High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by dk3
Valid After Annotation
yes
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 197895
Chr: 9
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-86O4 : RP24-114M18 : RP24-120B9 : RP24-310O18 : RP24-468F10 : RP24-330M12 :
Instance: Plate 174: Well C07: BACs RP24-310O18 RP24-114M18 RP24-86O4 RP24-120B9
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
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Oligos:
Type Start End Length Seq
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U3_D5 7973599 7974270 672 AAAGTAAAAACACCAAACAACTTACAACCACATGACTACAGGAAGCCTGAGCTTTAGAAAACTCCTGTCCAATTATCAGTCTCCTCAATGGATTAAGACTAAATGCATGCTACTTTAACTTCAACTGGCTCTGGGTAGAAAGGAAGACAAGGATACAAACAGCATGCACGTGGCTCTCCCAACAGGGTGGTGCTCACCTGAGGCAGAATTCATCAGCGTCTGGGGCACCGCTGGGCTGGCAGGCGCAGGAACGTTCAGTTGCGAAAGCATGGCCTTCCGGGGGTCCTGCCATGTTGTTGTCTGATCGTTGTGACTGAGACAAAGCAGAGTAAAAGTCAAACCGTCACCCCTAAGAAGCCTCATACAGAGAATGGCTGAATCCTCAGCAGAATCAGAGCTCACTCTGCCTTCCCACCCTGGACAAGTCACTGAATTACCGGTAATTTCTATTTGTTGGTATGATGTCTGAGTGCTTTACCACTGAACAAGTGTGTGTCCTTTTAGAAGTCTCTATGTTAAAACCCAAGCTACAGGGGACAGGGGAGATGCCATACTAGCATAAAGATCTGACCTCCATACTTGAGGGAGGGAAACAGACGGACTCCCTAGAGCTCAGTGGCCAGCCAGTCCAGTCAAGACAAGATCAGGACTTAGTGAGAACCTGTCTCGAGA
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attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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AOS Produced 14 oligo candidates altogether
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Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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