High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
 
       
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by am9
Valid After Annotation
yes
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 210835
Chr: 14
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-430B17 : RP24-470M13 : RP24-470D18 : RP24-380B1 : RP24-100K20 : RP24-82I8 : RP24-473A8 : RP24-144E13 : RP24-450G22 : RP24-458M8 :
Instance: Plate 142: Well B12: BACs RP24-470D18 RP24-380B1 RP24-430B17 RP24-470M13
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 79307032 79307081 50 TTCCCCTACAAATGCAATGAAATACAAGGTAAGAGTAAGTTCTTATGTGT
U5 79300967 79301016 50 CTTTGCCAGTGACAGCCACGCAGTCAGTTACTCCGTAACCTCCCAACCAC
D3 79291607 79291656 50 AGCCTAGTTGAGGATACGGGGTGGGGATAAAGGAGCAGAAAAGCAGTCTA
G3 79287535 79287584 50 ACTCAAGTTTACATAACCAGCCAGCACAGAGAATGTAGGGATGGATCCTT
Oligos:
Type Start End Length Seq
U5_D3 79691414 79700823 9410 AGCCTAGTTGAGGATACGGGGTGGGGATAAAGGAGCAGAAAAGCAGTCTAGTCGGCGAGGTCACCTTTCCGAGGAGTGACAGCGGAGGGCAGGAGAGCTGGAGAGGAGTTGGTTGGAGAATTCAGCTTCTCATCACTGAAGGTGAAGCTGTCCCTGTACACTGAGTCTGCACCTTTAAGGAAGGAAGCCATAGTTATCAGGAGCTGTCCTTACCAAACCACACACTTGCCAGCCTGTCTACAGAACCCAGCAGTTAATCTCCCAGGGAACCAGATGTTACAGATCTATATTTTAAAAAGCAGGACAGTTCCCAAACTAGGCACTAAATGATGTTAGGCAGAGAAGTGTGTGTGTGCCCAAGTCCACTGGCTACCTTTGTTCCTCTTAAATTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAGGTGTGACCAATTAATAGGACTAGGCCTCTGCCACACAGGAGTCTGCTGGCCAGATCCTGGCTGATAGGATGAAGGATGAAATATAACATAACCTAGTTGGTAGGGTGCTTGTCCAGAAGACCTGAAACCCTGGATTCAGTCCCCAGCACCATATAAATTTGGCACAGTGGTGAAAGACTAGGAATTAGACTTCCTTGTAGGCCGGGCAGATAGGCAGAGGGGCCATGGTTAGTAATAAAGGTAGTGAGCTCCCAAGATGGCTGGCTTCTTCCTCAGCTTCCTGACTTGAAAGAAACACCTGGCAGTCTAAGCAAAAGGCCTTGCAGGCTTTCGTCTCCCACCCTCAGGCTCTCTGCTGATGGACTAGCTCAACAAGTTTGAGGCTGGATCAGGACAGATTACAAAACAGCCGTGGGCCAATCAACCATCCTGTCCTCCTTCAAACTGACCAGCTTTAAATTAGGGGAAGGAAACTCTATAGGCTTCTGCTCTAGAGAGGGTCTTTTTCTGTGTGTCTGACACAAATCGGTGTTTTCCTCACCCCCAATAACCACCATTTTTTTCAAGTGGTAATTCTGCTCCTGTTTGCAGATTTCTCTGAGGCTCCTGCTGCCTTTTAATGCTTTAACTGGTAGAGAGAACAAACCCTAGCAGAAGCCCTGGACTGGATCAGTGTGGCACACCCGTCAGTCAGCGGCACGCTGGTGATCCCAGCACTCTGGAGGAAGGAATAGGGGGATCGGAAATTCAAGGTCATCCTTAGCTACATACTGAGCGTAAGGCCAGCCTGACACTGGAAATACAGGAGGCTCTGTCCAAAAAAAAGAGGGGGGGGGAGTAGCTCTGTCAAAATAAGGGGTGGGGTGGGTGAGGGGGAGCAGGGACTAAAGAGATGACTCATCAGTTAAGACCTAGCTGCTTTTCCTGGTTTACATTCCCAATACCAACCTAGAAGCTCCCAACACTCTAACTACAGTGCTAGGGGTCTAATGCCCTTTTCTGGCCTCCTCAGGCACCACATATATATATGGGCAAAACACTCATACAAGTAAGTCAAATTTAAACACTCAAAATATAGGCTACTTTTCGTGAAAAATGTCTCTTCCTTCTAAACACTAATATAAGCACAATGTTGGGCCCCGAATCGAATTAATGCCCCTTCCTTGCTCATGAGTCTTGATCACACAGTGCCCAAGACTCTTCACTCCTGTACTGGAGTCAGAAACAAAGATTGTTTTTGTTCTTGTCTGTTCATCCATGACAGTCAAGGGACTTAGCGGCTCCTTCTATACTTATTCCCCAAATGTCAAAGCAGCAGTCGACGGAGTCCTTGCCAGGCCACGCTGCACCAGGGCCAGCTACTGCAAGCTCAAGGGTGATGAAAGAGACCATATTCTGGGCCTCAATTTACCCACCAATAAGGTAGAAAGGTGGACTGGACAATCCTTCCAGGTCCTCCCAGATCTGAGATTCTAAGTCCTGCTGAGAAGGAGGAAGCCAGCCCTGCTCTGAGGATGTAACACAGAGGCTCAAAGACAGAGGTTAACGGAAGCAGGATGTGGCCCCAGAGGTGGTGGTGAGGAAGCCAATTTTCTGGTTAAAATCGAAAGGAAAGCAAAGCCAGCCAGGGCACTGCAGGCGCTCTGGAAAGGCCCTGAGGTGAGCAGCTGAGAGAGAGCCTGGCCAGGTCCCTGCTAGCCAGCCCCCCCCCCCCGCGCCCCCGCCCCCCCCCTCCCCCGCCCGCCCGCGGCTCCTGCCCTTCAAGCCGGTTCCCTCCATTCAGGGAGAGAAATCACATCTTGCTCTAGTTCCACAAACACAGAGTGAACTTGTCTAAATTATCTCTTCATGTGCTCAGAATAAACAAAAATCAGGCTTCTGAAAGAAGTTTCTAGCCGTGTGAGAGTTGGGCTCTGTTCCCAAGTTGTCTTGTTTGGTTGGCTGTTTCCTCTGTCTTCCAACCACCTTCTTGTCATCTTTTCTGCCTATATACCCACCTACCCCACTTTTCCAAACATCTCCAGAAGATCTTCATGAGTAGCCCTCATCATCTTTCCTTCCTTTAGGAGTTCTAGCCCAGAGCACCTTAAAGGACCACAGTCATTTTTTCAGGGCTTTGATGATGACAGGAACCCATACTGAGATTTTCAACATTGAACCTTAAACCTATACGTCCCCTCTACAAATGTTATAACTCACTCTCACCTCCCACCCCTCAGAAAGCTGGTCCTTGAAGCGTGAGACCAACTGTGTTCTGGCAACACCAAGAACACCACGATCCCTCCCACTGCAACTACCCCGAGAAGTGTAATCACTTCTGGTGTACAGGTCTGGCCTCAGCCCTACTTCCCAAGTGTACTTGACAATGGGACACTTAGTGCCCTCCTATTAATATCTCTTAGGATGTTGGAACTCTCTAGAATTTGACTTGGAAGCTCTTCTGCTTGTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGTTTTGGGTTTTGTTTCGTTTTGTTTTTCCAGCTGAGTCCGCCTGTACAACAGCAGCAACGACAGCAACCCCATCCCCTGCACACAGGAAAGTACACCACACATATCCGTTGCAGATCCCTGGAAAAGCATCACTGTTATCTCTGTCAATAACCAGGGGGGATCACCACAGATACAGACTGAGAAACATATGAAGAGAAGATAAAGTCATCTTTGGTGGCAAGAAAGCCACAGAGAGACCCAAGGGAAGTAGGCTATAGGCCAGGAGGGAATACCAAGTCCCTTGCCACCTTTTTTTTTTTTTTTTTTAAGATTTATTTATTTATGTCAGTACACTGTAGCTGTCTTCAGACACCCCAGAAGAGGGCATCAGATCTCATTACGGATGGTTGTGAGCCACCATGTGGTTGCTGGGATTTGAACTCAGGACCTCTGGAAGAGCAGACAGTGTGCTCTTAACCGCTGAGCCATCTCTCCAGCTCCCCCCCCCCCAACTTGCCACCTTATTATCCTTGTCTTAAAGACATCCAAGAACATCATTCCATCCTTAGACCAGAGTTCCAGCTCTGAAACTCACTAGACTTTACCCAGAGTGTAAAGGCCACCCTGCTCCCTGCTCTCTATCTCTCAGAACAGATGGCACTTAAGAGCCACCTTCAATACCACACCTCATTCCACCCCTCCCTGCAGACGCCACAGTCCTTGCCCTAGCTTTGAACTTCACTTCTGTTCAGCTCCAAATCTCCAGAAATTTCACATCCACATATAATCAGGCTGGTTTATCTTCTAAACTATGGCTGTTTAAAGAAGCACTAACCTCGACGTGGAAAAGGTCGTTACAAAAAGGAAATAACAAAAGAGTGAAGAATACCCTCAGAGGAGTAAGGGACACCTCACCCTAGACAGCATGAAGTGACTGTGGGGAAGAAGCCAGAGTCTCAGGGGACCATCCTGGCTTGCCTTCGATCCTTTAAAGTCTAGTCCATATGATAAATTCCTTAGCCCACGAATTTCCCTCAAGGTCAGGAAAATAAAGGCAGACTCTGGTTTGGACAAATCAATTCCGTTGTAAGCCAGACTGATCTATGGTCACCTCAGTGCTGAGGAACTCACACTGCTCTCATAATGAGGGAGGAAGAGGGGGTAAAATACAGCATCTATATCTGGATAACATACACATACAGAGGCAGGGCAAGCATAGCCTGTGCTCACTTCCCTTCTTCCTGACCCCGCCTCATGCACACTCGCACACACGCACGTGCACACACACACACACACACACACACACACACGCACACACTGTCCCACATCCTATCAGCTCATCACCTCACCATGGTTCTACCTGCTTTCCATGTCTTCACAGGCTCCACTTTGTTCGACCCCCTCAGGACCTGAAGCTATGCGGCTGTAGAGAGGGTGGGGGAGCAGAGCCCATGTGAAAAGCAATAACGACCTATGAATTCTGTGTAGGATGCCGTGGCTTCATAATGACTGGATTTTCGAGTTCCTAGCAAAATGGAGACCAGCAGGTCCAGGGGGGAAGCCATCAACGCTGAGGAGAAGAAGAACCAAGACTCTGAACCCTGGCTTCCCGCTATTTTCAGATTATAGCATTTAATTTTAAAAGGTTCTCTTCAGAGGTAATTCACGGAGGACATGCCCACGACACAGAGATACCCAGACTCTGAGCATCTTTGCCCAGTGTTTCTCCCAAGCAAGCTTTTACTAAGAAGCCTGCATGAACGGAATCTCGTGCTAGAGGTTATGGCAGATGGATAGGTGAGCCAGGTTCAGCCTCCGGCTGTGCTCACTCCCTTAGAACGCTAGCTCTTGCAAAAATAATATTCAGTCAGTCTGATAAAATGACAACGGTGTGCCTCTGGCTGATAGCACAGACATGTACTGCTGTCCCACCCTGCTATCTAGTGTTGTCATGATCAAGGGGCCCAGTGATGATCTGAGGAACCTTTAAATGTGGTAAGGTAGACCTTAAGGCGTCTACTTCAGACGGCCTTGAAAGCCCACCTCACCAGAATCAAATCCCCATTGCAAACATCCTTTAAATTCCTGATCCATTTAATGTATTGGAATCTCAGATTCTGGGACTGGGTC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Comments:
Created
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
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AOS Produced 8 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 14, start 79691478: end 79700707
Found 10 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
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DESIGN COMPLETE - All Us And Ds ACCEPTED
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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