High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by am9
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 221339
Chr: 12
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-559D2 : RP24-307O12 : RP24-440I21 : RP24-183K3 : RP24-183C3 : RP24-368I12 : RP24-171P14 :
Instance: Plate 164: Well D11: BACs RP24-307O12 RP24-183K3 RP24-440I21 RP24-559D2
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
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U5 8237944 8237993 50 ATCATATCTGTATCTCCTGGAAACTTAGAAAATTCTTGGCCCTCTACCCA
U3 8238078 8238127 50 TTAGAGAACTCCTGGCCTAAACTAACAATAGTTCATGGACTCGTTGAAAA
D5 8238734 8238783 50 AATGTTCCAGTGAATAATAGTGGGAAAGAGGTTTTCTAAATGAATCTCTT
D3 8238853 8238902 50 AACAGTTACTGAGAGTGACATGGGAAGGACTCTGTCTTTATTGAAAGAGT
G3 8242524 8242573 50 TTTGGTTCAGCACTTTGCAATATTTTTGTGTAATCTTTGACAACTTTGTT
Oligos:
Type Start End Length Seq
15_E_15 8229750 8260708 30959 GGGAGTCCTCAGAGTTAGGGGTGCTTAGGCTGTTAGCCACTTCCAGCTAATGAAAGGACCTACGCTTCTAGTTCTTACAAGTAGTGCCTGCATGGGAATCAGCGCCTGAGGACACAGGTCCCTTTGCCCTGCCATTGACTTCTGATGCAGAAACGCTGGGGGTGTCACAGTCATGCGTAAAAGAGGAATTTGCTGCTTAAACTTAATGCAAATAAGTCCTTTTGGATTTGATAACTGTGATGAATTATGGGGCAGAGGTAGTGACTCAGCCCAGCTGGATTTCGCAATCACTTAACATGGGCATGACAAGAGGAGTGTCACTTAGGTATCCCGCTTCTCAGGGCATACATGAGTGGCTGAGAAGGGTTAGGATGGCATTGGCAAGTAAGTCCTAAGGTCTGTGAAGTAGCTGAGTGAGGTGCTGCCCACTGAATGCCCCACCTAGGGACTCGCTTCACTTACTGTCTCTTCTGTGTAGTCTGCAAAGACCAAAACAATCGCCTCTGCCACTGAGGTGTGTGAGGTGTTACAGAGTAGTGAGAGCTCTACTGAAAAGGTTCAAGGGGCAGAGAGCCCACAGGGAAGCTATGCTTCCTGTGTGCCGAGGAAGTAGAGGAAGCTGTTGCCAGGTGCACTGCAGATGGAGGGAAGTGGGACACATTCCTGGTCCCATGGTCTCTTTCCTCTGTGGCCTCAGTCATTTCTGTGAGATTCCAGAGACGCCTAGGCTTGTTGTGCTCCTTAGTTGGTGGCATTCCATTACCCTGTCTTTGGGAGCTCATCTACATGAACTGTCATGAAAGTTGGGGTGCGTGTTTACAGGGGAAGGCATCTGGAGTTCTGTGGCCTCTCCAGGTGTGCTATCTTCAGCAGCCTCCTTGTGTTGCACTGTGTGTTGCTCTCTAAACGCTGTCCATCCGTGGTTGTATAGAACCTTCATTTTCAGAAGGTTGCTAAGAACAAGGGTAAAGAGGTCAGACCTGCCCAGTCCTCCGAGATAGGCGCAGTGAAATATGAAGATGGTGGTAAGTGGACCCCAGCACCACACCAGCTGAGAGGAGAGAACCTTCCCTACACAGAGGTAGATAAATTTGGTGGAGAAATGGTCAGCGTGGTGGCACATGACTATGATCCCAGCACTTGACAGGCTGAGCCAAGAGGATTGCTTGGAGTTCGAGGACAGCCCTGGATTCATGGTAAATACCAGGCCAGGATGTTCTAGAGTGTGAGAAACCCTGACTTAAAGGTGAAAGAGAGGGTAAATACAAAGCCAAGTAGACATTAATGGAAAGAGACTAGTGTCACTATGTGTAAAGACTGTATATCGAGGGTAGGCATTCTGATTCAGTGTTTCATGGTCAGTATGTTTAAAATTGTACCTATATTATTACTAAATACACTCCTGACAAACTGTAAGTTCCAATTTTACTCCAAGATGAGTATGTGACTCATTCAGCTTATAAACATGATAAGTAAAATCTATTTGTAATGTTAAATGAATCCTGTCATCTACAGTCACCTCTGTTTAGTCATAATGTACATAATGTACTTTTTAAAACATCTTAATGGATCCAATTTGCTAGCCTTTAGATTCGAATTTTTCATGTGTATTCATTGGAATACTGACTTGTAGTTCTGTTTTTCTAGAAGTCACATCTGCTTTTGGTATGAGGGTGATATACACCTCACATAACGAGTTGATAACTATTTCTTCCTTGTGTGTTATCTTGAAGAATACCTATAAACTTGATAGTATTTTTCCCTTTCAAATATTTGACAGCATTTAAAGGTGAAGCCGTGTAGGTCTGGATTTGTTCATGAGATCTTTAATCTTTAAGCTTGACTTTCTTTAGTTCTTAGTGGGACCATTGAGATTATTGAAGTCTTCTTGAATAAGCTGTGGTGTTTTGTATCTTTATAGGAAGTTACCTATTTTATGTGTTATGTATATTACCAAAATCATAATGTTTTCTAATTATTCTTATAATAAAAAAATGATTGAAACCTAATCATGCCTTAACTCTTAACCACCCCTGTGTTTCTTCGACTAAAAGGCAGATTTCTTACTGTAGTCTCAAGATGCTGACTAGGTTGTCTCCCCCTCCACGCTGTGCAGCCAGGCTTTGGAATCCATGTGTGTTCCTTGGTAATGATGGTATTGACTGTAATAGGAAGAGCCAAGGTCTGGGGGACTTGTGTTGCTTTAGTAACTATGCTCTTTATTTCTTCACTGCCTTTGTCTTACCGTCTGGGCCTCAGAAAAGTCACTTCCTCAGACCTTGGGTTTGTTGTTTTTTAAGTCATACTAATACCTATCACAATATCCTATCTATACTAATACCTATCACAACATCCTATCTATACTAATACCTATCGCAACATCCTATCTATACTAATACCTATCGCAATATACGAATACCTATCAAAACACTTGTTTTGTTTGTAAGAGTTATGACACTCGTGTATCAGCTCACCCACTTAGTTATGTGTGTATATTCCCTCATACTGTATAAACCCCATGGAGCTCCTTGTATGCCTGTGTATGGCACAGTGACTTCCAAACAGCAAGTTCCCAATGCAAATGTAATGGTTAAAGTAATATGGAAGCTATACAGTGGGAATAGAGAAACTGAGCATATTGTAGTTGACATTTTACTTGATGATAATAAAATAGTATATTAAAGTAAGAAGAATTAATTAGGATCCTATAATCAATAAGAGGATGGGCTTGAATCTACGCTGCCATAAAGGCCGTTCTATAGTGTGCCATTACCTTGTGCTCAAAGTGTTTTTGCATAACCTGTCTTTAGAACTGTTGAATCTAAATCATTGCTTGTAATAATTCTAACAGCTTCTGTTTACTGATGGCTAGTTTCTATTGCTGTGATAAAACACTATGACCAGAAACAAATTGGGGAGGAAAGGGTTTATTTTATCTTATAGCTTTACCTTCCATCATTCAAGGAAATTAGGGCAGGAACTCAAAGCGGAAACTGATGCAGGGGCCATGGAGGAGAGCTGCTTACTGTCTTGCCTCCCTTTGCTTGATCAGCATGCTTTCTTATAGCACCCAGCCCAGGGATGCTACCACCCACAGTGAGCTGGTTACTCCCACATCAATCATCAATCAAGAACATTGCAGCCCAGGCTTGCCCACAGGCCAGTCTGATGGGAGTATTTTCTCAGCTGCAATTCCCTCTTCCCAGATGTCTTTACCTTGTCTCAAACATTGCACAACCTGTTTGTTCTCACTGCCCCATCAAATGAAGACTGAGTGAGTTAGAACGTGTAAACACTAACTTCAGGTACAATCTTCCTGTGCTCAGAGGGTTAGCAAGTGACGCCTCTAGCATATGTTGACTACGTGGCATAAAAATGTGATTTGAGGATAGAACACGCTCCTGGTAGGCCACAGTCAGTAAATTCTTTGTAAAGTAATATGTAAGCTAGGCAGCGGTGGTTCATGCCTTTAGTCCCAGCACTGGGGAAGCAGAGGCCAACAGATCTCTGTGAGTTCAAGGTCAGCCTGATCTACAGAGAGAGTTCCAGGACAATCATAGCTACACAGAAACCCTGTCTCGAAAAAACTAAGGAGGAGAAGAAAGAGGAGGAGGAGGAGGAGAAGAAATAATTAAATATAATTTCAATCAGAATCCCAAAAAGAATTTTTTAAGTGGAACTAAAGTTTGAGACCAGCCTAGAAAGTTTTAAATAAAGAGAAAGGATTTGCCCTGCCAGTTACTAAAATATGAGCATGTACACCTGTATGGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATGTATGTGTAAAGGTGTATAAGATGGAATGTTTTAGCAAAGGACTAAATGACAAAGTAAATAAATTGAATTATTTGATTCCAACACAAAAAGTTCCTGCAGAGGTTCAGTGTTGGATCAGAAGATGCTCCAGATTGGGAGGGGGGGGGGTGCGGACTTAACTTAATAATGATCTGAAATGCCATAGGTCTGATCTTGAAATGCCATAAAGACAGGATTAGTGGTTTGGGGCTTCAGCCAGGTGACAGTGGGAAGCCACATAAGGGTGACTTAACAGGATATTTCTGTGCTCTGATTTGTGGCTTGAAGATCTTTCTTGTGATACCTCAGTATAAATGTGAATGTTACTAGATTTGTAGAGAATGGTGTGAGAAAACTCTGAGCCACATTTTCTGGCCTGTACATCACCTTGCATAGGTCTACTGCTCTTTCAAATCCTGAGTCTTTCTTTCCCTAGGTAACCCAGGCTATTCCGCATTCTACGTGCCATTTGCAAAGGCCTTGTACACTTTGATGAAGAGCCGCTTCCCGGTATGGATAATCTCTCATGCTGGGTTTTCGGTGACTCCCAAAGACAAGAAGGTTCTTGCAGCACCACAGGGTATGTCCTTGTTAACAGCTTGTTAGCATTCACAGTTCACAAGCAAAAGCCTCTGCTGTGTCTTGAGACCCAGGGCCACATTTTTATAAGTTTGAGAAGGGAGAGCCGGTGCCGGTGCCGTGGTGGTATGCTAGATGGTTTGTTAGGGAGAGGATGGCACTGTAGCATTGCACATATTTGCATTTTACCAATAAGAATTCTCAGATGTTGACTTTCCTAAAGTGTTTAAGTAAGAGAATACATAATTTAAATTCCCTTCAAATGTTAAGCTTCTGCCAAGGGCTTTTCCCCTTGGTGGTTGGAGGGAGGTAAGGACTTCTGGCTTGCTTCGCTCCTGGTTCTTACAGAGCACTTCTTCTGAATTAAAGACACAGTAACATTTTACCTTTGTATTCTTTATGATTATATATTCTTGATTCTCTTTGAAATTAATATACAGACTTCAACACACAAAGTTGTACTTTACAAATGATCTCAGGTGATATTCAAGACTAGTTTTGATTAATTTATTTTTAATTGTACTCTGGCCACTCACCATCATATCAGATGTAATTATTTTCTATTTTAAAATGACTGGTTA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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 12, start 8245249: end 8245421
Found 7 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
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D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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