High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by erb
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 213185
Chr: 9
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-289H16 : RP24-152P19 : RP24-576C14 : RP24-298F7 :
Instance: Plate 159: Well A03: BACs RP24-289H16 RP24-576C14 RP24-298F7 RP24-152P19
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 122955360 122955409 50 AAAATTGTGTTTTGCCTTCATAGTGTATGTTTATCTCTGTGTTGGAATGA
U5 122949493 122949542 50 TAATCAATATTTTTCATCCCTGTCTTGTCTGGATTTGATAAAACAACAAC
U3 122949437 122949486 50 TTAATTTCTATCTAGACTATTGAAGGCAGTGCCACATCATCTTGCTTCCT
D5 122947823 122947872 50 ACAGTGTCACTTGAAGATGGAGCAAAAGCAGTATTTTTAAAAACAGGAAA
D3 122947762 122947811 50 TAGGTTTACTTTATGAAATCGCTCCCTGTATTTCTGAGTTCTTCTGCAAT
G3 122944060 122944109 50 TGAAGTTTGTTGATTTAAGGATACAGTAGACAGAGGCATTAGATTCTCAA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 122856930 122856940 11 GAACATGTAGT
15_E_15 122841880 122873660 31781 AAATTAAAAAAAATAGACCTATTTCTCAAGATAGAGACAATTGCTCTCATGAGGTAAACATGAGAAATCTTCTAGGCTCTACTATTCCTAAAATCTACTTAGTCCTCTGCTTTCAGCATCCCTTGGGTCTTTAATAGATACTACCATTTTAATCAAAGTAATTGCTTATAGTTTGTGCTAAGCGTCAGACTTCTGATTAAGAAACCTGACTTAGCTGGATGTGGTGGCACACAGCATTGATCCCAGCACTGGTGGGGCAGAGGCAGGTGGATTGAGGCCAGCTTGGTCTACAGAGTCTCAAGAGAGCCAGAGCTACATAGTGAGACCCCTGTCTTGAAAAAACAAAAACAAAACACAAGAAACCTGACTTAAAGTTTACTTAAAAATCTGTCAAGCCTTATCCAAGTGCTATACCGTAGTTATATTTTAATGCACAGTTTGTTGTTCAGTACAGTTAAAACTGACCTTCTGGGTGTTAATATGATAACCATACTTGGGAGTCTATGCTGATGTGGACAAATGGTTAGAGAACCAGTATTTGGCCACTACCCCCAGGTCAGCTCAGTCCCAGCGACTATGGACACAAAAGTCCCTATGGCTTTGATAAGTTATTTGTCCTCTTGGTCAGAGAAGGCATGAGAACCGAGTACCAGCAGCTGGAGTCTAACCAGTGCACCTACTGCAAAGGAGAAAGGACAGAAGGAAATGTCCTCAGTACTTCCCAGTGATCCCACGTGGTCAGCAAAGACCATAACTCAGCCCAACAGATGGCACAGCTGGTAAAATGCTAAAGGAACCCAGTGTCTCCCGTCTATGGGAATCAGAGGACTGTATTTGAAACTGGCCTTAAAAACAAATGGCTAATTCTGACCACCTACATGGTCTTAAACACCTAGCAAGAAAGCAGGAGCACATTGGAAACTGATAACAAACCCTAAACTTTAAAAAGGGCTATGCAGTTAGTCCAGCTTCACAGGCCTCTGCATGAGTTACTGACTGACACACTAGATAGGTATTCACAGGCTTACCAGTTACAATCAGATGAAAAAACTGCCCAATGCCCCTCTCAATTTTAAGCAAATGTTTATATACTGTTGGTAATCTTAATTTCTCCTTTGCTTCACAAGATCTAAAAAACATCTGCCTATTTTTTAGATCTTGTATGCCAAATATGACCATTGGAAAAATGTATTTTTTTCCTGTTTGTATTTTTAAAGGTTTATTTATGTGCATTGCTGTTTTGCCTGTGTGTGTGTCTGTGAATGTGTCAGATCCCCTGGAACTGGAGCCACAGACAGTTGTGAGCTCCTATATGAGTGTGGGGAATTGAACCCAGGGCTTCTGGAAGAGCAACCAGTGTTCTTAATTGCTAGGCCATCCTCCAGCTCTCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCCTCCTTCTCTTCCTCCTTCCCTTTTTTCCTTCTCTTTGAAAAAGGGTTTCTCTGTGTAACAGAGCCTTATCTCTGGCCTTGAACTCACTGACATCTGCCTGCTTCTGCTTTTGGAGTAATGGGATTACAGGTGCGCCTTAAAAGTGTGCCCCACTATGCCAAGCTTCCTTTTTTCTTTTTATCAATTTTCCTTTCAGATGTTAGCCAGGCCCTGAGCACATGCTCCCTGTGGGATGGACTTTATCACTGTTACTTGGAAATGCCAGTTTTCTTTTGCCGCGTGGCTGCCTGTTGACCTCCATTCCAAACAGCATGGCTTTCTCTCTTCCTCTTGTTCATTTACTTTCTCCTAGCAGCTGTTGAGATTTATAGCTTACTGGCCCATTGTTTTTGTTTTCCTCTATGCTCTCATGACATTGTTCTCAAATTTCCTTCTGAGTCTGGTTCCAAATTATTTTATTAATTTGACTAAAACTCCCAAAAGGGAACCTCAGTTTCCCCAGTAATAGCCCTCCCACAAAATAAAAAAATATAGTTTAAAACTTATATTAAGATTCCTTGAGGAAACAAATCCTCTCTGATTCCCAACTATACCTTAAGCTGCTTTCCTGAGAAGGATAAATATTACTTGAGCAAACAGGAAATGCAAAGCAAGCAGCTTCCAAAACTATAGAAATGACAGAACCTGCTGGCTGCCTCAACAGTCACCCAAGGTAACTGTGGAGCATCTTCAGCCTACTAGCCCAGAATATCTGACAAATGTATCTGTGAAACAGGAATATTGAAGAACTTGCCTGTCTTGTCTTCCTTTATGTCCTACTTGTCCATGGTTTGGACAGCATGCTGTCAGCAGTTGAGGCAAGGGCAGGTTTTTTGCCCAGTGGCTAGCTTGCCACATTTTAATCAAACTCCATATGGATGTTCTTTGATGCCCATCATCTTCTTTAAAGTTGAGTGGGGGTGATTCCAGGAGCTGATATATCTCACAGTCTCACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACAAACCCTTATATTAAAACATCTAAATGCCATATTCTGTAGATCTCTGAAGTATTTAAAGACCATCTGTCTACCTGAGGTCTGTATGAATAGGCGAATGTTGCTTGTTTCCATCTGTCTATGTAAGATCTATCTAAGGTCTACCTGAAGTCTATATGAATAGGTGAATGTTGCTTGTTTCTAGCTACTTACTATCTGATTAAATTTAAAACAGCTATAGAGAGCTAAATAAAGCTTATTTTCGTAAATTTTACTAGTACTTAACAAGACAAGTTTGATTGACTGACCACTAATTTGCATTTCTAAATTATCCTAAACAGTTTATAATAGCTTTCAAGAACTAGAACTTTATACTACATTTTTAAATGAGTTGAAACATATATGCAGTATATTGTAGCAAAGTATAAACTTAAATCTCTATTAATATACAACAATCTATATCAAAATAAAATCTTTGGCTTGTTGCTGCTCTTTAAAAATAGATACAAAAATCTACCCTTTTAACTTATTATTCCTATATCCACCTTTTTTTCTTTTCATCCCCTCTCCCCATTTTCCCCCTAATACTAGTTAGAAGAGAAAAGGGATCCATGAATCTAAACTTCTTTACTTTGTTTTCCTGACCAAGACCATAATCAACTTATCACCACCCCCTCACACAATCCATTACCCATTGTATGACCAAAAAATTACCCATCCCAGTTCTTGGAAGTGAGGAGGCATCTTTGTTCTTAGAATTGCTTTCTGCTTTCCGGGGGCAATGGCATCTTGGGGGCCCTAAGAAAACCATGATAATGACCAAGTCCTGGGAAAGCTAGCTGTATCATTTGTTGTCCAGTCTCTGTGTGATAGGAAAGTGCAGGACTTAAAGTTAAAAATGCACTATATAATCTATCTCTGGGAGTCCTTCTTACCCCTTTCAGTTTATTAAGCATACCTTTCAAAGTACTATTAGATCTTTCTCTACCTGGTTGTCCTGTAGGATTGTGTGGTATACTTGTAACATGCTTTATGTTGTAACATGCAAAAAAACTGCTTTGCTGTTTTTTTTTTTAAAAACAAAACAAAACAAAACAAAACAAAATCATTTGACTTACAAATGAAGACTTAGGAGCCAGGTGCTGTGGTGAAAGCCTGTTAGCTCAGAGAGGCTGAGAAAGCACCCAGTTGAGCTTCCTCCTCAACCCATGTCACAGAAGGAACAAACCAAACCAAACCAAACCAAAACCAAACAAACAGAAAACCCTTCTCTACGTCTTAAAATGCCTTTCAAACTGAATGTTTTTCATTTCTACGTCCTATGCATCACTTTATCCATCCTCCTGACTTCCTCTCATTCTCTATGGTATTTTCCTATCTTCACTCCCTGTCAATTGGTTGCTTGCTCTGACTCTTGGGTTATGTTTGATTTTATTCCATTTTGTTTACAATAAACAGAAAGCACTGGGATTAAAGGTGTGTGCTAGGACTGAGCCCCACCACAACTAGAGACAGGTTTTCCCAGTTTATAGTCTTTGACTTCACATTGTGATCAACTATCCTACAACACTAATCCCCACAGAATATTATCTGACTCTCCTATTATCTACTACTGGTTGAATTCAAAGCTTAGTCTGCTTTATAAGCCTTTATAAGATCATATAGCATATCTTTTTTTTTTTTTTGGTCTTGTGAGAGAGGACCTGTAGGACCCTGGTAGACTCTTAATCTTAAAAACCTCAATGAGACATAGCTCTTGGTTGAGAGGTTTGATCATGTACTGTGGTAGGCTCATCATGTTCTTCAGACAGTAAAGCACTTGACTTTGATAAATTACCTTTGTCTCATCCTTCCCTCACAATAGTGTTGCCATGTCTGCATCTCACTTTATGGTTAAGCAGATATTTCTGATTAATATTTTGATCAGCATTATATACAAAACTATTTTGCATTAGTTTTGCAACTTTTTGTAAGTTGGCAGTGGGATTAAGGCATTTGTGTTTGATCACTGGTACCTTCACAATGGTGGGAGGAGAGGATCACCATCAGGTAGTTGTCCTTTGACTTCTACATATGCTGTGGTATTGATGCAGACACACATGATGATGATGACAATGACTACTTTATTCTATTTAGTACATTTTTGTTTTTATGAAACAGGGCTTCTTTTTGTAGCCCTGGACATCCTGGAACTTGCTCTGTAGATCAACGCTGTCCTCAAACTCAGAGATCCACCTGTCTTTGCTTGCCAAGTGCTAAGATTAAAGACAAGCGCCACCACCATTTAGAACAACAATTTAAACATTATTTCACTGGTTTTAAGTTTTAAACAGCAGCCTATGTTGTATTTGTACTGTATCAAGTGGAATTCCCTAGTCACTGTCCAGGATCTTTGGTAGATTGTAAATGTGGGTGAATAGGAAAATGCATGAAACTGTTGCCTTGTGAGGGTTTTGATTATATTAACTGACATTGTTTTGAACATTACTGCATGGTGCACACTCATTGATTTTAACAT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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 9, start 122857010: end 122858187
Found 4 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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