High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
 
       
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by am9
Valid After Annotation
yes
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 213511
Chr: 9
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-219B23 : RP24-127B7 : RP24-477C6 : RP24-267P2 : RP24-331I24 : RP24-90D18 : RP24-106M14 :
Instance: Plate 158: Well B11: BACs RP24-127B7 RP24-267P2 RP24-219B23 RP24-477C6
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
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G3 50760464 50760513 50 GGGCAGGGAAGTAAATGAGAAACATTCTTGACAAGAAAGAAAAGGATCGT
Oligos:
Type Start End Length Seq
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15_E_15 50557219 50588398 31180 AAATATGATTAGGAATTTGAAAAAAATCTTTATTTTATAATTATTTTTGTAGCTAGGGCCTCATGCAGTCAGACAGGCCTTAAACGCCTGATGTAGTTGAAGATGACTTTGCCTTCCTGATCTTCCTGCCTTCCCCTCTCAAGCGCTGGGATTGGGCCACCACACCTAACGTTCATTCATTCATTTATTTTTACTTAAAACTTTTATATGTATTTATAAAAGGTGGCTGTGTAGTGTCGCATTTGTAGGACTGAGGAGGTTAACATAGCTCCTTTCCCTTAAACATTTTTTTAAAACTTCCTGCATGAAGATAAAAGTTTTTATTAATCTCATAGCTAGTAATACAAGTCAGAAATCTTTCCCCAAAAGGTTAAAGAGTAAATATCTTAAATTTTACAAGCATGTCATGTATTCTTTCTTTTATAATCTTTAAGAATGTAACACCCACACTCGCGCGCGTGCACACACACACACAAGCACACACACTCACACACAGCCAAGCTTGGTCTGTAAGTGGTAGTTTTCCGATCGCTGCTTTAAAATATGTGTTTTGCCCTGTCAGAGACACAGTCTTCAGACTTCTGCTCACCCAGATGTTAGGATCACCGAGGGTAGCTAATCAAAAGCACCTGCTCCTTATGACGTACACGGACAATGCTTGTCTCCCACACTTGATTGCTTGATAAATATTTTACTGAACTACTTACCACATGAAGAGCAGAATACAACCGAGCTGTTTCTCTGAGGTGTGCTTTCATTTCACTGGTTCTCTGTGGCGTGCTAGGCTCTCACTCACTAAGCCTTTTGCCTGGCAGGCAAGCACTCTACCACTCCAGGTCATGCTTTTGTTTGGAAAGGAAAACGATTTTAAAGCCAATAATCAAATTATTTAAAGACAAGCTCTCACCTCAGGGGTCCACACATCCCCGAGAGGGGTATGAATGGATCTCAAAAACTTTGTTGATAAATTTGCATGTGTGTATTTTTCCAGTAAGAGGACTAATAGATTTTGTTGGGTTTCAAATAAAAAAATTTAACCCCAAAAACCAAGAAACAACCACATTAATGAAAGAATTTCAACTATCCACCATAACATGGAATGTATAATTCATTCACATTCATATTCACTCATAGATATCTACAAATGACTAAAAGGAAACCTTTTGGATACCTCTCAAATCATACACATGTATGACACTCTCTTGGTTGTAAAGAGAATGGTTACAGCCTACCTGTACCGGCTGACTTTTCTGAACACACCATAGTCCCAGCACTGAAATCACCTCAGCCTTTCCTGACCATGCCCACTACAATATGGAAGTAGAAACTGCATTGAGAGTCTTAGATTAGGTATAGTGTTGTAGGGTTCCTCTCTCTGTGGGTTACTACAAAATCAGACACAATTGCTTCCTTGCACGGGTCTTCCCTGTACTCAAATAGGAAGGTCGTACGTAGGTTCAGTGATAATGGTGGATTAATGTGTCTGCCGTACCCATGTATGGGCACGCCTCCCCTCTCTCAGAGACCTTTCCACACACACCCCATTGATGTGAGGAGCAAAACACTCACTCCAGAGCTTCAGGCAACTCTCTCCAGCCAAAAAAAAAAAAAAAAGAAAATTTTTTCCTAACCCCTACCCAAAAAGGGCCAGACAGCCTGGAGACCCTTGTTTTTGTGTCTCTAATCGCCAGCTCAGACAGTGCCCTCTGGGCTGTTTGGATGGCCTGTCCCTAGCCCTCCCAGGATCACTCTCTCTTTTGTTGCATTGTGAGAAAATTATGGCGAGGAATTTGATCCGGAGCCAGTGTCAGCTTCCGGGTGTGATCTCAGCATCCAAGTGTGAGCTCAGGATGCTGAGACGATGGGCATATTTCACAGTGGAAATAGCTGCCTAGGACCTTCTTTCTGCCCACCGGTTTGCCATTGGGTCTTCCAGGCAACAGAACAGAAGCAGCACAAACAAGGCCCCCAGGTTTTGGTTTATTCAGCCCCACCCAGAATTAAATCAAAGGCTTTGATACATCAAGGGACCAAACCATACACTGTGGACCATGCACCGATGCCATCTCCCAGGGATGCTGCTCCCTCTGGGGTGTGGTGGATTTATGGAATCACCACGGGAGGTAGACAGGGGATTCACTGGGTGCTGGGTCTATCGCTGGCAGTCAGGGCTCAACTCTGGCTATCTCTTCCTCTTCCTCGGGGTCAGGAGGAGCAGGAAGCAGGGAGATGTAGACTTCATTGACTTCCGTGTCCAAATGCCGGCCACCCCGCGGCGCCTCCAAGTTAAGGATGCCATCATGGGATAGAGCAGCTCGAACCCGCCAGGGGTCCACATCTGCAGGCAGGACATAGGTGCGACAGAACTCTCGGGACACGAAGCCGTGGCGATCCAGACGCTGGGGGTGTCGGGCAGACACCTCCAGCAGGTTATCCACAGTCCTCACCGTCACCTCATCTGGGGTAAAGTGGCTCACATCCAGAAACGCCTGGAACTTGCCTTCACTGAGCCTGAGCTCTGAGGCCCCTGCCCTGGCGCCCTCGCCAGCTCTGGCGGCCCGAGGCCGAACATAGTAGCCGTGATAGAGGGTGGGGGTCAGGATCTCTTCTGGCAGGAGGCCTGGTTGGGGGGTTGGGGGTGCAGAGAGAGAAAGAGAAAGAGAAAGCAAGAGGCAGGATGAGGGTGGATGCAGTGGGCACAGGGATGAAAGGCGATATCTGGAGACATGGGCCAGAAGAGCAGGTGGGAACTGCTGAAGAGGGGCTGGGAAAGGAAAGGAGATAGCCATGGAGGAAGCGAGCTGGAATTGGGAGGACAGACGCGAAATCAGAAGGTACTCTGAAGCCTGCAAAGCCCAGTTACCCAAAACCCTACCGGTCTAAAGTTTATCCTGAGGTCTGTAGCAAGACCAGAGAGAGTCTTGCTTGACGGGGGAATCTGGAATGGGAGATGGTTCACCTCAGGAGTTCACTTAAGCCCCAGGTAGAGTGGAGGCCAGTAAAGCTGGGCAGTGAGCCCAGAATTTCAGGAGGTGGGGGTGGGAGGCAGCATCTGAGTCCTACCTTCTCCGAAGCGCTGCTCGCCCAGACGGCTGGGGTTGGCAAATTCGTACTCGGCAGTGGCTGGGTGGGCGTGTGGCACTGTGCGGCCCGACATGACTGCTGTTGCGACTAGTAGCCCTGATCCCAAGTACTGCCCCAACAAGATCAAGGCGACCCCACCGGCTTCAGGGAGAGCCAGGGCTCAGTCAGAGTGGGGGCGGGGTCTACACCACCCAAAATAGTGCAGAGCCTCTGGGGGTGGGGGAGGGCTGGGAGCCTAAGTCTAGAGTGCAGCTATGAGGGTGTGATCAGCCTGGACCCCCTAAGTCCCCTCCTCTGCACACCCTTCAGCTGTCGCAGGGGCCTGGTAGGACAGCTGAGGGTCCTGGTCCTGGAGTGAGCTCCTGCTCTGCAGGAGGGCAAGGAGAGGCCTAGTTGGGCCTTCACCAGTTGTACATTCCACATCACCCTTTGTCCTTCTCAGTCTCAGGCACTGTGCACATTACTTAAAAAAAAAAAAAAAGACTTAATGTTCTATGAGCCACATAGCATCCACAATGCAAGAAACATTTTCTGTCTTTGTAAGGTCAGTGTCTTCTGAACCTAGATCAGCTCAGGGTTCCAGTCAGACACCTAGTTCTGCTCTCCTCTAGGACTCCACAAAGAGTTAATGTCCCTGGGGCTAAGCCTAGGAAGATTCCAGTCCCTGCCCAGGCCCAAGATAGTTGCTGGCTCAATTCCCCTGGCATGCGAGACTGGAGAGGAGGAGGGGCCCACCAGCAGCTGCTTGGGATTCCAGGCTCCGTCCTAGCTCCAGAGAACAAGGATGGGGTGGGTGCCACTGGGTGTGGACAGAGAGCTAGTGAAACAAGACCATGACAAGTCACCGGTCAGCTCAGCCCTGCCTGTGTTTCTCTTTTCTTAGCTCAGTGAGTACCGGGTATGTGTCACCCTGCCAAATCCCTGATCACAAGTCTCCATGAACTGGCGGTGAGCTGGGATAATAAAACCCCTGACCTCACCATTCCAGAAGCTTCAGAAGACTGCATATATAAGGGGCCGGCTGGAGCTGCTGCTGAAGGAGTTGACCAGCCAACCGACTCTGCATTCATCTAGCCACAATGGACATCGCCATCCACCACCCCTGGATCCGGCGCCCCTTCTTCCCCTTCCACTCCCCAAGCCGCCTCTTCGACCAGTTCTTCGGAGAGCACCTGTTGGAGTCTGACCTCTTCTCAACAGCCACTTCCCTGAGCCCCTTCTACCTTCGGCCACCCTCCTTCCTGCGGGCACCCAGCTGGATTGACACCGGACTCTCAGAGGTGAGTCTGCCTATGCCAGGGCAGGGGTGAGTGTCCGTCCTGGACCCTCAGTCCCTTTTCCCTTTCACCCACCCCCAAGCCATTTTAGGCATCTGTGAGTGTGTGCTAAGGTACAGAGGGGAAATGAAGCTACTGTTTTCTTCTTTCTTCGGGCACCTGTTTCTGTTTGATGCTCGGTTTCCTGGTCCATTTTTCTGTGCATGGTGAGGGTCATAGTCTGTCTCCTAATGATGGAGCAGGATGCTTATTTCTGTTATTTCTGGTTTGCTTCAGCTCCTTTACTTACCTCTTCAATAGTCATGGTCTGGGAGGATTTTATCATCTCAAACTGTAAAGATCAGATAGAAACCCACTCATCCTGGACTTTTTCTGCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCATCCCTTGTCTATGATTTTCTGGGTTCCTTGGGGCTGAGACAGTGCACTAACTTCAGTCCATGCCTTAAGAGGAGTGACTGTCCGACCACTCTCGGGAAACCCTGACTTATCCTAACTGGGTGGGAGATAAGATTAACAGAGCTGTCACAGATAACACTCTGGTTTAAAAATATTCGAGTGTGAGGAAACAGGAGCTGAGTGAGCAAGGGCTTTGGAAGGACAGGACCAGCAGAACA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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 2 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 8 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 9, start 50572329: end 50573031
Found 7 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE - All Us And Ds ACCEPTED
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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