High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
 
       
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by erb
Valid After Annotation
not done
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 213242
Chr: 1
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-375K12 : RP24-459F1 : RP24-152H7 : RP24-547I5 : RP24-117B22 : RP24-185N14 : RP24-309H14 :
Instance: Plate 158: Well A02: BACs RP24-152H7 RP24-375K12 RP24-459F1 RP24-547I5
Instance: Plate 207: Well A03: BACs RP24-152H7 RP24-375K12 RP24-459F1 RP24-547I5
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
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G3 171130515 171130564 50 GACATTATGTGGATGTGGTTAAAATTCTGTGGCTATAACTGCAAGATTCT
Oligos:
Type Start End Length Seq
U5_D3 173055074 173057178 2105 AGTTCGAGTTCACCTAACTGTAGAGAACAGTGTCACCATCTCACGGGGGAGCCTCGGAGCCTCACAGGAACTCTCCTCTTTCTCTCCACAGTATGAAAAAGCTTACTTACCCACGTACCTGCAGAACTGGTCTCCTGCCAGGCCAACGAAAGAGGTATTCTGAGCTCAGTGCCCCTCTCCAAGGCCAGTTTCCGATGACTGGCCCCACTGGTTCTCCCTAAGACCTAAGTCCCTTAGCCCTTGAACAGTCCATGTGTTTCTCTCCCATACTTTTACCCCAAGCCCCTCTTTCACTTCAGGCACTTCTCTTTCTACCCCAAAATACAGAAAATCGCTGCCCATGAAGGTTACACTCAGATCATCGCCAACGATCGAGGGCATCTCTTGCCTTCAGTGCCCCGTTCCAAGGTGAGATTCCCCACCTCCCTTCTACCAGAAAAAAAGAGAGGGTGGGGAGGAGCTAGCTAGTTGTGGTGGCATACACCTTTAATCCCAGGGGGGATTTAATATTCAATAGGCAGAGGCAGGAGAATCTGTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACACAGTGAATTTCAGGATAGCCAAGGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAGAAAGAGGTTGTCTCAAAACCAACAAAAAGAACTGATGCATAAAAGCAGAGCTCCAGTCACACAGAAAACTAAAGTCCAGTCTGTGACACCCTCCCCTCCCTCTATCCGCCAGGACGGAGCTGAGCTTAGCACATGGAAGTCCTGAAAATATGTAAGCAATGTTTTCAGATGACAATATTTATGCCCAGGACTCCTTTATCACACTTAGCCTAAGAATGAAAATTTTAAGTTGGAAGGAAAGGGACTGGAAAACAGCCGAACTGAACAAACCGATGGAATCAAAGCTTCCCTTTTACTTGGTAAGCCACTGCCTTAGACCCTCTCTCAGGTGTTTCCTTACTAAGCATTGGCAAGACAAGAGTGGCCGTGAAGCCAGACAGCCCTGCCAAGCAGACACTACCAGCCGTGAAGACCTGGTGAGCAATCTCTTTTCCTTTAGGCAAGTCCTTGGGGTTCCTTCATGGGCACCTGGCAAATGCCCCTGAAGATCCCACCTGCTAAGGTGACCTTGACCGCCCGTACAACTACAGCTGCCGACAACCTCACCAAATGGATACACAAGAATCCTGATCTACTCAACGCCTGTAATGGGCTGCGTCCTGAAATCTCAGGCAAGGTATCTATCCTTCCTGTTTAACCAAAACCCCCATTTCTTTCCAGCCTCAAAACTGTTCTGCCAATCACTGTTCTAGCCAAGGGAGGGGACCTCTAACCAAATCTGTCTCATGCTGCCCAGTCCCTCATCACTAAGGTCTGAAGGAAGAAAACAAAGAAGCCACCTTGTTCCCCACCTCTAACCCCAGTAGAAAAGAATTCCAAGGGGAGGTTAAATTTAACTGCTCTTATTCAAACCCTGACCTCCTCCTGCCTGCCGGGGGGGGGGGGGGCTATTAAGAAAGGGGGTTGGATTCTGAGGCTGACTGGGAACAATCTGGGCCTAATGAGCAATACCATACCTTTTCCCAACAGCCCTTCGATCCTGACAGTCAGACGAAACAGAAGAAATCTGTCACCAAGACTGTACAACAAGCACCAAATCCAACCATAATTCCCAGCTCCCCGGTTATCCAAGGAGACAACCCAGATGAACCGCAAAGCTCGCACCCCTCTGCAGGTCACACTCCAGGTCCCCAAACTCCAGTCAACTCTCCCAACAACCCACCTCCGAGCCCTTGTAAGAGCACCAAGTAGGTCCTAGTCTAGCTGAGGTCCAGATCTATGCCATGCTGGGGTGACATTTTAGAGACTGACCGAAATAGGTGAGACCCTGCCTGTATTCAGAAATGTGGAACAGAGAAATGGTGGGCCAGGAGTGAAGGCAGATTTAGGGAAATAAACATTGTGTGTTAAATCTTTTACTGACCTGGGTTTTCTCCTGGTTTACGTCTGTCTTTTGTAAATCAATAATTACAAGGAAGGCTGGGGAAGAGGGGACAGTGAGGTTAACAAGAAT
15_E_15 173040074 173072178 32105 CATTTGAAGAGGACCTCTATCCTATTAAAGCTATATATGTCAATCCAATCTTTCTAAGTGATTTTTTTTTCTGTTTGTTTCTCCGTGTAGCCCTGGCTGTCCTAGAACCTGCTCTGTAGACCAGGCTGACTGCGAACTCCAAGATCTGCCTGTGCCTGCCTCCTGAGTGCTGGGATTAGAGCTATGTGCTACCGTCATCGGGCTCTGTATTGATTTCTAAAGTGTAAATGTTTCCAAAAGAGTGGGATCAGCATGTGCTTGGACCAGATTCCCTGAGAAAGTATGTCCCCTAATCCTACTAAAAGTGGCTTAATGTGATACATTCTTTGGTGTTGGTCTAGGGCACCCCTTGGAAATAGCTGAGGTCTTTTCACATTTTACACAGCCTCGCACAGTCAGCTCTTCCCCAGGGTTCTCGCCTTTCTTCCTCATCCTTCATCCATGACTCTTAGCTCCAGTTCTCATTTCCTTTGTCCTCTATCTTAGCAGAATGAAATTTACTCATCCACTGACTTTCACTTTTATAATATGTAGGGCAGCACAAATACCTGCTGGTCTCAAAAGTTACGCTGCGCAAACAAAAAGCCCAAACGTCTCCCATTACGTATTATGGCTATTTTATTTTTATTTTTGTTTTTTAAGGGGTGGAAGGGACTCATTCTCTTTGGTTGCCATGGCCTGGAAAGGCATTGCTCCTGGAGATACAGTAGACATTAATACTGCCTTACAGAAGGGTCTGAAGAGCACTCTCGTCCACCATGGCCTAGCACTGAAATTCGTGAAGCTGCCAAAACCGTAGACAAGCACCAAGTCCGTCCTTGGAGCATGCACCCAAGTGTGCAGAGCCTGTGTATGTCGAGTTGGAGGAAGACCTTCGTGCTAAGCCCCCAAATCAACCTAAGGCTGACGAGGAGAAACTAGGGCAACGGGCAGGCCTCTGCAGAACCGACTCAGTGGGAAACCCGATAAAGCGGTCGCATGCAGTGGTTAAATAATACGGCCAGGGATGTCAGCGAAGAGTACCTCAGATGCAAGAAACGAACAAATAAACATTTTGACTCATTAAAAACAAACAAACAAAAACGTAACGAGGAAGCCTGGGAAATGCCTTTTACATTTAGGTTCAGGGTGCTTTTTCATTGTTTCAGGCCGCCTTGGCTCGCTCCATTTTTCTCCCGTCGCGCGGCACAGCACATGCTGGCCGCCAGGTGGCGCCCTATACTCATCAGCCAAGCACTCCTGGAGCGCCGCAGGATCTGGAAAGCTGCGCCTATTGGTTACGGAAGCCTGGCTGGCGCTCTTCCCCGAGCTTCTGGGTCCCCGGCGGAGTCTTAACTTTTCTGGCAGTTTTCTTTGGGGGCACCGTCTAAGTCCCATGCGTGAGAATCATTTAACAGCTTCAGAGAGGAACCTGCTTGTTGGTTGACTAAATAGAATTTAAGAGCCAGAAAAGAAACAATTCACTTCAAGTGCAGCTCATATAGGTCAGCTTGCCAGCCAGTTTCCGTAGTGTAGTGGTTATCACGTTCGCCTCACACGCGAAAGGTCCCCGGTTCGAAACCGGGCGGAAACAGCAACTTTGTTTTTCAACCTGTTTTTTCAATCCTATAAAAAGATCTAAAGAGTTTACAGTCAGAACCTACAAACGGATCTGACCAAATTACACGTCTCCTGGACCATTTCGAGGGCTGGATCAGCACAGCTAAAGTTACACGAACGAAGGGAGACTGTCGACAGTGAGCTGGTCCTCCCAAAGAGACCCGCAAGTATTTATGTCTTCCTTCAGCTTCTTCCAGAAGGCACTGTGGAGTCGTCAGTTCATACTTCTGTCCCGAGAAGGGCTCCGATCTTTTCAGCAGGGATTGCCTCATATTCCTCCTCTCCAGAGTTTATAACCTATACTGAGAGCTATCCCGCCGCCTGCTACCCCGTGATTATCTTGTTTTACAAAGCTCCCATCTCTATTATTATGCTTGCTTCATAAGCATGAAAACTTAAGTTCAGACTCCTAGCATTCACTAAGAAAGCCAGCGCTCCCCGCTGGAAGCTCCAGGGTAGCTGCTTCTGCAAGCATTCCCTAGCCCGTATCTGCGCACGCCACTTGCTCTTTCATTTGGAAACCTCACCAGGAGGACAGCGTGCTTCCAACTTTGGACTGGGAACTTTGGCTGCCTCAACAACGCTTCCTTAGTCCCTTTATTTAACTTATTTTTAATGCATATGGTTGTTTTGCCTGCATATATGCATGTGCATCACGTGCAATCTAGCGTGCGCAGAGACCAGAAGAGAACATCGAGTCTCCTGAAACTGGAGTTAAAGACATTGGAGCTGCCATGTGGGTGCTGGGAACCTAGTCCTCTAGAGGGGCATCCAGTACTCCTAATATAGTACCTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGACTCACTATGGGGCTGGAGAGATGATGGCTCAGTGGTTAAAAGCACTGACTGTTCATCTATAGATCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAACCATCTATAATGGAAACCAATGTCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAGACAGCTACAGTGTACTCATATACATAAAAGAAATAATTAAATCTTAAAAAAAAAATCCCCAGAGATCTTCTTGTTTCTGCCTCCCTAGTGCTGGGATTTAAAGGCATATGCTACTCTTCCTGGATAATTCTCACTTTTGCTCGATATATACTTAATAAACTCACTCATCCAAAAGTGAAGGATGATATAGAACACAGGTTCTCACACTGTCGTCCAGACTGGCCTTGAACTCAAGATAATAGATAATCTCTTGTTGTTGTTGTTGTAATATTTATTTAATGCCAAGTCTGTGATGGCCTATTCTTAAATTCGAGGCAGGACACTCCAGAACACAGAGTGAAAGCCACATACTAGGAGTCAGGAGGGAGTCAGCACTGTGCTGTTACTGTGAGTCTGGCCATCATCCGATGTTCCATTGAGGATGGATGAAGACTGAGCTGCAATCTGACTGTCACCATAAATCATACACTAACGTCTAACCAGACCCTGACCTTGACCTCCTCCCCCCCCCCCAGTGTATTCACGTATTCAGCCATGATTAGGTTGCCTCTTATTGGACTTTGTGTTGGATATGGTTTAAAGTGTGTCCCCCACACACAAACGTTTGTGGGCTAGAAGATTGGTCCTCCGTGTGGCTCAGTATTTAGATATTAGAAGCATTAAAAAGTAGCCCTGATGGGGCTAGTGTTTAAGAGCACTGGCTACCTTCCAGAGGGTGTCAGCACCCACAGGGAAGCTATCCTACCCCCTCTTCTGGCCTCCCTAGCACCAGGCACTCAGTTTGGTGCAAAGACATATACGTGCAGGCAAAACAACCATACACATTAAATTAAAAATAAAAAATAAAAGTAGGGCAGAGTAAGCTACATCATGAATGTATTTCTTGAGATAAAGTTGCTATTTAAAAAAAAAAATGTCAGGCAGTGGTGGCACACACCTTAAATCCTAGCACTCGGGAGGCAGAGGCAGATGGATTCGAGGCCAGGCTGGTCTACAGACTGAGCACAGAGAAACCCTGTCTCGAAAAAACAAAATAAATAAATAAAATAATAATAATAAAAAAAGTTTGGCCCCTGAATTCCTTCTGGTTTCCCGATCGCTGGATATCCCTGCATGTCTCCTCTATCCCCACGAGGTCCCTTCCAGAGAACTAACAACACCGCAGCACCTGATACTGGACCTTTGGCCTAAATAATCCTCGTTTTGTACAATGTACAAATAATACACATAACATGGAACACAGACCTTGAGATGGGAGATTTACTGAGGCCGGTTTATGCAGATAAACCCATCTAACAGAAGGAAAGCAAATTAGTGGTTACAACCACTGGTTATGAAGGGAGCCAATCGAAAACAGAGGGACGTGGTACGTAGTAGTGGTTTCTCAGACAAGTTTGGGGCTGGCCTGGCTTGCGAAGCGTTTCTTGACAGCATGAGACCAAAGTGCGGATCTGGGGACTTGCAGGCCACTCGGCCCATCCTCAGCTTCCGGTTCCTTCTCCCGGACGCAGCCTGTCCCTCCTCGTCTCCTGGTCGCCCCGCCTTCATGCCCGGTCTCACGGTCCCAGTAGCGCTTTCCCGGTACTCAGGCGTGAGTCACGGAAAGGGGGGTTGTGGGTTGAGCTCATTTCTGGACAGTGGGACCGGATGTGACTCTCCCGGGCCACGCACTTGCGGGAGGAGAGCGGAGCAGAGAAAGGGTAGGTCCTCTCTGCAGCAGGGGCTGTGGCCAAGAGGCTCCAAAGACCCCGCAAGGGAAATGGGTACTTTCCCTTTCCTTCCAAGAGTTCCCGTCGCTCCAGCCTAACCCTCCCCCTCCTCAATCCCGCCCTAGCTCAACAGTTCAGCAGTTAACTTGGGAAGGTTATCTTTCATTAAGTAACTTTCAGAATCTTCAATTCACTAATGGGAACTCTGAAATCATAATTGCTCGTTTCCCATTATTTTGTAGCAGGCTACAGATCCTTGTAATCACCTTAGGAGATAACCACCATCATCAAAATGTTATGCATCAAGAAAAGAATAGACCTGCTTGTGATCCCATTCTATTAAGTGATGGACCTAGGTCCAAACATTTACATCAATGTCACAAATTCTTTCTTAGAGTGGTTTTCAACCTGTAAGTCAAGACCCCTTTGGAGATCCAATGACCCTTTCACAGGAGTCTCATATCAGATATTCTGAATATCTGATATTCATTTATATTATTATTCATAACAGCAAAATCACAGTTATGAAGTAGCAATGAAAATAATTTGATGGTTAGGGGTCATCACAGCATGAGGGACTGTATTAAAGGATTGCAGTATTAGGAAGGCTGAGAACCACTGACTTAAAATCTGTTCTACAGAGCCAGTGGACATCTTTAATCCCAGCACTTGAGAGGCAGAGGCCAACTTGGTCTATAAAATGAGTTCCAAGATAGCCAGAGCTGTGG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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
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AOS Produced 8 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 1, start 173055165: end 173057098
Found 7 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE - All Us And Ds ACCEPTED
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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