High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
 
       
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by dk3
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 210073
Chr: X
Strand: 1
Status: Ready to order
BACs: RP24-178I22 : RP24-269B2 : RP24-394A4 : RP24-500B16 : RP24-403C9 : RP24-152I14 : RP24-269A2 : RP24-392M23 : RP24-364O9 : RP24-502K20 :
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 7801663 7801712 50 ATTGGGATGTCTGAGAATTAGAGATATAGCAACCTGAAAAGTAGGAGTAA
U5 7807035 7807084 50 AAAAGTGAGAGGAGGATGGACCAAGTAGGCTGTTCAGGGATTAATGATAG
D3 7807230 7807279 50 TGCTACTATAGGTTTGAGCCTCCACATCTGTTCTGAATTATGGATCTCCA
G3 7810183 7810232 50 CGAATGGTGGTCATTTTGTGGTGTTGGAAGATAAATTGCCCCTCTCTTGA
Oligos:
Type Start End Length Seq
U5_D3 7384161 7384405 245 AAAAGTGAGAGGAGGATGGACCAAGTAGGCTGTTCAGGGATTAATGATAGCAATGATGGTGGATTCTTTTTTTTCTTTTGTTTATTTTGTTTGTGACAGTTGTCTGTTATGTGTTCCTGGCTGGCTTGGTACTCATGTGTAGCCCAAGCTAGCCTCTAACTCATGGCAGTCATCCTGTCTCAGTCTCCTAAGAGCTGCTACTATAGGTTTGAGCCTCCACATCTGTTCTGAATTATGGATCTCCA
15_E_15 7369161 7399405 30245 TGATAAATATTTTTGTTTCTTGGCTCCTTCCAAAGACTCAGCTCCTGGAGCTCCGGACAAATAACTACCAGCTTTCGGATGAACTTCGGAAGAATGGTGTTGGTGAGCCAAGCGAGTGTCAATAGATGGGGTGGTTTTGGGGGGAATTGAGGCAAAGGTTTTCCTTTAGAAGCCTGATAAGATGACCCTTCAGTTCCTTGTTACCGCCTGAGGCTGAGATTCCCTGCTTTCCCCGCACCAGAACTTTCCAGTCTTCGACAGAAGGTCGCCTACCTGGATAAGGAGTTCAGTAAAGCTCAAAAGGTACCTCCCTCCGCCTACCCCATCCACCCACCACTTGCTTCGCCCCTATCCATCTGACTCATTCCCAGTGAACACCCACACTGAAGCAGACCTAATGTCACATGCTGCTTTCTTATAGTCATTCGAAGTTTGTTTTTTTCACAGAAGTCTCTTCAGTTGGCTAATTTTAACCTAATCTTGCCTAATTTCGGTGTATGTTTCTTTTGAGACAGGATCTTGCTATGTAGCCCAGACTGGCCTTGAACTCTTGATTGTCCTGCCTCAGCTTCCCAAGTGCTGGGATTATAGATGTGTGCTGACATGCCTGGCTTTGCCTAATTTGTTGATTTATTTTAATTTATTCTAATATCAATTGCTTATTTGTTTTTATTTATTTATTTATTTATTTATTCATTTATTTTTGCGGTGCTACAGATCAAGCCTAGGATCTCATGCATGTTAGGCAAGCTCTCCATATTTGATCTTAGCCAAAAGGCTAAAAAGGGATCTTTTTGTTGTTTACAAGACAGAGTCTCTTGAAGCTTAGGCTGGCCTTGTGCTTATATGTAGCTGAAGATGGCCTTGAATTCCTGATCCTCTATTCCTCACCCTTCTGTCTCCAATTCCCAAGTTCTGGGATTACAGGAGTAAGACACCACACCTAGCTCTAAGCTGCCTCTACTCCCGTGCTCCATCTGCAGCCCTCATTCATTAACTTTGTCTTGAAAAGGACATCTAGCTGTGTTTCTCAGGCTGGTCCCCAATTCCTGGCCTCAGCTTGGCTTCCTTCCTCAACCTCTTGAGTACCTGAATCTATAGGCATGTATACCGCACGTGGCTTCATTCATTAACTTTGAATTAGTCAGGTCTATCAGTAAATCTGCCTTGAGTCTGCCTCCTGTCTTCCATGTACACTGCTTCTTTTTGCTCCTACCCCATCCACTTGTCCTGGTCCTGCTGGTGACATGAGACCAAACCTACCTTTTGGATCCTTTCAAGATAAGGTAGAATAGAGCCTAGCATGGCTTCTAAAGAGAAGCTAGATCCTTATTTATATCCTTCTTCATTGCTCTGTGTTCATATGTAGTACGATGTTGCATAGAGTATGTGCTGAATAAATACTTGTTGGATGAGGAGGGGCTGGAGCTCATTGGTTAAGAGCACTGGCTGCTCTTTCAGAGTTCCATCCTCAGCATCCACGCAGCAGCTCACAAATAGGCTGTAACTCTAGTTCCAGGGGATATGATGCCCTCTTCTGGTCTCCAAGAGTACTTCATGCACCCATACACACAAAAATAACCATTTAAAAAAAAAGATGGAAGGTGAACTGACTCCATGAAATTGTCCTCTTATCTCCATGTGTAAGTGGTGACATGTGTACTCCTGTGCACAGACACGCACATTAATAGTGAATAAATAGATTTTTAAAATACTCATTTGGGTGAATGAATGCAGAATTCAGGAAAATCCAGCAGTTAGAAAATGGGAGTTTTTGATAGGGCGTTGATTTCTTTGCAAAGCCTGACACGATCCTTGGCTGCCAAGCAAAAGGGTAGAAGTCGCTATGTTGCATGCGAGGGAAGCGCATTGATGTGCTTGAACAGATGGAGTGATGAAGCCACAATTTCCTAGCTTGGAGATCCAGTATATAAAGGGTTACATTCCGAGACACATTTCCGCCCTCTCCTCAAGCCCTCAAGAGCATAAAAGAAAGGGAGACTTTGAGTGCTGTGGCGCCAAGGCAGCACCATCCCCAACTGTACTTCCCTCATTTCTTCTGTTATTTCTGTGGGCTTCCAGTTGTTATGCAAGTTCTGTGTTTAAACATATTTCCATCCCACAACCCGCCATTGCCCTCACTTAACACCTGCTGCAGTAGTCTCCATATCCCACAGGGGGGTCCATTGCTGTTCACTTTAGCTCTCTTCCACCCTTCCTTTTAGGCACTAAGCAAGAGCAAGAAAGCTCAGGTAAGGGGTCTTTGGTGGGTGAGTATGTGTACAAGACTGTCACAGTGGGGATATTTCTGTTTGGTGGCATTGTACTGGCCTTTATATGTACACCTGTGTATCTGCAACTTCCTCACTGCTGTGTGTTTCTCTGTCTCTCTTTGTTCCCTGTGTTTGTCTTCTACTCTTCGCATCTTTGCATCTTTTCCTTTATCCTCGCTGAATCTGTGTCTGCCTTCCTGTTTCCCTCTCTGCTGCTTCTCTTCAACTTTCCTTTTGTCTCTTCCCCACCTGTTTCTGTCTCTTTCCTTGTTTTCCCCCTCTGTCTGACTTCTTGTTTCTCTTTCTCCCGCTCCTCTATCTCCCTTCTTTCTTTGCTTTCTACTGTATTCTTCCCCTGTTGATACCTCTCTGTTCCTCTCTTCTTGCCTTTTCTCTTTCCTGATCAACCTCTCATCTTGCGCTTTTCTCCCCTTCCATATCTCTCCATCATTATTTCTCTTTTCCCTCATTCCCTTGCCTATATCTCCCTTCTTGTTCCTTCTCCGTACTTCCTCATGTCTCTTTTGCCCCCACTTCCCTATGTTTCTATTCCTATATATCGCCGCATTCTTTCTACCTATATGCTTCCTACCCAATGCCATTATTTCCTTCTCTCTCCTTCTTTACCTACCTCCCCATCTTTTCCACCCCTGTTGGAGTCCTGGCCCGTGTCTGCCACTGCAGGAAGTGGAGGTACTGCTGAGTGAAAATGAGATGCTGCAGGCAAAGCTGCACAGCCAGGAGGAGGACTTCCGTTTGCAGAACAGTACACTTATGGCCGAGTTCAGCAAGGTGCTGGTGCCCGGGATAGCTGAGGGGGGAAATGGGAATGGTGCATCTGTGTATGCGTGGGCCGGAGCTACCTAGGCTGAAAGCTCAGTGGTGGACAGGGGCTGGCGCTGAACACTGTCCATGGTGCTGAAACAGGCCTTAGTCTGTTGCTGGGGGCAGTAAATTGACAGGTGGGGCCAAACACGTTCATGGAATTAAATCCTCTGAGCCCTGAGTTTATTTGGTTCCTAAGTCACTCCTTTTATTTAGTTCAAGTCTCCATTTGTATAGTTTTTGGCTGGTGCTATGGAGCCCCAGTGTATTCTGGAGCTTTAAGTAAAGTTTTAATTGCTTAACATGGATGGAAAAGTATTTGAACTGCTTCCATTTTCTTTTTCTTTCCTTCATCTGCCATGAATCTGGGGTTCCACTTCTTCCAGGTAATTAATCCTGGATTGGCTAACTCTATCTCCTTACTGATTTTAATATCTTGGCTATTTCTAAACCTTCTGGGCAGTTGGAAGTCCTGTGGGTTTTGTTTTTTCCTAGTAGTCTTCTATATGTATGGTTGATCAGTTTGTGAGTTTTCAGTGGGTTTTAAGGAAAAATATACTGTAGGAAAAAAAAATGTTATTTCCAAGACTTCGCCTGATTGGAATATACTGCCTTTAAACGCAGAACAAGAACACTGCGATCGAGATGCATGTATACAATAAGAAATGGTCAAAAATAACAACAGAAGCCATACAAGGGCTTGGAATACGGCTTAATTGCTGGAGTGCCTGAGTCGTACGAATGCAACCCTGGTTTTGATCCCTAGCACTGCACAAGCTCATACCTATTACCTTAGCACTTGGGCTTTAGAGGCAGAAGACTTAGAAGTTTAAGGTCATCCTCACCTACATAGTGAGTTCCAGGCCACTGGGCTACATGACAAATCAAAGAACAGAGGCAAATATTTAAAAAGAAGCTCAAAACAAAATACAACAGAAAACAATCTTTAAGCATTTACAATGCCAGGAGAGACCATTTAATGGTCAGTAATTCTAAGCAGGGACTCTGGAGCCAGAAGGCCCAGATGAGGATCTTGGCTGTAGAGTTTACCAACTCAAACTTTAAACGTGTCACTGAGCCTCCTCTTTCTTGATTCTCAAATGTCTAAAATGGAAATGGTAATGCTAGAAGCACCTGCCTTCCCGGGCTTTTGTGAGGATTCAAACATATGTAAGTCACTAAAAGCCTCCTACATAAGACCAGCTATGGAAGTGTTCACTAATGACATTATCTCGTTAGTTCAATTTCCCTCTAAACTATGTCTTGACTTGTTTATGGTGATAAAGGTCCAACCCAGGAATCCTGCATGCTAAACATGCGTTCTCTCACTGTGCCACATCTTCATCCCATTCCGTACTTATATAGTAGGTGGGGAGAACAAAAGAAGGTAAATGAGAGGGAGGAGTCTTATATTAGGGAATGTGGACTGTCACTCGGTGGAAGAGTATGGGTCATGTTTGTATTCATTCCGTGGTTTTGATCTGCCTCAGCTCTACCACCTCTCATCTACTTCTGCAGCTTTCTGATCTTCTTACCTGGATTTTTCTCTATTGATCCACTCCACTATTTAGCAGAAGTTATTCTGACCTCTAGATCTGAGCCCACTGCTTCTTTAATTAATCCCTTCTGGTATGAAGCTCTCTCCTCAGTCCCTGGAGCTTTCTGGTGCTCTCATAAACTACTGCCAAGGATTTTCTGCATCACTCTGGGTTCCTTTATAATCCCCTCCCTACTCCTCTCAGGCCCCAATGGTACTTACCGGAAGGCCTGATGCTAGAGCCTGCCTGCCAAGATATTTCATCAGCTCAGTTGTTCCATTGACAGATAAAGGGACCTGCTTTATATCCTGTGTTCTGGGATAAAGTTGTGAGCTGCACAGAATGGTCCTAATTCTTGGGTAAC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Comments:
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attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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running aos on gaps
finished running aos
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AOS Produced 8 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
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Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
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DESIGN COMPLETE - All Us And Ds ACCEPTED
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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