High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
 
       
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by mp7
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 234748
Chr: 16
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-95A23 : RP23-350J14 : RP23-203N5 : RP23-236B11 : RP23-413L6 : RP23-10I3 : RP23-69B8 : RP23-236E11 : RP24-358E16 : RP24-95A14 : RP23-203N5 : RP23-413L6 : RP23-10I3 : RP23-69B8 : RP23-236E11 :
Instance: Plate 178: Well H09: BACs RP23-10I3 RP23-203N5 RP23-69B8 RP23-413L6
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
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Oligos:
Type Start End Length Seq
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CCTAGGTCTGTCCATGCATGCCCTCAGATTGGCAGTTCAGTCTCTGTGGGCCCCTATGAGCCCAAGCAGTTATAATTTTACATCCGTAAGAAGTTTGATTTTTTTTTATGTCATCCAATGACAGAAACGCATGGTATTGATTATTAGTACAAGCAATAAAAATTCTCACAGCACAGCCAGCAGGCCTCTCTTCACAGAGATCTCTTTGCTCACCCAATGAAGCCTGCCTAGGAAAAGTTGAGCCAAGGGTTTCTAGCCTTCACTTCACTGAAGGTGCTCAATCCTGATTATTTTGTTTCCATGGATTATAATGAGTTCTGTGTGCCTCAGAGAGCAGAGCAGAGCACTTGCCGTTTCCTTGACTGGCTCTTGATATTCCCACCCCATTGGGTTGTCAGTTGCTTTCAGAAATCTTTGTTCCTATATTTAAATGTAAACGTTCACCTTTCCACCATTGGCTCATTAACTGGCCCTGGTGCAGGTTAACCAATGACCCCAGAAGAGGTCTCCAGTTGCTCTATAAGAGTGATGAGCAATTCACACCCTGCACCTCGGCCAACAAAAACGTTGTGCCTTTTTACAAGCAGCTGAAGTCCCAGAAGGCCATGTGGTTCATGGCATGATATATGTAAAAGAACAATAAAAACTTTTATAGCTCCAAGAAAGCCAACAAGTCCCAGAAGTGCCTGAGGCAGGTAAGCTGGTGTGTCCTCAGGTAACCTCATGCCTGAGCAACGTCAGGAGGCCAGAGGCACAGTCCGTGCTCTGCAAACTTTAAGACAGTCTTAGAATGGAGACAAGTACATTCAGGTTTTCTGAGGAACCTGGGCAGCTGTTGTTGTCCTGAAGCATGAAAGCTAAAAGAGTTGAATGGACAGCGTGTTTTTTTTTAGCCTTAAAAAAGCCAAAACTGTACATTCCACTGCCCATCTGTTACAAAAGAAACATGCTGATAGAAATCTAATCAAGATGTGTGTATCTGACCACTGACTTCCATCTAATGGAAACGACGTTTGAAAAGGTACATGCGCTTGCCTGTATGTGTACACAAAGATAAATATGCACAGCGGTGTTGTCAAGAAGTGGAAATCCTCTCGGAGATTGACCTTTCATTATAGACGAGCCTAGGAGGTCAATACTAACCCGGTGTCACATGTGTAGCGCCCACAATTTGGAAAAACTGCAATGGAGGAGGAGGAAGTGGGGGAGAATCATTCCCACTACCAATCATTTATAGCATATACTCACTAAAACTATGAAGTTTGTATCTCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTCTATGTGTGTGTGAGAGTCTGTGTATGTGTGTGTGTGTGTGTATGTGTGTGTGTGAGTCTATGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGAGTCTATGTGTGTCTGTGTGTCTGTCTGTGTGTGTGAGTCTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTCTGTGTGTGTGTGTGTGGTATACTACCAATCTGTGAGCTCTGTCTGAGGTATTATTTACTAAACCTCACCCTTTGTTTTTGCCTTTTACTATGAATAGTTATTTTTTCTTGTTGCTATGACAAAATACCTCCTAGCAGCAACTTGAGGGAGAAAGGATTAACCTGGCCTCACTGTTTCAGAGAGCTGGAGGTCCACTCTGACTGGAAAGGCAAGGTAGATGTTCAGTTCACGGCAATGAGCTATAGCCACTATTGAGATCATTGTGGTCCAGGAAGCAGGGAGATAGAGCCAGACCAGGATCTTCCTATCACCTCCATAGGCCTACTCCCAAGGGCCCCACTACTGCCATCCAGGCTCAACTTATAGGCTCGATAGCCCCCAAACTGCTACCACCAGCTGGAGAACAAGCACCCAAAACTCAAGACTCTAGGGCAGTTCAGATTCAAAGCACTCAAGCACACACACACACACACATGCACGCACACAATATATATATATATGACATACATATTTATTCTTTTCCATGCTAAATGTTAGGATAATCCCCATCCAAAATATAATTCCCTTCCAATTCTCTTTAGAGTCTTAAATTTTCTTGATCATATAAACAGATACCACTATCTGTTTAACAGTGTACACTGGCTGGTTGCCTGAAATGCTACCTGGATTTCAAAAAGATGTAGATTTCTTCAGAACAGAAAAATGTGATTTCCAGAAACCTTTCAGGGAAGACGAAGTCATCTAAACGGATTCAAAACTACCCTGGCAGCTTGTGAATTAAAGGGCAAATGTCTGAGCCCCCCACCAGTTGTACCCCTGAACCATACAGCGCAGCAGTGTCTAGGCAGCTCTCGCTTAATCACCTAACAGCACACATTGTTCCATCCAGATACACTTTGTGTTGATGAATCCACAGATTCCTGGATTATTTTAATGATCTCAGTTGTGATATTTTCTCCAGCAATCTTCCTCTGGTCTCTTTTTTTCTTCCTTCCTTTGTTTCTTTCTTTCTTTCGTTCTCTCTTTCTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTATTCTAGGCCTTGCCTGTGAGAATTTCTATGCCAGAGGAAAATATGTTTTTGATTTTACAAAGAAACATTACCTAAATTAATGTTTTCTTAGTAACAATGTCTTCGTATTACAGACCACCTTTCCATCCTTGGGGAGAAAGAAAAGCAACAAAACACGTGCTAAGATCACCTTCATCTACGGCAGGAAGCTTTCCCTCTCTCCATCCAAAACTGCCACCTCTCCACTGCCAAAAGTAATTCCCACAATCCCGTGGGCTTTCCCTCCGGCTCTTTAATTTTCAAAGTCTGGCTTACCAACCATAATTTAGCTTGGGATTTGTGGAGATCAGACTCTAAGCGGATATGGAATTTTTTAAATGGGAATACTTGCTTTTATAATTCATGCAATGTTTTTAAGTAACTTCACCGATGAGGCTGCTAGTCAATCATTAGTTGGTCACAACTGATACTGAATTAATGTGTATTCTATTAATTACATTGTACACAGAATCATGTATTCAGAGTAGCCCTGTCCAATAGAAACATAGTATGCATTTTTATATTTTCACATAGCCACATCCAAAAGTAAAAAGAAATTGAAATCAACATCTTATTTAACTTAAATTGGTATTATTTCAACCTGTTCTCAATATATGATATTACTAATGAGATATTTTGTATTGTTTATGAAATTTCATACTTGTAGCACATCCCATGACCTGCTAACAGCTTGTCTAGTGCTCAGTGCAACCAGGTATGGAGACCAGTGCACACCTATGGAGGAGCTGAGTGTCCAAAGAGAGTATCCACACCTTAAACTGTAAGTCCATTCAAAAAAACCCAAAATACTATATTTTTACTGAAACATAGTATTTATACTGATAGAGTACATTATGGTAAATTAATATATGTTTAAAAGGAGTAGTGTTCAATGAAATAAGCATTTCAATCTCTTCAACTGTTAGTCATTTTTATGTGTTAGGGATTTTGTGATATGCTAATTATTTTTAAATACATCATGTTTCACCCATGGTTCTCTTGTCCTGCTAAAGAAGCAGCAGAGGTGGGAGAGATTGCTCAGTGGTTAAGAGACTTGCTGTGCAATCCTGAGGACTGTGGTGTGGGTTCCAGCACCCACATAACAAGCTACCTCTCCAGCACATCATACCTGGATGGATCATACCCCTGTCTCCAAGGAGGAGAGAGACAGGGGGGTCACTGGGACTTACCAGCAAGGAGCCTAGCAGAGAAAATGTGAGCCCAGCTTCCAGAAAGATCCTACCACAAGAAGGAGTAGGTATGCAAACACTCTTGCAACATAAACATTCAAAAAGGACAATAACTGGGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGGTTAAGAGAACTGACTGCTCTCCCAAAGGTTCTGAGTTCAAATCCCAGCAACTGCATGGTGGCTCACAACCACCCATAATGAGATCTGACACCCCGCTTCTGGTGTGTCAGAACACAGCTACAGTGTACTAACATATAATAAAAAAATAAATCTTTAAAAAAAAAAAAGCAGTAACTGGAAGTTCTCATTCTATGCTATGTTGCTAACATACTCCTACTGCTCTCTCAACTGTGGATGTGATGAGCTGCTTCAAGTTCCTGCCGCCTTGAACTCCCTGCTTTGATAGGCTGGAACCTGGAACCTTTCTCCTGCAAGATGTCCCAGCAACAGGAAGGAGATTAAAACACAAGGGAGAGTGGTATTTTTCTGTACCTGGCTCATTTCATTTCATAGCAGCACCCACACTACAGAAAACGACAGTTTTATTATTTTATATGACCTAGTAGTATTCTGTTGTATAAATATAACACTTTATTTTATTCTTTATTCACTCCCTGACTGAATCTGGGATGGGTCCATATTACGTCTGATCTGAATATTGGTGAATGAATATGGGTGTGCAAGTGTCTGGCAAGGAGAATGATTTCATCAACTTTGCATATAAACCCAATGTAAAATTGCTAGATTATGTGGTAGGGTAGTGGTGGTGGTGGGAGTGGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGCACATACGCTCATGTGTTTTAGCCAATTCCATATTAAAACAACATGTATTTCTAAAATTTCTCTCCATAAGCAAATCAGGACAGGCAACTATTAGTTTCTCTTACCCATTAAGGGATTCCACTGGATTATTGGTTTCTTATCAGCTGTTCTGCTGAGGCTCAACCTATTTAGAAAATGTTGACTGAAGCTTTCATTCTAGTTCTAAACGATGCTTTTCTGACTCACCTGGACAATCATTTGAAATCCCACTGCACCCCTCCTGCGTGTTCGGGTTCCTGCTCCTGATCTCCGAGAGGATGTATTTGAAAGTGCATGTTTCAGGGGCAAAAAGAAGTGTCCAAAACTCACAGTTTTAGAGGTCAGAAATCCAAGGTCGGCTTTTTTGACATGGTCAGGCTGTAATAAGGATGCTTCTCCTGAGATGCAG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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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AOS Produced 13 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: chromosome:NCBIM37:16:1:98319150:1, start 87356422: end 87357233
Found 3 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found less than four RP24 bacs: looking for extra from RP23
Found 7 RP23 black6 bacs on NCBIM36
Entered all non-repetitive oligos
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finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
U-type: U1
D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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