 TCTTGAATTCCTGATCCTCCTGCCTTTCTTTACTCTACAAGTGCTATACCCCATGCCTGGCTTAATGCTTCAAAACCCACTGTGGTGTCTAGACCTTGCTAGCCTTGAACTCACAGAGCTCTGCCTCCCTCCGCCCCCTGGATGCTGGGATTGAGAGTGTGTGCCTCTGCACCAGCTCTCCTGAGACAGGGCTCTCTATGCAGCCTTGGTTTCCCTGGAACTTACTGCGTAATCTGCTTGAGCCGCCACACTCAGCTTGGTTTTTATTGTTTGTTTATTTATTTTCTTATTGATGGGGATTATTTCTTTTAAAAATAGCGATAGTGTAGTTTTAGAGACATTTGTTTATTTGGTTTGTTTTGTTTGAGGTTAGTGTGTGTGTGCAGACATGGGCACTCAAGCCACAGAGTGGAGGTCAAGGACAGTTTTCAGGAGTTGATTCTCTCCTTTGCCTGTGAGTCTCGGGAATCAACATCCCTTTGGCAGGCTTGTGAGTCACCTGGTCTGAGTGTAACTTCTGAGGCTGTGGAGAGCTGTAGACAGCGCTCTATTGAAATAGAATCTTACATATAAAAATTCAAGTCTTTATGTGCAGTCCTTAGTGAGCTTCTGTAAGGTCTGACTGTGAGCGTGAACCTCTGCTCTGACTCCCTTTCTTTCCAGGTTTAATTTCAGTTTATTTCTATGCTAATTGTAGAAATCTTCGCAAGCGTCTGGCATGAGTGAACAGGCTTCAGCAACATGTCCTCCCAGAGATCCCGAGCAAGTTGCAGAGTTAAAGCAGGTAATGTTCCAGTAGAGTAACACCACCCTGAGTGTTGTATTGCTGTAGAATGCCATTGTCAGGAGCAATACGATTGGTAGTTAAGACAAGCTTTGAAAAACCTAGAAGCTGTGTTTACTTGACAGTAATGTAGTTTTGTCTTTCATTGATTTGTTTTATTTTTTTTACATTTATTCATGTGTTAATCTTGTGCTATAAATGTGTGTGGACACAGCTTGTGTTATAAAGACCACATCTGGAAGTCAGAGCATAGCTGCAGGGAGTTGGGTCTCTCCCTCTACCATGTGGGTCCTAAGAGTGACTTCAGTAGTCACCCACTGAGCCATCTTGCTAGCCCAGCTTCTTATTTCAGTTTCCTTCTTTCTCTCTCTTCTCTGTCATCCTCCCTTCTTTCTGTGTTATAAAGGAATGTATGGTTATTAGAAAAGAGAAATCAGAAACCAGGCTGTGCTTCTGTGCTAGCTATCGTCCCCTGCAGGGGGCAGTGCCTCTCATGCACACGGCTGTGCCTGTGTCACCAGTGTCCTTGCCTCTTAAATCTGCAGAGGCTGGCTGGCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTCCTTTCTTTCTTCCTTTCTTCCTTTCTTCCTTTCTTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTTTCTGTGTGTGTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCTCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGTCTTGAACTCAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGAGATTAAAGGCTTGTGCCACCACTGCCTGGCTGATTTCTTTATTCTTATATTATGTGTTTCAGTGTTTTGTGTGTGAGTAGGAGGTTTTTGGTCTTGTTGTTTTGAGTCAGGGTCTCTCTATGTAGCCCTGGCCATTCTATAACTTGTTATGTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTTACAGAGATCCTCATGCCTTTGCCTCCCAAGTGCTGGCATTAAAGGTAAAAACCGCTGTGCCTGGCAAATATACAAGTTCTTTTAAAATGATGGCTTTATCTAGCAACATAGGGATTTATGTATTATATTGCATATTACAAAATACCGTATGTGGGTCTCCTCACTCTCTTGGATCATTGCCTGATGGTCCACAAGGGCAGTGGGAGCAGAGCCAACAACAGATGTGGGTTTGGAAGCCCCACGAGTACTTACGGCGAATGACCACACTGGGACCAGCTATCGGGAGCCACATCAGCTTTACTTTGGGTGGCTCAAGGGTAATAAAGTTTTGGGGGATTGAGAGTAGGAATATCCAGGAGGGGCAGAGGTCATTGGCTGAGGGCTTAGGGTACCTGAAATGCCTCATTAGTGTGGGGAAGCATTTCGAGAATCTTAGGCACTGGCTGAACAGGTTCTATCAGGAGAAAGGAGCTGATCCGGTAATCTAATTGAAGCTACATGCCATTTCTCAGGTAGAGTCTTATGTGGGGACTTAGAATTCCCCAGGCAATTTCAGAGGAGAATCCCTGCTAATGAACGGAGTCTCTCATATTTCTCGGAGCCCAGAAGCTATCTGGTCATTATGGACTTTGACCTTAATTAGCAGAGTGTTCTCATACTGTGTAGGGGCAGGGGAGATGGCTCAGTAAGTAAATATGCTTGCTTACACAAGCATGAGAACTTGACTTTGAATCCCCAGCACCCATGTAAGAGAAAGGCAGACATGTTATCACATACCTGTAAGGCAGCTGGATCCTAGGGATGGCTTTCCAGACAGTCTAGCCAAAACAGCTCCAGGATCAGTGAGCAGCTGTCTCAGAAGTAAAGTGGAGAGCAAGTGGAGGACACCCGGTGCCAGTGTCTGGCCTCCACACAGGCCTCCAAGGCGACATCATCGCCCACCCTATATATATGCACCACAGACACACAGAAGGGAAATAAAGACAAGAACAAAATGATCGGTACTATCACACTCCGCATACTCTTGTTGATAATTGACAGTAGGAAGTAATTAGAGAAGAGACTGTACTCGATGGATGGTTGATGCATTATGCACCTCCCCATGCATTATGCATTATGCATGTCCCCAATCATTGCCTGAGGGGAAGGAGCATCACTGGGGGAGCTGCATTTTCATTGCTTTTCTGTCACTGTACTTGGTGGGAGGAGGTGCTGAGCGTCAGAACGTCCAGCAGTGTAGCAGCAGCTTCTTCCCTGTCTCCCCAGCACTGCTACTGCCGTGCGAGGGCCCTGACCTTGAGCTGGCCTGCTTTGAGTTGCAAGCGCCAAGCCTGTAGGCTTGAGCGGGGAGTAGCAGGGTGTGAGCTCTGGCAGGGATCTGATGGCTCTCTCAGAAATAAGACATTGAAGCAGCCCTCAGTGCTTAGACCCCATTAGCTGTTCTTGTAACATCCTAATGGTACCAGGAAGGTACAGCTTTCATGTGACTCAGGTGCCAGCTTTGCTTTCTCTGTGGTCAGCCTCCAGGTCTCCTAGGTGGGTTTTCAGTCTCCAGTGTTTCCTGAAGACTCACTTTCTCTATTTTCTTGTCCCTGTGCCTGCCTGCCTGCCTGCCTGCCTGCCTGCCTTCTTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTTCCTGTTATCCCTTTAGGATGTTTTTGGTGGGAGGGGGAGGACATACAGGATCTCAGGAAGCAATAGGGATGCATATATAGGTTTCATTCTCTAGCTTGATAAATTCTAATACTTGGACATGAATGAGTTTTGAAGATAGTGTCAAGAAGGGATTTCTGTAAGTGAACATTTCCTTAATGAAACCACACTGTTCCTACCACAACTTACTGTTCTGTGTTTAGGAACTGACAGCATTAAAGTCCCAGTTATGTTCACAGTCTCTGGAGATCACGAGACTCCAGACGGAGAACTGCGAGCTGCTGCAGAGAGCAGAGACCTTGGTGAGTCACCCTCATCGTCCCTTCCAAAGGCAGCAGCACACAGTTAATCTGTTCTCTCAGCCGTAGCCAGAGCTCAGTGACAGAGGCTTCCTGCTTCCTGGTGGCCTGGTGTGGCCTGGCCTTGCCTTGCCATTCTATTCCATTCCATTTCTTTTCTTCTTACTGTGCGGATTTGTTTACTTAGTGACTGAATGGTTAATTCACTGGCGTAACATCCCGTTTCCATCCTTTTCCATCCAAGCTGATAGTATCCCTGCTGCTGTGAACTTGTCAAAATCCCATGCACGGCCAAACCTTCGCCCAAGAAAGCCCTCCACATATAAATACCTCGCCTCTGTCCCTGGTGTCTGCCGAGTGTGGCCACTAACAAAAGGTGGTGCAGACCCCTCATGGTTTCCCCAGAACACACTTTCTCATATTTTGCAATCTAGATAGGCTGAAAATGTCAAAATTTTATTTTTACTTACTCATTTGTAAACTTCTCTTTTCTCCTATGCTTTCTAATAGACACAGAGCGAAAGGAGACTGCACTGCGGTGCTTGGTTTAGAGCGTGAGCTATAAAAGTGGCTTAGGGTAGGTATGGTTAGGTAACCATGCCAAGCACAGTGGTAACTGTGAGGTGGGGCCCATCTTGGACGGCGTGACAAGACACATTCTAACACAGATACACAGACCACAGGCCGGCCAGTCAGTTGTTCTGTGCTCTCAAACACCGGACCATGTGCTGTCTTTTCCCTAATTCCCAACTGCGTGCTTCCCATTTCTCTCTGTGACTTCACCATGCATTCTCTCCACAAAACTAAAATATCCTCGAGAACTTTCTCTGTTCTTTATGAATCTATTGCAGAATTCCTTTGAGGTTCATATTCCTGTCAGTAGTGTCTTTGAAGTGGCTTAACCCTTGTCTGATACTTCCACAAAACTGAATTCATTGTCCTGTCCAAAGCCACTGTCACACCCTTAGGAGGTGCTGTGTCATCTCCACTCTGGTATATTTTAGAGAAAGGGTGGTACTGAAAGTTTCACTCATAGAACACTTAAAATACTTACTTCACCAAGTGCTGGCATTGGGTTGGTTTAAAGCCTGAGGTGACAGTGTTGGACTTACCTCAGGAACTTAGAAGGCACAGTGTTGAGTCTCTGCCACTGGCACCTCCTCTTCCTGTCTGCCTTGTGCCTTGCCTTCCTTGTGTGCCGTTGACATTTAGTGCCACT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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 5, start 92638960: end 92641874
Found 9 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
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finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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