High Throughput Gene Targeting: Create Design

This custom vector design tool is provided by the EUCOMM consortium as a service to the research community. When using this tool, the user agrees not to submit more than five designs per day for creation without prior discussion with the High Throughput Gene Targeting Group at the Sanger Institute.

Design Type Oligo Select Method Artificial Intron Design
5' retrieval block size U block size Min 5' spacer Critical Exon Min 3' spacer D block size 3' retrieval block size
 
       
Subtype Domain Disrupted
Gene Build Gene
Start Exon End Exon
Target Start Target End
Primer Length Design Comment
Created by am9
Valid After Annotation
yes
Comment Type Comment Detail Edited User Edited Date
oligos on fwd strand oligos as ordered View gene and design in Ensembl UCSC BLAT recombineering primers
Design ID: 119220
Chr: 10
Strand: 1
Status: Ordered
BACs: RP24-285I8 : RP24-117H10 : RP23-308B13 : RP23-327N14 : RP23-222H18 : RP23-222G20 : RP23-306F24 : RP23-466O14 : RP23-44M7 : RP23-181F2 : RP23-375H9 : RP23-375H10 :
Instance: Plate 126: Well B07: BACs RP23-308B13 RP24-117H10 RP24-285I8 RP23-327N14
Oligos on GRCm38:
Type Start End Length Seq
G5 127470763 127470812 50 GCAAGATAAAAGTTTTCAGGTCGACAATGAGGCATACTGCCATTTCTAAT
U5 127476031 127476080 50 AGATCTGCCTGCCTCTATCTTGTGAACAGATTTCTCAACCTTTCTAATGC
U3 127476169 127476218 50 AGTTATGAATTGTAGTTTAAATAGCTGATATGTAGATAGTAACTTCTGTG
D5 127476798 127476847 50 TTATTTGTTAATTGTTGGGAGGGCAGGACAGGGGCAAGTGTTTTGTTTGG
D3 127476961 127477010 50 TAACTTCTCAGATGCTGGATTGCAGATGTGCACTGTCACACTTGGCTAAC
G3 127480423 127480472 50 TTGAAATAAGCATTCCTCCTAGAACAGCAGTGTAGCATAACAAATTGTTT
Oligos:
Type Start End Length Seq
D5_D3 126913904 126914016 113 CTGAGACATTCCTTTTGTTGTTGTGTTCTGTTGAGACAAGATGTCATGAAGCCTACATTAGCTATAAAGTTTAGGCTGGGGGCAGCCTAAGCTGATGTCCTGATGTCCTCCCC
15_E_15 126898088 126929067 30980 GGCCTTGTGTCTCCTTGTAATACAGCTGATAAACACATTAGTAGAATACAGGATCCAAAGTGTGTGGAGGACAGTATCTTATCTAATTAGATCTAAGACCCTAGAAGTCTGGAGCTGCCTTTAGAAACAGGTAAAGAGAGAGAGAGTTTTGGCCTAGAACAGTGGGTTCCTCAGAGATTCATCTGGAGCCTCTGACTGAAGGTCAGAGTTGCCTGTAGTGTGATGACATTGAGTAATGGGTTCCCTCTTGGAGCTCCTTGCCTTTGTGGTCACGTAGAGAAGGGTTCTGTTACACTGGCCCAGGACAGGGTTCACAAAGAGCATCAAGAGGAAAAATGGTGGTGGGAAGCTAGGTGGTGGCTAGCCAGAGTGGTCATTTGCCCATCCAACATTGGTCTGTCACTCTGTCAGAGAACATGAACGTCTCTCTGTCCCCCGTCTCCTCCTCTACCCTTGCTGTCTTCCTCTCCTCTTTTCACTGTGCCTCATTTATCTGTTCCTTTCTCTGCTCATTTCTTTCCATTTGTTCTCTCTTTCTCTCCTGTGTTGCGCTGTTCTCTTCGTATTTCTGTCTCCTCAACTCCCCTCAATTGCTGTAATTAAGATGAGAACAATGCTTAGTCTTTGAGTGAGTGAGAATCTCACTCTGGAGATTCTACTAAGTCCTGCTTGACTTGGGTTGCTAGGATGTGGCAGTAGTGACTGAAGAAGGGTCCTGCTCAGTGTAGTTCTGTAACCCTCCTCTGTGTTCAGCTGTGCTAAACACTTACATCTGTGCCCTTTCAGCGTCCTTCTTCCCCTCACTTGCCCTCTAAAGCACTGTTGTTTATTTTCCCAGGCTGTTTTCTTGATCTTTACTGACTGAGCAGTACCTGAGTACCCCAAGGAATCGACCCAATCCTTATACATAGTTGTTGTTCTTGATATTTGGGGTTTGGGGGAGGGTGGGAAAAGTCCTCTACCATCCAGAAAAGCTGATCTCCCAAACTGCATGGTCAGATGTGCCCAGTGGAAATTTTACTTTATTTCTTTATTTTCCTTTTTTTTTTTTTTTTATGGCAACTGTAAACTTTCCCAGTTTCTCTTCCTTGCTGGTGTGCAGTGAGCTTGCAGTACGAGGAGAACTTAACTAGCTTAATTCTGCTCACCGATCTAGATGAGAGTTCCATTGCAGGATGGAAGGAGGAGCAAGTCAATAGAAGAGAGAGAGGAGGAATATCAAAGGGTCCGAGAGAGAATATTTGCCCGAGAGGTAAGTGTAGCTTCTGAGAGTTGTCAGACCATAGCTTTTAGCTCTTAATCTCTGGCACTGTGAATGGAATGAACCCTCCATAAATGTTGCTGGGTCTTTTGTTTCTTTTTCTTTTCTTTTCACCAACATCGGTCAGTCCAAGATTTGACCTCTAACCCTGAGCGTGGCTTCTTGAGAAGCTGCAGGGTTTCACTTGTGTTGGAATACATTCTGCTGTGTGCTATACAAAGAGAGCCAAGACTTGGAGTGGCTGAATTTGGTAACTATGACTAGACTGGAAAGGGAATTGGTTTTGGCAGAGCTGATGAAGGGCCCTAAGTCTCTCCTGCCCACTCTCCTCCCACTCGCCCTTCCAACTCCTGCTGTCTGTTCTACACATCTTTGCTTCTCAGGAGAAGACTCAGATTCCATACAGGCTCAACACACATCTTGTTTGGCCAGTTTGTTTTTAGGATATATTGATGCTTTCTTTATTAAAGGGCTGTTCTGGCGGCATCCTCTACAGGTCCCACAGTCCCCAAGCACAGGACACTACTGGGACAGGAAGCCCCCTCTTCCTGTATTTCTTACCTTGCTCCTAGAACAGGAGTGGCTTTATGGTCCAAAGGGCAACAGTCAGCCAGCTTAGGTAACTTTATCTTTAAGAACTGTGGGCCATATCAAATGCACTTGTGACCCTGTGTCTAGTTGCCTTTGCCTGTTAGTCTAAGAGATGTAGAGCAGGATTGCAGGGACAAGTTAGATTAGCAACAGAAGAACAGATCTTCAAAACACGTGGACCCAGACAGAGTAATATCTTAGCAACAAAGGAGGTTTAAATCATGTGGATGGACACTGCTCTCCCACCGTTCCTCTGTTCTTCTTCTTTCATCAAGACACCGCTCCCATTTTTATATCACACACAAACGCACACAAAACAATGTGTGTGTCTTTTCATCATCACCTCACTCAGAAAAATAATGGTCTCCACTCCAGAAAAAATGTTTGTTCGTTGTCTAGACAGAGAGCCAAGTGCTTTTAAGAATCCTTATGGAAAGTGGCACACAACAAGCTTTCTGGCCTAGGATTCAAGAGGCAGTCTTCTTACCTTCTATTATATAGATTTCCATTATGAGTCAGAAAAGTCTGTCCTCCAAATTATTCCTACTCAAGAGACTTCAGCACATTACCTGCAAACCAGGTGGGTAGAATGAGAGGAGAGATGTCACGGTTATGGCCAGGATGACCCTAAATTGTGAATAGAAATGCTTATGTCGTACTTGCTATCTTTTAGGCATTTCTTGTAGGTTAACTTATGTCATCTTCACAACAGGTCTGTAAAGTAATTTTAATTATTTCTCTCACTTTATAAAGAAGAATCTAAGACACAGAGATTTGGTAACAGCCTAGCATAACAATGCTAGTTAACCAGAGTGCTGGTGTTTGCTGTAGACTCTGGCGCTAGTGTCCATGGTCACAGCCTAATGGAAGCTACCTCTTGATAGCGTGCTCTGCTCTGGACTCTTAGATGAGGTAGTACAGCAGTGACAGCATAGCTGACTGTGTGTGTACTCCCCAGCCTCACTGTGTCAGGCCCTGGCAGAGCCCTGTTGTCTGAAAGCACAGATGGCTTCTTTCAGGGCATTGAGCTGGTTGTCACCGTAATGGGACGTAGCTACCTACAGCCATAGCAAAGGCAAAGTTAGTGCTTCTCTCCCTTTTCTTCCTGATTTCTAGTCTCTCAAGCCTCTGCTAATACATGTATTCTTTGTTAAATCCTTGTGGATTTATCACTTTTGTTTCAGTATTTCCTAGCTCTTGTAGTAGAGGCCTCGGGAATGTCAGAAGATCTAGATGAGGAGAAATGGCCAAAGCCCACCACCCTCCAAAGACTCCTGTGGAGAGGAGCCCGCCCAGTCAGAGGGAATGAGGAAGGGTAGAGTGAGGAGGACAAGGACAGGCCCGGAAGAACGGGAAGTGCCAAGAAGGGTGTTCGGATGGAAATGCTGCTGCTGCAGCCTTCTCTAGAGCCTGCGCTGCCCTGTGCAGAGCCTGCTGTGCTCAACAGCTGGACGCCCATCCTCAGTGCCTTTCCGAAGGTTTGGGGTCCACCACGGGGCTCACTTCACTCAGCTCAGTGGCTTTGTCAGAAAATGATCCTGGTGGAACTGTCTCAGACTTCAATGTCCTCCTTTTTTTAGGCCCTAAAAAGTATCTGCATCCCCAATATCTCACCTATGATGGGACTCAAGGCACAGCGCCTTTCATGTGGCCAAACAAAGGGCAGAAAGAGAAACAGCCACTGAGGTTAATTTCCAAAAAATGAAGTTTCCTTTTCATGCCCCCTTCCTTTGACCGTGCTTGAGATAACGTATGGCAATCATCACACTCAGTTCACTGCTAGAGCAATGAATGTAGAGCTGGGGTAGGGGGGGTAATGAGGCTTGTGGCTTTCCTGTCCCTCCTCTGACACTTCTCCCCTTACCCACCTGCATTTTAAATGCTGTGGAAAGGCTAAACCTGCCAAATGTTTTCACACGACAGGTGAGAAACTGGTCTGGGGTAAGGCGGTGTGGGTCACCCTAGCCTTGCTCCCTCCCTGTTGATGGGTGAGAGTTTGGGTTTGAAGAGTATGAGTGTTCATAGCATCGTGGACATCCTTTTCTGTTGTGCCTTATTATTTTCTTATGAGTTATTTTCCGTTTTCTCCTCTATCTAGACCGGCCAGAATGGATATCTGAATGACATCAGGTTAGTACAGTCACTCAGCTTGCTTTCTGCCTGCTGCTTGGCTCTATCAGGGAGGCTAATAGAATCCTATAATGATGCTACTCTTGTTTTGTTTTGTTTTTTGATGTTAACCAACAGACTCTCCAAAGAAGCCTTTTCTTCTAGCTCTCACAAGAGAAGGCAGATTTTTAGGTACCTGTGTGTGATCTATATCTCTCCTTTTTATTTTTAATTTTGTTTTGCTGTAATCTTTTCAGTGGAGTGAGTGAGTTTGCTCCATGCATGGCTGCTTGTGGAATAATTAAATTTGTAAGTTTTGCAATACTGGATTCTTTTTTTCCTTTTGGGAGAAAAAGGCTCCACCTCAGTGACTTTATTGTTGCCAGTGTCACTGGGTCTGGAGTAGACGGGGAAGGGGACACCAGCTGTGTGAGACAGGCCGGGCCAGGCAGGTGCTGCTCCCCACCCCCTCCACACTCACTCACACACACACACACACACACACACACACACACACATATGGGGTAGAACTCGGCACTTTCAAGAGGTTCAAACATACACATAAGGTAAAGGATGGTTCTGTAGATTGCCTTTGCTTAGTCTGTGGAAAGCTGTGGACAGCTGATATCTGAACCTAGAACAGGGACTGTTTTGTGTCTCTAGGAAAGATAATATATGCACATATATAAATACATATATGAATCTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGGTTTTACCTTGAGACAGTATAATGTCCCAGAGAGAATAGGTGTGCATTAGAGTGGACCTAGAGAATGTCCTTTACTGTCTGTTGCTTACCCTTCGTCATGAGGAGAGCTCCTGTTCCTCGCTGTACTAACTTCTCCAGTACCCAATACTCTTACTTTTTAAACAAAACAAACATCATAAAATCTTGCATTTTAACCTCTCATTCCCGTTCTGAGGGATAATATAGGATGGATGTGAGAGGAATACTTTATGCTGGCACCAACTCACTGTAAATCTGTTCTCCTGATTTACCAACAGGAAAGCTGCAGAGTGCA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GR3 -1 -1 1 GAATCACGTGGCCGTTGAGCAGGC
GR4 -1 -1 1 CTTATGAATCACGTGGCCGTTGAGCAGGC
Comments:
Created
Target: 2803Ensembl ENSMUSG00000025404 -- 126913576 -- 126913754 ENSMUSE00000150536 -- ENSMUSE00000150536
creating candidate regions
attempting to insert candidate regions into db
done inserting candidate regions
running aos on us and ds
running aos on gaps
finished running aos
AOS Produced 8 oligo candidates from u/d regions
AOS Produced 14 oligo candidates altogether
inserted results of aos runs
Aligned target to NCBIM37 assembly: chr: 10, start 126913576: end 126913754
Found 2 RP24 black6 bacs on NCBIM36
Found less than four RP24 bacs: looking for extra from RP23
Found 10 RP23 black6 bacs on NCBIM36
Entered all non-repetitive oligos
Sequence count unchanged by blasting
finished aligning oligos to bac
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DESIGN COMPLETE
U-type: U1
D-type: D1
Creating display features: mapping to reference assembly
Created display features
Inserted short and long range genomic sequence arms

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