High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by dk3
Valid After Annotation
yes
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 185935
Chr: 18
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-137C4 : RP24-301P12 : RP24-61A9 : RP24-329I13 : RP24-213D20 : RP24-75E13 : RP24-555H16 : RP24-69M3 : RP24-561J18 :
Instance: Plate 131: Well G04: BACs RP24-301P12 RP24-61A9 RP24-329I13 RP24-137C4
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
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Oligos:
Type Start End Length Seq
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U3_D5 7904988 7905636 649 TTAAACAGGTCCTTATTTTTAACCTGCCTTTCTTGTCTTAGACACCAATTCCATGGAACCATCCCTCAGATTTTTCTGATTTCATCATGACTTTACAGGCCTATCATATCTGTATAAGACCAACTGAGAAGTTTAAAAGAGCAGTGTTAGTTTCAGAATTATACTATCTTGTGTTTTCCATTTTTCTCTTTTTAAGTTCAAGATGTTAATTCCATGTTCTTCATATGCCTAATACAGTCTATATATACTATGCTATATAATATAGTATAATCCTTCACAGGTACTCTTAATGAATAAAGGTTTTAATAGATTCTGTTCATATTTATGTTTGGTATGAAAATTATTAGAATTTTTAATATTTCGTGTTGAATGCTTAAATAGCAGACTAATTTTCAAAATGTATTTTTAAGCCTTATGATTCTGCAGATGATTGGTCTGAGCACATTAGCTCATCTGGAAAAAAGTACTACTACAATTGTCGCACAGAAGTTTCACAGTGGGAGAAACCAAAAGAGTGGCTTGAAAGGTACTTGCTTTTCACCTAGTAATACTCCCTACTTACTTCTGAGGTAGGCATTCAGCCTTAGCTTTTGTACAGGAAATCCCTTTAGCTTTCAGTTTTAGTCAGGGTATTTCTGTATCTTCCCTT
D3_G3 7905645 7909430 3786 AGTATTTCTTGGACATAGAGCAACCATGTAGTGGCCTGGGAACGCGCATTGGACTGTGGGATTTGTAGGATGAATAGCTGACAGTTTTCCCTTCGGTGAGAACCATTCTTAGTAGTCTGTCTGCTGTGTCCCATCTTCCAGACCAGTTTCAGTTGTAAACTATGTTTCTTTTTATTCGATGTACAGTCTTGTGGAACATTTGACAAGAAAGGTTAGTACAGAGACTCAACTACTTAATGTCATTTTTACTCATAAAATGATGTTTATTTAATCTTTTATTTATAGAGAACAGAGACAAAAAGAAGCAAATAAGCTGGCAGTTAATAGTTTCCCAAAAGACAGGGATTACAGAAGAGAGGTGATGCAAGCAACAGCCACTAGTGGGTTCACCAGTGGAAGTAAGTGTTTTCCTCTTTTTCTCCTTTCCTCTTTACCTCTTTTCCCCCTCCCCTCCCCTCCCCTCCTCTCCTTTCTTTTTTTTGTCTCTGAAACAGTATGTTCTCTTTGTTACTATTGTCTGTTTTAATTTAACAACAAGTTCCATCTGCATGTGTAAATTGGCATGAAAATATACTTGGTTTCTATTTTGCTGAATGGCGTTTCAGCACTCTCAGTTTCCTGGAAAGGGAAATAGGTGCAGGGTGGAAGGAGTAGAGGTCTGTGTGATTCTCAATACTCACATTGTCTATAGTATAGACTTGGTAAAGAACAAGATTGACATTTTTAAAAAGATTGGCTTATAGTCTTTTGTTTGTTTTTTTTGAGACAGGGTTTCTCTGTATAGCCCTGGCTGTCCTGGAACTCACTTTATAGACTAGCCTGGCCTCGAACTCAGAAATCACCTGCTTCTGCCTCCTGAGTCCTGGGATTAAAGGCGTGTGCCACCACGCCCAGCTCTCTTATAGTCTTAATAAGTAATAAATAATTGAGCCCCAGCCACACACATTCTTGGCAGTTTAGGCTTTAGGGTTAGTATAAATAGCTGACAGCTTTCCCCTTTAGTGAGATACATTGTTAGTCTGTTGTCTGTATCCCACTGTGTGCTACTGCCATTTTGGTTATCAATGAGAAGCAATCAGTATGTAGATGGTCCACTAAAATGGATGTTGTTTGATATTACAATGATGTGAGAGTATATGTAAACAACTCCTTGGTTTTTTTTTTTTGTTTGTTTGTTTTAATTTTTCACGTTAATACTAGAAAATCACATCAGGTAGTAATTCTTTAGTACAAAATACATTTCAGGATAGATGTTTTGCCTGACTTTGTACTGAGTTCACATCATGTAGGTTAGGTTATACTTCCCCTGTCCCCTCCTCCAATAGCATACATCTGGTGTGTTTTCAACATGTCTCTGGTTTACAATAGTATTGTTGAGATCTAAATCTGTACTTAGGTGTTAATTCCACTGTGTTTAGAGATCGGTATAAAGCTGGGTTCTGAGGCTTTGTAGAAACTATTTTTCAACCCTTGTTTAAGGAATCCTTGATCTGTATGACAAACTGACTTTAAATATTTTATTTAGATTTACCCATTTAGGTGGGTAATTGATTCTCAAAAAAGGGGTATTAATTCCTTAATGGCAAATTTATTTAGTGTGAACTTGTGACATAGCAACATTAAATCTTCAAAATATGAGTAAAATTATTCTTGATTTTTAGTGACTAATTTGTTAAGTATTATTTATTAAGTATTAGGGAATTATAGAACATTATATTTCAGGGCATAAAATGTGGAGATTTAATCCTGTGTTGCCCTCTGTCTCAGGTAACTAGCTGACCTTGACCAAACAAAAAGAAGCCAAGGTTTTTATTTTGAAGTAATTAAATAGCATGTAGTTTATTGTTGCTAGTGCAGTTGGTGGGCAAGGAGAATGGATAAGTGACGTGTGTGCATGAAAGGAAACAAGGAAAGCTGTTGTGCTTGGGAACTAAATCCTAGAATTAAGACAGTGCTGAGTTGGGCCATGTGTTTGCACTAGCCTTAAGCTGGTGGTTCCCAAAGAGGGAAATCTGTGACTCCTTGGTTTCCATGAATATTGGGTGACTTTCATTAATTTCACAATCTGATTTATGTCTCCTCCTTCACTGAATTCATATGTGTACAAATAATGAGTCCGTAGGTCTGTAGCTGGACTCAGGGTTATATGTATATTTATTTGTTTTCTAACTTTTTAAAACGAGTTTTTCTGTACTACCTTTTAAAGTCATTCTTCTTAAGGTTCAGAGTTTATAAAGGTACACATTAAGAGAGCTAATTATGTACAAGAGATGAGGAAATTTTTTAATGTTTTTGTATGTTGGCATATATTCAAAGTTTAAATGTTTATTATCTTAAAAGTTAGAAAAGCCTAATATGGTTATGTAGTCCTTTAATTACTATATTAAGGAGGCAAACATAGGCAGATCTATATAAAAGTTAGAATGTTAAACTTTTAATCTCGTACCTAGGAGCATTTCACTGTACACGCTTTGTTTACTATATATGCATGCATAGAAATCAGACATGCTTAGAACCAAATATGAGATTATTTATTGTTCTAGCCTACTTGTTGTATTACTGTCAGTAGTATTTCTGGGATTTGTTTTTATTTTGATTATGTATCTGCTAAATTATTGTCTGCACCATTCTACTTAATTATAAGTAGTTTGCTGTCTGAGTATTGGGTGGATTTTTCAGCTGGTTTACATATCTGTTCTTTAGTGGAATTAAAATTTTATATGTACGAATGATGAGTCAGCAGATTTGTGGCTGAAGTGATAGTTGTATTTATAATTTTTCTTATTTTTAAAGTTTTATGCAATGATTGAGAGATTTTAGTTTTCATGTCAAATTTCTCCAATGTCAAAGTGTTGTAGTAATTAAATCAGTGCTCCATTTAATTATTTGACATTGTCAAAAACTATTGGGTGTTCATTGGCATTGGTTAGAATAATGGTTGGAGTTTGTTCCTTTCAAGAAATGAATAGAATGGGAAGATTCTTACAAGTAAAGAGATAGTAGAAATGTCACCACAATCTGAATCTCAGAAATGTATGGATACGTTTTTCTTTTGGTATTAAAGCTGCATCTTGATATTTTTCTAGCGTTAATAGTATGATTCTTCTAAGCTCAGAGAATTGTCCCCTGGGATTTCTTATAGTACTAGTGACATTTTGAATCAGGCCACTTCTTTGCTGAAGAGACTGTCCTGTGTTTTAAATGGTTATTATACCTGCTAAATTAGCTAGTCATACACCTCCCACCATGGCCTTGAAAAGAGTGGGAGCTGTGGTGCCATAGAGGTACTTCTGTAAATGCCTTCTGTCTAGGGATAGTAGGAGTCAGTGGCAGCTCCATCTTCCCCAGTTCCTAAAATCTACTGGCCTTTTGAATTAACAGGTATTTGAAGTATCATTTTATGTCATCCTCTGAACACTTTGGCCTTTACATGTTTTGCTTTAGCTATATACAACTAAAGCAGAGTTTTCTAGATTAATGAAATAAAAATTGTAGGTAATTAAGTGGTATTGTGTTGTTAGGCAGGTGTTTTAGGTAGAGTAGAATCTTCTTTGTATCAAAAACCTAGAGCTATGTCCATATAAGATGGAACTGTGTGTATATATCTGTACAGGATTTTGGATACCACTGTCACAGTCGGATCTTTCCATATTGGTTCAGTGTATAACATACTGAGTTATATTAGACAATGGAGAGTTTCTTTAGGTACAACTGAGGGCTTTTTGGTGGTGAGCCACTGTTTTAAATTAAAGGTACTATTGTAGTTATATAGTGGCAAGGTGAAAA
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attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
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inserted results of aos runs
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Found 9 RP24 black6 bacs on NCBIM36
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Inserted short and long range genomic sequence arms

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