High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by erb
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 213298
Chr: 6
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-507J1 : RP24-282M19 : RP24-303L16 : RP24-298O11 : RP24-79N20 : RP24-511M22 : RP24-122N23 : RP24-571I2 :
Instance: Plate 159: Well C03: BACs RP24-298O11 RP24-282M19 RP24-507J1 RP24-303L16
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 70919992 70920041 50 GTCTTTCTTACCACAGACAACAGCACAAATGATCACACTCTACTAAATTT
U5 70914112 70914161 50 ATGTGCATGCAAGGACTTTATTAAATGATTTATCTCCTCAGATCAAGTGA
U3 70913991 70914040 50 TCAGGCTAGACTGCATAGCCAATAAGTTCCAGGGGTCTGCCTGTCTGTCT
D5 70912814 70912863 50 AGGAGAGCCGGGCATGGTGGCGCACACGGGAGGCAGAGGCAGGCGTATTT
D3 70912706 70912755 50 TCTCTAATGAGATCCTGTGCCCTCTATATGAGTGAGAGCTTCTGCCCAAA
G3 70909299 70909348 50 GTTACGAGTATTAGCAGGAAAACTCCAACTCCATCAAGTTATCTTCAGAC
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 70862750 70862807 58 CATAAATGCAGGCACAACACTGTATGCATACTAAATAAATACATCTTTAAAAAGAAGG
15_E_15 70847700 70879155 31456 CAGATTGATTTTAATAGTTTAAAATAAAAGCAATTAAGTTTCTCTAGCAAATCTACTTAAGAGGAAGAGAAAAAAAATTAAAAGGTTGCTGCAGAGATTTAGGAGTCACAGAGAAAGAGAGAAATCAGGTGGCCTAAGTAATTGGGTTGGCTTTCTCAGTGATGGAGTTAAGACTTAGTGAAGGAAAAATAAAAATGTTCTAAGTAGGCAGAGGCAGGCGGATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAGTGTGAGTTCCAGGACCGCCAGGCTACACAGAGAAGCCCTGTCTCAGGGGGAAAAAAATAGATTCAAACCATTATTTTCCTTGAAAACTACTTCTAACTACATTATGCAGTGCATAGTGATTAAAATACAACTAGAATTCCCATTTCCCAACCCCATCTCAAACCAGGGATCTGCAGTCTCAACTTTTTTTTTTCCTTTTCTTTTCTTTTTTTTTTGAGACAGGGTTACTCTGTGTAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTGTAGACCAGGCTGGCCTCGAACTCACAGACATCCAGCTGCCTCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGCGTGTGCTAGCACTTGCTTTCACTTTTAACAAAGTTCACCTTTTCGGCCTTCAGATGTAGTTGGTGCCAGGCATACTCTAGCTACTGCCTGTCCTGCTGCCCTCTCGTGGGATACGCAACGAACTGCTCTTCAAAGCTCAATAAAAGGTCTCTTCAAGTAGCTCAGTCTCCACAAATTCATGCAATCAAAATAAATATGTGGGGGCTGGGGAGATGGCTTAGCCATTGAGAGCACTGGCTGCTCTTCCAAAGGACCCTGGTTCAATTCCCAGCATCTGCATGGCAGCTTACAGCTATAACTCCAATTCCAGGGTATCTGACACAAACACACATGCAGGCAAAACACCAATGAACATAAAATAAAAATCCAAAACTTTTAAGTCTCAATTTTTACAATCCAGTAACATGTTAATAATTCTTTCTCCTTATATATTAATCTTTCTTCTTTAAAAGGAATGGGAAAATATAGGAATATATAATAAAGAAAAAGGCGTTTACCAAAAATAAGTATAAAATTTCCAGCTGTGTACATGCATGCACACATATCTTATATGTAAATATATCTTTTTATATCTTTTAATATTATATATAAATTGTTATGTTGGAAACCAAAGTTGGAATTTTGTTTCATAGTTTTCGATCAGTATTCACATGTGACCATTCATGAGTTCTTGGACATCCTCAGACAGATGTGAAACATACATGCAGTTCAGATTGCTCAATGTTTGTTTTGAACACTAAAGTTAATGTCAGTTTTGCTGGGAGGCCAGTCACTTGGATAATTGGCCCAGCATCTCTGTTACATCTTCATCGACTCTGCCATGGACAGGATTCCATTCATTCAACTGTGAATGAGTCAGTTTACATTGCCCAAATATTGTATGAGGGTATCTTTTTCCCCCGTACCTATGTTGCCAGTGTCCTTGGACATTTTCTTTGAAGGCTTCCCAAGCCACAGAGGGAGGCAAGGGACAGTGCTATAGGTTGCAGTAATCACTTTAGATCATAGTATGGTGGGTACATACCTGATACAGTCAGTGGAACTTTGCACCTGCTATTTTGTGAGCAGAAGCCAGCCTGCATAGAAGGAACCAAAGAGGCAGATAGCTAGAGTGATGTGGAGGAGAGGGGGTGATGGCCTCCGTCCTGTCACCTGTTTCCTCTCCCCCTCCCCCTGGTACAGCAGTTTTGAGGTGAGCCAGTTCCAGGGCTGTTTACCTGTAGTCAAGTAACTGGCCTAAGGAAATGTTCATAAATAAAAGGGCTCTCCCAAGGCTCCAGGACTTCGCTTTGCATTTGAATGGGGCTTTCCTTAATAGAGCAGAGCAGATGTGATTCTTTGCCCTGTGGTATCAGGTATTTATTGAGGGCCTGCTCTGTACTTAGCCCAGTGCTGAATGATGGGAAGGGAACACAAAAGCAGCAGGTCTCTTCCCTGCCAGGACTGGGAAGGCACAAAAAATATGCACATGAAAAATAGGGCTGTGCATGCAGAGCAGTCTGCAATTAAGTGCGTAATGAAGGCTCCCCGGTTGATTAGTGGCTTGCAGTAATGACCGACTTCAGGACTCCGGTGATTAGAAATGAGATTGGCTTCAGATAGTGTCGCTTTGAAAAGCTTCACCTCAGGGGGCCTGAGCGGCCCTTACAGACTCCAGAGCACCAGGCTCCGAGTTTCTGCCCTTCGTGCTGATGCATATCTCTCTGGAGCCTTACCTGGGCTTTCCCTCTGTGATGCTTAGTGCTGTAATTACACCTGCCCACATCGAAAGAGGGCAGGAGAGGGACTTAGAGATTAACTCTTTGCTCATACCCAGAGGTAACTGAATCAGCTCAGGGCCCGTGATGCTGCGTAGGAACTGAGCCATCTCTGTGTGAATACTCTAATGATATGCTCCCTCTGGGGCAATTTTTTTTTTAACATATCTTTATGCTATTTCAGATTCATGGAAACAACTACTCCCATAAAGTGGACATCTTCTCTTTAGGCTTGATTCTGTTTGAACTCCTCTACCCATTCAGCACCCAGATGGAACGAGTCCGGGTAAGTGCGTCTCAGGCACCCATGAGGACGGGCAGAGGGATTACTTACAATTTACAAGAGTTTTTTGGTGGTTACGTTTCTTCTTTTTTAAACTTTTAACTACGCATGTGTGCGCGTGCGGTTGTGTGAGAGTGCAGGTATGCCCTGATGTCGGAGGCTTCAGATGCCCCTGGAGTGGAGTTGCATGCAGTTCTAAGCTGCACAGCTGAACTCTCCAGCGCCATTAAGTTTATTCTCGATGCCATTAGACAGTTAAACTAGGAGCAAAAGGGACCCAGTGAGCAACAGGATTATTCTAGATGTTCTGTTGGTATCAGTTCATCATCACCTTAACAGTAGTTTGCATTTGGCAACCTTGTGACCACTGCAGAGCCAGAGGGAGCTGGGAGGGTAACGTGAGTGAGGGCAGGAAATAGTGCCAGTTGGATGGAGGAAACCCTATGGAGGACAAGTGGTCATGCAGTCACAGACAGATGCTGGCAGATGGCACACGGCTAGGTTTTCCAAACATCATGACCGTAGGTTTTCAGTCAGACAGTACTAGTTGGGTATGGTACTGCAACCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCGAAGACAGGGCAGATCTCTGTGTGTTGGAGGCTGGCTTGGTAAACAGAGCAGGTTCCAGGCCAGTCAAGGCTACCAGCTACCGAGTGAGCTCTGTCTAAGCAAAATAAGAGATCCACTCAAGCAAAGAATCAAGAATCAAATTTGTGGATTAATCAGTTCATCAAAGACACTGGGAAGAAAGTGAAAAGTTTGGGGCTAGAGAGAAGGCACAGAAAGCCCTTGCTGTTCATTCAGAGGACAGGAGTTCAGTTCCCAGCATCTACATATGGCAAGCAGTTCACAGTTGCTTGTACTCCAGGGACTAATACCTGGGCTGCCTGGGTGCACATGCATACACACACAGGCATGAGCACATAGGCACATTAATAAAAATAAGGAAAGGGAAAAGACAGGCTGGGGTGTTGTCAGTGTACTTATCTAGCATGTGTGAGAAGTGGACATACGACAAAATAAAGCTAAAAGATTAACTTTCTTTCTTTCTAGATTTTAACTGATGTCAGAAATCTCAAGTTTCCTCTACTGTTCACTCAGAAATATCCCCAAGAGGTATGGATAATTTTCAGCTCTTTCTCTAAAATCATCACATTAAGTGCTTAAATTGTTCTTAAGACACCCTGAAACACAAAGGGTCCTTAGCAGTCAATTGGTCAGCTTTGCCTTTTCAGGTGAGACACCCAACATTCTAGATCAATGGCTCGCAACGCCTTTAGACCTAAACAGTTTTCACAGGGGTTGACTAAGATCATTAGAAAACACAGGTATTTACATTATGATTCATAACTGTAGCATAATTAAAGTTATGAAGTAGCAACAAAATAACCTTATGGATGGGGGTCACCACAGCATGGGGAACTGTATGTTAAAGGGTCATAGCATTAGGAAGGCCGAGAGCACTGATCTAGGAGACCAGGTTGTTAGGACTGCCCTGAACCCAGTGGCCTGCAGAGGTCAGGCTGCACCGCCACCTTCCCTGAGGCTGACTTCATAAAGCCCCTCACAGGAGCAGTCTATGTTAACTCCGTGCTGGGATTTGGTCTGAGAGCTCTAAAAATGGCTTATTCTTAAGCAGAGGGAGGCTCCAGGTGCTCTTCAGGCCACACGGGAGGTGGTTTAGGAGATTGGTAGATTAAGCTGGTCCTCGGGTTAAAAAGACATTGTAACATCATTTCTTTTTGTAACTTATTCCTATAGTGTGTGGAGGTCTAAAGCTTAGCACTTTAATGCTTACACATTGATAAATCTTGGCTTTAGAAATGCTTTATTGAGATTATTGTAAATTCACGTGTATTTGTAAAATGAATCTACATTTAAAATCAGGTGACATCTATGCCTCAGGGATGTGATTCTAAAACCTTTCATTTCATTTCATTATAAAAGGCTTTTTACACCCAGATAGCCTCTGTACATTTGCAGCAAAGCTAACGGGCTAAATTCAGCCTGCTGCCTATTTGTAAATTTGTTTGTTTGTTTATTATAGGGGGCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGCGCGCGCGCACGCGCGCGCACAAGCCTGTGCATGTATAGGTGGTATATGCATGTGTGCCTGTGAGGCCCTGCAGAGACCAGGGGAGGAGCAGGTGCCCTGCTGTCAACTCTCCACCTTATTCCTAATTCTCTCACTGAACCTGGAACTCAGCTCGCAGGCAACAAGTCCTAGTGGTCCTCCTGTCTCTGCCTTCTACAATGCTAAATAATATGTGTGCAGGCATGACCACTTTTGTGTGTGTGTGCGTGTGTGTGTTAGGG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Comments:
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attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
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Found 8 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
D51:6:70862861:70862980_32 was rejected with 5 alignments
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Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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