High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
 
       
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by erb
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 232195
Chr: 17
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-476G6 : RP24-297A6 : RP24-296D10 : RP24-274A7 : RP24-193L11 : RP24-93J1 : RP24-195B18 : RP24-294G12 :
Instance: Plate 170: Well A09: BACs RP24-294G12 RP24-476G6 RP24-195B18 RP24-297A6
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 33811574 33811623 50 GAGCAAAAGGGAATCTTTCCAAAAGCGCCTATTATCCTAGTTACCTGAGA
U5 33817143 33817192 50 AGCTTCTTGGTTTGACCCCTCTTCCCTCTCAACCCTCCTGTTATACCACA
D3 33822395 33822444 50 AACAAAGATGTTAAGCACCTTCAGAAGACCAAAGATGGAGAAACTGCCAA
G3 33826515 33826564 50 AAAGATTTTTAGATTTATTTATACTCATATGTGTGTTGTGCCTGCATGAG
Oligos:
Type Start End Length Seq
U5_D3 33954088 33959389 5302 AGCTTCTTGGTTTGACCCCTCTTCCCTCTCAACCCTCCTGTTATACCACAGACCTGGGCGGCCCTCCCCTGTACCCAGGCCCCACTGGAAGTGCCCGCAGCCCTAGCTCTCCCTATTCTGTGGAGACGCCCTATGGCTTCCACTTGGACCTGGACTTCCTCAAATACGTGGAGGAAATCGAGCGTGGCCCTGCCTCTCGCCGAACTCCAGGACCTCCTCATGCACGCCGCCCGCGCGCGTCTCGAACGGGCCTCGCGGGAGCGCGGAGCCCAGGAGCTTGGACTTCCAGCGAATCCCTGGCCAGTGACGACGGCGGAGCCTCGGGTGCACTCTCTCCTGGTGCGTTCCCGGGGCTCTCGCTACCTCCGCTGTCGCCACGCTCCTTGTCGCGCAATCCGCGCGTTGAGCACACGCTCTTGGAGACCAGCCGACGACTGGAGCAGGCGCAGGCTCGGGAGCGCGCGCTCAGCCCGGCCCGCGCAGTCACACGCAGTCCGCGCGGGTCCGGCCGTAGCAGCCCCGCCCCTAACCCCGCCCTTGCCTCCCCGGGCCCTGCCCAGCTGCAGCTAGTGAGGGAGCAGATGGCCGCGGCGCTGCGGCGCCTGCGTGAGCTCGAGGACCAGGCGCGCGCTCTGCCCGAGCTGCAGGAGCAGGTGCGCGCGCTGCGTGCCGAGAAGGCGCGGCTACTGGCCGGGCGCGTGCAGCCAGAACAAGAAGTAGAGATCGAGGCGCGCCCAGACAAGCTCGCCCAGCTTCGGCGCCTCACCGAGCGTCTGGCCACCTCGGATCGTGGAGTGCGCTCCAGGGCTAGCCCCCGGGCAGAGGATCCCGACGGGTTGGCTGCCAGGCGCAGCGAAGGAGCGCTGCAGGTGCTCGACCCGGGGTCTAGGACACCCGATGGGGAACCCCGGACTCGGGAGACGGGCACCGAAGTCGTGCCTGAGACCCGAGAGGTGGATGCCCAGGCAGTACCCGAGACAGGGGAGGCTGGAGTGGAGGTGGTCCCTGAGACCGTTGAGGTGGACACGTGGGTGACTGAGGAGCTCCTAGGGTTGCCTGAGGCTGCAGAGCGTGAGCTGGAGCTGCTCCGCACCAGCTTGGAGCATCAGCGAGGGGTGAGCGAACTCTTGCGGGGCCGATTGAGGGAGTTGGAGGAGGCCCACGAGGCCGCAGTGACCAGGCCTCAGTCTCGCGACGTTGCTGCCCAGACTACATTGGGTTGCACTGAGAAAACCACACAGACAGAGCTGCCAGTGGAGAACCAGCCCAGACCCACGGCTGGAGACGAGATGGCCCCTGTTGGTGAGTCTCCACTACTGGTTGAACCTTGGCCTGCCAGGTCGCTGAAGTCAAACTCAGTGCTCTCATATGATTCCCTGCCAGGCATCCTCAAATCCATCATGAAGAAGAAAGATGGTATTCCAGGTGCACAATCCAGTCAGGGACCCAAGAGTCTGCAGTTCGTTGGGGTCCTCAACGGAGAGTGAGCACTTTCCTTCCTTTCCATAGCAGCCACAGGGACACAGGCTATTAATCCCAGTTCTGCCCCTCTGCTCATAAAGTGGCTTTGATAGTCCTCAGTTTCCTCATCTTTAAAATGCCACTCTCACTTCAACACACTTGAATGAGCCTACAGGGCCTCCCATCCTGTTCTTAGGTATGAGAGTTCCTCCAGTGAGGATGGCAACAGCGATGATGAAGATGGTGTTGCTGAACACCCCAGGAGTAGCTCTTCTGGATCAGATGATAGCAGTGGGGGATCTGACGCTGGAACCCCTGGCCCCCACAATGACAAAGATGCTGGGGACTGCGAGCTTGAGACACATCCAGAGCTGACGGCAGGGAGAGAAGGGAGGTGAGCTTTCTCTAAAGATTTGGAATGCGGATAGCCTCTTTCCTCCTGGTCATCACTGTTCAGGATTCTGAGTCTAGACTGGCCTCCTTGGCAGGTGTGAACTGAACCCCCGTTTGAGGGAGGCTTGCATTGCTCTGAATCAGCAGCTGAACCGGCCACGTGGAGTCACCAGCAGAGATGGCGTGAGTGTGGGCCAGATTTCTACTCTCCGACAGAGTTTCCTAGAGCAAGAGTACCAAGTTTGGTCCCCTCTCACTAGAAAGACCTTACTTGATCTAACCTCTCCAAAGAGATACCCCCACCCCAAGGAGAGCTGTGACCTTTTCTTGGACTGCCCAGCCACAGCCTCAAGTAAACAGAGCCCCAGACCCATCCATGACGCTTCAAGAGCAAGTGGGTACTCACTCCCATTTCCCCGTATGTAAACTCTTGTTTTCCTGAGCATACAAACTTCACTGACTGTACCTCCTTCTCGAAGAGGGTGAGTGAGGTCCCCGCTCTCCACCTGGTTTCTTTTCTTTTTTTGTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTAGCCCTGGCTGGCCTCGAACTGAGAAATCCGCCTGCCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCCTGCGCCACCACGACCGGCTCCACCTGGTTTCTTGACACCCTACTTAGAAAGCATTGGCCTCCCTAGGGTCACCAAACATGTCTTATGCACACACACACTATTTTTTGGCCTCTCCCATTTTTTTTCTCACCATTGATTAATTCTTTGTCCTGGTCCTGCCAGAATGCAGCACGCCTTGTGGCCCAGGAATGGTTTCGAGTGTCCAGCCAAAAACGCTCTCAGGCAGAGTCTGTGGCTGGGGTTCTTCGAGGGGTGAAAAGCCTGGGGCCTGAGCTGCTGGCTTATGTGGTGAACCTGGCTGATGGCAATGGAAACACAGCTCTGCATTACAGCGTGTCTCATGGGAATCTCGCCATTTCCAGCCTGCTACTGGATACAGGTCAGAGTTGTGGAGAAGAGGGCTAAGGCAGGTGAAGGTTGGATCACTGAGGGGCACAGATGAGTAGCAGAGGGTCCCATTGAGCCTCTCTTAAGTTATTCTTGGTGGCTGTTCACTTGGCCAAAGTCAGCACTGGGTGTTTTCTTCTGACTCCCTACTTTGTTTTCTGAAGCTGAACTTCCTATTGAACCTAGAGCTGTTTGACCAGCAAATCCCATCTGTTTCCATCTCCCCAGCCTTGGAGTTGCAAATGGTGCTCAACTTTCTATGTATGTGCTGGGATCCAAGTGTGGTCCTCAAGCTTGCAGTAGTTCTAACCCCTCTGTGCACCCAGACATAAGGCGTACCAGACATAACCCATCAAGGCCTTATGCCTTGATATCTAGCCCCTGCCTGGCCTCAAATCTGTGACCATGTTGCTTCTGCCTTCCAAATACTGAAATTACAGGGATGTAGAGGCCTTTTGATATTATTATATCTTCAGCTGTTCTGAGCTAGCTCCCCAGCCCCAATAACAATCAGCTTTGAGACCAGAGACCTCAATTTAGCACCTTCCTCCCTGGGTATATTATCTCTAGGCCTTGACATTTCCTTTTTTTCCTGAGACACTGTCTGTAGTTCCGGCTAGCCTGGAACTCACGAAAGATCCACCTGTCTCTGCTGGAATTAAAAGCATATACCTAAGCCTTGCTGTTTCCTGAGTTTTTGGGCTCCACTGTCTATCCCCTGGGGGGCGGGTGCTGCTCACACTGTTAAGGTTGACTGTCATCAAGCTGTTTACTTGCCTCCTGCCTAACTCTGCCTCATCTTATTGCCCCACTGAGGCAAATACACTCAGGTGGCTATTCATAACTATCAAATCTAGTGTATACTAGCACCATCCTTGAGTGACCACTCATAATTGTTTTGCTTATGAAACAACATAGAGGGTACCTATTACTAACCTTTACCTGTTACTAACTTCATTATTCTCTTTGTTGGGACCTTCACCTCAGCATGGCACTTTTTTTTTTTTTTTGAGTCTTACAAATTGCTCAGCCCTGGCTGCTCTAGAATGTGCTCTGTAGATTAGGCTGGATTTGAACTGCCTCTTCCTCCTAAATGCTGGGATTAAAGGTGTGTGCCACCATCACCTGGCCAAGTTTAAAAAAATTACTAAATTTTACTTTACTTTTTGAGACAAGGCTCACTGTATAGGCCTGGAACTATATAGCTCAGGCTGGCCAATATTTTAAGTGCTGGAATTACATATCTGGCAAATTCTCCAGTGTTTAAGTCTGTGTCCTTGTTCTTAAAGCATGTATGAGTGGACCTGAGGAGAAATAATTAGCAAATCTTATTTTTAAAGAGGGACAGACACAGGAAAGAACACTTAGCATTTTCAGAGTACATGTAAGCCAGTGGTTTATTTCTGGGGCTATGAGTAGTAGAGGCTACAGGACCTTACTGGCTGCCAACCTAGGTAGGGAACACTCAGGTCTCTCTAATCTCTGTATTTAGTTCTTACACATAGCCACACCATGTATGCACAAGAATGCAATTGGCTGAGGGACAAGGGATGTAGTCCTGTCAACTGGGAGAGTTCTTACCCAGCAGTCTCAGTGCTGGGGAGCTGGAAGCAGTACAAGTTCATTGGTTGTCATTGTCTGTGGTCAGCTTGGGATAAAAGATGCCTACCCACCATCTGTGATTTGGAGACCCAACACTGCCCCCCCCCAACAAATCAGTGCATTTGAGGCTTACATGAAGTGACTAACCTTTCTTCTTCCCAGGGGTCTGTGATGTGAATCACCAGAATAGAGCTGGCTACTCTGCCCTCATGTTGGCTGCACTCACTTCTGTAGGACAAGAGGAGGAAGACATGGCTGTGGCCCAGAGACTTTTCAGTATGGGTGATGTCAATGCCAAGGCTAGCCAGGTGCAATGGACACTCCAGTCCTGATGGGTGGGTAAGGTGGTGTCCCTTTCTACTTTTAAAATACTCGAGACCTCCTTTTCTCTTTTCCCAGACTGGACAGACAGCCCTCATGCTGGCCATCAGCCATGGCCACCAGGACATGGTAGCTGCCTTGCTAGAATGCGGGGCTGATGTCAATGTACAGGATGCTGATGGGGCCACAGCACTGATGTGTGCCAGCGAGTATGG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15_E_15 33939088 33974389 35302 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Comments:
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
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AOS Produced 8 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 17, start 33954139: end 33959320
Found 8 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
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DESIGN COMPLETE - All Us And Ds ACCEPTED
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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