High Throughput Gene Targeting: Create Design

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Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
 
       
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by am9
Valid After Annotation
yes
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 211234
Chr: 5
Strand: 1
Status: Ordered
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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 2 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 8 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 5, start 37491875: end 37498557
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE - All Us And Ds ACCEPTED
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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