High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
 
       
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by am9
Valid After Annotation
maybe
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 221342
Chr: 5
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-421I14 : RP24-421J5 : RP24-427F22 : RP24-98C15 : RP24-468C19 : RP24-316O20 : RP24-83M22 : RP24-447J2 : RP24-297N9 : RP24-136J9 :
Instance: Plate 163: Well C09: BACs RP24-421I14 RP24-421J5 RP24-427F22 RP24-98C15
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 114819138 114819187 50 TCCCACATGGCAGTGGCACCCGACCCCCTTTTGTGGATTGAAGACCCCCC
U5 114813207 114813256 50 TGTACGTTTAATAAAAGAATATTAACATACCTAATGGGAGTAATGCACAT
D3 114808126 114808175 50 AGACATCTCCAGCCCGACCCTGCACTTCAAACACTTGGGAACGTAATGAG
G3 114803910 114803959 50 ACATTCAGGGTTAGAGAGAGAGATGGAAATGGCTAGAAATCCCAAACAAC
Oligos:
Type Start End Length Seq
U5_D3 115258135 115263265 5131 AGACATCTCCAGCCCGACCCTGCACTTCAAACACTTGGGAACGTAATGAGGCACAGAACAGCAGACAGGATCTCTCTTCCATTTAACTGACATTTAATGGCTCAGGGTTACAAGGTTCCAGATGTGACCCCCACAGTTGGGTGGTATTCACATTAGTGCAGGCTGTTAAGTTAAAACACAAAAAGAATACACAGTAAAGCATAACAACATTATAGCAAAATTAAAATAAATACTAATAACCTCTGTAACAACAGGGAAATCTAGTTCAGTAGCAGCACCTGAAAGGCAGACAGGCAGTCTCGTCAACACAGCAGCTTGGAAGGGGGGGGGGTGCACACGGCTGAACCCTCTACACCTAGGGAGAAAGGGAGACTAAGTCCTAAGTCTCAGGTTGCCACCCGTCACCATGAGGATATCTATATGTCTGAGCCACCCAGAACCTTCCAGGCCGAGGTGGGAGGTGCAGGGTGAGGGTGGGGGCGTGTGACACTATCTCACAGACCTAGGATGCGACACTGATTGGCTCAGTACCAACGCAGCAAGGAATGATGGCTAAGTTCCCCAGCTTTGCAGCCAGGGTATTCGAGGGCAACTCAGTGGAGTGAGATGTGGTGTGTATTTTTATAGTTACTTATTCCTGTGCAGAGGTCAAGGAACAACCCATGGGGGTGGGAGGGGGGTTTCTCTCCCTCCAGGTTCCACCCAGGAATCAAAATTGGCCTCAGTAGTAAGTGCCTGTACCCGCTGGATCATCTTGCTGGCCCTTGAGTATGATGAACACACTGTGACAGAAAGGCAGAAAGCAGGGGAGGTCTGCATGCTTAGGTCTTCCTCTTCTATCCCAAGCATTAGCGATTAGTCCTCGGGGTAGCTCTTCTGGTCACTTCGCAATGGACATGTCTTTACAAGGGCCCTTGGAGCCTCCAACTTTTAACCAGCACAGCCAAGCAAAAAGAGACACCGAATCAGTAGCCAATAACTGAAAACAATCCCCACTGGGCACTTTCCTAACCCTGTAGCATTTACTGCCTGCCCAGTTCTGATTCCACCATCTTCAGTAGCCTGCGTGCAACACGACTTCTGTCCCGGAGACTTGGAGCAGCGCTTCCCCGTGTGGCCATCACCGCCGACGGATGGGCTTGTAGACACAGAATGCCATAAGGAGGACAGTCACCAGCAGGATGCTAAAGATGGTTCCCATCAGCACTGCAAAGGGAGAACAGATTATCTATCCATGAAGAGACAGCACTCTTCCAACTGCTACTCACACCAAGGGGACTTACTACACGGGGGGCCTGGAAATAGCCATGAACAGGGGCTCACTCAAGACACCCCACAGATACTGGAAAGTAAATGTGAGCCTCCTTCAGACAGCCCCTGCTCTGCTCGAGGAAGAACCACAATGTGCCAGGAGGGGGGAGGGGAGGAGGCTCCTGAGAGACAACTCAGGAGGCCAGGGCAGTCCCAGGGCTCAGCAAAGGGCCTTGAGGCCAGAACAAGGCCAGCAAGTGAAGCAAGCAGGGAGTATCATGGAAATCCAAGGTATGCAGGGCCTTTCAGACAACAAGGAACAGGGACTGGCTGCTCACTGGGTTTTTGAAGGTTGTATATGTGCATGGTAAGGTGTGTGTGTGTGCACGTACACACGTGTGCACAAGGCCAACACAAGATGTCATATCTCTTCCTGCAACTGCTCCATGACTTGATGCCTTCAGAGAGGAGGCCCGCCGCCCCCCCATGGGACCTGAAGCTTGCTGTTGTCATCTGGGCTGGCTGAACAGCCAGCAAGGTTTCTGTCATGTGCAGCTTTGTATGTGGGTGTCAGGGACTCGAACCTGGGTCCTCGGGCTTGCAGGCTGAGCAGTCCCTCTTACTGAGGCATCTTCTAGGCCCAATCCTCACTAAGTATCAAGAAAGGCTGGAAGGCCTCAGGCCAAGGCCACCTGATCTGATGAGTTGGGACAAAAAGGTCCTCTAGCTTCTGTTCTGAGAACATCTTGTGGCAGATGGCAGACCAGGGAGCCTGGGTAAATAACCCCAGTCAGTAACCCAGGTCAGGCGTTGGGTGGATCCTGAGAAGATCCTCCTCACCAAAACAGCAACAACTTTACAAACCTGCTTTAAAAAGAGAGTCTTGGGCTGGAGAGATGGCTCAGCGATTAAGAGCACTGACTGCCCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAAATCCCAGCAACTACATGGTGGCTCACAACCATCTGTAATGGGATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAGGACAGTGACTGTGTACTCGCATTCAATCAATCAATCAATCAATCAAATAAATAAATCTTAAAAAAAAAAAGTCTTTTAAGAACTTATTTTTGTGTATGTCTGTGCATGCACAGGGGTCAAACTGATTAACTCAGGTCACTGGTGTGTGTGTGTGTGTTAAAACATTTAGGTGTCCTGTAAGTGTGTGTAAATGCCATGTTTATAAATGTAAGTGTGTGTATATGCCATGCATGTACAGGTACTTCCTGCAGAGACCAGAAGAAGACACTGGGCCCCTGGAACTAGAATTACAGGAGGCTGTGAGCCACCAGAGTAGGTGCTGGGAACCAAACTCTAATCCTCTGGAAGAGTAGGAAATGCTTATAACTGTGGAGCCGTCTCTCCAGCCCCTAATGTCTTTCTGTGGGTGGGTTCCCATCTAAAATATTCAAGGTATTAACAGGAGGAGTGGGGCCTACAGGTGACTACTGAGCCTGGTGTGCCAGGCCTTGAGGACCTGATGACATAAATAACCAGCCACCCACCTTACTCAGCAATAGCTGTCTTCCTCCGGGACACTCAAAACACTATGACCAAATTTACAAACCCTTAGTTCCAACTACGTGGCCCCATGTCAAGTTCCAACTGGGTCTGACCATGATTGTTGTGACCGAGTTCCTGTTCCTCTGAAAAGCCAAGACCCAACCACTTTCCAGGCAATAATTTCAGAGCCTCTGTGCCCACCCCACCTCCTACACCATCACATCCTCTTAGCCTGGTCATTCAACACAAAGGTTCGTCTTTTCTTGGTGAGGAAGGACAGAAAAACATGACAGAGCATGCCACAACTCCAAAAGGCCAGATGTCACTTTAAGACCTTTATGGATGCTAGGAACCAGGCTCTCTTAGAGTGCAGCCTGCTTCCGGGTTTGTTTGTTTTCCAAGACAGGGGTTTCTCTGTGCAGCCCTGGCTGTCCTGGACCGGGCTGGCCTCAAACTCAAAGAGGTCTACCTGCCTCTGCCTCCTGAATGCTGGGATTGAAGGTGTGCACCACTACGCCCCCCCCCCCATCCCCCACTCCTGCTTCTGCTTGTTTTAGAAAGCAGAGTTCCCTTCCAGTCTCAGAATCTGTCTTGAAAGTTTTGACTCTTTAAAGCCTCTTCCTAAACATAAGGAAATGGTTTAAATGGAGCAAGAGGATTTAAGTCCAGCTGTAGTCATAACTTTAGGAAACTGGGAATTCGAGGCTTTTGTCAACTTGACCAGGCACTTAGTAGTTGGCCTGGGCTATTTGGCGCAGGTAAGACCAAGAAGACCAGGATCCATACTGGAGTTAACACAAGCTCCAGGAAACCTGATACCCATTACCAGCCTCTCTGGACAAACACACACAAGGACGCACATCCTAAAAATCTAAAAAATAAAGGAAGAGAAAAGCTTAAGACCAAGTGTTAGGTCCATAATATCATTTGGATTAATATCTGCCCGGAGCCCAATAAGTCCCTCTATTCTTCATCCTTATATCACCCTCTCCTGCATGGCATATCCAGTAACTGACTGGACTGGTGGTTCCAAAGAGAAACTTAAAAGACAATTTTAGCCCACCCTATGGTCACTGAGCCCCATTCTGCACCGATAAGCTGGGGCAAGCAGAAACCCCCTTAAAAGGATTCCTTTAAGCTTAACTATAGATTACCTTCAAAACTTCACTTCTGATCAAAAGAGGCAGCACTCAGGGTGGCAGGCAAGTCTGCATCTAGAGGGTAAAAGAGACTGTGGCCCCTGCCTTCCCTCCCAAGAAAGAATCACTTGATCAAAGATGTGGGGAGTGTCAAGGGTGATAAGCCCAGCTCCAAAGGGAAATCCGTGAGAACCACCGCCCTGCACTCGCTTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTAATAGACACCGCCCTGAAGTTCCTTCAAGCCCCCACAAACCCCGGATTCAAGTACTGACATCCACCACTTCCTACCGGAGTACCCCTGAGTAACACAACTCTACCTCTGGGCTTCATTTTCCTTTTCTCCAGAACAGGGTTGAAAGGCCTACTTTTCTCATTAGCCCTCTGCGAGGCCCAAAAGAATTCCCATAAACAGCGATGCTATCTAGGAACCCTTGCTGTGTAAGAAATGCTAAAACTTGTCAATTATGAATGGCCATCGCTGAGAACGGATGAGGGATGCAGGATGAGCCCGGTTGCCTAGGCTGAAGCCACAGAGCGAGCAACAGAGGAGCTCACACACCCCCAGGACTCCAGGTTCTCGCTTCAGCAGGTGCGCCAGACAGCACACAGGGGTGCAAGCGCTGGCTCCCAAGCCTAGAACTGACCCCAGGAAAAGCAGCTTCCTGAGGACCAGATGTAGACACTCGACTCGCCAGCAAGAAGGACGCCAAAACAGGATTCTTCTGCATACATTTATTGGGAGAGCTTGATAGTGAAAGCGAAAGACCCCGAGGCCAAAAACCAGTGCTGCTTATATAGGCCTAGGATAGGCATGTCTACACCAGATTGGTTATGCTTTCAGTACCTCATTTACATGCTTCGGGTCAGGCAGTGACTAGGCTAAAAGAAAACTCTACTGCACATGGGCACATTGGTTGTTTACCCATATTCATGGGTAAACATATTCATAAACAAAATCACTCCCACCCATTCCTTAAAGTGAGAAAATGCAGAGGTAAGCCAAGAGGTAAAGCCTCCAAGGGTCACTAGTTCCACTCTGGTTCAATTAAG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Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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finished running aos
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AOS Produced 6 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 5, start 115258208: end 115263214
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
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finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE - All Us And Ds ACCEPTED
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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