High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by dk3
Valid After Annotation
not done
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 196492
Chr: Y
Strand: -1
Status: Ordered
BACs: RP24-208N6 :
Instance: Plate 156: Well H06: BACs RP24-208N6
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 1286692 1286741 50 CACTATTTAACTGCCGGTGGTATTTCTTCTTCTTTAACTAGAGTTTAAGT
U5 1280893 1280942 50 GCAGCTAAGAGAAAAAAAAAACCCAGCTTTTGAATAATACTATCATTATA
U3 1280747 1280796 50 TTTCAGCAAGTGTGAAAGAAACTATGAGTTCAATCTTAGAATATACAGTA
D5 1280139 1280188 50 TTGGACAACAACATGTACACCACTCTAATTAGTAAATTCTTAGGTAAGTA
D3 1280009 1280058 50 TGTATTAAAGCCTACTTCATTGGGATTCTGACACTTGATGAAGACTAACT
G3 1275952 1276001 50 TAAACATCCAATGATTTTCCCTAAAATCACAACATCTAAACCCATATCGG
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 616502 616581 80 AGCCAAGACATCCAATCTCATAAGAGTAAACAACTAGAGAATTCTTGGGAACTTTCACTGGATAGCCATTGTTGGACTAG
G5 623135 623184 50 CACTATTTAACTGCCGGTGGTATTTCTTCTTCTTTAACTAGAGTTTAAGT
U5 617336 617385 50 GCAGCTAAGAGAAAAAAAAAACCCAGCTTTTGAATAATACTATCATTATA
U3 617190 617239 50 TTTCAGCAAGTGTGAAAGAAACTATGAGTTCAATCTTAGAATATACAGTA
D5 616582 616631 50 TTGGACAACAACATGTACACCACTCTAATTAGTAAATTCTTAGGTAAGTA
D3 616452 616501 50 TGTATTAAAGCCTACTTCATTGGGATTCTGACACTTGATGAAGACTAACT
G3 612395 612444 50 TAAACATCCAATGATTTTCCCTAAAATCACAACATCTAAACCCATATCGG
G5_U5 617336 623184 5849 GCAGCTAAGAGAAAAAAAAAACCCAGCTTTTGAATAATACTATCATTATAATAGTATCAATACTTTACTAGTATAGTATAGAAATTTGAAACACAAATTACTGTGGCTAGTTTGGCTAGCTAAGCTGGTAAGATCATTGTCTAGCACTCATAAAATCTTGAATTAAATTCTTAAGACATAAAACTACCTGTAGAAACACAGTTTGTCTGTGTGGGAAGCAGAAGCAGGAGATCACTGGAAATTTGATGGCCAGTCTAGTCAACAAGACCATGAAACTGTATATTTGAACTATATTTTCAAAACAAAAATCCCTGAACTGCTTACAATAAAACTCTAAAAACCAAAGGATATATTTTAGATTATTAGCTCCTTAGTTAGTCTCATACAAAATTATTTGTCAAATACTGTTTAAAATACATAATATTTGGGGCTGGAGAGATGGCTCAGTGGTTAAGAGCATTGACTGCTCTTTTGGAGGTCATGAGTTCAATTCCCAGCAACCACATGGTGGCTCACAAACATCTGTAACAGGAGCTGACTCCCTCTTCAAAGTGACAGTGTACTGAATACTCACATACATACAATAAATACATAAATCTTTAAAAAAAATACACATAATATTTGACATCCAATTTCATTCCCCCCTTTTGAATCAAGACAGTTTCACAAAATCCTGGAACACCTCATAATTATGTAACTGAAGCCTACCTTGAACTTCTGATCATCCAGACACTATCTTAAAAGTGAATGTTCTAATACTTTCTGTTTGCTCCTTAATTTGTATGCGTAAGGACTCTAGACTGATATAATAACAGTAAGAGTAAACTAGGGCTATTATTAGTTAGAATGGTGTCTAAACTCATTTTATGTTTATGCTTGATGTTTAAAAGTTATGTTATCTACCTACCTGCTTTACAGAACACAAAGATGATGAACCAATTTGGCAAGGTCTTTCTGTCAATGCCTAGCAAACATAGCCCACCATAAATGCACATACCCTAACAAAAAGAGGATGTTAAAGATTTCCTCTGACCATCACTGAACCTAACCTAAAACACTGTCACTTATTTTGAGGCATGTTTGAAATGCAACTTTCCAAACACACATCTTAATAGCACTCAGTATATCCACAGTAGAAGAAAGTATGTAGTTATTGAAATAGAGAAAAAGAAGATATAGTCTTTCAGTAAACAAGTCTTCAAAATATCACCCACAAAAATACTTTAAACTGATGCTCCAATATCACAAAAGCACTAAGACATAGGATGCCATAATTGCTTCTATATATTTTATGTGTATGAGTGTTTTGCCTTGTGTACTAGCCAACAGAGTTCATAAAGGTCATCAGATCCTCTGGAACTGAAGGTGGAGATAGTTCTGAACCACTAAGACCCGGGAAATGAACCCAGCTTCTTTGTAAGAGCACTCATCCACTGAACTATCTCTCCAGCACCTCTAAACTTCAATATAGTAGTTAAATAGAACTTTTTTACTAGGTAGTATTCTAAATACTTTTTCAAATGGAAACTGTGCTGACATTTATGTATTTGAGAGGTAACATTCTAAGTCTTTAGGATTCAATGCCAAACTAAACAAGGAAATGCTGATGACTCAATGTTTCTAAAATTAAAAAGTGCTAGTTTTTTGAGTTTATTTTTTGAGACAGGGCTTCTTTTCCTCCTGAAACTTACTCTTTAGACCAAGCTGGCCTCAAACTCACAGAGATCTACCTACCTCTGTCTCCTGAGTGCTGGGATTAAAGGCACACACAAAATGCCCAGCACATGTTCTTAAAGACAAAAGAAACACAAAGAAGGAAAAAAAAATGTTCAAAGACTTCCTGAAGGGATGTTATCTCCTTAGTTTTAATTCTTTTTATTTTCCATGTGATATATGTGCATACATATACAGGTAGCACTTAATTTTTGTTGCTGAGGTATACTCACTGAATCCAAAATCTAACTTCTAAAAAAGCAAAAGTTCAATCTATAAATCTGGTACAACATACCTTTAGATGTTTCTCTGTTCCTTAAGTGAGGAGGTATATAGCGCCCTTCTAAAAGACAAAATGTAAAACTGAAACCCTATAGTATTCTTCTAGGAAAATTTTTACCTAGAAAAAATATATTTTTAGGAAATATATTTTTGTTGTTAGTGTTTTTCTAACTAAAACTATTATCACAAATTAAAATACACAAAAAGCTAGAATAGGTTTGAAGAAATTTAAGTTTTAATTTGAAGCATTACAGACTAAATAAAAAAAATATTAACGTAGTATTAAGAAAAGCAATAAAATAGAAGACTAGTATTATCTGATAATCTACATATCCATCCTGTTTTAAAGTTGAATATTTAAAGTCTATATACTCAATTAAGTTGATCACATTCTTGAGTGTTAAATATGGTTTGAAATTAGCCAGTGGGAATGAAGGCCTAAAGTTTATCACCTGCTAGCTGATGTCAAATAACCAACCTACTAACTCCAAATAAGTCCTAAAATTAATGCCCATATCTTGAAATGTTTTTGTATTTGACTTCTAAAGAATGTAACTCACATGTTTTATTTTAATAGGCTTAATACAATTCATCAAAGAACAAATCCTAACCTTTAATTCAGGGTTGGACATGATATGCATTCTAAAAACTACTGACATGTAATTTAAATGTTATGTTTAATATTTATCTAGGTGTTATAACAGCAAAAGAACCTGCATTTTTATCATGTACCATAGTGATATAGAAAAACTGAGAATAATAAATTGATATTATAAAGGATCTACTAAACTTGCTTAGTTACAAAAATAGAATTTACTCAAAGGAGCATGCCTAGTCTCTCAACAGGAAGAGCATAATTTTGCCAGGTAGACAAAATGACCTTGAAAAAACATCATACTCAAACCACATGCTTTAATGTTTTTTCCTTCTCAGTATTTTTATCCCCCTAAGCCCCACCTCTCTACTAACGCTTTCTTTTCCTAAAACTATTTCAAATTACTAGGTGAACAAGTTTCAAAGTATCATCTACAAAAATAGTTTAAATCTATGCACCAATATTACAAAACAACTAAGACATGGGATATTCTATTTGCTTTTATTTAATTTATGTGTATAAGTGTTTGAGATGCAGAAAAAGCAGCTTTGGTTTGTCCCAAGATAATCATAACATTATTTTACTCAAAATATTTCCCATTTGTCCAAAAGCAAACTGAAATAATATCTCTGTGAAATGTTCAATTGTTCAAAATACAAGTTGGAACCATAAAACTACATAAGTGATTGAAGATTTCAGCTCAGGGTGGTTTCCCTTTGTAGCACATCCTGTGCTTATTAAAAACAGAAAAAGAATTAAATGTAAAGTAATTATTAAGGCTAATGATAATAGCAAAAACCTAGAAAAATTTCTGTAATTAATTATTTTTTTATACTTACTGCTCTCTGTATTTCCTCCTCCATTCTGATTATCTGATGATTTCAGGTCAAGACCAACAAACTGTAAAATAGATATTAATTGTTCATAAATTAACAAAATAAAAAAACAAAAACCACGCTGGATACCACCACAAAAGACAAAAATCAGAAAATTTAAAACCCTGAGCCTTGTACTATACCATTTACTAAATGCAACCTTTTAGGGAGCTGGACAGATTGCTCATTAATTAAGGGCACTGGCTCCTCTTCCAGAGGCTTCAGGGTTCAAATCCTATAGCCCATTTGGCTGCTCACAGTCAATTTTAACTCCAGTCTCAGGTGATCCAAACATATCTTCTAGTTTTCCAGGACACTGCAAGCACATACATTCATGGAAAATATCCATTCACATAAAACAACAAAATAAAATTTACAAAAATGGAGAAAATACTTTTTCGATGATAGGGTTGAGAATTACTACCATGTTCACCACAAAGTGCTTATATCCTCAAAGAGGAAAACTGCTTTGAAGTTGATAATCTATGTCAATGGCAAGCAACAGAACTTCATATAAAATACAACTTTAAAGAGTTCTTCGTTTAAAACAAATTAGCTCTGTAATTATTTTCAATAGGAACCACTCCTAAATCACCAAACTGAAAAACCAGCATCTTCATGCAGATAAAGACTAGCCTAGAAATGTTTGACTTTTTTAGACCTATATAAAGGTAGAAGATAATGGATTTCACAAAGTCCTCTTCTGAGCTCTCCACCTTCCGTTGGTGTGGCAAAATAGCATCTTGACTTCTCAGCAACTTAAAATTTTGTGCGTTTGCAGAGAACCCAGGTTCCCTTCCTCAAATTTGGCTCTCTCTATAATTTTACTTCCAGGATATATGACAACCTCTTCTAATGTCCAAGGGCTAACAAGCAAACATACGATGTATAGACATACATATAAGTGCAAGCAAACACTTGAATACATAAGATAAAAATCAATTTAAAAAAATGTAGGCAGCTGGAAACAGCTCGGTGGTTAAAAACACAGGCTGCTCTTCTAGAGGACTTCCAGAATGTACATGGCAGCTCACTCCCAACTCTGGAGTCTCTAACTCCAGTTCCATAGGATCTGACACTCTCACACTGAGAGTACATACAGGCAAAACACAAATGAATATGAAATTAAAAGGTAAGGCATTCAGAAGTTTTAGCTTTAAGGGTTAAGAAAAAAATAAAATTCATGTCTTAAGATAAGATTCTTTAATTACTTTATGTCCTAAAGAAGATATTCTCTCCCCTCCCCAACCTGAATAACATGCATTATTGGTGCCTACAGAAGAGGGCACTGGATAAAAAAAAAATAAATAAAATCTGTTTTTTGCCCAACAACGCCAACGAAATATTTAAATACTTTGTTGTGTAACCTAGGGTTTAAGAAAAACCCAACAAGAACCGATGGTGGTGCCGGCACATACCTTTAGTCCGAGCAATTGGAGGCAGAGGCAGGTGAAGTTTGTGGGCCAGCCTGCTACTGAGCAAGTTTTAGGCAGCCAGGGCTACACAGAGAAACCTTGTCTGCGTCACAGAACTCA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U3_D5 616582 617239 658 TTGGACAACAACATGTACACCACTCTAATTAGTAAATTCTTAGGTAAGTAGGTAGACAGATTCATTCTATCAGTTTTGAGAACCCTGACTTTGCTAAGTTAAGATTCTTACATATTCTTAACTACTAAGATACTTAACCATTACTTTGTACATTATCAACCAAGAATATACCTTCCCCTGGATCCACTTCCACGATCACTGAAATAATTGGGCTTCCCTCTGGAATCACGAGATCCAAAACTGCTGTAGGCATCTTTATCTTTACTACAGCTCCATCCTGAACTGTCCTTATCACAGACCCCTTTCAAGGAAAAAAAGAACAAAACCCAAAAAGTCTCTTCATTGCCACAGACTTCTAAAATAACTGATCCCAGTACAGTGATAGACACTGGATACCCAAACAAAATTTCAACAGCTTTTAATAATTAGCAATTTAAAATTTCAGTAAGTAAAACGTGACTTGTACTTTGTTAATATTCTGGTTTAGTGTTGTACCTTATGGGATATTGAGATGAGGGCATGAGATTGAAGGTACTGAGCTACATTGTGAGAAGACTCTGTCTAAAACCAAAAAGGGAGCTACAAATGTGGCTTGGTAGTATAGTGTTTTTCAGCAAGTGTGAAAGAAACTATGAGTTCAATCTTAGAATATACAGTA
D3_G3 612395 616501 4107 TAAACATCCAATGATTTTCCCTAAAATCACAACATCTAAACCCATATCGGGTACATTAAATATTTATACAGATGGTTCTAAAACAGGTGTTGGTGCCTATGTAGTCAATTCTCAAAAACCCGTTCTTTTTCAATACAATCCTGGCATCCCACAACTTACTAAATGTAAAATTGTGTTAAAAGTATTCAAAGCTTTTAAAAAATCTTTTAATCTAGTCTCTGATTCGGCTTATGTAGTAAATACAGTGCGTACATTAAAAATTGCAAGACCCATTAGACCCACCAGCCCTGTGTACACCATCTTATTAGAGTTACAAAAACTGATTTAAAAAAGAACACATAAATTCTTTATTCAACATATTCGAGCTCACTCTACCTTGCCAGGCCCTATGGCTGAAAGAAATGCCTTAGTGGACGCTAGCACTCGCATGGAATTTATTTTTCACGCCACCCCACTGGAGCTTGCAAAAGATTTTCATAGATTGTATCATGTTCCTGCTGCCACACTTCAGCAGAAATTTGATATCTCTCAAGCCTCAGCATGAGATGTGGTGTTACAATGCCCACAGTGTGTACAATTTCACCACCCTCCTCCTGTTGGTATTAACCCTCACGGATTGATCACTTTAAAACTGTGGCAAATGGATATTACTCATGTCTCAGCATTTGGAAGATTAAAATATGTTCATGTTTCAATTGACACCTCTTCAGGTGTCATTTTTGCCTCCCCCATGTCCGGTGAGAAATCCCGCAACATAGTTGGCCATTGCCTAAAAGCCTGGGCAACTTGGGAAAGGCCAGATAGTTTAAAAACTAATAATGGCCCCGCATATACATCAAAATCATTCCAAACCTTTTACAAAATAATGCAGGTTAGTCACTCTACTGGCCTTCCCTACAATCCACAGGGCCAAGGCATTGTGGAAAGAGCACATCAAACCTTAAAAGAACTCTTACAAAAACAAAAAGGGGGAATTGCCGATGGCCGGCCACCCAAAGAACAATTATCTTTAGCCCTCTTTACTTTAAATTTTTTAATTCTGGATGAACATGGTGGTTCGGCTGCAGATAGGGATGTCATGACCTCGCCTATCTTTAAACAGGATGTCAAATGGAAAGATGTCCTAACTGGAAAATGGTATGGCCCAGATCCCGTTATTTCAAGATCCAGGGGAGGTGTTTGTGTTTTTCCACAGGGTCAAGAACATCTGATTTGGGTACCAGAGAGGCTGACGCGAAAATTGCTCCCCCCCTACCCCAGACAGAGGTATAGATTGTAATAGTTCCGAAAGAACATGTTTTTTAGCAGAGTGTTGGCAGGGTGTACAGCTGTGGTTATGAAACTTCCCACCTTTGTGCCTATAGTAGATTTTGAAATGTTTGCCACCTATGCCCATTGGTGCTGGTCACTGAGTAGTCCAATTTGAACCTCTTTTCCTCAAATCTTTGCTTCTGTTTGAGAATGAGTTCATTCACCAAGAAATTAGGATAGAGATGGCCAATGTTGTCCACAACATAATTACACTTGGGACATCTATTATTGTCCTCCAAACTCTGATGAATACACTTGTAGCAAAAGCTGTAGCCACATTTTGTCATGTATGCTCCCTCAGTCATATCAAAGCATATGGGACTTTCTCTTATTTAATAGACTTAGTTCAAGAACAGGTTGAAGAATTGTATAAAGTTGTACAAGCTAATTTCTCTCAGCCTCTTGAACAGAGTTGCCTCTTATCTGAGTAGAAAATTGGTCGGCTAAAGTGGAACAGTTGTCCAGAAAGCTGCTCCTCCAGATTGCCAAACTCAACAGCGCTCGACTGGACCCCGTCACCTTGGGGGACTTCACCTCCTGGATCACCAATGCCTTCTCATTTTTTAAGGAATGGGCGGGAATGTTGGCCTGGGGGGCAGTGGTCCTCCTGGGTTGTGTCTTCTGCATCTGGCTATTGTGTCGACTCAAACGAAAGCACGCTCAGTATAAGGCAGTGATGTACCAAACATTGATGGCGATTAAAGATGGCACATCTCCCAATGTTTAGCTGGCCTCTTTTAAAAATTAAGAATTTGCCCTAGGTCGTCTGGCAGTTGTAGTCACACAGATCCATGGTATCCAGTGACGGGCAACTTTCCTTATGCACAGACCAACCTAAGACATGGGGCCTGGAGGTGATAGGGTAACCCTATAACGGGTAACGTTGTGACATGAAAAGATTGACCTAAGACAGGAGCCATGGCCGATGGACAGACTTGCCCAGACCTAGTCCAACATCATATTATTAAACAAAGAAGGGGGAGATGTAGGCAGCTGATGCCTAAAAGATGGCGCCGGTTTCCGGTACACTGTGGCTGTAAACAACACCACTGCACAGGCACTAGCCCGAATCTGGCGACAACCCCTCCCGAGCAGGTGCATGCTAATGAAGTGTCAACAGGCCGACCAATCCCAGGAGGACACATAGGCCTCCCCAGTGCTGAAGTGTATATAACCAGTCCTCCCTGGGTGCCCGGGGTTCCCGTAGCATCAAGGACTTCCTGCAATAAAGCTGTTGATAAGAATCCGACCGTGTTGTGTTTTCCTTGCCAGGCGAGGTGGGCGCAACAACATACGATCTCAACTCTATAGAAGGAACTAAAGCAACTGCAGTAAGATGGAAGCAACTGAGGTGGTTGTCCCCCACCTCAGAAAAGCGTAACAACTGGGTTGTCCAGTGCTAAGCAGTTGGTCATGAAAATTTCTTAAAACCAAGGAACAAAGGTCACTAAAGACTGCTGAGATGCCTCAGGAGGTACAAACACTTGCTGCCATCCATATTTGAGAAGCTCCCCTCACAAGTTGTCCTCTGACATCAAAAGTGGTACAACATACACAAACTCAAAACAAGCCAGAAAAACCCAAAACTCCCCCCCCCCAAGTAAAATAAGAAGTCAAAACAACAAAAAACTTACATTTTCAATGTGAGGAGGACAATTATTTCCAGTTGCTTCTACTGGTATATCATCATATTTCTCAAAGTTAATCCCTGTGTTTCCTCCAGAAAAAAGTTCTCTGAAATCAGATGATCATTATATATTACTAATAGAAGGAAATAGTTTCACAACAATTTCAAAATTTATTGAGAAAATAATATTAGGATTAAAATCATTTGCTATAAAATCCCACATAATTATCAAATTTAATTATTTTTAAGATTTCATGTTTTATTCTGTGTATATAGGAATCTTTCTGAGTGGGTCTATTAGACACATGACCCAGATGCCTTAAGAAGCAAGATAACTATCTTGCGCTGTCTGACACTGGTGGTAGGAATCAAACTCAAGTTCTCTGAAGAAACACACATGCTTTAATCACTAAGCCATCCTTCTGACCCTGTATTTAATATCATTTTAAGCTATATTTATTTATTTTGAGACAGGGACTCACAAAGACAAGTTTGTGCACACTAGGCCCTAATTTAGTATTTTAAAAACTTACTGCTCTAAGCGTTCACTTGGTGGAAGTGGTTTTGACCAGTCATCTTCATCTGATCTGTCACTCCAACGACTATGACCACTCCGTTCAAATTTGCCAAATCCAGTTCGGTCACGACCACCAATACCATCATAGTCATTTCGACCATGATCATCGAACCTGAACAGCAGAATAATCAAGACTATTAATAATGTAAAAGTACTTTTTAGACTATTCAACTGAACACAAATACCTAATAAGTACATCAACAATTTAATCTATACCATTTAGTAAATAACTGCTTACAAACAGAGCAGACTTGCTTTAAGTTCACAGAGCCACTAACCCTACCCATGACATGGTGGCATAAAAGACATGTTCCACTGTTCTCCTGTGATGGCTATGGACTAAATCTGTAACTAATTAATAGCTCAAACTGCTGGGCACATTTATGAGGGATTTTAGTTAATCGAATCATTTGAGGTTATGAATCATTTGAGGTATGAAAATACATGAGGTATTTAATCCGGGCCACAGCTTCTTGTGTCAAACTAGAGCAAAGAAAAGAAAATTTTTACTCTTTGTCTTCTTGCCCTTGTTCTCTCTTCACTGTATTAAAGCCTACTTCATTGGGATTCTGACACTTGATGAAGACTAACT
U5_15 617336 632386 15051 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EX32 -1 -1 1 CTTCCCCTGGATCCACTTCCACGATCACTG
GR3 -1 -1 1 GATATTGTAAGACTATTGCTTGGCCGC
GR4 -1 -1 1 GATATTGTAAGACTATTGCTTGGCCG
Comments:
Created
Target: 2803Ensembl ENSMUSG00000069045 -- 616753 -- 616882 ENSMUSE00000568575 -- ENSMUSE00000568575
creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: chromosome:NCBIM37:Y:1:15902555:1, start 616752: end 616882
Found 1 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found less than four RP24 bacs: looking for extra from RP23
Couldnt find RP23 black6 bacs at NCBI36 location: Y, 610752, 622882
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
U-type: U1
D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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