High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
 
       
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by am9
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 212391
Chr: 19
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-408M18 : RP24-500E20 : RP24-470I13 : RP24-202G16 : RP24-425N2 : RP24-325G9 : RP24-125L5 : RP24-150D22 : RP24-139G24 : RP24-63H10 :
Instance: Plate 151: Well A03: BACs RP24-470I13 RP24-408M18 RP24-500E20 RP24-202G16
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 34606054 34606103 50 TAATTATCCAGGGTCTTTGATGAACTTTGCTGTAGATTTGCTAAGTGAAT
U5 34610005 34610054 50 AAGAAAATGTTAATTTATGTCAGCTTAGAGTTTGAGGTGACAATTAGGCA
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G3 34617500 34617549 50 TACAAAAGGCTATTCTGATTAGTAACATTCCTACTAAATTTTAAGCCCAT
Oligos:
Type Start End Length Seq
U5_D3 34684495 34689101 4607 AAGAAAATGTTAATTTATGTCAGCTTAGAGTTTGAGGTGACAATTAGGCAGTGAATGCATGGTGGTAACAGCACATGCTGCTCTCACTGTGGTTAGTGAGGAAGCAGAGGCAGGTAGATACTGGTGCCCAGCTTGCTTTATTTATTTATTTTTTTAATTTAATCGTGGATCCTGGCTCAGGTGATTTGCCACCCACACTTTGGAAGACTTGTACTGTAAAGTTAAATGTTTTTGACAAACTTCCTAGACATACCCAAAGGTGTGTTTCTATGGTAATTATACATCCCATCAGCTTGAAAGTGGAAATTAGCTGACACAGCATCTTTCTCCTTTATACTCAAATCTGTGTAAGGGCAGAGGCAGGGAAGAGCTGAAGTCAGTCAAGGCCTTGAAGATGCATGGGTCACTCCTCGTTCACAACAGTCTGCCTCAGGAGATCAGACACCTAGAACACAACACCTAGAGTTCTAGCTCAGCTAAACAAATAATTCGTGGGTTGCTGTTTTGTAGTTATCTTCATGTCCTTCTGATTCCTCTTCAAGAGTGCTCAAGGATAATTCTGTAATCTAAAGCTCCACCTAATTTTTATGTCTCAGAGAACATGAAATTCCTTCCTTTCTTTTCTCTTTTCTGAATCAGAGGCTCCTCATGTCACCTTGGCTGGCTTCAAATGCACACAGATCAGCTGACTTCTGCGCCACTCCACTCCTGAAAGCTGGGCTTGGGAATGTCCATGACCATGCTCAGTATTGAAATCTGTTTTATCAGAGGTGGGAAGCACAGTATCAGGGTCCTCTTCTTTCTGAGGTGCACCTGCCACCTTGTAAATTAGAACAGGGATAAAGAATGACAGCCTCTGAAATTATACTATGTTTCTGTCCTGAGTCATAAGCAGCTTTTGCAGATGATTAAGGTGCAAAATTGCAGGGAATTCAAGATTCTTGAATCAATAAATCTAAGGCAAGGCTAAGAAGGGTCATGGGTGTAGAACTGGTTGAAAAGGACCACAGATTTGTTATATACATGCTGAAAAGGGAATAATACTTACTTGTGGATGAAGTAGTCCCCAGCAAGGCTCCCATTCCTTCAGTGTAGGAAAAACCTCCTGCACTGGCTGTGTGAATCTGTTCATGGGAACTACCACAAATGTATGTCAGGTGGAAGAGAGGAAAGGGTGCAGACTTAAAGTGGAATGTTTAATTGGAGTTTCAGGTCTGAGAAATTGGCAATTAGAAAGGAGAGGCAGAAAATAAACATCTCCAAGAGTACATGGCTCACATTGTCATGAGTCCGACACCCAAAAGAAGGCAGCTAATTTTTCAATATCCTGAGGCTCCATCCAGTTACCATGCAAAATTAAACATCACAAGTTACACAAGATTTGTGGGTGCTCATCACAGTGACCATGTCTTTTTTTCCGCCACAGTGAGGTCAACCGGGAATCTCTGGAAGCAATCCTTCCACAGCTGAAGTGCCATTTCACCTGGAATTTATTCAGGGAAGGAAGTATGTCCAGTCATATGGAAGACAGGGTGTGCAACCAGCTCGAACATTTAAACTCTGAGGAGAAGGCAACAATGTATGACTTATTGGCCTACATAAAGCACCTAGATGGCGAAAGCAAGGCCGCCCTGGAGTGCTTAGGGCAAGCTGAAGATTTAAGGAAGTCAGAGCACAAAGATCAAGCAGAAATTCGCCGACTGGTCACGTGGGGAAACTACGCCTGGATCTACTATCACATGGGCCGTCTCTCAGAAGCTCAGGCTTACGTTGACAAGGTGAGACAAGTTTGCCAAAAGTTTGCGAATCCTTACAGCATGGAATGCCCAGAACTTGAATGTGAGGAAGGATGGACACGCCTAAAGTGTGGAAGAAATGAACGAGCAAAAATGTGCTTTGAAAAGGCTCTAGAAGAGAAGCCCAAGGACCCAGAGTGCTCCTCTGGGATGGCCATCGCCATGTTCCGCCTAGAAGAAAAACCTGAGAAGCAGTTCTCCGTGGATGCTCTGAAGCAGGCCATGGAGTTGAATCCTCAGAACCAGTACGTGAAAGTTCTCCTGGCCCTGAAACTGCTGAGGATGGGAGAAGAAGCTGAAGGGGAGCGATTGATTAAAGATGCTTTGGGGAAAGCTCCTAATCAAACGGATGTCCTCCAAAAGGCAGCTCAGTTTTACAAGAAAAAGGGTAACCTAGACAGAGCTATTGAGTTACTTGGAAAAGCACTGCGATCCACAGTGAACAACAGTCCCCTCTACTCTTTGGTCATGTGCCGTTACAGGGAAATACTGGAGCAGCTACAGAATAAAGGAGATGCTGACAGCAGTGAGAGAAGACAGAGGATGGCAGAACTGAGACGATTAACGATGGAGTTCATGCAGAAGACTCTTCAGAGGAGGCGAAGTCCTTTGAACTCCTACTCAGATCTCATCGATTTCCCGGAAGTAGAGAGATGCTATCAGATGGTCATCAGTAAGGAGAGCCCCGATGTTGAGGAAGAAGACCTCTATGAGCGCTATTGCAACCTCCAGGAGTACCACAGGAAGTCTGAAGACCTCGCAGCCCTGGAGTGTTTGTTGCAGTTTCCCAGAAATGAAAGGTCAATCGAGAAGGAAGAGGTTAAACAGCAAACATAGGAAGCAGATCTTAAACTCCAGTATGAAATTTTGGTGGATTCTTGGCAGTTGCAGGGATAAATGAGTGGCTGAATGGGTTAGGGGTTTGGGAGGCAACACACTTTGGGGCACAGGCAGGCTTTTCCTGGCACCATGAACCTGAGGACAACCGGAAGTGTGTCAGAGTGCAGACAGACAGTCTCTCAGCTCTGTACTGTGAGACAGATGTGCTGTGCAGTGCTGCTTATGGGGACAATGGGCTGGAAAAGCATGAGCCTTCCTGCCAAGGATTGCTGACAAGCTGCTCTTGATTGTGTCTTTAAGGAACTGCTTTCTCTCCCTGACTCCTCTGGTCATCCTAGCCATATAATTTTCCAGTCAGCAAACCTCATTACTAATCATGTAGGGAATGGGGCTTAAAGCTCACAGACCACCTTTTGATCACATTTTTTCTCTACAATAAATGACAACTGCCAACAAAATTCATTCTAGTTTCTTAATTCCATTTCACTGTAGTTGCTTAACCCTGAAGGATTAACCTTTGCCCAAGGCTAGAATATTCTTTGCACATCATTTTTGTATTCTACTGTGGTTTTAGGGCTGTGTGTGTGTGAGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTATCACTAACAATTATTCTAGAGTTTACATATATGCCAAATGGAAATTGTAGAATAAATGTAAAAGTTTCAATTAAAATAGAGTCCTGTGTGTGGTGGTAAGAGACAGCAAAATAAAACAGTCATATTAAGTCTCAGTGTTTCTTCCTTTATCATTTGGGGCCCCTCATGAGACCTCTCAACCCCTTTCTGAAGAAACAATGACAGTTTTCTAGAATAAGAGAGGCCAAGAAATCAGGTGGGGAAACATGGTGGGGAATCCTAGTGGTACATGATGGGAAGTGCAGGAGGATGGACATGATCAATATTTGTTATACACATGGATGAGAATTTCCCAGTCTTTTCAAGGTCCTTCCTCTGCTAAGATGACTGGAAATTGTGAATGCTCATCAGAGTATCATAGCACAGGTGTTTTAGCATCTACGTCTGCACTGAGCTAACCAAGTATAACCCATGTATATAGGAACTTCCATTCTTCTTGCAGTCCACACAATCCAGTTGAGACCTGTATACAGTTAGGAGCTGAGTGTTTGGCCACACTTCTGGGGGTCCAGAAATACCTGAGCAAACACCCTCCCATCCGTGTGTGAGGACACAGGTGGTCAGCACCTGCTTCTGAGAGTTTCCCTTTGCTCAGCCTTCAAAAGGGTCTCTGACACTCTTCATATGTTCAGTTGCACACAGTATTGTTGCTGTTGCTTTCAGACAGAGTTGCCCTGTCAGCCAAGATAGGCATGGAATTCACGGTGAAGGCCAAGCTTGCCTCAAAGAGTTCTCTTGCTTTAGCATCCCTCCTTCTGGGATTTCACGTGTTTGGAGCCAAGCTCAGCTTTGAAGTCACTGTTTGATCCATTCATAAGCATAATTTATAGCAACAAGTTATACACAGCAAAGGAATAACATAGAAATGGGATTAGCTGTTGAATAAATTTCTTCCCCTTGGATGGGTGATTAAATTCTGGACAAAATGACTCAAATAAGTCCTGAAATGATTGCCTAGTCAGTTTAGTACATGGAAACCTATTAAGGGGTGTACGTGTGGGGGGAGGGCCCTGACAATACATGGATCTGCCTCTCCTGATTTAGAACTGTGCAAAAGCTCCACACACCATGGATCCTCTGATAAACACAAAATATACTTATCAAAACCTGGAAACTTGAAGGGAGCTTGACATTGACTGAATGCTCTAAGTAACGAATAACCAGGGATTGTAACAAACTTCTGTTGCAGTAAGGTAAGCAGCAGGCCAGCTTACATGGCATTCTAGGTTTTAGGCCAGACTGAACAATACAGCAAGACCGTATCTTAAAAAAAAATTACTCCTGGGGTATGGGATGG
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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 2 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 8 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 19, start 34685921: end 34687891
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE - All Us And Ds ACCEPTED
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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