High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
 
       
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by am9
Valid After Annotation
yes
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 233442
Chr: 11
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-84H6 : RP24-145E17 : RP24-177E14 : RP24-479B19 : RP24-201D18 : RP24-94L10 : RP24-222D7 :
Instance: Plate 173: Well D02: BACs RP24-177E14 RP24-145E17 RP24-84H6 RP24-479B19
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
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U5 96107640 96107689 50 TACCTCAATAGGAAAGGTATAAAATGAAAAGACTAAGAAAGAGCTGATGG
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Oligos:
Type Start End Length Seq
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AGAGAGATGACAGATCACAAGCCAGAAAGAAAATCTCTGGGCCAGAGACTGCATGCCGTTCTGATCTCCTTCCCCAGTCTGTACCTGCTTCCTCTGTAGCTGCTCATGGAGGTCAGCGTACTTGTCTTTCAGCTCCTGGTTTTGTTGGTAAAGCTCCTCACTGAGCTGTTCCATCTCTTCTACCTTTTCCTGCAAGAGAAGGCAGGCAGGTAGCTTTAAAGTCCTTCCCACAAGCTGCTAAGTGGGATTCTCGCTCACAGTGACACTGGAGAGCAGTTACATCATGCACACGCAACGGCACAAAAGTCAAGGCATGGAGGTTGGCTTCACCAGAAAAAGATGAGAAAACCTGAGGGCCCCTCCTGAGCACAGTGGAATCTTAGACCTCCAGAGGCTGAGGCAGGAGAACTACCCTGAATTATGCCAGCTTGGGCCATAGCATTGAATTCTCTCTTTAAAAGAATTGAAGGGAGAAAGAAATCATGTATTGTTTGATTTTTTTTTTAAAGCATCCCTAATTTGTTCCTGTGTGGGTTAGAGTAGAACCATACAGATAGGATTTCTCCAACACTGCCTACAGCCACTTCAAAGCCTATGGACTCAAAGTAGGCAACTGCTATGCCCCAAGGCTAGCAGGGAGATGGCTTACAGACCTTATTGATAACAACCATTATGTCCTCGTCAGGGTCTGGACAAAACTGGAAAGGGACACTTGTTCCCCGGACTAAACCATCTTCATCCACATAGCAGAACTGGTAGCGCTCCACATCCTTGGGAAGGTAATAAGCTGAAAGCAGAATGTGATTTTTAATATGAGCGATCTCATTTAAAAAACAAAACAACTTCCCAGTCTGGGACAGAGTTATCAGCATCTTCGACCCAGTATTTTCCTACCTTTGAATTGGATTTCCTGCTGTGTGGCTGAATCCTTGTTTTGGTCTTTTGGCAAGGGAGCCCACATGAAGGTATAATACTCCTGAGTGGTCTTCCACCCTACCTGCAAGGTCAAGGGACTCTAATTCAGCACTGACAACTTGAATAAGTCTTATTTTTACAATAATTTCTTTAAAAAAGCATTTATATTTTATTTGTATATACTGAAGATAGAATGAATTCGTTATGACAAGATCCCTGTTTCTTGTCTGGCCATTATATGGGGGGCAGGGGGAGGAAATCTCAACCTGTGGCAAATCTCCAAAAATAGATACATTATAAATTAAATGTTCACTGCAGTAGGAAGGCTCTAAACCTTCTGAAACAAACAAAAAACCAAAACAAATCGTGTTGAGGTCCAATTGGCAAAAGGTAACCTCGGAAGGGGGTTACCAGATAAGAGTGCAGTCTGTGTGAAGTTTACCCTGAGGACGTCAGGATAGGGAGGACACTGAGACAGGGCCTCAAAGCTGCATCCTCTAAGACACCTGCCACCATGTTGATGATAAAATAAATAGAAATAGCTGGTAGCTTTAATGATTTTTCTGGGTATTGACTTCAATAAATCAGGAGACTGGCTAAGTGGAAAATATTCTCACTAGATGTTCAGACAGGGGCAAGAGGTAGCTCAAATCTTATCTAAGATAAAAGGACAGAAAATAGAAAGGGAGTCATTGTGGTCTTCAGAAGATTGAGCAAACACCCAGCAAACAGGAGGCCAAATTACCATTTAGTGAATTTTGACCCATTTCCGTTTCCAAGAAATCAGAGCAGGTTGAAAACGCTCTACCACAACAAGCCCATCTGGAAACCCTAGGACATATTTTAGACCCTTCTTTATATTGCTGGGAACATCTCAGAGCCACAGAAGTCTGTGGGACAGGAAGCAGTTTTATTTTTATTTTAAAAATTTTTATTTTTAGGTTTTTTGGGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCTCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAGACCAGGCTGGTCATGAACTCAGAAATCTGCCTGCCTCTGCCTCCCGGGTGCTGGGATTAAAGGCGTGCGCCACCACGCCCGGCTTATTATTATTGTTGTTAGTGGTGGTGGTGGTTTTTTTGTATAGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCTGTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTTAGACCAGGCTGGCCTCAAACTCCCAAAATCCGCTGCCTCTTCCTCTCAAGTGCTGGGACTAAAAGGTGTGCGCCGCCACTGCCCGGCTTGGAAACATTTAAGATACCAGGTCGAGGAGAGAGCTTGAAGCACAGGTAGACATATGCAAAGAAGCTGACTGACTCTCACCTGCTTTTGGTTGAAAGTAGCTGTCACTACATTTATAATAGGTGATACAGCACTGTTTAAAATCACTTGAAACTTAGCATGGCAGTATCCTCTAACCTCAGCACTTGGAAGGCTAAGGCAGAAAGATCACAAGTTCGAAATCATCCTCAGCTACAGCTGAGTTTGAGGATAGCTGGCCTGAACCACACGTGAGCCCCTGACTCATTTGTACATGCTACCAGGGACTGCTGGTGTTAGGGGTGTGCTGAAAGAAAGCTTTATAAGTGAGATATGAAGGACCAAGCTTCACAGTCAATGTTATAATCTTTTAATTAACCAAAGGAATTCAGAAAATGGTGGTTTGGGAGTCAATCCGTCTTAGCAGCTAGACACTAGAGTCACTAGCTACCAATACCAAGGACATCCATTTTGCTCATCCTGAATCCTTGGGGGTTGAGGGTGGGGTACCATGCTACCTCCTCCGCAGGAGAGGCCCAGCCCACAGCAAATCTTCAGAATGCTGCCTGCTGAAGTCAAGTTTTGTGGAGACTTTAGGTAGAAAACTCTAGGTTAATCTTTTATTTATCTATTTATTTATTGATATTATCAAAATACCTTTGGAATGCACAGAGCAATTAAAATACAGCCAGGCTATATTGAACCTGCCCATATAGCATTTAGGATCCTCCTGCTTCAGCTGGGACTACAAGCGCACCACCATTTATCTTGCTTTGAAAAAAATGTAAACTGTTTTATTGTCTGCAGCCACATAAGTTCTATATGTGGAGGTCAGAGGACAGGCAGCATGGGTTGGTTCCCTCCTTCTATGTACCATAAAGGACCTAGATACTCTCCGGGCGTGGTGGCACACGCCTTTAATCCCAGCACTTTGGAGGCAGAGGCAGCAGAATTTCTGAGTTCGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGACAGCCTGGGCTACACAGAGAAGAAACCCTGTCTTGAAAACCCACCCCCCAAAAAATAAAAGGACCTAGATACTGAACTCAAGTCACCCACAGAGCCACATCACTGGGCCTACGTCTTTTTGAACATTTAATTTTATTGTATCTGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGAGGGTATGCATGCCACAATACCCATGAAGGTCAAAGGACAACTCTATAATGTTGGTTCTCTCCTTCTACCTTTGAGAGGACTAAGTTTACATGACCTATACACACTGAGCCATCTTACCCATCTTGAAAATGGGTTAACAAATCAAACAAGGGGCTGGAGAGTCTGTACCCACAGGTACCTGTGCTCACACATGCCCATACACCCCACATATATACATAAAAATAAAAAATAAAAATCTTATTTTAAGACTTCTTATTTGAAAATCCAAAAAGACTTCTATGTATGAGTTTTGGCTTACATGATACATCTATACCATGTGCATGCCCAGCAATCACAGAGGCTAGAAAAGGGGATCATGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCAGTTAAGAGCACGGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCCCAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTACATATAATAAATCTTTAAAAAAAAATGAAAAATTAGCCAGGTATGATGAAACATTACTACAGTGCCAGCACTGAGATAGCAAGCAGGAAGATCAAGAGTTACACGGCCATCTTTGGCTACAACACAGAGCTTGATTGAGGCTAGCCTTGAAAGGAGATCCTGTCTGGACCCTTCCTAACAAAGCTATCAAAACTCTAAGGTTCATCCATCTTACTAAGTCCTGCTTGCATATTTCAATATGGGATAATGCATTTTTATTTTTAACTTGTTTACTCAAATTTTATGTGCATGAGTGTTTTGCTTGCACCTATATCTGTCTGTATATGGCATATACTGTGGATGGTGCTAGGTCAGAAGAGAGCATCAGACTTCCTGAGTTACAGATGATTGTGGGCAGCTATGTATCAAACCCAGTTTTTCCCTGGAAGAGCAGTGAGTGCTCTTAACCACTGAGCCATCTCTTTAGCCCTCAAAATAGGGCTAAATTTTTAAAAGCATTTAGACTGATCTTTGAAAGCATAATAAAACTTGGGATTGTGGGATTTTTCTCCCATCTTTTAGTTTGAGACTGTTAAGTTAATTTGTTTTTGTTTAGAGAAGGCTCTCACTATGTAGCCCTGGCTGGCTTGGAACTCTATGTAGATCAGGATTACTTGACCTCAAATGCAGACACCCTTCTGTCTCTACCTTCTGAGTCCTGGGATTAAAGAAATCAGGCTGAAATTAAAAAACAGGCTTGGCTGAGCATAGGTAATACACGCCTTTGATGCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCACATCTGAATTCAGCCTGGTCTACAGAGTTCCAGTACAGTCAAGGATACAGAGATTAACCCTGTCTTGAACAAGACAACAATGCCTGAGGCTCATACAAACCAGTGTGTGATGTTGGGCAGACATAATATACCTGGAACCTAAGACGCACCCTAGTTCCTAATCCCTTAGTGTTAACACTTACTTTAAAGATGCCAATCCAGTCCTTGCGTCGAGGGATGAACTTTTCAGTGAGGGTGTAATAGCACATGATATCTCCTCTAGGAGCATAGAACTTCTCCACATTGTTAAACAGGACCTGAGAGAAGTTGCCATGT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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
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AOS Produced 8 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 11, start 95963962: end 95968918
Found 7 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
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DESIGN COMPLETE - All Us And Ds ACCEPTED
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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