High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
 
       
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by mp7
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 235748
Chr: 7
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-240L7 : RP24-83E3 : RP24-312M8 : RP24-229D2 : RP24-319O24 : RP24-204I17 : RP24-323E14 : RP24-185N19 : RP24-344L20 : RP24-114D4 : RP23-270M3 : RP23-321A21 : RP23-294O6 : RP23-160C23 : RP23-63I20 : RP23-212E20 : RP23-382N15 : RP23-364G19 : RP23-314O23 : RP23-74C2 :
Instance: Plate 178: Well C03: BACs RP23-321A21 RP23-270M3 RP23-160C23 RP23-294O6
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 120421440 120421489 50 CAGAAGAGGCCTGCGTCTATGGCTGGATCATTAACAATCTTTATTATATA
U5 120423180 120423229 50 AAATTCCATTGAGGCAATCTGGTAGAGTATGTGACTGAGAATCTCAGACA
U3 120423306 120423355 50 TCTTGTTCTTACAACATCAAGCAGAAATGACTGGGAAAGCACTGTTTAAA
D5 120431410 120431459 50 CTTATGCAACAAGATAGGAGAGCGGCACCAAGGTATAAGGTATAAGGAAT
D3 120431537 120431586 50 ATGTTGGCCTTTAAGCTGATTGGTTCAGAGAATCTGGTCAACTACAAGGA
G3 120438680 120438729 50 TGATGAAAGTTTTTTCCCCAGTTAGTATGCTGCTGTCTCCTCTGAGTGAT
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 127551694 127590100 38407 AAAGAATAAGACCTCTCTGACCTCCACCTTCATGTGACATGTCCCTACCCCAAATAAATAAAATGTAATTAAAATGGTTTTAATTGTATACAGAAGACACTGTTCTTTTTATATAAAGAAGGATTTTATTTTTATCAAGCTCTAGGGCTATGAACATACTCTGTAGCTTTTCCTTTGGCTACCTAGGTATGTGTACCTTAATGGGAGTCAACAGAAAGGTATGATTGATTCCTGAGGAAATATTCATTGCTTTTGATTACTAAAGCTATTATATCCATTGCTTTCCTGTTTACTGCGTGGGGGAAAGCTATGGTTCTGTTTTGGTCTTACAACATATATACATAGGGTATAAACTGAACAATAAAAACACCTTCTTGATTGCCATCATGAACAGCACAGTACTCCAATAGGAACTTAGACATACCTATGATGAACACTGAAACAAATAATAATAGAAGATATATCCTTCTCAAGTAGGTTGGTGACTTGGTTCTATGGCAGAGCACTTGAACAGCAAGCACCTGGTTTTGATTCCCAGCTCTAAAAAGAAAAGCCTCTAAAACTTTAAGCCTCTACTTAACAATACTGAAATCTTACGGAGTGCCTTATCTAATAAAACTTATTGGATAACTTATTTACTAAAACTAGAAATCAACAACAGATCAAATAGTGGAAATTTCGCAAGTATTTGAAAGTAAAATACTATTAATTATGAGTCAAAACAAGAAAACAAATTACAAAATGTCTTCAGAAAATGAAATAAGATCAAAACATACCAAACTTTCAAAAGCAAAGCAGAGCTGAGAAAAATGTGTAGCTATAAATGAAGTCTTCTAAAACAGCAACAAAATACTTTTAAATCAAGAATCAAACTGCACGCCTAACACAAGTAGAAAAGTAGGAGAAGCATAAAATAGCAAAACAACAAAACCAAGAATTGACAAAGGAGAAAAATCAGAAAAAAACCAAAATTTAGATATTTGAAAACCAGACACTGACAAGTCTTCATCTATATTAAGGAAAACTTGGGCCTGGAAGGTGGCTCAGAAGTTAAGGGCAGTTCCAGGACAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAACAAAAAAAAAAAAAAAGAGACCCGGTTTCAAATCCCAGCATCCACATGGCAGCTCGCAACAACTGTAGGTAACTCCAAGAGCTGACACTCTCACATAGACATACATGCAGGCAAAACACCAATGCACGTAAAATTAAGGTAGATAAATTTAAAATAAAATAGTTTAAGAACAAAAAACCCCCTGAAAAACCTTAAATTGCTACATTACTATAGGATGAATAAGGCTCTTGGGTCCTCCCACACATCCCAAGCACTGCCTTCCGCTACTGGGCCTCTGCCCCGCCTCCGAACTTCCGGTTGGCCTGGCTCCTGCCCAGGGAGACTGCGCAGAGCAGAGCGGTTGATCCGGGTGTTGAGGGTGTTGAGCGGAAGTGCTGCTCAGGAAAGACTGGAGCCCAGCAGCGATTCATTGGAGGAAACAGGGGCTGTGGAGGCGGTTGCTAGCTCTGAGTGGTGAGTGTCAGAGTTTAAGGCTTCCTAAACTCCCAAGTTGACAACTCACACTGTGAGAGGTTTGAAGTACATTTGAGGTCTGGGCTGTAGCTTACTGAGGAACAGCTCAAGTTTTGGAAGAGCAGTTTGACCATGGTAACTCCTGTCATTTCCCATTTAAGTTGTTGGGGTGATGTCAGAGCCCAGCTATCGGTGTAAGGTTACAGGAGGTTAAAGGTAATAGGCTAGAGGGCACATTGCTCACCTCCTTACCATTCCCCGTGTGTGTTGGAGAACTGAATGGATAGGAGGACTGCACAGAGTACAATGTCGCACAACCTTAAGACATTTAATTTAATGACCCATGGCTTAGCTGGGTCAGCTTTTGAAAAGAAAAAAGGAACACCTTCTGTTAGAAAAGCAAAAGCTACTAATTCCTCCATAATTCCGTGCTTTCTAGGAAAAGAAAGTTGCTCCTTGACATTTTCCACAAAAGCAAGAAAACTTTTAACTATCCTGGCACGTATGTGGGACTCTTTGCTCCTGAATTCTCGTCATGGTCTATTCTGTGCCCCATGAAATCTAATTCTGGGTCTTGATTGAATGCTGACAGTTAAAGAACTTACCCAGAACTGATGTCACTCATTTTTCTTTTTTCTGTACTTTTCAGAAAACTTTGGTCAACCTTTGTCAATTTTATTGTATGTCTTAGATAAGTAGGTGCCATTACTTGAGAAAATTAAATATGAAAAACCAGTATTTTTATTAGATTTCTTAAATATGCTTGTCTACTTTATTCTTTTTCTGTAAGTCTTTGAATATATTGTAGGTTGAGGTGTATTGTAGTTATCTCTGTTTAGAACCAGTACTTCATACTTCTACTTGACTATAGCTCAGTACCCACTAATCAATATTCCTTAACCACCCCAAATCCCACACCTGTCTTCTCCCTCTGGGAACCATCTCTGTGTCCATGAAATAATTTCTTCTTATATCCTACATACAAGAGTACACATAGTCTTTCTGTGCCTGGCTTGTTTCACTTAACATGATAATTTAGTTCAGTCTATGTTGTTGCAAGTGATATGATTATATTCTTAGTGTTATGGGTCTGGAGTTGTTCGGCGTCTCACCAGTATATTATTAAAATTTTAACTAATCAGAAGCTTTTTATTTAAATACTGATATCAGGGCCGCATCTAAGAGCACTCCCATGATGCGGCATTTAGCTATCTCAGCCCAGGGCTTATAAAGAGAGAGAGAGAAAAAAAAACCACATTATATGTATTCTGCCTTTGCAAGAACAGCAAGTTTTACAAGATCAACCAACTTTAAGAATAGTTTTCAATGTCTGGGGAAAGGGAAGCATGCTGGCTGACAGGGGACAGCGTGTACAAGCTAGAGGTTTACATGTTACAGGCAAGTTTTGCTTTTTTTTGCTCTCTCAAAATTAATAATTAAAACTTTAAATGTAATTAACCAAAAGCTCCAAATAATCAGGATACAATTCACAGACCACATGAAGCTCAAGAAGAAGGAAGACCAAAGTGTGGATGCTTTGGTCCTTCTTAGTAGGAGAACAAAATACTCACGGGAGCAAGTATGGAGATAACGTGTAGAGCAGAGACTGAAGGAAAGGCCATCCAGAGACTGTCCCACCTGGGGATCCATCCCATATACAGTTACCAAACCCAGACACTATTGTGGATGCCAAGAAGTGCATGCTTAAAGGAGCCTGATATGGCTGTCTCCTGAGAGGCCCTGCCAGTGCCTTACAAATAAGAGGTGGATGTTTGCAGCCAACCATTGGACTGAGTTTGGGGTCCCCAGTGGAGGAGTTAGAGAAAGGACTGAAGGAGTTGAACGGGTTTGCAACCCCATAGGAAGATCAACAATATCAACCAACCAGATCCCCCAGAGCTCCCAGGGACTAATCCATTAACAAAGGAGTCCACATGGCTCCAGCTGCATGTGTAGCAGAGGATGGCCTTGTCATGCATCAATGGGAGGAGACGTCCTTGGTTCTGTTAAGGCTCAATAGATGCCCCAGTGTAGGGGAATGGAGGGTGGGGAGGAGGGAGTAGGTGGGTAGGTAGAGGAACACCCTCATAGAAGCAGGGGAGGGAGGATGTGATAGGGTGTTTCTGGGAGGGAGGGAAACCAGGAAAGGGGATAACATTTGAAATGTAAATAAAGAAAATATCCAATAAAAAATTAACCATTATACCACTTCAGTCAAGAAATAGTGGGCATTGAATATGTATTCATTTATCATCTAATGGGAAGAATTTACAAATTTAAAAAAATTTATTGTGCAGTGGTAATCCATAGAGACTATAATATAATTTAAACAATAGTAGCATTGTAAGCCAGGCATGGTGGTACATGCCTTTAATCCAAGCAGAGGCAGGCAAATCTTTGGTTTGAGGCCAGTGGTAGTGGTCAGTGGAAAGATGCATAATGGATCAAAGTACTGAGATAAAAACACTGAGTACTCAACCTAACTGGGACATCTTCAGCACTCTCCTCTCATGGGGTACAATCCCAATATTATATTGGGAGACTTGAAGAGGCCCCAACCTCAGTCACATTTTCTCAAAAATAGAGCTAGCATGGAGTGAGATGGGAGAAGATGGGAGACCAGGAGGGTGAGACAATACAAATGTACTGACTTGATATTCTTTCCAAACTCTAGTAGATTATCTTGAATAAACATTTCTCCACTCTGTTATACTCCTAAGTCAATTAGAAGCTTTTAATGGTTGTGTTTTAGTTGTCAGATAGGCTCTTATTATGTAGCCCTCATTGGCCGAGAACAGATGGTGTAGACTAGTCTGGCTTCCTCTGAGTGCTGGGATTAAAAGTGTGTACCAACACACCTACTAATGCTATATTTTTAGATTTTTAGCAGTGAAATAGCTGTTTTGCTGTCAGAAAAAGATACTGACCTCACACAGCCATGTCAAAAAGTTCACTGTAGAGTGAGTTTTCAAGCTAATATTTCTTAAAATTAAGGAATTAAAATAAGTTTAATTTTAATAAGCTTTAAGTTGCTTTTCATTAAAATTTGTTTCCCTTAGTTTTAACTAAATTAAAATTAAGGAATATCAGTCTGAATGGAATCTTGGTTTTATACTCTTAAATGAAGTCTGATTTTATATCACTATCTATATTGCATATAGAATATGATATATAATAAGTGTGCAGTAAATACTATAGAGGCATTTAAATATGTTTATACATCAACATTTGGTATGGAATATGATAACACTAGGAGCATATGAAATTGTACTGATTGATACTCCTTTGATTTGCTTTTTTATTTGTTACAGTGATGATTTAATTATTACGTTTAATATATTAAGAGAATATTTTTAAAAATTAAATCATGTTAGTATTATGCCATTTTTACCTAGAAAAAAATGGAACCATGT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attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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