High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by am9
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 221346
Chr: 4
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-383K10 : RP24-375I5 : RP24-434E1 : RP24-194D8 : RP24-413A22 : RP24-465M24 : RP24-160B7 : RP24-353P22 : RP24-469P1 :
Instance: Plate 164: Well B04: BACs RP24-194D8 RP24-413A22 RP24-465M24 RP24-160B7
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 116144153 116144202 50 TAATGAGACGTCACTTCACTCTGCTTTCAACCCAGGATGTATGGATTGAT
U5 116138267 116138316 50 TAAGTAGCTATTCTATTTTCTTTGAGCCTCAGTTTCCTTGATTGAAAAAC
U3 116138140 116138189 50 ATCTCTGAGTTTGGGGCAAGCCTGGTCTACAGAGCTTACACAGAGAAACC
D5 116136698 116136747 50 AAGAACTTGAGAAAAGCAGCACACACATTTCCCAGGAAAAGCGGTATGTT
D3 116136645 116136694 50 GCCATAGTAGTGAAATCCTTGGGTACAACATGAAAACACCATGTTTGAAA
G3 116132484 116132533 50 TAGACTTATAAATGAAAGGGTACTAATAGTGTCAGGAAATCATATTTTTG
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 115809300 115809302 3 AGT
15_E_15 115794250 115825921 31672 GTTTTAAAAAGAGTGAACACCAAGCCATCAGAGCACACTTGTAACAACTTGTCAAGCTATCTGAATTTCCTGAAACAGTTATCAGGCCCTTCTCTTCACAGGCCGATACTCATATACAGACACCAACAAGAAGTACCTTCTAAGGACAGAAAAAGTGGCACATGCCATTAATCCTTCCACTCATCAGGCAGAGGCAAGTGGATCTCTGTCTGGTCTACACAGTGAGTTCCAAGTCAGTCAGAGAGCTACATAACAGAATTCATGTCTCAAAATAGACCAAAAAAAAACACCCAGCCAGGCATGGTGGCAAATGAATCCCTGATCTTGGAAACCAGAGGCAGGTCTCTAAATTCTGAGGTTAGCCTGATCTCTATAGAGCAAGTTTCAGGGGCAGCCAGGGATATCAGAGAAACTCTAAAGCTCTCATATGCCAAAATCCTACTTTTTTTTTTTAAACGCAGATTTTCATGTATTCCAGGCTGGCCTGAATATACTATGTAGTTAGGGAAGCACACAGAATATATTAGTACACCACCACCCCCACTTTTGGCAGGCCTGGAACCCAACATTACCATTCCTTGGTTTTGATATTCTCCTCCCACCAAGAAAACTGAAACTGTATTAATTTCTAGTGAACCTACCTGGAGGATAACAATTTTTTTAAGATTTATTTATTTATTATATGTAAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACTCCAGAAGAGGGCATCAGATCTCATTACAGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTTTGTAAGAGCAGTCAGTGCTCTTAACCACTGAGTCATCTCTCCAGCCCCAAGGATAACAATTTTATTAATCTTCTCCAATGCTTAGTATACTGTAAATTTTCATTAAAATTTACTTACGCGGGGCAGTAGTGGCAAACACCTTCACTTTCAACACTGGGTAGCAGAGGCAAGGGAACCTCTGTGTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAAACAGAGTTCCAGAACAGCCAGGGCTACACAGAGAAACACTGTTTCAAAAAAAAAACCTTAAGTGCCAGGTGTGCCTGGCACATGCCTACGACCACACACTGCATTTGGGAGACAGACCATAGTCTACAGACCTGGTGAGAAGCTCATCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGCTTCAAAAATGTATGAAAGGTACTTTCTCAAGATGACTATGAACCTCATTTTCCTTATTCCCCTAAACACTCACTACTGTCCCAGGCTGCCAGTCTTCATCATCTGATGATCTGTCTTCTGGTTTCCTCCTAGCCAACTGGCTGGGAGCTAAGCTCCTCCTCTGCAAGGGAGAACAGAAAGTGAGTTCCTGCAGTGATCCTGCAGCCAGGCCCCTTAAGTCAGCTTAAGGTCACACTTACCATCCTGGCCCCAGAAGCATCAAATGTCAAGTGCCCATCAGCGAAGTTAAAAGCACTCAGCAACAGAGAATGCAGGACCAGGGGATGCTATAAAAGGAAGTTGCTATATCATTGAAAATATTGTCTTAAGAGTCGGTATGAGGGGAGGGGATGCAATCAGAGGATGAGGCTTGGGTCCAAACCAGGAATGTCGGTCCCCAAGTTCCTCAAGGTCAAAATATCCAAAGCCAAGTCCAAGCGGAGCTGGGTCTAAATCTAGGATGGGAAAGAAGACAGATTGAAGTTGCAGATGAGCAAAGTGGAGTTGGAATAACGTCCCTAGCTGGGCTGCTTCCCTGAGAGTAACACCTACGAAAAAGTACAGTCTTAAGTACGAAGGCGAGACGCCTGAATTCTTAGGAGAGGGATAGAATTTACCAGAGCTGGACCGACATCAAACCTCAGTGTGAGGAAGGCAAGCAGAGACCTAGGAACGCCTTGTGGGAAGTTAAACAGGAACCCAGGAAGGACCAGTTAAAAATCCAGGTTGGGAGGAGGAGAATCTTAGAAGCTGAAGAGAGGCAAAGAGCGACTCCGGTATCTTTCCCCTTATTCTTCCTCTTCCCAAAGCGCGCGTTAAGAGCCTCCAGGCAGTGTCAATCGAACCTCCCGCCACTCTGCCACCACAGTCCCCTATTGGCTGCGTTCAGTGAACTTGACGCTCGACGATCCGGCCTAAAGGAAGGGGCGGGCCTAGGGCTGAGGCTAATAAGGGTCTTGGATTTCCGCCCAGAGGCTCAACAGACCACTAGGAGCTGTGGCTTATCCTGGTGGCAGCAACAGGCAGGTGCCAGAATTCTTACTTGCCAACGGTCCCTCTTCCTGGCTCCTGCCTTTGGCCGAAGCAGCTGAACCAAATAGATGTTTTGCACCGAAGTACTGTGCGGAGGAGTTGCTACTGGAATAGATTTCAAAAGGCAGCACATTTTTGGGAATTTGATTCAGGCTCTTTATTGTGCCAGACCTGGAGCAGAAATCTGAGCTGGAAGCAGGCAAGGCCAGTGGCCAGTCAAAAGGTGAGCGGAGGTGTTGGTGCTGCACTGCCAATTGGTCTGAGATGTCTTGAAATAAGCTAGCTGTCTTTTCCTGGGGCATAGTCACCCATTCTCTAAAAATCCGTTTTTCCTTTAAGTGATATTATTATAGTACCTCTCCTAAGGGATTATTCACAGGGTCTAATTAAAGTGAACAAAGTAGCTGCGCCTGGTAGCGCAGGCCTTTAATTATAGTACTCACTAGGCATAGGCAAGCAGATCTCTGTGAGACTAGCCTGGTCTTCATAATGAGTTCCAGGACAGCGACAGCTCTGTAGAAAGACCCTCCAAGAACGGGAAAAAAAAAAAGTGTTCAAAGTATTTAACATAGCCCCCATGTATTACCTAAGTGCTCACTAATCAAAATAGCATGCCCATTACACTTAATCACTATCTACTTAAAAGGATCTCCTTAGCTATTATAAATCATTTACTATCCTCAGATAAGGTTTATTGTCCCCATTTTGTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTGTCTTGGGGGCACTAGGAATATAGCATAGTGGTAGAACTTCGTGAGGCGGTCACTGCTGAGGTTTGTTGTTATTTGAGACAAGGTCTTGCTGTGTAACCCGGTTATCTTTAAACTTATGACCCTCTGTCATCCCCAGCCCGCCTAGCAGAAATGAGGATATACTAAAGAGATACTTATGTCCTTTCCTTGGCTTTTGGGAACAATGAACCGAAGAAATTTTAATTTCCATAGGAATATCTTGCTGGGAGACAAGAAGGCTGTGAGCAACTTAATGAAAAACAAAATCACATACACAAAAAGAACAGTTAACTTCTTTGCCATGACTATGAGGTCAGCCTGGGCTGTATAGTCAAAATCTGTCTCAAAATGGGGGGTATAAGGGATGTGTGGATGTGGATAAAAGCATGTGTCACCTAAGCCTGAGGACATGAGTTCAGTGCCCACAGCCCACACCAAGGTGAAAGGAGAGAACTGATCCACAAACTTGACCTCTGACCTCCATATGTACAGCATGGCACATGCGCACCCTCATACAAACATCATGTACATACACGCTCTAATAACAGAGAAATATTCTTTAAAGGAAAGAAACTCTACCTAGCCCTAGAAAATATATAAGTATTTCCTTTTTTTTTTTTAATCTCAATTTCTTCTTTTTTTTTTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTCTGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTCTGTAAACCAGGCTGGCCTCGAACTCAAAAATCCACCTACCTCTGCCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGTCGTGCACCACCACACCTGGCAAGTATTTCCTTTTTGAAGGTTTGTTTTGCTTCTTTTGAGACTGGGTCTGATGTATCCAGTGCTAACCTCCTGTTTCTACTTCCTAGTGCTAAAATTATAGCCCTATGCCACCAGGCTCAACCTCCAACCTCCCTAATTTTTAACCCTATATCTGTGGGCCTACCTCCCCCCCCCCCCGCCCCTGCCCCTCAGCCATTGTACACCAGTGGCCATCAGGATGCAGAGGATCAGGGGAGCAGGGTCTTGGTGCTGAAAGGCAGGGGTGAACCAACCCAGGAGACTGTTTCACAGGACAGCTCATTCATTGAAGTATTGGGACTAGCTTATGTAGTCAGAGGGGAGGGGAGGAAAAAGGACCAGGGAGGACAGGATGTGTTGCAGTGGGGGCTGGGGCCTTTCAAGTATATCAGCTAAATTAGCAGATTGATAATCATATGATTTCTGAAAAACCAGTTCTCTAGCAGGGAAACAGAAGCCTAACTGGCTTTATCACAAGTGGCATATGTAGCTGAGCCTGATTTGGATAGGGAGTGGCCCCACTCCTGCTGTGCTTTCTGAGAGAAGGGCGTGAGGTAGATATGATCAACGCTCTACTGTCCCTTAATCTGGCTTGGAAACACACATATACTGTGACTTTTTCACCCCTAAAGATTAAAGAAGTTGATAGAGTCTGGTTTTTCCATTCTTTGGCCATTGTGCTGTTTGTTCAACTTGTTAAGTCTTTCACTTCAAGAAAAAGATAGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCACCTACCGCTCTTCTGAAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACCACATGGCAGCTCACAACCATCCGTAATGAGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGCATCTGAAGACAGCTACAGTGTACTTAGATATAATAATAAATAAATCTTTAAAAAAAGAAAAAGATGACCCTTTGGAGTGGGGTCTCTCTCAGGAGAGGGCCCCACAACAGCAACATCTTTTTCACAGGGACTTTGGGAGGTTTGGGTTTGTTGGTTTGGTTTTGTTGCTCTGGTTTAGGTTGGGTTTTGTTTTTGTTCTTTGTTGAGTCATATGCAGACATCTCACTATGTAGCCTCGTCTGGTCTAGAACTCATTTGAGATCCTCCTGCCTCAGCCTCCTGAAAGCTAGGATTACAGGGCTTC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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
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Found 9 RP24 black6 bacs on NCBIM36
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DESIGN COMPLETE
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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