High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by dk3
Valid After Annotation
yes
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 198411
Chr: 9
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-378C16 : RP24-239K23 : RP24-199A15 : RP24-100F15 : RP24-80M12 : RP24-472D22 :
Instance: Plate 129: Well B08: BACs RP24-100F15 RP24-199A15 RP24-239K23 RP24-378C16
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 64734795 64734844 50 AAAATAAAGTGACTCATATCCTGTAGCAGTTTCTAAAAAGTGGAAACTCT
U5 64728881 64728930 50 ACTACCTTAGAAAGCATTCTGAAAAGTAAATATCGACTTGTGATTTTCAT
U3 64728799 64728848 50 AAAATGCAATTTTGCAATTTTAATCATAGAATACTGTAGTCATCAATTCA
D5 64726443 64726492 50 AGAAATAAGCAGATCCTATATGAAGCGCAAAGTGCTCAACTTCTAAGCAT
D3 64726334 64726383 50 TTAAGTTAGAGGAAAATACTCACAATCCTTTCACTAATACAACATCATGA
G3 64722657 64722706 50 ACTGCACAATATTTCCAATAATCTTACATTTTAGCTCCATGAACAAAGGA
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 64574191 64574249 59 CTTCTTAGCAGATGCAGCGCTGCTTTCTTCTGGTAGTTTCCCCTACCAGAAGGGCAGCT
G5 64582602 64582651 50 AAAATAAAGTGACTCATATCCTGTAGCAGTTTCTAAAAAGTGGAAACTCT
U5 64576688 64576737 50 ACTACCTTAGAAAGCATTCTGAAAAGTAAATATCGACTTGTGATTTTCAT
U3 64576606 64576655 50 AAAATGCAATTTTGCAATTTTAATCATAGAATACTGTAGTCATCAATTCA
D5 64574250 64574299 50 AGAAATAAGCAGATCCTATATGAAGCGCAAAGTGCTCAACTTCTAAGCAT
D3 64574141 64574190 50 TTAAGTTAGAGGAAAATACTCACAATCCTTTCACTAATACAACATCATGA
G3 64570464 64570513 50 ACTGCACAATATTTCCAATAATCTTACATTTTAGCTCCATGAACAAAGGA
G5_U5 64576688 64582651 5964 ACTACCTTAGAAAGCATTCTGAAAAGTAAATATCGACTTGTGATTTTCATGTGTTAGACATCAAACAAAAGATGTCAGCGCATGGAGTAGGAAAGTGTGTGTGTTCTACTACTGTCATGAAAGACTGGGGGTGATAGAGAGCTGAAACACATTTAAAACAGGAGGCACGAGGCTTACAAGCTTTGCTGCTCTGCTCATAGAAACTACAATCATCTTTAATAGTTACAGTTCAGACTGGCAGAAAGCACGAGGGCGCCCAACCTTACTACAAACAGGAGCCCTAGGAAGTTAACAATTCTGACACACTGAGTCAAAGCCAAAGCAAGGAAGACAAACACTTTGACTTAGGACTTTAAAAAGTTTTTTTTTTTTTTCAAAACAAATTTTGATTATACCTGCTTCCTGTGGTTTTTATAAAAGATGGCAGTTTATTTACAAGTAACTTCTCATCTCAAGTGTTACTCTACTTTGAAACTCTTCAAATAGAGCTGGTGAGATGACTTAGCAAATAAAGGCACTTGCCTCCAAACCTGAGGAACAGAGATCCATCTCTGGGACGCATACACTCCACTTGTGCACAGAACTCAGCTGAGGTTTGGTCTATTGCTATGTATTATAATACTAAATACTGGTCCTGGTTGCCCTTAGGGATGAGGTGTAGACCCAAGCGATGCTATATAACCTTGCCACCCAAGTTATTCCTGATTGGTGAATAAAGATGCCCCAAGGCTTGGGGTCTGAGGAGAGACAATTAGGAGAGAGAACATGCCACGGGATAGGTGAGTCATGAAAACATGACCACAAGAGCTGACCAATTGGAGTTAAGAGCTGCCCAGGTGGAACATGACAAGTTTTAACTCAAGGTTATTGACAGGGAAGTAGATTTTAATAGCATAGAGGGTAGATATCTGACCAGCTCTAGTTCATTAAAGGCTTATTATAAATATAAAAATTTTGTGTCTTTTATCTGGGAATTAAATGATCTAAGGCAGGGTAGAAACCCACAACTGAGATTAAATATATACTACTACAGAGCTCACACAAGTGAATGAATATAATTTTCCATGTTTATAAACATGAGTACGAATGCTATGTATATGAGCCAGAAGAGAAGAGAGCTGGAGTTACAGACAGTAGTGAACAGCCAAATATAGGTGCTGGAAACTGAACTGGGTCCTCTCTAAGAGCAGCCAGTTCTTAACCACTAAGTCACCTCTCCAGTTCCAATCAATGCAATTAAGAAAATTTTTAAAAAGGGAGGGGGAATTTCATGGGCTGGAGAGATGGCTCAATGGTTATGAACACTGGTTATTCTTCTAAGGACCCAGGTTTGAGTCCTTGTACCCAGAGGTAGCTTTCAATACTTTAACTCCAGACAACAGTTTGTAATTCAGTTCCAGAATCTGATGTCCCTTTCTGGCCTCTGCCTGTACTACATACAAGTAGTTAACAGACATTACTGTAGACCAAATCACCCACACACATTAAAATTTTCAGAGTCAGCCATGGTGTACTTCTTTTAGAAGTGTACTTCATAGTGTACTTTTAGAAGGCAGAGGTTGGCAGATCTTTCAGGGTTCAAGGCCAATTTGGTCTACACAGAGTTCTAGGCCAATAAGAGCTACAAAGTGAGATCCAGTATCAAAACAGAACAACAACAAGAAACAGAGCCAGTGGCACACACCTTTAATCCTAGCTCTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATCTCTGAGTTTGAGGCCAGTGTGGTCTACAGGAATGAGATCCAAGAGAAGTAGAGCTACACAGAGAAACACTGTCTCTCAAGGAGAGGGGATGGGGGTAAGTTGGTCGAGACAGGAAACTGAAAAACAAGTTGTTTGTTTTAAGGGAGGGTCTCAATTTGGAACCCAGGTTGGTCTAGAACGCACAAAACTCTCTTACTTCAGCTTCCTGAATGCTAAGATTATAGGTGTGTGTCATTGTGCCCAACTTCAGATAAGTTGGGTTAAAACATAAATTTAAAGATCAAAATGGGGTTGGAGGTTTACAGAATCTAAGCCAGCTAACATTTTTTTCCCTGCATAAATTTTTGTAGGTATTTTAGTGAACACTGTATTTATTTCTACTGTTGACTAGTAATACTTTTTATGTAGCTAATTGATTTAGGCATCAGACTAGAAAAATCAACAGCAGGGTTAAGGTCACAGACTAATAAGCCATGTTTTACTCAAAAGATTGGGATTTGATGGTGCACGCAGAAAGGAGGCTGACTGCACTCCAGCCAAAGGAAAAGAGAGTACACCTTTCTTGTTACAGAAGTACACACAGCTCGCCCTAGAACAACCATGCATTATCAAATGCATATCTTTCTGGCTTCCTGTATCAGCTGATTCAGCAAGAAATCCCAGCAGCAGTGACTCCATGTAACAAAGAAGATAATTCTGTCTTTGTAGTCAGAGAGTACACTAGCAAACAGACATTAAATACTTTTACTGGATACCAGGGAAAATGATGTCAAGGTCATGAAAACAGATTAGTAGGCTGGTTTCCAAACTCCACTACTGTAGATGTGAAGTTGAATCCCAGCAACATTAATAGCGCCTCCTTATTGAGATACATTCACTGTTCATTCTTAGTATAGGAGGTTAAATGGTCAGATCACAACTCCTGGGTGGGAACAGGGAGAGGGTCCCAGCCAAGAACCTAGTCTGGGCTTCTCCCAAAACTTCCTTCACCTTTCCTGAATAGAAATCCTCAGTCACAACAAGAATACAGAAACTTAGGCCTGAAAGACGGTTCACTGGTAGAGGCAATTACTGCCAAACTTAAAGACCTGAGTTCAATCCCATGGACCCACACAGTAGAAAGAAAATCCATCCCTTCAATTGTCTTAGACTTCTATCCATAAACACCATGGCATGAGCCCCCCACCTCCCAAAAAAGAAAAAAAAAAACCTTAAATAAATAAATATGATTTGGAGAGGAAGAAGACTGGATAATCTGCTGAGGAAATCTCCTTTCAATCACTTCTGGTCACACACTAGCATCAGCAATCACTTGAGGTATGAAACAGTGCAGAAAGAAAAAACTAAAGATTAGAACATCTAATTAATTCACAGACACTCCAGTTTCAAATAGTAATTCAGAACCACTCACAATCTAAAGTAAAAAAGCAAAGGTGAGCATGGCACCTGGGTAACAGCATCCTGTGGTGGGGACACCTTCAAAGAGCAGGGTACACTCCCACAGATGCTACAGCACTAAGTCACACTCTGTTCTGTTTTTAAAAAATTAGCCATTCTTATATTTTGGAGTTTTGTTTTTTATTTTACTTTATGTGTGTGAATGCTTTGTCTACATGCATATATGTACATAACATTCATGCCTGCTATGTCACCTGGAACTGGGGTGAGGTTCTCTCTGCAAGAGTAACAAGTGCTCTTAATTGCTGAGCCATCTCTGAAGTTCTCTGGCTTATGCCTTGACCTCTACTTTTAACTAATGACTAAATTTACCATCTCATCAAGGTCAAATTCTTATACTAAGTGAAGAACCCCCCCACACACATACCCATGTAACCAATTAATTTTATTACTTTAAAAAATTACCTTAAAAAATTTATTACTTAAAAAAAATAGCACCGAGCAGCGGTGGCACATGCCTTTAATCCCAGCACTTGGGAGGCAGAGGCAGGTGGATTTCTGAGTTGGAGGTCAGCCTGGTCTACAGAGTGAGTTCCAGGACAACCAGGGCTACACAGAGAAACCCTGTCTCAAAAAACCAAAAAAAAAAAAAAAAGCAATAGTTTGTAAACAATTCAAAATTCACAAATGATCTAACAGTATAAAATAGTTATACCAACTAGTTACTGACAAGATCTCCAAAGACTAGCAACTTGTCTAAGGAAAAGGATATCTTAAATGACCTAAGATTCCAGTTTTGTAAGGATGGAAAAAAAGATAGTTTCTGTGACATGATCAGGGGCTGGAGAGATAGCTCAGCAGTTAAAAGCACTGACTGCTCTTCCAGAGGTCCTGAGTTCAATTCCCAGCAACCTCATGGAGGCTCACGACCATTTGCAATGTCATCTGATGCCCTCTTCTGGTGTGTCTGAAAAAAAGCTACAGTGTACTTATATAAATTAGTACATAAAATAAATAGATCTTTAAAAAAGAAAAAGAAATGTGACATGATAAGGAGAGCCATTTCTTTTTTCTAACCAAAGCAAGAAGTAATCTATTTAGGCTCAATGGCCAGATAGATGGATGGAATTATCTAACAAAAGAGAATTCATTGGTCATTGATAATGATTCTAAAAAACAAAACAAAACAAAAAACTTATGGACCTTTGTGGACTCAAAATTAAACAATTTCAAGGCAAAATACTTTCATTAAGATGACAACATTTAACTCACCCCACCACTACCAGTGATGCGAGGATCAAAACACCTAAGGCTAATGCTAAGCATATGATTTATCACTGAGTTATTATCTACCACCAGCTTCTTGTTTTTTAAAAATGTGGGATACTTTGTATTCATATCCAACAATCAAAGAAATCAATTTCTGGGCAAGCAAGATGGTCAGTAAATAAGGACACTTGCTGCCAAACCTGAAGGTAGAAAGAGAGGACAGACTTCTGACCTCCACACACCCCCAATATACAGACAGTCACATAGATAAGCAAATAAATAAATGCAAAAAGAATTTAAAGGAAGCTCCAGTAAATTTTTTATGTATCAATTACTAATATAATATCCTAGGCTGAATGGACATAGCAATATCTCTATAAACTGGATGGCAATATAATTCCTAAATATAACGCCCCCCAAAACTTAGATAGCCTCATCTACTGAAGCTCAAACTAATACTTAATATTAACTTGTTTACATATATGCCTTATATTCTATACAAAACACAAATATCAAACTGTTAAATACTGTAAAAGCAGAATGTGTGTGTGTATATATATATAAAATTTAATTTAGTTTCTATCTTCAACCACATTTAAGTATTTTTGCTATTGTTTTTGTTGTTTGTTTCTGAAACACAGTCTCATCCTGTAACCCAGGCTGACCTCAAGAATCATGGCTATCCATTACCTCGTCCTCCTAAGTACTGTAATCACAGGCATAAGCCACCATGCTCAGCCCACATTTAGTTTCATACTTCTCTAGCAAGCTCATTTTCTGTACTAAAATTTAACTTCTCACCTCACCTACAGAATATTAGCTTTAAAATTTACCACCTGAAATTACTATTTTCACACTGGTTTTCAAAAGCTTGGAAGATAATTTTAATCTCAACCACATTCACAGTCCAACCTCACCAAGTCTTTAAAATAAAATGCATCAATAAGGCTAAAGTCTAGACACGTTTTTCCAGGTTCATCAGAATCTGAGTTGCTAAGCCGAAAGTTGTGAAAGAAAAGCCACCAAGCTTCAACTTCAAGTCGGTGGGTGTTACTGCCGATCAGCTGATGACTCGTGACACCTGGACTTCAATGAGACTCAGAAGATAAAGCCAGGGGAGGTAGACTACGCACCCAGCTGTGCTGAGGAAGTGCCACTTTGGCTGTCTTGATACCCAACTACCTCACTTGTGCCCCACAGCACCTTAACTACATTGTATATGTACAAGATTAACAGGTTTTTAAACAGCCATGCTTAAGTAAAAATTAACCTTCAAGAATGCATCATTTAGCATTGTCCTCTCTGCCCACATTACATTCCCACTTAGACTAATCCACCCCATACTAATAAACATGCTCGTGTTCCACGTACAAACCCCAGTCGCCTTAACTTAAGTGTGCTAGCTAGCCTCCTCCAAAGTTGAAATGCCACGGTTCATCTTAGTGAATAAATCTCTGTAGAATGAAATCATTTTAAAGTAATTGTATAAGTAAAAAATTGGCTAAGTAATCAGTGTTGAAATAAAAAATAAAGTGACTCATATCCTGTAGCAGTTTCTAAAAAGTGGAAACTCT
U3_D5 64574250 64576655 2406 AGAAATAAGCAGATCCTATATGAAGCGCAAAGTGCTCAACTTCTAAGCATCCTTGTCAGTCTTCGACACTCCTTGACATACTACTTTTCAGACTCACATAGAACATTGCTAAAGAAGAGAGGTGTAATGTTCAAACAGAAATGCAGAAGCACTGTAATACTGTGGAGTTTATATCACTAACCTGCAAAAGCTCTTGCTTCATCTGTAGGAACTGCCCTGAGATGACGTAAATCACTCTTATTGCCCACAAGCATGATAACAATGTTACTATCAGCATGATCTCTCAGTTCTTTCAGCCATCGCTCTACATTTTCATATGTGAGATGCTTAGCAATGTCATAAACCAATAAGGCACCTACTGCTCCACGATAGTATCTGCAACAGAAACATATAACTATCAGAAGACAATCAAAAAGTAGAAATGAATACCAGAAAGAACACAAAAGGTGATGGTATAGGGCTAGAGAGATGGCTCTGTGGCGGAAACACTTGCCATCCAGCATGAAGATCTGCTTGGGTGTTAAAAATCCCCAGAATCCATGAAAAAGCTGACATGGTAGCACTCAGCAATCCTGGTCCTCCTACTGTGATATAAGGGAGTTGGGGGCTGAAACAGGAGAATCCCAGACGTTCTCAGGCCAGGTATCCTGGCATAAACAGCACTGAACAACAAATACTGCCTATCTCAAACAAGGTAGGACCTCACAAGTGTGAGGACCAACATCCAAGGTTGTCTGTCCTCTGACCTCTATCTACACAGCAAGAATACACAGACATACACACTAACACAAACACCCTCTACATTCTCTCATATGCTCATCCTCAGGGACACACACAAACACACACACAAAGAGATTTTTAAAAACAATAATACAAACTTGTAAATAAATTTCTGAAAATTCCTAGTTATCACATGAGGGGTGGTGCCACATAACTGTCCTGGGTGCTGGAGGTCTGAGGCCTGCCTGGGCTACATAATGAGTACCATGCTACAAAGTGAGACCAGGTACGTACACACACACACACACACACACACACACACACACACACACCAGATATGGCAGATAGTAGTCATCCCTTATATGAGGTTTTATACCTAGTCATCCACAGGCCAAAAATATTAAATGGGAAATAATAATAAATAATTCATAAGCTTTAAATTGCCACCATTTTAAGTATCATGACAAACTCCTCAGTTTTCCCCTTCATCCAGGCCAGCACATGATTCATTCTTTTGTCCAATGTACCCACACACTATATAAACTACCTGCCTGTTAAAGTCACTTTGTAGCTCTGCCATTATTTATGGTCTTTTCTGTGTTCAAGTAACCCTTAGTTTATTTAATAATAGCCCCCCAAAGCAATTATGACATGACAAAGAAAAAAGGGTCTATTAAGAGAAAAGATACAAGATGCTGGAAAGATGGCTCAGCAGTTGAGAGTACTTGCTGCTGCTGTAGAGGACCCAGGTTTGTTTTCTAGCATCTACACAGTGGTTCACAACCATTTGTAACTATACTTTCAATGGATCGGATACCATCTTCTTACCTCCATGTGTACTAAGCATGAACATGGTACACATACACATATACAGGCAAAACATGAATAAAAATAAGATGAATTTTAAGAGAGAGAAACAGAGGGTTTAGTACAATCTGTGGTTGTAGGCATTGAAGGAAGGTCTTGGAACATCTTGCAAGGTTAAGGGAGGACTACCGTTTCTTCCCAGTACCTAAACTCAGCAATTCACTTGATACCAACCTATTCCAGAACTGAAAACCATGAACTTACGCAGACGTTATAGCCCTGTACCGCTCCTGCCCTGCTGTGTCCCATATCTGTGCCTTTATTGTTTTCCCATCAACCTGGATGCTTCTTGTTGCAAACTCTACTCCAATGGTACTCTTGCTTTCCAGATTAAACTCATTTCGAGTAAATCGAGACAGGAGGTTACTCTTTCCAACACCAGAATCTCCAATAAGGACAACTAAAAAGACAAAAAATAAATAAATAGTATAAGCTGGATGAAGGCACACACATTCAAAATACCAGCATACTTAACAGGAGGATGTTTGGCTTCAAAATAAATACAACCAAGGATTTTTAAAGAGACAGAAGCATAGTACTGAATAGTTTACATCCATGACTAATCAATTTAAACCAATCACTTACTCTTAGTAATCTATTTCTGTCTGCATAATGACTTTCGCACATCATCTACTTAGCACAGATCAGATATAGCACCCCATCTAAAAAACATCCCCCTCTTTTATTCCTATTTAGGAACTCACACCCAGTGCCCTACTCATGTAAGGTAGCTAAACAACTGACAACTGAGCTATATCCCCAGCCCTTAAAAATGCAATTTTGCAATTTTAATCATAGAATACTGTAGTCATCAATTCA
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creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
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Found 6 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found enough RP24 bacs: not looking for RP23
Entered all non-repetitive oligos
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Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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