High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
 
       
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by dk3
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 211750
Chr: 8
Strand: -1
Status: Ready to order
BACs: RP24-282C8 : RP24-120P2 : RP24-174F12 : RP24-334F17 : RP24-334O4 :
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 31107821 31107870 50 GCAATATCTTGAAGTATCTCCCTAGTGTTTTTCAATAGTCAGATTATAGT
U5 31103217 31103266 50 AAAAAGGAAGTTGTAACATCTGTGGAAAAATTAATGGAGCTAGGAACCAA
D3 31102742 31102791 50 TAAAAAAAAAAGTCGGGTGGTAGTGGCACACGCCTTTAACCCCAGAACTT
G3 31099717 31099766 50 CTTCCAGAATGGATTAGATGCTGTTATTCGTTAAATTCCTAGCTTGATTT
Oligos:
Type Start End Length Seq
U5_D3 32213214 32213738 525 TAAAAAAAAAAGTCGGGTGGTAGTGGCACACGCCTTTAACCCCAGAACTTGGGAGGCAGAGGCAGGCAGATTTCTGAGTTTGAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAGTTCCAGGATAGCCAGGGCTATACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTTAATATAAGCCTTTGGACTCACCATGAAGACTTTTCCCCATATATTTCTCACACTCAGAAATAACAGAACCTGCCGGGCAGTGGTGGTGCATGCCTTTAATTCCAGCACTCGGGAGGCAGAGACAGGTGGATTTCTGAGTTCAAGGCCAGCCTGGTCTACAAAGTGAATTCCAGGACAGCCAGGGCTACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAATAAAAACAAAGGCAATAACAAAACAAAAACAAAACCAGAACAGATAAGAATACACAGTGGGATTTATTTTATTTTTTATTTTTTGGATATAAAGAAAAAGGAAGTTGTAACATCTGTGGAAAAATTAATGGAGCTAGGAACCAA
15_E_15 32198214 32228738 30525 TTAGAAGGATGGGGCTAGGAGCTATAAGGTTCAAGGGCATCTAAACTACAAAGCAAGAGCTTACATCAGAACAAACAATAGCAACAAAATTGAGCTTTATCGGCAACATTGTGTCTACCTGCCTGCTAGCCTCTAACTTCCTATGCAGCTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAATGTCTGATCCTACTGAGTGCTTGGATTACACGCAACCCAGTCAAACAGTCTACTACATGAGCTACATCCCTAGGCCATCTATTTTTTTCAAAGGCAAAGTCTGATGTCAAAAATCACAATGTGACTGAGGCTAGCCTTGAACTCCTGATCATGTCTCCACCTACCAAAGTGCCCTTTCACGACTTCTTTCATGGTAACTGTTGCAAGGTTTTCCTAGACCTAAATCATCAAAATCTCAGACTTCTTAGGTCAATTATTTCAGGCAATGGGGAATTCATCTCTAGGTGAAGTGCCGTGTCAGAAAGGAACAAGGAGAGATGGAGGACGTTGAGATGGAAGCCTGCCTCTTGAGAGGAGCGGTGGGTGGCTCAGACGGCAGCCTAGGGAGGTACCTGGCAGTCTGCAACACTGGGGTATTTGGTGCTGTGTCTCATGATGCTTCCCTTGGTTCACAGACTACATCCTCATCTATTCTCTGAGCTCAGATTGTCCCAGCTCCCAATCTCAACCACAGTAGACACCACCTCCATCTCCTAACTAGCCTGCCTCTGCTTCCCTGACTCCTGCTTCCTTCCTGTAGGTAGCTGGGGCTCTGCCTGCTTCTCAGTCGCACCATCTGACCATAGTCATTCGGACTCCCCATCCTGGGTCTCTCCACGCAGTGTGTGGGGTCGTTTTGTGTCAACTTGACACAGGCTAAAGTCATCTGAGAGGAGGGAATCTCTACTGAGAAAACGTCTCCATAAGACCAGGCTGTAGACAGGACTGTAGAGCATTTTCTTAATAAATGATTGATGGGGGAGAGCCAAGCTCATTGTGGGTGGAGCCATCTCTGGGCTGGTGGTCCTGGGTTCTATAAGAAAGCAGGCTGAGCAAGCCATGAGAAGCAAGCCAGTAAGTGGTGCCTCTCCATAGCCTCTGCATCAACTCCTTTCTTGGGGTTCTTGCCCTGTTTGAGTTCCTATCCTGACTTCTTTGATGATGAACAGTGATATGGAAGTATAAGCCACATAAACCCTTTCCTCGGGGTCAGGATGTTTCATCACAGCAATAGAAACCCTAACAAAGACAAGCAATGAAAGAGACTCTTAGGAAAGGCAACACCGATCTTGACTCTTGACTCTGAATACTTAACGATCTTGACGCTGACCATATAGAGAAACAGGTGATAGCAGATACCACTGAACGACATCATGTGAGAAAGAAATGACGATTAATTTCTTCAGGGCTGGGTTGAGTGTACAGTTGTAAAATGCAGAAATGGCTTTCTGGTTGAAATGCAAAGTGCATACTCCCTTGAATGGGCAGCACGGTTGGAAGAGTCATAGCATGAACTTGGGGGTCTCATTACCATCCTCGGATGCTTGGCTCTATCAATACCTAGCTGCTGACCTGGACTTAGCCTCTCTGTACTTCAGTATCTTCCCTTCCCCAAATGCAGATGAAGATGCCTGTCTGATGCACCTCTGATGCGTATAAAAGTCCCCTAAGACAGGTGAAGTGCCTAGCATATGGTAAACGCTATTAATAGTAAGGGTAGCTGAGGATTGTTCTCTAGCGCGTAGAAAAGAGTAGGGCAGGCCGTCTGCAATTCATGAATTCTGTCTGGGAAGAGCGAGCAGTGTATATAGACCCTGTCTGGAAAGGCTTGCAACAAGGCTTTGCCATTGGTCTACAGGGCAGCAGCCCTGGCGTGCACGCGAGGCGGGGCTGCGGGCCTGCGCGGGGCTGTAAACAGGGGCGGGCTGTGTCGCTGCGGTGTGGCGGCTCCCACCGCTGCGTGACACGGTGTCCCTGGGTGTCACCAGCGCGCACACCGAGAGGAACCTGCTTCGATGTGCGTGTCATGGCGTAAAAATAGCTGCCATCCACCTGCGCGCCGGGGCGGCGGCGCAGCGGCGGGGGCCGCGAAAGAGCCATGGGCACCGGACTGCGGGAGCCCGCAGGCCACCTCGGGATCTGAGACCCTTGCGACCAGGAGGTAGAGACATGTGGGGTGCGGGGACAAGAGTCGGGGCCGGGCAGGTTCACAGGAGCATCGCCGCACGTCTCGCTGTGCCCTGCTTCCCCGCTGCGCCAGGCTGTCTGGGTTGGCACAAGGCTAAGGCGACAGCCACGAACCTGTTACTACCGCGACAGCAGACGGAGGGAGGGGGGCAGCGGCCAGGGCCTCTGGTGGCGGGTTAATGGGATTGGAAAAGGCCCAGGGGTGTATTCCAGCCTGAACTTGAATCCTCTACACCAGGAGGAATAGTCCAGAGGACAGCGGCTACCTGCTTCTTCTCTCCTGCCAGTCTCCGTGCCTTTCACCAGCACTTAGGCAGCAGAATCTATTCTGAGAGAGGTTATTGGAGGGAAAGGATGGGTCTTTGAGCCCCAGGAGTAGAGGTAGGTGCTGAGGGGTGGTTGTGGTGGTGGTGGTGGTGGTGTCGATTGTAGTACTGGATTTTTGGGCTTCTTCTAAACAAACCATTGAAAACCTATCTGTCCCTGAACTCCTGAGTAGAGACTCATCCTTTATTAGCTATGACCCCACTGCCCCTGTTTGTGGTGTGTTCTGAAAGACTGACCCTTAGAGAAGAGAAAGCTAGGCCAGCTGGGAGCGTGTGGTGGGATCACTGTGAGGCCATGGGTCAAGATGGCTTCTTATTGCTGGACATTCAGTTGAGGCCCCTAAGGCTGATGGAAGCACAGGAAATTGGAGGGGATGGGGGAGATGCTGCAGGTTAGCCCACCTAACATGCCAGACCATAGCGGGAAGTGACCATGGATGGAGATCTTCCACAGTTGTCTCTCTGCCCAAATGTCCTAGGGCAAGCCTCAAAGGCAGTCTCTTCCAGCTGTGAGGCTCAGAGTAGGAGCCCATCTTCCCAAGCTCCTAGTCTCCACAGGTACTCTGAGACACACCTGCTAGGCCCCTTAAGGCTGACGCTGCTCCTTGTGCAGTGCAAGATCAGTTGATTTCCACAGCAACAAAGATGGCCATTCTGAACCTCCCTGCTGCCCCTGGGCCTGCAGGAACACCCCTCCCCTCTTCCCAGCCCCTCCCCCCAAGCCCCTCCCCACACTTGCTTTTCCCACTTCTGCCCTACCCCCCACCAGACACAGACACACAAAGCTCCAACCCTGCTTTGACTCAGAATTCTCTTCCCAGGGATGAGGTATAGTCAAAGGAGGGGCTCCTCCCACTCGCAGGCTTCTGTGCACAGATTCAAGCAAGCCTTCCTCTCTCTGTCCATCAGCGAGTATTTTCCCAAACTCGCTTTTCCTCTTTAGATCATTCCTCGCCCCCCCCGCCCCCGACACACACACACAATGCCCTCCCCCCCCCCCGTGAAAAGCTTATCTTTGAGACATGTGGGGGCAGGCATGGGTTAATGTGCTCCAGGAGGCATATCTGGCTTATGTCATGGTCCCAGCTGCTGTTACCTTCCTGATGATTCTCTCTGGATGGCTCTACAGCCGTTTCCATCCCCTCCCGAGCTCCCTAGACTCTCTGCCCATAACCCCAGGCAGATGAGACCCAGATTCGGGCTGACAAGTGTCCAGGCAGGGTGTAGACGCACCAAAGCATCCAGTGTGTATATGTCAGTACGTTTCTGTGTTGGCTGGCAGTGGGGGGTGGGGCAGGGGAGGAGAAACCCAGCAGCTGGGCAGCTAGCTCCTTCTTCTCGTAAACAAGGACACGTGACTCCCACCTCCTTGTGTGGCAGAGCCAGAGCTTAATGGAGGGACCCACAGCAGCTTGAGAAGGGAGGCATTTGAGCCTCTGGGCTAGCCTTGCCTTCTCTCAGCTAAGAACCTACTCCCCAGGGCCCAGACCTATGGGGAGGAAAGGAATTAGTTGCTCTGGACTCACTCACGTGTACCCGACATCCTTTTGCTTCCAGCGACACCTACCTGGTGACGGAGCCCATCATCACTGAAACCACTCCACATTGGCCACAGTTCCTGCCACCTTGAAAATGTGCCCCGGTAACTGGCTCTGGGCCTCCATGACTTTTATGGCCCGCTTCTCTCGAGGCAGCTCAAGGTCCCCTGTCCGTACTCGAGGGAGCCTGGAGGAGATGCCCTCTGTTCACCATCCCTTCCTCAACGTCTTTGAGTTGGAAAGGCTCCTCTACACAGGCAAGACAGCCTGTAACCATGCTGACGAAGTCTGGCCGGGCCTCTACCTCGGAGACCAGTAAGTAATGGGTGACCGGGGACAGACCGTGCCTGCGTGTGTGCATGTATGTACAAGGAGGAAAGTGGAGGGTGACAGGCAGACTTACCTTACTGATTCCAGGCTGAAGACTAAAGGGAACAGATACATGGACAAACAGTAGAATCTTGAGGGCTCGAGGGATTTGGAGGGAATTATTAAAGTACTCAGCTCTGGGCAGAGAAACTCAGTTTAGGAAATGCTGTTACCCATTTAGGAAAGATCGCGTATCATGTGCCAACGCTACTGACAATGACACATTGTTCTGAGCTTCCAGCTATTGTGCCATGGCTTTGGGGAAAGGTAGCCACTAAGACAGAAACAGTAGGCAGGAAGCTGAAAGGGAGACCAAGCAAAGCCACCACAGTTAAAGGTCATGAAGAGAGAGTTATTAAATGCAGAACATTCCCTTTTTGTCTCCACTATGTGAGAATTTTTGGGTTGTTTGGTTGGTTGGTTGGGTTTGGGTTTGGGGTTTGGTTGGTTGGTTTTGGGGTTTTTTGGTTTGGGGGTTTTTGGTTTTTTGTTTTGTTTTGTTTTTTGTTTTTTTGTTTGTTTTTTTTTGCATATGCATTTTCAACTTTAATCTTCACTACAGCTTTGTGAAATTGGAGGTCACTGTC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Comments:
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attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
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AOS Produced 8 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
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DESIGN COMPLETE - All Us And Ds ACCEPTED
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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