High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
 
       
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by dk3
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 210062
Chr: 17
Strand: -1
Status: Ready to order
BACs: RP24-555E3 : RP24-220I2 : RP24-290E24 : RP24-180M14 : RP24-502K7 : RP24-560O20 : RP24-444N2 : RP24-200L16 :
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 70865984 70866033 50 CTTCAGCCAAAAGACAAACAGCAGCGAGAGAGGGAATTATTTTATTTGAT
U5 70860617 70860666 50 ATTAAAGGCGAGCGCCACCACAGCCCGGCTGCCTGGCAGATTTATTTATT
D3 70860392 70860441 50 ATACTGTGTAGCTACTACAGCTTCCCCTCAGAATGTAGACTGTTCTCTCT
G3 70857347 70857396 50 GATGACCAGATGTGAAAAAGTAAAACCATTTATCTTGATGCAGATAGTTT
Oligos:
Type Start End Length Seq
U5_D3 71209732 71210006 275 ATACTGTGTAGCTACTACAGCTTCCCCTCAGAATGTAGACTGTTCTCTCTCTCTTTTCTTTTTTCTTCTTCTTTTTTACTTTTTCTTTTTTTTTTTTTTTTTACTTTTTACCTTCTTGAGACAGGGTTTCTCTGTGTGTTCCTGGCTGCCCTAGAACTCATTCTGTTGAGCAGGCTGGCCTCGAACTCACAGAGATCTGCCTGCCTCTACCTCCCAAGTGCTGGGATTAAAGGCGAGCGCCACCACAGCCCGGCTGCCTGGCAGATTTATTTATT
15_E_15 71194732 71225006 30275 GGAAGTAGCTCAATGGTAGAGTACTTGCCTAGTACACCAGTGGCCCAACAGCAATGATTTTTAAAAAATAAACTAAAATAAAGCTTTTTTGGCCTTCCCAGCAAGTCAGAGGCACCTAAGCTGGGTCGGCCTGCCATAAGGGCAAGTTTACTTTGTCTATGCCATCATCCTTAACCCTTTCAGAGACAAGGAAAAGGCGCAAAATCTCAGATACCTGAAAATAAATAGCTTTAACGAAAGTTCACCTTTAAGTCTCTTTCAACCTACTACCTACTGCCCCAGCATTTGAGTTAATCAACTACAGGAAAACATTTCCTGTTTAAAAGAGGCCACACCTCCCAGTAACTGATTTCTCTCAGTTCAAATGACTGTGTCAACAGACACAACACAATTACCTCACCAAGGTCTGTCCTTGTTTAAATAGCAAACCAGTTTCCTGGGCAATAGAATAAGGTTTAACCTCCTTCTCTTTCAGGCACTGAAGGAAATGCTTCCTGACAGATGAATGTCAAGTGTTTCTGTCCTCTATTAAATAGCCAATTATTACCTTTTCACCCTATAAAGTTTACAATGAAAAGATCCTGTTTCTCTCTCTCTTCCCTCCCTCCCTCTACTAGGCACCAGAGAAGAGCTTATAGCCTGGCACACAGGAATGCTATAAATTGTCTGTAAATAAAGAAGAAAGTGTATGTATAGGTTAGGGGCATAGTTCAAATCTGGGCTGGAACCCCAACACCTTACGGGGCAAATTCTGGCACAAACTTTTATCTTTCTCCTTACCTGTAGTGTGGACAGGTGTGTCTGCTGGGACAGCAGTGCTTTCTCTTGCTCTGAGGGATAGGCGTTGTATCTGTGTTCATACAGCCAGTCTCGCAGAATCTGGACTGACTCCTTGGGCAGATTGCCTCTCCTCCTTCTCTTGCCAGAGGCTGCTGATGAGGAAAGGTCCAGGGGACTGTCCATGCTGTCTTCATCCTCAGAGTCACTGCCAGATGCTGCAACAAGACCTGAGAAAGGACAAGGCCCGCGGTCACTTGCTTTCACCAGCAGGGAAACTTAGTCACTTCCTTAGACTGTTCCACATCCTTGTGATTTTTCAACTACTGAGTGTGAAGTTTTCAGTCGGGGCCAAGGTGTCCAAGGAAAGGCCTGGAACACGAAGGGTGCCGGGCAGTGTGGGGAATGGCCCTCACAACCTTGTCTTTAAGGTCATCCATCACTCATGAGAGACAGCAATCCAGTGAACAAGGACATCTTATATGCTTTTTTCTCTCCTTTCGTGAAAGGCTTGCTGTTAAAGCAAGCACCGTCCATTTTTATATACTTGAAGGTTTTTTTAAGACTGTCAATTAGATATGAACCTAAATGCTACCCATCAGTCCTTAATTCTTACGTGACAAAGAAAATTGAATATGTGCAACCCACCAAAAAAGCTATTTTGGTGGTACTTTAATCCCACCAGAAATGTTAAGAATCCAAACCCTACAGAATATTTCAATCAGAGCTCAGTGACAATTCCGGCCAGTTGGACTTTGATAGACATTTTGAAGTTTAGAACACTTCTAAGAAATGCTATTAACTCCTTTCAAACCTACAAGCCAGGCATCTGTGAGACTGTCTCTGTTCATCTCAAAGGTCTTTTCTTTAACTTTGTATAGCTTTTTTTCCCTCCAATCCTAATTAAGTCCCTTTACTGATCTAGGAAATAAAACCAGAATATTCTTCACATTGATACATCAACTCCGTGAATTTTTAAAGGAATTTATTTTACAACTGGGAGCAGGCTGACTTTGTTGACACATTTTTAGCTTTGGACTGCAGGGGGCAGAAGGTGCTAGAAGGAGTTCCTACAGGAAACACTCAAAGCCCGCAAAGACAAAGTAAAAGCAGGTTCTAACAAAAGACGCGGATGATTTTGCAAATTCACTGTAGCTTAAGGCTCAACAAACTGCCACAAATAAACCACAAACACCTCCATTTTTAACTGCCATGCAATTGAAGGATTCCTTCCTGAAGATGAAATCAATCTGTTTCAAGAAAAGAAAGTCTAAAGAAAGGGCAATTTTAAACCTGAAAGAGCTTTCATTGTTCAGAATCTGAGAAACTTTAAATAAAAAACAAAACAAAACACCCATATTGAAATGAGTGAAAAACTATTAATTACAAAAAAAAAAAAAAACCAAAAAACCCAAAAACCCTCCTTTGATTACAAATGAGTTTCACATTTGCTTTGGTAACCAAGGAAAACTAACTTTTAAACATGCCAGGTTAATTGGGTAACTAAGTACATTTGAATAAAGCAATTTGCTTCAACTCCCCCAACTTCAGAAAAGCCAGACATTCTTCAACACTACTTATTTCCTTCCCCCTCTTCTTAAATCTAGGAGGGGAAAAGTGTGAAAATTTGCTCATTGAACAGTTAATTCCCAACTGTAAATTGGCAATAACAAAGTGCTTGAAACAAAAACCCCCTAAAGCCTGCCCTTTGATCCGCCTGCTTGGAGTTTGACAAGAAGCGCGGTCTTTCAGAATAGGTTAGGGACACAAAGCAGGTTTCTGTTAAGCAACACCAAACTGCCGACTCTGTTCATTTGAGAAAGAAAAAAAAAAGAAAGCCAGACCCCTAGACCTCTTTACAAGTATTTCCAAAGCATGCACAAAGGATGAAGGAAGCGGGGAAGTTTTAAGACTTGGTGCCTTGGGCACACCAGCTGATCCGTTTAGTGCTGCGAGATCACGTTTGCTACTGTCAAGGCTATTTTCATTAAAACTCCCTCCCGATTATGGCTCGACTTGGAAAAACAAAGACTTTTTTCCTCGTTACTCATTTCCTACTGTAACAGAGCTTTTGAAAAGTTTCCCAGTTAGGACTTGTTTCCAATCATCTCGCTTTGCTTACACTTTGAAAAAAAAAAATGCGGTTGGGGAGGGAGAGGTGGGTGTGGGACAGATTCGGAATCCTCTTACTCCATCCACATACAAGGAAATGTTGTTCCGAAAGCCACAAGATGGCCCGTGGAACCCACGGCTCTAGGAAGCAAATCTTGCTTCTTCACTTTCTTTTTCTGAAGTCATGAAACATGGAAGTTGGGAGGGTGGGGGGTGGGGAAGCACTTGGATATCTTGGAGACTAGAAAAAGAATATGGGGGAAAAAGATCAAGGGAAAACCAAACCTAATTAGTCTCTTCCCTATGGACAAGTAACTCGGATGGAACTTTACATCCAAGGCACTAAATCCACAGCTGGCTGGAAGTGACCCAGCCAGTTCAGCCCTAAACAGATTCAACAGGCTTGGAGACCCCGAGAGGACACTTGGTGATTTTCCTAGTTGAGCGAGCCCTCTTCCAGCCTGCTTTGAAGCCATTTTTGGAGCTCTTTCTTTTCGGGCGGTCTCGGCTTTCTACAGAGGGCACTCTATTACCATATACCAGTCTTTGTTGAAAGATGCTCACTTTCCTAAAACAGACAATAGGCGGGACAGGTTTAAGCAGTCCAGGCCCAAGGACAGGCAGGGAAGCTCACCCTCCCCTCCCAGGTAATTTCAGACAGTGGGAGGCAGGGCTGTGGAGGCTTGCAGCCGAGGGAGGGGCAAGAGGAGAGAGCAAGCAGCTTTTGTTCTTCAGCCCCAACTGAAGCCCGCCTGCTAACTGTACAAGTTAGCAACGGAGCTGGCCCCTGGTCCCTAAGGAAGTAAAGAAATGGGGCGGTGCGGTTCATATCCTCAAGGGTCTGCCCCCTTCCCAGACCCAGTGCCGAGGAAGCCTAAAAAAGGGAAAAGGAGCCAGGACAACCTTAGCAGTCTCAGCTCTCCCAATGAGAAACTCGAAATCGGTCTCAGCAAAGTTTCCTCTCCAACACGTCACCGTTCATCGTTTCCATGAGTCGGGGGGATTGACTTGGGGAACCCACGCTCTTTGGGCTGGGGACCTCGCATCTGGGGAAGGGGACACCCAAGAGGGTGGAGCCTGAATGGGAAGCTAGTCGTCAGCCTTCCTCCCCACCCACGGAAACCCAGTTTTGCATTCCCGCACCCCGGAGCCACACAAAACCAAACTACCCTCATTGAGGTGCTATTGGAGCGGAATGCCTCCCACGGGGGTCTAGATCTGTCAGCCACGTCAAGGGGTGACAGAGGTCTTGAGAAGATCCCTAAGTTTTCCCCAGAGCTCAGTTAAACTGTCCCCCAACTCAGAGCGCCCACACTCTGACTGTCCCAGGGTGGAAAGGAGCAAGGAGGCCTACTTAACCAAGTACCCGGGGTCTTCATGAGTTCCGTATGTTTCGGGGTCTCTCACAGAATAACATCCACCCAACTCTCTAAGGTAGGAAGCGCGGAGAAACCCCGTGAGGAAGCGTGTTTGGCGGCAGCTGCTATAACCGTGTTCCGTTGGAACTGCAGTCGCGGTCTAGGTCTGAAAGAATGTGGAGTAACAAACTCGAGGAAGCTCCCGGGCATGCGCACCAGCGCCCCCTTCCCCCCGCCCGCTTCTCCAAGCGATTAACTTCTGTTTTGAACCACTCCACATAAATCACAACAAAAAAAGCCAACTCCAGTCCACGACTGGAACACTCGAGGGACCTCCCAGTCAGGGACTCCAAAGTTAGCTTCAAAAGGGACTTCACAGTCTTTGACCTTTTGGGTTTTTTTTTTCCCCCCTTCCTCCCCAGTGTGTTTTGTTTTTAAACCAGACTGACGGCAAGTTTTAGTTGTAAAGCTTTGGTGGAAACAATGACAGCCTCGCTTTTTGCACTTACAACCAAGCCTGCTTGTCACACTTGGACAGTTTTCGACTGCATGGTACTTGTGTTCTAACAGCACACGCGGTCCTAAATTCATCGTGGGAAAACTTTCAGAAACTAGTAAAAATTTTAAAGTCCATCTTTCCAAAGCTATGCTCGCCCTAGGGCGATATGTGTGGGGGTCCCGGATCACATTCCTTTGATAGTGAAAAACACATCTCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAACATTGCCAGGATCCG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done inserting candidate regions
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DESIGN COMPLETE - All Us And Ds ACCEPTED
Creating display features: mapping to reference assembly
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Inserted short and long range genomic sequence arms

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