High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
 
       
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by am9
Valid After Annotation
yes
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 232235
Chr: 9
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-144C11 : RP24-258L24 : RP24-491H22 : RP24-78F21 : RP24-204B3 : RP24-382E22 : RP24-261B8 : RP24-202L11 : RP24-540P11 : RP24-319M19 :
Instance: Plate 173: Well D09: BACs RP24-78F21 RP24-144C11 RP24-258L24 RP24-491H22
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 58672011 58672060 50 AAGATGGTCACAAACTCTACCCATGTTATAAACAACTTCAGACTGAACAA
U5 58665929 58665978 50 TTAGGTGGGGTTAGTGACAGGAACAGAAAGGGACAAATACCTATTCATAA
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G3 58655866 58655915 50 CTGTTTCATAACTTAAAAAAAATTAACGTACTGTGATTATTTCTCCATGC
Oligos:
Type Start End Length Seq
U5_D3 58507925 58513785 5861 TCACAGTGCACCACCCTGTCACAGTGCACCACACGCTCCGAGTTATCAGCACTCACCCCCTGCTGCAGTGGGTCCTTCCCTTGGCTTTCACCTGCCTCCCGGGGGCCTTGGCTCTGCTGAAGCTCCTGGGTGGTGCTGTCAGGCTCCTGAACGGTGACGTACTGGGCCAGGGTCTGCACACAGCCACAGCAGCGCTCCAGCGCCTCTTCCTTGGACTCCCCACTAAACTGGACACGAAACATTCGGCTCTTGTTCTGTGTGAAAATGAAATGTCAGCATTGAGTATTGTTCACCCTGAGGTCTCCCGGGGAATGCTCTCTTCCTTGTTGGGGCAGGTACACAGAAACCAGGGGCTTGTTTCTGTACTGTTTTAGAAGCCTTACCTCATACTAGAATTTATTTCCCCCAGGCAATGACACTAGCAAACTGGATGGTTACTCGATGACTGGAAGGTCATCATTTTATCTTGTTTTCAATACAGATTTTACAACTGATATTTTTCATTTTAAATAAATTTTTAAAGTTAGCATAAACTATTTAAGTTTCATAGCATCTCATTCCTTAAATAGAAAAGCCTGAAAAAATATACGACAGTCCTGGTCCACTAAAATGTTTGTGAATAGGACAAAGGAAAGAGCAGGCTGGGCTGGGGGGAAGGCTCTGTGGGTAAGGTGCTCACTGTGCAAACATGAGGCCCTGCGCTGGATCCCAGCACTCACATAGAAGCCAGGCATGCAGTTCTGCCTGTCATCCCTGCACTGGGGAGTGGCAACTGGAGGACGCCAAGGTCTCAGTGGCCAGACAGCCTTGCTGAAATAGTAAGTTGTAAGTTCAGTGAGAGAACCTGTCTCAAGAAATATGGTGGAGAGTGACTGAGAAAGACAGCTCTGATCTCAGTGAATGCTTATATGGGAGGGATGGAAAGGTAGTTGGCTGCCATGTTAAATGAGGTAGTGAACTGAAACATCCGGGAGGAGGGCGCAGGCACAGGCTCAAAGCATGTGCGCTCTTAACTTCTAGTATCCTGTATTCTTAGGACACATCACGGCTACACAGTCAGCTAAGGGAGAGCGCTTTAGTTTCCTGTATGAATTCCTTGGGCAGATTGGCAAATGTGGGGCAGGTGCGACTCAATTAAACAACAAGAAAAACTACAAGTAACCATCAGTTACTTGATTCTTAGCTAAAAACCAGACCTGGGTCATAGTAACATAAAACCATTACTTGAGTACCAGTTTCCTTTTGCCACTCTAATATTCTGTATGGATGAGTCAACCCACACAGACCTTCCCAAGCAGCTCTGCATACATTTGCTCGGTCTTTTCCCATAAAGAAGAAAGGTGCATGTAGACTGCCCTTTCCATGTAAATGACGTGTGAGTGTAAAAACATTCCCAGTATTAGCGAAGTTCTAAACGTTCCTATAAACAGTTGTTGCTTTCTCCTGCTCAGTTTATTCTGTTTATATAAAACTCACTAAACAGAGCCAAAGACTTGGGCTCTGGGGAGCATTCACCCAGCTTTCTGAGGGTGTTTGTCATCACTTCCTTGAAGAGTACCTGGATCTGTTAGAAGTCACCTTAAAGCTCTCCCATGTAATACATAATATATAGGTTGTATTTTGTGCATATTTTAAGCCACAGTGCTGTAGCCTAATTTTCTATTCAATGGATGTATAAAAATAGAAGTATAGCTCATTACTTCTAAAAGCTAAAGCATATCTCTTTATTTAACTGGCCTCCTACTGACAAATATTCAGGTTGCCCCAGCCTTTCCCCTATTTTAACTCCTGAATGCAGACTTGCCCATGTGCCTGTCCTCTGTGCACGGAGATGTTTTTCATGGTCATTTTTGTCACATAAGAGGTAAGCAGATTTTCAAACTTGCATTTCTCTGGTTCTAATTGAGCTTGGAGATTTATTCCTAAGCTTCCTAGTTCATTTGTATCTTTCTCTTGTGTGTGTGCGCTTATAGCTGCCTTTAGCATTTGAGACTTCTGGATGAATAATTCTGAAATTTATCAAGTCAGTAAAATGGACCTACGACCTTCTGAGAGGAAAAGGATCACAGAGCCAGAAGAGGGCGGCAGAGTCCCTGGAGCTGCAGCTACAGGCTGTGTGAGTGAGCAGCCTGCTGTGGGTGCTGGAAACAGAGCTCAGGCCTCTCCAAGAGCAGTTAAGCGCTCCTATCTGCTAGGCCATCTCTTCACCTCCAGGGAAAGCATTTTCAAGTTCACAAACTGTCCAGACAGTTTGGGTCATCTAAGCTGTCAGTCACAGTATTTTAAGAGGTGATTCTGATCTTAGCAAGATGCTTAATTTCAAGTTAGGTAATTTACAGGAAACTCCACAGACCTTTTGAGAACAGAGGAAGCAAGGCTGAGTGCTGGCCTCTGTACTGTCTCCACACATAGCACAGCAGAGGCTTTTCTTCCCAGGAGGGAATAGGATCACCAAGTGCTTAAGCCACTCTACAGCAGAAATGGTCACCCTGCTCTGGATTCCCCAGTGCTACCTGGAGCCAGGGAGGCATCAGAGACCTCAAGTACCCATTTGTGTTTTCCTGTTAGCTTCAGAGGTTTAAACTGCATCCCAGTCTTGAGGCCCAAGAGGACAGACACTAACCCAGGAGTGTTGAGAGGCCAGGCCCTGAGAAGTCATAAGGATTACAGAAGGTCACTGAGCAGAGCCCCCGTGACTGAATCCTGGGTGCTTTATAAGAAAAGAAACGATGTTGCTAAGTGTCAAAGTATTTGATGGGGCCAGGCAAAGGCACTTGCTGCTAATTCTGATGACCTGATTTCTGTCCCTGGGACCTACATGCTGGAAGGAGAAACCCAACTCCCCAAATTGTCCTCTTATCTGGCTCTCCCATGCCTCCTACTACCCAAAAAGATAGTGGTAGAAAGCACTTGCTAGAATGCATTGTGCAATCCTGGCAAACATCTCAGTAAATAAACTACACCTAAAACAGAACCTCCTCGATGTAGTAAAGACCTAAGCAGCAGCTAGAGATGCAGTTACCACTTGAACACCAAGGCCCATGAAGTCAGGGAGAGGCCAGGACACTGGCACAGCTACAGGGTACCAGAGGACAGTCTAGAGGCCAGTCCTGCTCCTGTGACAAGTACTTTCGAGAGCAACTATAGCAAAGCAGAGTTTCCATTGGCTCGGATTCATGGGGTTCCACTCACTGTGGAGCAGAAGGCATAGGGGTCGAGATGGCTGCTCACATGTGCCATCTGCAGAAAGAGATCAGTGCTGGTGTTCACTAGACTTTTCCTGCTTTATTCAGTCCAGATACCCAACCCACAACCAGGTGAGTCCTGTTTCCTCACTGAAACCTCCCTAGAGGTGCCAGCACAGGCATGCCCAGAGATGTCTTAACTAGTTGACTGTAAAAACAAGTCAAATTGTTTTTATTTCACTTCACAATGAAGAATAGCCATCACAGGTAGGGAGAGTACTGTAAAATGTGAACCACTGGAAATAAATAATCATTATTTGTAGATGATAAAATCACTTTCCTAGAAACCTAAATATTAGCATGTTAATAAAAGTTCAATAAGGAGGCTAAATTTAAATTGACTCAGAAAAAAAATCAATATTAAGTAGCTGGAAATAAGTTGTGGATAAAGAATATCATTTACATAACGGCAAGCAAAATACTTCTAGTTTTAATTTTTAAAAAAGTCTGAAGCAATGGCTCAGCAGCTAAGAGCACTTACTGTTCTTGCAAAGGACCTGAGTTCAATTCCCAGCACCAACATTGGGCAGCTCACAATTACCTGTAACACCAATGGTACCCAGGGGATCAGAAGCCTCTGACCACCAGGCACATGTGCATATACATTTAATAAAACAAATCCTTAAAAGGTCTAATTATGACATGCATTAAAGCTTATGTAAATGATTATATATACATATGCAGTGTCTAAATGCTTTGAAACAAAGTTAGTGGAAATGAAGTCTATGTATGATTTACAGAAGAAACACATATTTGTTAATGTTACCGTTGTTCAAGTATTGTTTATGCAGCTATTTCCTAGGAAAGACTGATTCACAACAGACCTCCTGGTATTCTTTCTGCCCCCTTTTCTCCAATGTTCTCTGAGCCAAAGATGGCAGTCCCTTGTTGGCACTGGGTTGTATCTGTTGCTCTCTGCATTGTGTCCACTTATGGTCCAGGAAGCCAATTCTTATGGTTTCCTTTAATGATTGTTACATTTCTTTTTGGTTGTTACGTCGTTAAACACTACATGTGACCTGCTGAGAGGCAGGCCTTCTTACTAACTTATTAAGTGTCATGACTGCAGCCACCTTAGAGATAATGAGCAGAAATGGCTTCTGAGATCGACGACTGCACCGTGGCCGGAAGCTCCTGGGGGCCAACATGAGACGTTCCATACTACTGCAGTTTGTCACCCACATCCATAGCAGAAAGAACTGCAAGTTCAAGTCAGAGGTCACTGGAAAGCCCTGTAGGTTCAGAGACCCCCTGAACTCTGCAGTGCTCTTTGGGGTCTGTGCTCCTGGCTAAGAGCCATTCACTGGATGCACGTGAGCGCTCCTTGAATTCCTAAAGTCTGACTTAAAATTAGTATCTGTTCCCTAAATTTCATCATTACATGCTTGGCCAAATGTTAACTGATTGGTTTTCCCTCTCTCCCTCTCTCCCTCTCTCCCTCTCTGTTTCTTCAGTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTTTGCTCTGAAGACCAGGCTGACCTTGAACTCACAGAGATCTGTCTGCTTCTGCCCACCTAGTGCTGGGATTAAAGGGGTGCGCCACCACCACCAGCTTCATGTATGTTTTATTTTTTTAAGGGGCTTCATCTAGGTGATTAGTTTGCATGCTTCTTTGATATTTAACATATCTAGCACACAAATAAAAGGGAATTTTAATTTTTTAAAGATTTACTTGCACTATTTATTTATGTCTATACGTGTATGTCTGTGTAT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GR3 -1 -1 1 GTGATGCTGGCTGCATGGTAACCTCTGGC
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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 2 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 8 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 9, start 58507981: end 58513723
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE - All Us And Ds ACCEPTED
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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